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尉迟恭说：“作为人之常情，有谁能够舍得去死！现在大家誓死侍奉大王，这是上天所授。祸事马上就要发生，大王却仍旧神态自若，毫不担忧。即使大王把自己看轻，又怎么对得起宗庙社稷呢！如果大王不肯采用我的主张，我就准备逃身荒野草泽，不能留在大王身边，拱手任人宰割！”
长孙无忌也劝说：“如果大王不肯听从尉迟恭的主张，事情肯定要失败了。尉迟恭等人肯定不会再追随大王，我也应当跟着他们离开大王，不能够再事奉大王了！”
秦王见属下人如此，便说：“我讲的意见也不能完全放弃，明公再计议一下吧。”
尉迟恭说：“如今大王处理事情犹豫不定，这是不明智的；面临危难，不能决断，这是不果敢的。况且，大王平时畜养的八百多名勇士，凡是在外面的，现在都已经进入宫中，他们穿好盔甲，手握兵器，起事的形势已经形成，大王怎么能够制止得住呢！”
秦王随即征求秦王府幕僚们的意见，大家都说：“齐王凶恶乖张，是终究不愿意事奉自己的兄长的。近来听说护军薛实曾经对齐王说：‘大王的名字，合起来可以成为一个唐字，大王终究是要主宰大唐社稷。’齐王欢喜地说：‘只要能够除去秦王，夺取东宫太子之位就易如反掌了。’他与太子谋划作乱还没有成功，就已经有了夺取太子之位的心思。作乱的心思没有满足，又有什么事情做不出来呢！假使这两个人如愿以偿了，恐怕天下就不再归大唐所有。以大王的贤能，捉拿这两个人就如拾取地上的草芥一般容易，怎么能够为了信守匹夫的节操，而忘了国家社稷的大事呢！”
秦王仍然没有决断，大家又问道：“大王认为舜是什么样的人呢？”
秦王答道：“是圣人。”
大家便说：“假如舜帝在疏通水井的时候没有躲过父亲与弟弟在上面填土的毒手，便化为井中的泥土了；假如他在涂饰粮仓的时候没有逃过父亲和弟弟在下面放火的毒手，便化为粮仓上的灰烬了，怎么还能够让自己恩泽遍及天下，法度流传后世呢！所以，舜帝在遭到父亲用小棒笞打的时候便忍受了，而在遭到大棍笞打的时候便逃走了，这大概是因为舜帝心里所想的是大事啊。”
秦王于是命人算卦以卜吉凶，恰好秦王府的幕僚张公谨从外面进来，便将占卜的龟壳夺过来扔在地上，说：“占卜是为了决定疑难之事的，现在事情并无疑难，还占卜什么呢！如果占卜的结果是不吉利的，难道就能够停止行动了吗？”
秦王于是便定下了行动计划，先是命令长孙无忌秘密地将房玄龄等人召回，房玄龄等人不答应回秦王府，说道：“陛下敕书的旨意是不允许我们再事奉大王的。如果我们现在私下去谒见大王，肯定要因此获罪而死，因此我们不敢接受大王的教令！”
秦王发怒，对尉迟恭说：“房玄龄、杜如晦难道要背叛我吗！”
他摘下佩刀交给尉迟恭道：“明公前去察看一下情况，如果他们果真没有回来的意思，可砍下他们头回来见我。”
尉迟恭前去，与长孙无忌一起明示房玄龄等人说：“大王已经将行动的计划决定下来了，众位明公应该速去秦王府中共议大事。我们四个人不能在街道上同行。”
于是命令房玄龄和杜如晦穿上道士的服装，与长孙无忌一同进入秦王府，尉迟恭则经由别的道路也来到了秦王府。
六月初三己未日，太白金星再次在白天出现在天空正南方的午位。傅奕秘密上奏道：“金星出现在秦地的分野上，这是秦王应当拥有天下的征兆。”
高祖将傅奕的密奏给秦王看，于是这样，秦王乘机秘密上奏父皇，告发李建成和李元吉与后宫的嫔妃淫乱，而且说：“儿臣丝毫没有对不起皇兄和皇弟，现在他们却打算杀死儿臣，这简直就像要替王世充和窦建德报仇。如今我快要含冤而死，永远地离开父皇，魂魄归于黄泉，如果见到王世充诸贼，实在感到羞耻！”
高祖望着秦王，惊讶不已，回答道：“明天朕就审问此事，你应该及早前来参见朕。”
张婕妤暗中得知了秦王密奏的大意，急忙告诉李建成。李建成将李元吉召来商议此事，李元吉说：“我们应当管好东宫和齐王府中的士兵，托称有病不去上朝，以便观察形势。”
李建成道：“宫中的军队防备已很严密了，我与皇弟应当入朝参见，亲自打听消息。”
于是二人决定先入大内皇宫逼高祖表态。不料在宫城北门玄武门执行禁卫总领常何本是太子亲信，却被秦王策反，因此宫中卫队已经倒向秦王，李建成和李元吉却不知道，还以为宫中都还是自己人。
六月初四庚申日，秦王亲自率领长孙无忌、尉迟恭、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝等人入朝，并在玄武门埋下伏兵。
