另外一个值得关注的问题就是，目前实施的垂直管理体制，把变动的重点几乎完全置于权力的切割和转移上，而少在体制、机制、环境和内涵逻辑方面做文章，也可以说，垂直管理所变革的只是权力所属关系而已，而对障碍和困扰政府的真正问题则基本没有触动。坦率地说，在一个多层级的、中央与地方、上级与下级多重嵌套的政府结构中，所谓的上下级关系是高度可变的，因此一些困扰中央政府以至于不得不采取垂直管理方式试图解决的一些难题，其实也是困扰高层级政府的难题，因此，采取权力归属上收的方式解决问题，无异于开启了各级政府随意变动所属政府间关系的大门，显然这会给一些不当的政府行为提供方便。因此，这不应当成为改革的重点。
在中央政府的政策水平没有得到根本性提高的情况下，通过中央政府垂直管理方式而实质性地推行全国统一政策，在有些情况下，可能反而不利于事务的处理。这样的垂直管理不仅是多余的，更是负面的。之所以出现这种情况，原因在于，中国是一个超大、超复杂的政治体，而又实行高度统一的中央集权体制，全国一盘棋，统一政策、统一步骤。但通常的情况是，中央政府制定的政策需要地方政府因地制宜地细化和具体执行，因此地方政府实际上是部分地参与了中央政府的政策制定，分享了中央政府的权力。中央政府之所以把政策制定权部分地让渡给地方政府，是由于仅凭自身的知识和智慧，是无法制定出既覆盖全国、同时又具备细致的、可操作的政策文件来的。因此，在中央政府政策制定水平还不足以达到既宏观又微观、既原则又具体的水平的情况下，发挥地方政府对中央政府政策制定完善的补充作用，对中国政府政策制定和执行水平的提高，是有着重要的促进作用的。从这个角度出发，凡是有助于地方政府参与中央政府政策制定和完善过程的管理方法，就是好方法；反之，那些或明或暗地排斥和阻碍地方政府进入中央政府政策制定过程的方法，肯定是不利于政策的制定和执行的，因此不是一个解决中央与地方关系的好方法。
当下，各权力部门实施垂直管理的呼声一浪高过一浪，越来越多的职能部门已经或正在努力争取挤进垂直管理的行列。
当前正在争取垂直管理的部门还有：监察、公安、检察、劳动保障、计划生育等。而在去年上海社保基金案被披露后，有关学者也呼吁高层对省级以下社保经办机构进行垂直管理。记者还注意到，哪个领域问题突出，哪一项工作推进遇阻，就有人提出对该领域实行垂直管理。比如，前不久，某县的文物保护工作推动不力，人们马上开始热议文物保护部门也该实行垂直管理。垂直管理已经被视同抗地方干扰的灵丹妙药，也从另一个侧面宣告了某些行业部门在面对地方政府干扰时的无能为力甚至束手无策。
按照垂直管理设计、推行者的良好意愿，将权力部门进行垂直管理后，就可以有效解决地方保护主义的泛滥，使有法不依、滥用职权的状况得到改善甚至杜绝。
垂直管理真能顺利取得预想的效果吗？
难破地方保护迷局
从垂直管理部门的运作效果来看，首先并没有有效地破除有着深刻的社会和制度背景的地方保护主义。
垂直管理部门难拒地方“勾兑”。为了完成上级下达的各项考核指标，地方政府会想尽一些办法来完成。比如，为完成经济考核指标、增加GDP，有的地方往往重招商轻审核，从而导致污染企业来了，生产假冒伪劣产品的企业也来了；地方政府往往还会为这些企业的进入大开绿灯，会主动为这些企业协调与实行垂直管理的监管执法部门的关系。
利益制约难破地方保护。尽管实行垂直管理的执法部门其人、财、物都不由当地政府管辖，但毕竟是在人家的“一亩三分地”上，与当地存在着千丝万缕的联系，不可能在执法中做到真正意义上的超脱。即使实行了垂直管理，也不敢轻易得罪地方政府，地方保护主义依然存在。
此外，垂直管理部门的许多工作人员基本上都生在当地、长在当地，中国又是一个特有的人情关系社会，在当地执法、查处违法违轨行为时，很快就会有七大姑八大姨前来说情，最后不免大事化小，小事化了。
