诩洳┒偕闲７⑾至艘恍┕赜赥hrax博士的文件，有关他的化学武器计划和资金来源。
在俄国厄尔布鲁士山的一侧，一架B3轰炸机为博顿上校和特种小分队在研究所附近的降落扫清了场地。在河流的另一侧的化合设备那里，黑莲花侵入了设备的电脑并获得了资料。博顿和莲花赶赴山腰的设备处，沿着这条路上山，黑莲花占领了一座GLA基地同时博顿上校也救出了美国战俘。在黑莲花从研究所电脑取得资料后，博顿上校引爆在山腰上的C4炸药造成的雪崩摧毁了实验室。
在Amisbad油田发现了有关Thrax博士化学武器计划的证据，美国将其提交了联合国。Thrax博士已经被国际战犯法庭指控，美国也被授权阻止他的行动。依仗着充足的国际支持美军开往了伊朗对Amisbad油田展开进攻。阻止在没有联合国授权的情况下Thrax博士利用油田提供的资金进行他的研究。美国也惧怕最近在伊朗的行动找来过多的政治问题。夜空中闪烁着GLA高射炮火的闪光和射向美国运输机的导弹。伞兵降落在Amisbad机场并且迅速控制了这里。后面的几个小时后美军需要迎接一个最艰难的考验，他们需要被迫解除掉安装在油井上的炸弹，GLA从当地的村庄发起了进攻与自杀攻击。博顿上校和他的狙击手小队解决掉了煽动自杀袭击的当地电视台，同时CIA人员和圣骑士坦克控制了油田的局面。这里的GLA部队准备使用生化导弹风暴抵挡美军的推进，在GLA炮击和导弹如雨点般的攻击下，美国坦克缓慢的继续推进并且到山坡并最终压制了GLA的基地，当黎明来临时Amisbad油田已经完全在美军控制下了。
导弹攻击了Thrax博士的化学设施。在他的资金来源被切断后，美军的继续前进使得Thrax博士被迫实施他的最终计划。通过他大规模的化学提炼Thrax博士已经将4个弹头填充满了他的炭疽贝塔毒素准备直接攻击美国本土。美军已经没有退路，准备好了对Thrax博士设备的大规模攻击。通过间谍卫星和无人侦察机的的定位，美军发射了大量的巡航导弹直指Thrax博士生产设备的心脏地带。导弹成功的摧毁了设施并且打响了攻打Thrax博士基地的信号。美军士兵们已经配发了放化服并且以最高的警戒性穿过城区。通过那些联络惧怕Thrax博士的研究将会杀死所有人的GLA分裂分子，美国与他们联合起来对抗Thrax博士的部队，Thrax博士命令他的部队通过偷袭和伪装延缓美军的推进。他的部队完全用各种化学毒素武器武装恐吓着袭来的敌人。美国动用了幽灵炮艇，炸弹之母和A－10空袭来清除这些顽强的抵抗者。配备了复仇者和微波坦克的十字军坦克营增援了对Thrax博士基地的进攻，GLA分裂分子也提供了他们自己使用的毒素武器装备。最终粒子炮切开了Thrax博士基地的心脏地带，美军击败了那些疲倦的防卫者。Thrax试图提早发射那些导弹，但游骑兵已经将它们的发射能力解除了。Thrax博士的化学工厂被摧毁了，那些化学品也被妥善处理了。
整个世界在听说美国战胜了Thrax博士后都松了一口气。确信GLA不会再对世界制造严重威胁了，总统命令作战人员返回美国，回国的军队有如英雄般受到了数以千计的欢呼。
07 为了复仇的战争
“我们存在于任何地方，没有高墙和边界能够阻挡我们。”
一切对于GLA都不是很好。最近在阿克莫拉和拜科努尔遭到的失败已经严重削弱了GLA的军事力量。失去了伊朗油田的资金供应，GLA的经费也遇到了巨大的挫折。更糟糕的是Thrax博士对于GLA来说已经成为了一个累赘，GLA开始公开地指责他。GLA不再保护他们其中一个最重要的资产，他们的ARC广播网主持人奥马尔·本·加扎里公开的抨击Thrax。和Thrax一起共事的GLA领导人也被迫逃离城市，以防Thrax报复，但被一辆美国的悍马巡逻车发现了行踪。导致了追击的悍马与护卫的冲锋车在城市路上激烈交火。两辆护卫车都被击毁，但一座倒塌的高塔帮他们勉强逃过了追击。联络他在市郊亲信的GLA部队，他们穿越了美国的检查站到达了当地机场。GLA部队乘座摩托袭击了美国的机场岗哨，让他们的头目上飞机逃离这里。
GLA部队开始内讧。尽管高层领导人们都得以生还，但GLA还是陷入了这个危机。随着－GLA最有力量的领导者之一Thrax博士的离去＇1＇，情况愈演愈烈，西方媒体报道了GLA内部派系争斗的流言。ARC广播电视网则宣称这些事件只不过是GLA正在进行改组重建。
在开罗，埃及王子卡撒德打算成为GLA的领导者。依仗他那精通于隐蔽与偷袭的部队，卡撒德是最让人生畏的GLA头目之一。但那些逃脱了的GLA首脑们并不想让他得逞并且打算让他永远消失。在大金字塔的阴影下，那些GLA亲信武装依靠卡撒德他自己的战术和他展开了战斗并摧毁了他的指挥中心＇2＇。
