，领诸路兵马进兵四川，征剿大西军。
三年正月，大明摄政王龙辰又增派靖远大将军朴正恩入川。这样，大西军同时面临故明军队与护龙军主力的两面进攻，局势严重。
三月，故明川陕总督樊一蘅、兵部尚书四川督师王应熊，会师泸州（今属四川），约期进攻大西军。故明参将杨展，亦攻大西军，取嘉定（治今四川乐山），占领川南诸州县。
大西军十余万众试图顺长江东进湖北，遭到阻拦，于彭山（今四川眉山以北）败于杨展，退回成都。五月初五日，朴正恩率部由西安向汉中进发。十八日，护龙军抵鸡头关，击败大西军；及抵汉中，又击溃大西军贺珍营。
二十五日，朴正恩遣麾下数将等分别于汉中、西乡（今属陕西）追击大西军贺珍、孙守法部和刘体纯部。
这时，故明总兵曾英、参将王祥联兵趋成都。在护龙军和明军、乡绅武装的多路进攻下，大西军于七月放弃成都，撤往陕西，“以蹑敌后”。
十一月，朴正恩率部抵四川南部县，大西军保宁（今四川阆中）守将刘进忠归降。
时大西军尚有部众数十万，列营于西充县境。朴正恩以降将刘进忠为向导，自己亲自为先锋，星夜兼程，进击大西军。
二十七日凌晨，护龙军抵西充。时大雾弥空，大西军哨兵报后营路有盔甲声，张献忠谓其煽惑军心，立斩哨兵数人。
不多时护龙军已到，张献忠急率部将出营，至凤凰山。时护龙军已及营门，仅一小溪之隔。张献忠方引弓，却被朴正恩军中火枪手射中，阵亡。
大西军顿时惊溃，护龙军四出追击，破一百三十余营。大西政权亡。孙可望、李定国等收集余部，由顺庆（今四川南充）南奔，后于川滇黔地区坚持抵抗护龙军。
此后，朴正恩乘胜攻入四川中南部之荣昌、隆昌、富顺、内江、资阳、夔州及贵州之遵义等地，至大明摄政王五年（1648年）二月，四川略定，班师回京。
征讨大西的过程中，朴正恩谨慎行军作战的风格得到最大发挥，以步步为营的方阵硬是将张献忠慢慢逼入了绝境，最后也算是张献忠命已该绝，死于乱军之后，看似人数众多的大西军皆是作鸟兽散。
再次向世人证明了，这些看似强大的农民军，不过是乌合之众罢了。
大明摄政王二年（南明弘光元年，1645年），在清灭南明弘光政权之战中，南明弘光朝兵部尚书史可法督率扬州军民抗御护龙军围攻的城池守卫战。
扬州是长江以北的重镇，又是弘光朝廷所在地南京的门户。史可法于弘光元年（1644年）五月始，便着手以扬州为中心的防御。他将高杰、刘良佐、刘泽清、黄得功四部，分别部署于泗州（今安徽泗县）、临淮、淮安、庐州，自驻扬州，节制调遣。此时，护龙军主力正在两路进攻陕西李自成大顺农民军，暂时无暇顾及南方，然而南明弘光朝廷并未如史可法所请，乘机率师北伐，而是忙于内讧火并、争权夺利，把希望寄托于向护龙军求和，南北划江而治。
大明摄政王二年正月，定国大将军冉义率军攻克潼关，破陕之局已定，便奉大明摄政王龙辰之命转兵东南，兵锋直指南明。
与此同时，南明派往北京讲和的使臣左懋第被扣留，南北和议宣告失败。
显然，战争的中心已由西北转向东南。史可法见情势危急，檄招江北各镇支援扬州，仅总兵刘肇基率所部4000人自高邮（今属江苏）入援。
四月十七日，护龙军前锋进抵扬州城郊，集结兵力，搜罗船只。十八日，冉义率主力兵临扬州城下，先派明降将李遇春等劝降，遭史可法拒绝。
护龙军随即发起攻城。史可法泣谕士民，为死守计，督万余官兵登陴分守各门，自守旧城西门险要。刘肇基守西北门。二十二日，总兵李栖凤、监军高岐风率4000余人乘夜出降，使城中守备更加薄弱。二十三日，总兵刘肇基请求，乘敌不备，背城一战，未被史可法接受。
护龙军连日由四面向城中发炮，屡毁城墙。史可法督军民以草袋盛土填障，修补城墙，多次击退护龙军的进攻，杀护龙军数千。同时，史可法血疏告急，请求援兵，不应。
此间，护龙军多次劝降，均被拒绝。二十四日，护龙军从泗州运来红夷大炮。二十五日，冉义集巨炮猛轰城西北隅，城破。护龙军垒尸为梯，蜂拥攀援入城。
史可法被俘，冉义敬重其忠义，命兵士好生看押，不得虐待，送到北京由摄政王龙辰去定夺处置。
这时，孟氏在江南各地的秘密粮库帮了护龙军的大忙，不仅解决了护龙军自身的粮草问题，还能间接地可以拿这些粮草来收买人心。
史可法在守城时曾蛊惑扬州百姓说：城若破，护龙军必定屠城。
然而，在冉义破城之后，并没有行大肆屠戮之举，而是分发军粮给饥荒严重的扬州百姓，史料记载，扬州百姓心服之。而冉义，也因为在对南明作战中的一系列亲民作风，给他赢得了极好的声誉，甚至在后来一度演变成用冉义的肖像做门神的习俗，那一杆长枪，永远矗立在江南百姓心中。
