农民以独立的个体进入市场，自然不敌大商人和经商的贵族，在脱离封建制度的同时，逐步被商人和高利贷者所统治。虽然土地不可以自由买卖，但农民可以出让实际控制权，江户幕府末期，大量的土地集中于地主，很多农民丧失土地成为小作农，租种地主的土地交纳地租，同时向原来领主的交纳租贡，形成了“寄生地主制”。到了幕府末年，农民已经分化，自营农（拥有自己的土地）占36。3％，自小作农（拥有一部分自己土地，另一部分租种）19。5％，小作农（完全租种土地）44。2％。小作农的总收获量中，租贡占37％，地主的地租占28％，自己仅得35％。随着农民的分化和市场的发达，缺乏共同利益的村落共同体也逐步瓦解，商人的势力和地位得到很大提高。不过由于封建领主的强大，大商人多与幕府和各藩的封建统治者相结合，产生了寄生于领主的巨商，三井、住友等，它们在明治后发展成大财阀。
寄生地主制和商品货币经济的发展，导致多数的农民贫困化，还间接使幕府和诸侯的财政收入减少。在繁荣的市场面前，高级贵族追逐奢侈消费，也使开支不断增加。为了摆脱财政困难，领主加强了对农村的统治，增加租贡，由常年不变制的租贡改为按年征收，使农民更加贫困。为了填补赤字，领主还向商人借入高利贷，被迫给商人更多特权。为了独占利润，幕府和诸藩还设立了特权工厂，后期还设立洋式工厂，如造船、兵器、纺织等，推进物品的国（藩）产化，减少对外藩及三都的依赖，（国）藩产物专卖强化，实现经济自立。在财政紧张的情况下，领主克扣武士的俸禄，使武士的生活水平下降，原本不被允许务农经商的武士被迫需要从事商业、手工业等副业维持生活，武士也开始卷入市场经济，与商人结合，如联姻，参加商业机构等。
农村的贫困迫使大量的农民抛弃土地，流入三都和其他的都市。都市的人口增长，使都市基础设施的压力增大，物价上扬，贵族的财政状况更加恶化。灾年时，米价高涨，都市的下层居民骚乱，成为比农民动乱更可怕的不稳定因素，需要存储大量救济米钱，进一步加重了幕藩的财政负担。同时，农村的人口减少，土地荒芜，但以村为单位的租贡没有减少（并纳），使更多的人口向都市转移，形成恶性循环。幕藩采用各种措施使都市下层住民减少，发出归农令，回乡务农，都没有显著效果。如1790年，幕府给愿意归农者提供约3两的奖励金，只有4人愿意归乡。
随着商品经济深入和农民贫困化，幕府和藩财政日渐困难，逐步腐败。幕府和诸侯随意发行货币，减少货币中的含金量，幕藩政府中贿赂和无尽（老鼠会）盛行。到了幕府末年，逐渐演变成逐层转嫁经济压力的结构，幕府把财政负担转嫁给藩，藩又转嫁给武士，最后全部压到农民身上。生产力提高了，但利益为少数商人和贵族所得，高级贵族消费了更多的奢侈品，农民的生活水平反而下降，农民暴动急剧增加，农民暴动不仅指向藩当局，也袭击身边的村役人、商人、高利贷者。作为领主统治农民的基层单位的村落共同体，也逐步演变成对抗领主的组织。可以推测，如果没有外来压力和工业革命，日本会演变成与中国古代类似的农业资本主义制度——无用、腐败的贵族阶级在动荡中被消灭，取而代之的是不直接干涉经济运行的小型统一政府，社会阶层不断流动变换，农民工商业者自主经营，通过市场交换物资。
第四节 中日近代历史比较
我们经常说中国有数千年封建社会的历史，但如果仔细观察秦始皇一统天下以后的中国，我们会发现此后的历史缺乏封建社会的最根本特征——人身依附和严格的等级制度。当然，封建制有不同的定义，但如果用西欧、日本、西亚等地的贵族割据封建制来定义封建制的基本特征，再用这个词汇来描述同期中国社会显然不太合适，因此本文认为中国自秦朝统一以后的社会为一种早期农业资本主义社会，只是因为农业生产力在15世纪以前无法突破自然上限，导致社会结构固化，无法持续扩张。
自秦朝统一以来，中国的封建制度基本解体。秦汉两代还保留了一些封建制遗迹，以至于在两晋南北朝期间会有士族这种封建阶层的出现，但在随后的漫长岁月中，封建的遗迹基本消失了。首先身份制度被打破，虽然有“士农工商”的价值取向，但职业间可以自由流动，王子犯法与庶民同罪，除了作为统治象征的皇帝以外，其他人在人格上是平等的。贵族也被消灭了，朝为田舍郎，暮登天子堂，任何人都可以通过科举进入统治阶层，科举制度成了现代公务员制度的前身。人与人之间的关系主要靠经济文化力量而不是靠武力维系，所以军队地位低下，数量少，统治权掌握在由科举产生的文官手中，整个统治机构占人口的比例很低。