重新招募了神策新军。“时自蜀中护驾，令孜招募新军五十四都，都千人，左右神策各二十七都，分为五军，令孜总领其权。”田令孜在招募新军的同时又对神策军的机构进行了重大变革，将神策军的基础单位变为了“都”。“都”是唐末时期一种新的军事结构，每都千人。较先采用这种形式的是宦官杨复光的军队。“时秦宗权叛岌，据蔡州。复光得忠武之师三千入蔡州，说宗权，稗同义举。宗权遣将王淑率众万人从复光收荆襄。次邓州，王淑逗留不进，复光斩之，并其军，分为八都。鹿晏弘、晋晖、李师泰、王建、韩建等，皆八都之大将也。”杨复光所建立的八都立有军功甚多，如击败朱温等，显示出强大的战斗力。田令孜在蜀地看到这种以子弟建军的模式有很强的战斗力，便效仿建立神策五十四都，用以加强自己的势力。田令孜在蜀地所建的神策五十四都就是后来的神策新军，神策新军的组织结构较以前有了很大变化，每都千人，分为左右，左右神策中尉各领二十七都，左右皆以五军统之。
中和三年（883年）杨复光在克复京城后卒于河中。他所建立的八都被神策军所吸收，成为神策新军中的“随驾五都”。《新唐书》之《田令孜传》：“复光部将鹿晏弘、王建等，以八都众二万取金、洋等州，进攻兴元，节度使牛项奔龙州，晏弘自为留后，以建及张造、韩建等为部刺史。帝还，惧见讨，引兵走许州。王建率义勇四军迎帝西县，复以建及韩建等主之，号‘随驾五都’。”田令孜讨伐王重荣失败后，僖宗再次出幸，护驾的正是王建等人。《通鉴》载：
“邠宁、凤翔兵追逼乘典，败神策指挥使杨晨于潘氏，枉鼓之声闻于行宫。田令孜奉上发宝鸡，留禁军守石鼻为后拒。置感义军于兴、凤二州，以杨最为节度使，守散关。时军民杂揉，锋摘纵横，以神策军使王建、晋晖为清道斩祈使，建以长剑五百前驱奋击，乘舆乃得前。上以传国宝授建使负之以从，登大散岭……三月以严遵美为内枢密使，遣王建帅部兵戍三泉，晋晖及神策使张造帅四都兵屯黑水，修栈道以通往来。”
田令孜失势后，杨复恭成为左神策军中尉。神策新军在其领导下保持了较高的效率和战斗力。神策军在杨复恭主政时，其多以假子担任都将、地方刺史，如杨守贞为龙剑节度使；杨守忠为洋州节度使；杨守信为玉山军使；杨守亮为金商节度使等。这时的神策新军对于在京瓷地区的动乱还是有一定的抑制力的。“六月，以扈跸都将杨守亮为金商节度、京歌制置使，将兵二万出金州，与王重荣、李克用共讨朱玫。”在此战中，保銮都将李挺，扈跸都将李茂贞在凤州击败邠州军，这加速了邠州军的分化，使王行瑜在光启三年正月反正诛杀了朱玫。同年六月，神策新军讨伐凤翔李昌符，后以李茂贞为凤翔节度使。
“天威都头杨守立与凤翔节度使李昌符争道，麾下相殴，帝命中使谕之，不止。是夕，宿卫皆严兵为备。己酉，昌符拥兵烧行宫，庚戌，复攻大安门。守立与昌符战于通衡，昌符兵败，帅麾下走保陇州。杜让能闻难，挺身步入侍。韦昭度质其家于军中，誓诛反贼，故军士力战而胜之。守立，复恭之假子也。壬子，以危驾都将、武定节度使李茂贞为陇州招讨使，以讨昌符。”
李晔继位后，由于杨复恭把持朝政，假子布于天下，李晔对其甚为猜忌，对神策军系统也加以分化。龙纪元年，李晔赐杨复恭假子杨守立李姓，改名李顺节。后又提升其为天武都头、领镇海节度使，后加同平章事。以李顺节对抗杨复恭，加以分化神策军内部。同时，李晔对禁军大肆扩充，其人数一度达到十万。但这些军士多为市贩，不能一战。后又借讨伐河东之名将神策军的统军权交由宰相张浚。“张浚帅诸军五十二都及邠、宁、郁、夏杂虏合五万人发京师，上御安喜楼饯之。”但此次出兵，战前换帅，张浚素与神策军毫无瓜葛。杨复恭手下的这批假子怎能为张浚所用，加上对手李克用沙陀精骑兵雄天下，故而王师大败，军队损失殆尽。
李晔对杨复恭的猜忌并未因神策军战败而减少。大顺二年，李晔出杨复恭为凤翔监军，杨复恭拒不领命请求致仕。他致仕后李晔认为其谋反，从而引发了神策军内部的火拼。
“乙酉，上御安喜门，陈兵自卫，命天威都将李顺节、神策军使李守节将兵攻其第。张绾帅家众拒战，守信引兵助之，顺节等不能克。丙戌，禁兵守含光门，俟其开，欲出掠两市，遇刘崇望，立马谕之曰：‘天子亲在街东督战，汝曹皆宿卫之士，当于楼前杀贼立功，勿贪小利，自取恶名。’众皆曰：‘诺。’遂从崇望而东。守信之众望见兵来，遂溃走。守信与复恭拿其族自通化门出，趣兴元，永安都头权安追之，擒张维，斩之。复恭至兴元，杨守亮、杨守忠、杨守贞及绵州刺史杨守厚同举兵拒朝廷，以讨李顺节为名。”