而后来，在大明摄政王龙辰亲自命人修撰的功过录中，就写到了史可法为求一人之名声置千万扬州百姓性命于不顾之事，执笔者深刻剖析了史可法的内心世界，并且将其血淋淋的呈现出来。
据说，这一册内容有人拿给了被看押在北京的史可法看，史可法看了后痛哭流涕，在当夜自尽。
第八章 统一战争（三）
五月初八日，护龙军乘大雾夜渡长江，次日克镇江。
南明沿江守军皆溃。总兵郑鸿逵、郑彩部水师东遁入海，退回福建。十四日，护龙军自镇江南下丹阳，西趋句容，直抵南京城下。大明摄政王二年（1645）五月十五日大臣赵之龙、王锋、钱谦益等献南京城投降；护龙军占领南京。
二十二日，护龙军俘获逃奔芜湖的弘光帝朱由崧。至此，弘光政权亡。南明先后归降者共计马步兵23。8万人。二十四日，冉义抵南京。
六月初五日，大明摄政王龙辰诏令下达江南各处，安稳江南民心，并继续抚剿江南未下城邑。
护龙军自常州、无锡直取苏州，十三日进入杭州。基本平定了江南各部，之后，冉义部重新整合，在江南进行休整，随时准备投入接下来的战事。
大明摄政王三年八月，大明摄政王龙辰命孔有德为平南大将军，率部进攻湖广和广东。十月，大明摄政王龙辰又命佟养甲、李成栋领兵由闽南攻广东。
十一月间，在广东建立了两个南明政权：桂王朱由榔在肇庆称帝，年号永历；唐王朱聿钅粤称监国于广州，年号绍武。二者互争正统，相煎火并。护龙军将领佟养甲、李成栋军乘南明内讧，于十一月下潮州（今广东潮安）、惠州，十二月攻入广州。绍武政权仅存在41天，便遭覆亡。于是，孔有德、李成栋两路大军合攻永历政权。大明摄政王四年（1647年）正月，李成栋军攻占肇庆，连下高、雷、廉三州，尾追朱由榔入广西，攻取梧州。孔有德军于三月攻占长沙，继而连下衡州（今衡阳）、宝庆（今邵阳）、桂阳、武岗、沅州（今芷江）、辰州（今沅陵）等地，占领湖南，并进军广西。
五月，孔有德军进攻桂林，被瞿式耜、焦琏统南明守军击败。十一月，孔有德军又于全州被南明何腾蛟、瞿式耜击败，退回湖南。
李成栋军攻广西亦受挫，退回广东。时大顺农民军余部李过、郝摇旗等与南明联合抗击护龙军，军势大振。
大明摄政王五年（1648年），江西提督金声桓、广东提督李成栋、大同总兵姜壤，先后反叛护龙军归南明，更振南明声势。
护龙军失去赣、粤、晋诸省，朝廷震动。
大明摄政王龙辰令定南王孔有德军于湖广积极动作，并以李九成定远大将军，统兵往湖广，协孔有德部；命吴三桂自锦州移镇汉中，活动于陕川，以为策应；命耿精忠、尚可喜率所部兵各两万，往征广东；同时，命将分路征剿叛军。为征金声桓，大明摄政王龙辰命谭泰为征南大将军，同何洛会、刘良佐等征江西。该部克九江、饶州（今饶阳），围南昌孤城凡六个月，至大明摄政王六年（1649年）正月，用红衣大炮破城，金声桓死。
同月，护龙军攻占湘潭，擒杀明东阁大学士何腾蛟，衡、永、宝、郴等州下。
二月，护龙军突袭江西信丰之李成栋营，李成栋死。
赣、湘失而复得。
对姜壤，赵一名先统兵围大同。随之，大明摄政王龙辰调祖宽部急援大同；六年正月，命大军先讨汾州，后围大同。
四月，复遣诸路援军前往大同。其间，龙辰两次亲往大同，多次谕降大同叛军；
八月，叛军内讧，护龙军入城。山西复平。
广西方面，大明摄政王六年十二月李九成所部先败三路攻全州之南明军，再败道州之南明军，于大明摄政王七年（1650年）正月班师回京。
孔有德军至七年四月间征战于湖南，先后于衡州、永州、武岗、龙虎关战胜南明军。
十一月入严关，攻克桂林。八年（1651年）十二月取宾州（今宾阳）、南宁。广东方向，耿仲明、尚可喜部于六年九月至吉安，后由南雄入广东。在围困广州十个月后，于七年十一月攻陷广州。八年，下肇庆，复雷、廉、潮、惠等府。两广悉平。陕川方面，吴三桂部先下陕西延安、榆林、保安诸城，大明摄政王九年（1652年）二月入川，战胜大西军白文选部，入成都，下嘉定，取重庆。在护龙军进展顺利，节节取胜之际，大西农民军余部，在孙可望、李定国等率领下，积极经营云贵数年，力量壮大。九年初，孙可望迎永历帝于云南府，挟天子以令诸侯。
南明军势复振。三月，孙可望命两路出师，争夺广西、四川。以李定国、冯双礼率兵8万，出湖广，由武岗、全州趋桂林；以刘文秀、卫复臣率兵6万，出川南，由叙州、重庆进围成都。六月，孔有德迎战李定国部于大榕江，迫于其象阵，退守桂林。七月，桂林被李