完成了重组的GLA部队认为是时候和美国做个直接了断了。而美国强大力量的象征显然是个相当棒的目标：一艘航空母舰。最近里根号正在地中海待命。在贾曼卡尔的带领下GLA部队潜入了马塔拉群岛，并夺取那里的一门离子炮。贾曼卡尔带领队伍占领了美军的供电设备。现在离子炮已经可以发射，贾曼卡尔又渗透进了美军基地并且向离子炮控制中心报告了里根号的位置。离子炮启动，射出的光束将航母从中间切成两半。在离子光束的消散和损失评估前，美国就已经明白了GLA已经准备好复仇了。
华盛顿的反映非常迅速，太平洋舰队马上被重新部署到大西洋和地中海以镇压GLA在欧洲，非洲和中东的一切行动。当世界的眼睛都盯向东边的时候，贾曼卡尔正带领的40名他精心挑选的队员对美国本土进行着大胆的行动。他们藏在小船中到达了美国的西海岸，贾曼卡尔命令去夺取附近美军基地的生化武器样本。这种毒素将被用于生产高度传染病武器为下一个重要行动做准备。劫持犯和自杀队员出其不意袭击沿海的众多防卫点并制造混乱。他们使用夺取来的车辆打通了去储藏设施的道路，贾曼卡尔和从被隔离营中救出来的俘虏们掩护化学物品的搬出工作。并利用附近机场的运输机逃脱，GLA部队阻挡美军增援防止敌人击毁飞机。贾曼卡尔带着化学品和他更多的杀敌数逃走了。
自从侵入伊拉克以来，GLA几乎无时不刻的在和美军战斗。未经过训练和装备残破的战士们他们现在已经准备好了更艰苦的战斗。持续的战斗让GLA的领导人们了解了美国的战术并指定出他们的反击计划。美国指挥官正希望加强对GLA的打击力度，而GLA高层也认为在大规模战役上挑战美国的时候到了。第一个被他们选中的是德国的斯图加特，美国在欧洲的指挥中心。深入了山谷中的GLA部队埋伏了起来并占领了一座这里的中国基地。凭借缴获来的人民解放军的科技配合GLA部队进攻很快又拿下了美国的补给基地。GLA士兵还发现了他们被捕的同志并立刻将他们解救了出来，被解救出来的俘虏兴奋的告诉GLA主力部队敌人大型联合指挥部的位置。增添了美国基地的GLA部队与美军展开了一场最大规模的战斗。拥有科技优势的GLA最终消灭了美国守军，并且将欧洲中央指挥部占为己有。
广播中的言辞与转播中美国士兵的尸体和燃烧的十字军坦克让美国民众惊呆了。为了加重对美国的凌辱，ARC广播网向全世界播报了美国化学武器计划的证据。公众舆论转而反对并抱怨何美国士兵到欧洲与GLA作战。对战略过度自信和中国连累了美国海外力量削弱的谴责纷纷飞向华盛顿，处于对美国本土袭击的畏惧，总统和参谋首长联习会议招回了美国在欧洲的大部分驻军。对祖国本土的保卫是现在最重要的，美国决定放弃他们的欧洲盟友。美国这个突如其来的决定让那些手中没有足够军队单独对抗GLA的欧洲领导人们感到无比震惊。GLA抓住这个机会一举占据了众多被遗弃的美国基地并且获取了充足的补给和物资。随着他们胜利纪念雕塑的建起，最终GLA击败了这世界上最强大的帝国主义力量。
＇1＇第一个GLA任务告诉了你“Thrax已经死于了那次战役”。还是有一些证据可以证明这点的（第一个GLA任务和最后一个美国任务应该是在平行时间进行的）
＇2＇游戏从来没有正式提及卡撒德死了，你可以占领他的指挥中心（所以也可说是活捉他）
08 为了力量的战争
“中国将会打理好一切的。”
在于拜科努尔被击败后人民解放军将大部分师重新部署在了中国边境内＇1＇以镇压GLA的行动。美国在斯图加特被击败后，德国乞求美国救援以击退GLA。BCTV主持人孙美英，当她播报中国领导人决定将击退在德国的GLA这条消息时震动了世界。焦急的德国领导人回应了中国的计划并且允许人民解放军进入德国领土与GLA作战。当中国使用核武器攻击GLA占据的中央指挥部的时候，欧洲的领导人意识到了中国想将GLA从欧洲根除。随后迅速展开了大规模的陆军进攻，人民解放军的冲击惊呆了GLA幸存者。中国正式展开了与GLA的再次对抗。
中国情报部门截获了敌人进攻一座中国核电站的计划，随即部署了数个师的兵力防守国内的每个核反应堆，然后等待这敌人进攻的到来。不能重演北京灾难。前哨监听车侦测到了前来进攻一座反应堆的GLA部队，红军战士迎上去与其作战。GLA的人体炸弹冲向反应堆被加特林炮塔和坦克阻止。很不幸的是这其实是掩护炸弹卡车摧毁中国指挥中心和补给站的一个圈套。中国打退了GLA数波进攻直到重型蜗牛直升机运载着地面部队急需的增援赶到。蜗牛直升机用他们的大型燃烧弹轰炸GLA部队。当反应堆确保安全后，中国的将军们开始指定他们的下一场战斗。
欧洲安全理事会最终给予了中国在欧洲任何地方