杨复恭出走后，李顺节又骄横过度，出入以兵相随。遭到了当时左右神策中尉刘季述和西门君遂的猜忌，二人将李顺节斩于银台门。其部下天威、捧日、登封三都大掠永宁坊。景福元年三月，左神策军勇胜三都都指挥使杨子实、杨子迁、杨子钊三人均为杨守亮假子，其知杨守亮必败，遂率其众两万余人降于王建。同年四月，因李顺节的继任者贾德晨对李顺节的死颇有怨言，使得右军中尉西门君遂对其痛下杀手，贾德晨死后，天威军数千骑投奔李茂贞。
从大顺元年开始到景福元年仅三年时间，神策新军便遭受了讨伐河东之败王师损失殆尽；杨复恭致仕使得玉山军与其他神策军火并；天威军李顺节被杀，神策天威、捧日、登封三都作乱；左神策勇胜三都投降王建；继任天威军都将贾德晨被杀，数千骑投奔凤翔。三年来，神策新军可谓是元气大伤。但李晔此时却要以神策军为主力讨伐李茂贞，这无疑是对神策军毁灭性的打击。
这次讨伐凤翔镇的大败，对于神策军来说是一次致命的打击。凤翔李茂贞、邠州王行瑜等看到中央权势己荡然无存，其政治野心大大增强，欲行挟天子以令诸侯之事。遂有乾宁二年王行瑜、韩建要求割神策军镇于己之事；王行瑜、李茂贞领兵进京之举。进而发生的凤翔军与邠州军为争夺李晔而进行的战斗中，神策新军被打得措手不及，几乎没发挥作用便被击溃，只有捧日和护跸二都前来护驾。故而李晔在重组禁军时将军权交由诸亲王手中。
李晔重组神策军并以亲王典军，可见李晔身边已无可信之人，但重组之军又败于李茂贞，仅余两万余人。李晔在此情形之下为华州韩建所欺，驻蹲华州。李晔在华州为韩建所迫，要求解散禁军。李晔此时却丧失了胆气，竟同意了韩建的要求。
“初，帝在石门，数遣嗣延王、通王将亲军，大选安圣、奉哀、保宁、安化四军，又置殿后军，合士二万。建恶卫兵强，不利己，与巨川谋，即上飞变，告八王欲胁帝幸河中，因请囚十六宅，选严师傅督教，尽散魔下兵。书再上，帝不得已，诏可。又废殿后军，且言‘无示天下不广’。诏留三十人为控鹤排马官，隶飞龙坊。自是天子爪牙尽矣。建初惧帝不听，以兵环宫，请诛定州行营将李筠。帝俱，斩筠，兵乃解。”
到了此时此景，李晔真正成了孤家寡人，身边要兵无一名亲卫禁军，唯一能征善战之李筠也被自己处死。神策新军的历史至此也告一段落，这也标志着神策军也即将告别历史舞台。
总的来说，历史上神策军自从天宝十三载（754年）哥舒翰在磨环川设立开始计算，到天复三年（903年）被正式废除，一共经历了149年的历史。在这一百多年的历史中，神策军走过了四个发展阶段，并且在发展的过程中与宦官势力紧密的联系起来，基本上与宦官集团的势力共荣共辱，直至最后的消亡。
第一阶段，神策军初立时期。
神策军最初设立只是一支普通的边军，与唐中央没有密切的联系。而此时的宦官势力也只是刚刚开始崛起，对于唐朝的政治、经济和人事等各种权力基本还没有什么控制力。可以说，在这一阶段中，无论是神策军还是宦官集团的势力都处在草创期，而迎接他们的便是两者发展最大的机遇—安史之乱的到来。
第二阶段，神策军与宦官势力开始结合期，从安史之乱神策军中原赴难开始止于唐德宗兴元年间。
安史之乱的爆发对于神策军和宦官势力来说都是一次大的机遇。对于神策军来说，正因为有了安史之乱才得以从边地开进中原，而此时的宦官集团也由于唐肃宗的信任，势力迅速膨胀，在中央开始出现了擅权的大宦官。也就是在此阶段，宦官势力开始与神策军相结合。宦官鱼朝恩以监军的方式出现在神策军中，意味着神策军与这位代宗时期的权阉有了实质性的联系，而且正因为凭借着与鱼朝恩的关系，神策军才能够进入中央成为禁军。故而从神策军成为禁军的那一刻起，就己经深深的印上了宦官集团的烙印。
在这一阶段，由于宦官势力的支持神策军的发展可谓是及其迅速。通过鱼朝恩，神策军完成了从边军到地方藩镇，由藩镇成为中央禁军进而再次出镇京西的三级跳式的发展。从战斗力层面看，此时的神策军均是身经百战的士兵，拥有很强的的战斗能力。但此时的神策军与宦官集团的联系还不是十分的牢固，没有形成制度化的结合方式。故而在鱼朝恩死后，宦官一度不再掌握神策军的兵权。但这种情况持续的时间并不长，唐德宗试图通过诏令的方式指挥神策军平定藩镇的尝试，没有取得成功，反而使得神策军精锐尽出，京师空虚，几乎颠覆社稷。
第三阶段，神策军与宦官势力紧密结合期，从唐德宗贞元初年起至唐禧宗广明年间长安失守。
自从唐德宗返回长安后，便开始