此后大海人皇子于飞鸟净御原宫即位，称天武天皇。
天武天皇登基之后，也有过一番作为，首先便是改革官僚机构，畿内出身者供职宫中者首先作大舍人，之后再根据其才能酌情授与官职，同时这个大舍人的资格不仅属于官吏，也向庶民开放。
天武天皇一直实行皇族专权的皇亲政治，没有置大臣之职。与此相对的，在行政机构方面也设立太政官和大弁官并立，授与上层官僚贵族无实权的“纳言”一职，天皇的命令主要通过大弁官向地方传达。
还有，天武天皇统治期间，彻底的实行皇亲政治，天武天皇即位伊始，集众书生于川原寺，修纂经文，于次年任命大来皇女为伊势斋王，恢复斋王制。从天武朝开始有新尝祭和大尝祭的区别，这些都保持到了现在。同时营造高市大寺，建造药师寺，以承父亲舒明天皇之遗愿。
除了修建飞鸟净御原宫之外，天武天皇在难波也建造了宫殿。这个难波的宫殿是仿效大唐等国的复都制所建的陪都。藤原京的建造也是开始于天武天皇时代。
天武天皇四年，天武天皇宣布废除氏上民部、家部之制。凡亲王以下诸臣、寺社所有“山泽岛浦，林野陡地”，一律收公，解放部曲为“自由之民”。废除部曲制，旨在切断民部、家部对氏上的从属关系，转而使之加强与皇室的联系，这是削弱贵族势力，提高皇权的重要步骤之一。
同年，天武天皇还颁布了肉食禁止令，从每年农历的5月3日开始到10月27日之间保护幼鱼、禁止食用五畜之肉。之后的日本除了爱吃鱼肉和海产品之外渐渐养成了不吃畜、禽肉的习惯，直到明治维新之后才有所改变。
同年10月，天武天皇准许诸王以下初位以上的皇族、大臣拥有兵备。
在原本的历史上，新罗统一了朝鲜半岛之后，当即派遣使者来到日本，天武天皇也向新罗派遣遣新罗使，与新罗保持外交联系，因此与当时同新罗对立的大唐断绝外交关系。同年，天武天皇规定畿外的人也可以入京作官，首先作为兵卫负责宫城的警护。
天武天皇七年，天武天皇制定官吏的勤务评定和官位升进相关的考选法。同年，天武天皇整顿食封，凡诸王、诸臣食封，“除以西国，相易给以东”，通过移封削弱贵族在地方的势力。
天武天皇八年，巡幸吉野时，为避免发生皇位继承之争，即曾召草壁皇子、大津皇子、高市皇子、川岛皇子、忍壁皇子等皇子，对天地神祇盟誓，不分嫡庶，效忠天皇，永不悖忤，和衷共济，千载安宁。
天武天皇九年，天武天皇规定贵族享有食封“先后限三十年”。
天武天皇十年，天武天皇于广濑野设行营，亲王以下群卿参加兵备检阅。同年，天武天皇命栗田真人、伊吉博德编纂《飞鸟净御原令》，第二年8月完成，令共二十二卷，律未完成。
此外，在孝德朝、天智朝开创的律令体制，因受地方豪族抵制，长期未能实行，至天武朝始逐渐在全国推行。天武朝也并非依靠专制皇权推行律令体制，主要是由于地方豪族势力日趋衰落，加之，律令制本身并不完全否定豪族对其属民的支配权。实际上，国家只是从制度上使部民、家部变为“公民”，而且，依然是依靠地方豪族保留对其属民的一定隶属关系而实现其统治的。由于豪族的阶级分化，致使其统治区域内的实权逐渐转入中小贵族手中，有可能使中央权力介入。由于实行五十户一里制，当地贵族原有的传统利益仍可维持原状不变，这正是日本律令制本身所具有的双重特性。
天武天皇十二年，天武天皇下令位阶区别的颜色显示由原来的冠的颜色改为朝服颜色。同年，天武天皇取消食封制，见亲王以下诸臣，其食封悉“更返于公”，从而，彻底消除了旧贵族的世袭经济特权。同年，草壁皇子开始辅政，参与编纂律令，并令舍人稗田阿礼等整理《帝纪》、《旧辞》，“消伪定实”，编撰国史，以奠定“邦家之经纬，王化之鸿基”。同年，由朝廷任命僧正，僧都、律师，实行僧纲制度，加强了对僧尼的统一管理。日本最古老的货币“富本钱”也是在这一年开始发行的。
天武天皇十四年，为“更改诸氏之族姓”，天武天皇制定“八色之姓”，即真人、朝臣、宿称、忌寸、道师、臣、连、稻置。通过“八色之姓”，对旧氏族加以调整。“真人”多授予原公姓氏族，“朝臣”多授予原臣姓氏族。旧“连”姓中，五十氏升为第三等“宿弥”，十一氏调为第四等“忌寸”。原属“伴造”级旧族长，亦均纳入氏姓序列。其结果使氏族进一步趋向分化，促使其与皇室之间的从属关系进一步加强。制定“八色之姓”，提高皇族地位，巩固与加强了天皇制专制统治。实行“八色之姓”制度，也是为使旧的氏族制与新的官僚制等级身分相适应的一种尝试。由此可见，可以从具有氏族制与官僚制双重性的侧面，理解日本古代律令制国家的特征。综观律令制国家发展进程，天武朝应属日本律令制国家的创业期或形成期。