李建成、李元吉二人不知底细，也一起入朝，骑马奔向玄武门。此时，高祖已经将裴寂、萧瑀、陈叔达、封德彝、裴矩等人召集前来，准备查验这件事情了。
李建成、李元吉来到临湖殿，察觉到了变化，立即掉转马头，准备向东返回东宫和齐王府。秦王跟在后面呼唤他们，李元吉心虚，先张弓搭箭射向秦王，但由于心急，一连两三次都没有将弓拉满，箭没有射中。秦王却搭弓射向建成，将他射死了。
尉迟恭随即带领骑兵七十人相继赶到，他身边的将士用箭射中了李元吉，使其跌下马来。可就在此时，秦王的坐骑受到了惊吓，带着世民奔入玄武门旁边的树林，又被林中的树枝挂住，从马上摔下，倒在地上，一时爬不起来。
李元吉迅速赶到，夺过弓来，准备勒死秦王，就在这时尉迟恭跃马奔来大声喝住了他。李元吉知道不是对手，赶紧放开秦王，想快步跑入武德殿寻求高祖皇帝的庇护，但尉迟恭快马追上他，放箭将他射死了。
太子李建成的部下、翊卫车骑将军冯立得知李建成身死，叹息道：“难道能够在太子生前蒙受恩惠，而太子一死便逃避祸难吗！”
于是，他与副护军薛万彻、屈直府左车骑谢叔方率领东宫和齐王府的精锐兵马两千人，急驰赶到玄武门，准备为太子和齐王报仇。张公谨膂力过人，他独自关闭了大门，挡住冯立等人，冯立等人无法进入。云麾将军敬君弘掌管着宿卫军，驻扎在玄武门。他挺身而起，准备出战，与他亲近的人阻止他说：“事情未见分晓，姑且慢慢观察事态的发展变化，等到兵力汇集起来，结成阵列再出战，也为时不晚。”
敬君弘不听从，便与中郎将吕世衡大声呼喊着向敌阵冲去，结果全部战死。把守玄武门的士兵与薛万彻等人奋力交战，持续了很长时间，薛万彻擂鼓呐喊，准备进攻秦王府，将士们大为恐惧。
此时，尉迟恭提着李建成和李元吉的首级给薛万彻等人看，东宫和齐王府的人马顿失战心，迅速溃散，薛万彻与骑兵数十人则逃入终南山中。
冯立杀死敬君弘后，对部下说：“这也可以略微报答太子殿下了。”于是，他丢掉兵器，落荒而逃。至此，政变以秦王的胜利而告终。
当然，这些都是历史的记载，但历史上真正曾发生了什么，谁都不知道，后世也曾有不少专家学者跳出来，为李建成翻案，但是无论如何，人们更多还只是记住了，玄武门的胜利者太宗皇帝，随后开场了华夏历史上最为辉煌的贞观盛世，以及在这里曾经死过一位太子和一位亲王。
在其后，贞观二十三年，侯君集欲与晋王李治谋反，结果并未至玄武门，便被杜睿给扑灭了，如今时间有跨过了十年，关乎着大唐江山社稷，和华夏气运的大事，又将在这里展开。
此刻驻扎在玄武门的正是左屯卫军的一部人马，统领便是化名田魁的山田魁。
天草四郎和山田魁一到，便迅速吩咐了身旁新选组的人，接管了防卫，那些兵卒不明所以，但是见上官到此，也不敢多言。
山田魁将属下全都召集起来，大声道：“宋国公杜睿谋逆，欲趁圣上病重之时，发动兵变！尔等深受皇家大恩，往日里圣上待尔等不薄，今日可死守玄武门，抵挡杜睿叛军，报答圣上大恩！”
将士们闻言，都是大惊失色，他们这些人大半都曾参与过杜睿西征，兵伐大食的战争，对杜睿是十分敬佩的，此刻听山田魁说杜睿居然要谋反，第一个反映就是不信。
山田魁将将士们的反映都看在眼里，接着又道：“中书令田大人可以作证，杜睿的军马已经到了承天门，此刻正带着兵马往玄武门而来，若是被他进了玄武门，不但圣上遭难，大唐江山也要面临倾颓，乘此非常时刻，望诸位将士以江山社稷为重，戮力杀贼！”
早有被山田魁安插在军中的眼线，趁机鼓噪了起来：“既然是田大人作证，当是实情，我等可严守玄武门，等待圣上和皇后娘娘查明实情，再做区处！”
其余那些倭人也纷纷鼓噪了起来，众将士不辨真伪，一时间也只得依从。
天草四郎见山田魁已经安抚了众将士，忙将山田魁拉到了一旁，道：“事情紧急，此处由我坐镇，你可去寻武懿宗，逼他同行大事！”
山田魁也不敢怠慢，急匆匆的去了。
另一边，杜睿已经到了承天门，此时在承天门驻守的正是李业诩，他也知道杜睿不日即将归来的消息，又得了李承乾的圣旨，便终日在此看守，生怕手下人误事。
此前天草四郎和山田魁要进宫，李业诩本来不愿放行，但是天草四郎手中拿着武京娘的手令，他也是无可奈何，正在一旁咒骂天草四郎小人得志，便听属下来报，说是又有军马叩门。
李业诩急急忙忙的上了城墙，见下面果然来了一哨人马，便高声喊道：“何处来的军马？胆敢兵临承天门，可是要造反不成！”
杜睿在城下听到是李业诩的声音，登时心中大喜，忙道：