以晚清为例，按官制，全国的官僚大约只有两万名文官和七千名武官。举人共有一万八千名左右，进士二千五百名左右，北京翰林院的翰林六百五十名左右。所有举人以上的官员和知识分子合计不足5万，即使计算上20倍也就是100万的胥吏和100万左右的乡绅秀才，总数不过200万，而当时的总人口约4亿，是名副其实的小政府大社会。另外，乡绅阶层事实上只是一个过渡的阶层，只拥有豁免了劳役等小小的特权，实际上并未侧身于官吏的行列之中。作为对比，明治初年的日本，总人口约3310万人，国家机器其他的部分不算，光作为统治者的武士就有189万之众，这反映了日本的社会主要是靠经济以外的力量维持的，属于大政府小社会（具体到每个地区而言）。
按照不同的统计口径，武士的数量是不同的。日本的统治阶层是武士—乡士—村役人。武士一般指居住在都市的，不事农业生产的“城下士”。乡士则介于农民与武士之间的阶层，虽承担兵役，但也从事农业生产，有时也把乡士算作武士。村役人虽然属于农民，苗字（姓）带刀的也不少见，虽然农民被禁止带刀。武士的等级分为一门、家老、中老、番头、物头、徒士头、马廻、平士、徒士、足轻、中间、小者。秩禄处分的时候，从一门到平士算作武士，称士族，共有150余万。以下到足轻被称为卒，后来卒被取消，基本原则是世袭的并入士族，一代的归入平民，这样的士族又有30余万。合起来享受秩禄处分的士族189万。由于武士的俸禄是以家为单位发放的，人数包含家属。幕藩的统治机构中还有大量非世袭临时聘用的奉公人，他们不在秩禄处分的对象之列。豪农商人也可以用钱购买中间、小者等轻辈的地位。
幕藩时代的日本，人格是不平等的。上级武士对下级武士，武士对农民、町人有“切捨て御免（斩免责）”的特权，即下级对上级有无礼行为，上级可以斩杀而不承担责任。什么是无礼行为，由武士各自把握，鞠躬不到位都可能被认为无礼。即使没有任何理由斩杀，武士也只承担形式上的处罚。
中国传统社会其实更接近于自由资本主义，与现代工商业资本主义社会不同，它是基于农业的资本主义，可以称为农业资本主义。由于贸易发达、社会稳定，小农户既不需要封建军队保护，也不需要大型组织提供物资和管理，长期的稳定使各层组织提供的服务功能基本转由市场提供，于是中层组织逐渐消亡，中国成为高效率的一盘散沙。在这种结构中地主就是资本家，地主与农民之间是自由契约的经济关系，双方都是自由民，人格平等，土地买卖租借自由。而不是封建领主与农民之间是靠身份等级和军队暴力维持经济来往，禁止土地自由买卖。之所以地主不像资本家，对雇工采取集体劳动、分工协作，定期支付工资的现代资本主义的生产方式，而是由于对于传统农业，集体劳动、分工协作并不能有效提高效率，还要付出管理成本和承担风险，收取地租的方法是效率最高管理方式。这种管理方式其实还保留在现在的资本主义中，如出租车行业。
传统中国的货币权、土地权和政权相辅相成，而不是封建时代的对立。地主、商人、高利贷是中国古代资本主义社会三大主要榨取集团，官僚是他们的政治代理人。早在唐代，中国最后的封建制度——世袭制和门阀制已经解体，社会各阶层可以自由流动。概括的说，主要有四个流动路径：商人—高利贷—地主，文人—官僚—地主，官僚—地主—商人，地主文人官僚。这种社会流动，可以往复循环，没有限制。即使最贫困农民，也有可能通过劳动积累资金，购买土地成为地主。商人、高利贷可以购买土地成为地主，通过科举和献纳制度可以成为官僚，官僚也可以转化为地主并兼营商业。除了科举合格成为官僚的“正途”外，还有“献纳”的“异途”，通过献纳金钱、米等制度成为官僚，如乾隆时代的献纳额：道员16400两，知府13200两，知县4620两，明码标价，童叟无欺。献纳制度打开了地主、商人从政的近道。由于四个流动路径存在，形成了地主、商人、高利贷者、官僚的“四位一体”的统治阶层，保卫中国古代资本主义是他们共同的利益。
而日本是严格的阶级制度，有严格的“士农工商”等级区分，武士是封建的支配阶层，本身还分了20多种等级。各等级是世袭的，不能流动。富农、商人、高利贷即使买入土地，在法律上也不承认。即使拥有土地，也不能提高自己的社会地位，从而进入统治阶层。下级武士也不能获得高的官位。日本的封建社会，货币权和土地权对立，被支配阶级和支配阶级的下层，向上流动的道路是闭锁的，是非常严格的等级制社会。
中国早已具备了资本主义，自由市场的本质特征，各阶层可以自由流动，可以自由从事各种职业，人格是平等的，