为了明确地方的支配体制，天武天皇在位期间还积极推进了地方的行政组织建设。
在天武天皇患病期间，诏谕凡天下之事，不问大小，悉启奏皇后及皇太子。这是他吸取“壬申之乱”教训，担心后事的安排。
天武天皇十四年，天武天皇更改爵位之号，增加阶位等级，扩大冠位至四十八阶。为勤于政务的官人晋升和拨擢有战功的一般官兵提供条件。根据新爵位制，授予草壁皇太子净广，大津皇子净大贰及高市皇子、川岛皇子、忍壁皇子等不同爵位。其他诸王、诸臣亦先后授爵，其中，包括唐人、百济人、高丽人，凡一百四十七人。
同年，下诏诸国：“每家均建佛舍，以便礼拜供养”。宫廷聘奉僧尼，巡幸寺院，供养珍宝。天武朝将宗教纳入国家政治轨道，从而，赋予天皇统治以宗教权威，实为日本天皇神格化之滥觞。
天武天皇还擅长占星术，再加上当时阴阳之道等在律令国家的大唐和新罗也很盛行，受到这些影响，天武天皇设置了占星台和阴阳寮。建造了为祈祷皇后病愈的药师寺。
天武天皇病逝，皇后临朝称制，也就是后来的持统天皇。
纵观天武天皇统治期间的日本，他也称得上是一位比较有作为的君主，特别是对国家的秩序改革方面，他所作出的努力，结束了日本贵族专权，皇权被严重削弱的现状，加强了中央集权，为日后天皇一脉的所谓万世一系，奠定了坚实的基础。
当然这些都只是原本历史上所发生的事情，现在历史已经因为救援百济大败亏输，天智天皇被杜睿一剑砍了脑袋，而发生了巨大的改变。
壬申之乱没有发生，天智天皇的长子甚至都还没来得及出生，天智天皇便在杜睿的手下送了性命，天武天皇登基也称得上是名正言顺，但是此时他要面对的确是一个比原本历史上更为糜烂的国家。
面对着隔海相望的强大帝国，倭国上上下下都是一派惊悚，无论是天武天皇还是那些贵族，他们都知道，一个侵略性极强的大唐帝国是不会轻易放过他们的，报复随时都有可能会到来。
天武天皇在继位之后，也曾尝试着和大唐改变敌对的关系，但是如今三韩已灭，他纵然是想要找人说和都找不到，往大唐派了几批遣唐使，希望可以以请罪的方式，让大唐放过他们这个“蛮夷小邦”，可人还没等上岸，就被大唐的军舰逼了回来。
天武天皇知道，大唐已经断绝了一切和好的可能，等待倭国的只能是大唐疯狂的报复。
一想到这个，天武天皇就阵阵头疼，一个强盛到了极致的大唐，绝对不是他们这个小小的倭国所能对抗的。
天武天皇的皇后是当初抚养他的凡海氏家的女儿，在被带到飞鸟城，继承天皇之位之前，他不过就是伊势海边，一个普普通通的渔民，从来都没有想过，有朝一日能登基成为这个国家的主宰。
登基之后，他也确实曾有过力挽狂澜的伟大梦想，但是面对这个糜烂的国家，面对外部巨大的威胁，他也是无能为力，只能每天躲在里居唉声叹气。
“陛下！阿毕麻吕和村国男依两位大人到了！”
天武天皇的眼睛一亮，急忙道：“快快将他们两人宣进来！”
阿毕麻吕和村国男依两人是天武天皇继位之前，最早追随他的两个家臣，也是落魄贵族出身，两人颇通军略，很有胆识，十分得天武天皇的信任，继位之后，便将两人召入了飞鸟城，担任要职。
都不等两人行礼，天武天皇便急切的问道：“此行如何？”
阿毕麻吕和村国男依两人对视一眼，默默的摇了摇头，这让天武天皇满是期待的一颗心顿时沉了下来。
“他们还是不肯答应吗？”天武天皇的声音都带着点绝望了。
阿毕麻吕闻言，心中也是一痛，眼圈泛红道：“陛下！那些贵族都是鼠目寸光之辈，臣对他们说，陛下要施行军政统一，来抵御唐国，结果那些贵族都为一己之私，担心陛下收缴他们的权利，怎么都不肯将自家的部署交出来，还扬言……”
天武天皇皱着眉道：“他们还说什么？”
阿毕麻吕咬了咬牙，道：“他们说，比起唐国的报复，陛下的手段才更让人担心！”
“混蛋！”天武天皇愤怒了，一脚将旁边的小几踹了出去，大声咆哮起来，“都是一些鼠目寸光之辈，如今唐人的报复就在眼前，他们却依然只顾及着自家的利益，难道他们就要眼睁睁的看着三韩之事，在大和重演一遍吗？”
三韩一战大败，天皇直属的军事力量损失殆尽，如今天武天皇纵然是想要整军备战，可手下居然连一支像样的队伍都凑不出来了，这么窘迫的一位天皇，纵观倭国的历史，也是绝无仅有的了。
像后世那些被公卿，幕府玩弄于股掌之间的天皇，虽然手中没什么权利，但至少表面上还保持着尊荣，现在呢？整个倭国大�
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