有了这样的社会和制度背景，尽管工商、质监、药监等权力部门实行了垂直管理，但因破解地方保护主义不力而导致的监管乏力，使得近年来各地出现了大量假冒伪劣产品事件，如“红心鸭蛋”事件和阜阳劣质奶粉事件等。
现实中地方政府有滥用权力的问题，那么，我们应该在对权力的监管上下工夫，要努力通过变革制度安排，使地方政府不敢、也不能再滥用权力，而不是一味地上收权力。对权力部门大量实行垂直管理后，地方政府与垂直管理部门的搏弈结果，最终不过就是两者形成相安无事、互不干涉的局面。实行垂直管理就可以破除地方保护的良好愿望，就这样被巧妙地化为了无形。
都“垂直”了，地方政府还能干啥？
在某省人代会上，不少市长牢骚满腹，对一些权力部门热衷于实行垂直管理表示强烈不满。一位即将退休的工业大市市长直言不讳地说：“地方政府本来承担的政治经济社会发展的责任就大，工商、质监、税务等一些重要权力部门实行垂直领导，就等于把地方政府的权力削弱了，责权不对等，以后还怎么有效开展工作？地方政府到底该干啥呢？”他认为，不少经济执法部门实行垂直管理后，向中央要来了独立的执法权，有的尚能公正执法，而有些却把独立的执法权当成交易的筹码，与不法经济行为的实施者讨价还价，地方政府无法对其进行监管，从而导致地方经济发展环境的恶化。
垂直管理部门越来越多，把权力都收上去了，地方政府就象个收发室，地方政府的人权、事权和财权不对等，出现了“中央点菜、地方埋单”和基层政府“财政空转、负债运行”等权力与责任相脱节的现象，地方政府想干点事情很难。
中央不断的强化直管力度，实际上表明了对地方政府的不满和不信任。市场不规范、权力腐败现象普遍并非完全是地方政府的责任，其原因很复杂，根本上是体制的问题。但现在中央似乎把责任全部推给地方政府，地方政府自然会感到委屈和不满。
用垂直管理来破除地方保护主义是建立在对地方政府不信任的基础之上的。破除地方保护主义，解铃还需系铃人，为何不从剖析地方保护主义产生的根源入手来研究解决的办法呢？建立科学的考核地方政府的机制，合理划分中央和地方的职责和权限，迫使地方政府正确履职，恐怕比单纯通过实施垂直管理来掏空地方政府要好得多。
难敌权力腐败
用垂直管理来制约地方政府滥用权力，其实也就是期待用一个更高级别的权力，来制约可能被地方政府滥用的权力。似乎有了更高行政级别的权力、有了钦差大臣的地位后，就可以解决这个问题了。
然而现实却让人大跌眼镜。垂直管理部门频频发生的腐败案件一次又一次告诉我们：不论何时何地，权力的天生属性都是一样的，分到地方的权力可能被贪腐势力收买，垂直到中央的权力，也可能被贪腐势力收买。理论上讲，垂直管理，权力越集于一端，持权柄者就越发地好操弄，寻租也就更便捷了。
对各垂直部门来说，当他们作为地方政府职能部门时，尚会受到当地党委、政府、人大、纪委等的制约；垂直管理后，这些制约没有了，而代之以下管一级的模式。这尽管加快了上下信息传递的效率，但作为上级部门，远在几百里甚至几千里之外，对下级管理最致命的弱点，就是鞭长莫及。
“山高皇帝远”的宽松氛围，使各级各垂直部门的一把手成为说一不二的家长，一旦一人腐败，往往多年不会暴露，形成从上到下的“一窝烂”。税务、工商等实行垂直管理的部门多次爆出惊天腐败大案，其原因即在于此。
权力只要缺乏监督、缺乏制约，无论在哪个领域都会发生腐败。所以，在2006年8月的广州市“廉政文化周”期间，海关、地税、国税等廉政“高危行业”的500名青年公务员宣誓“以后当了官，永不贪污！”。这些垂直管理部门之所以被称为廉政“高危行业”，就在于手握重权的垂直管理部门容易滋生贪污腐败。
垂直管理部门的独一无二性，还使得他们可能将控制公共资源配置闸门的开关权，变成要挟他人的筹码，从而产生腐败行为。
事实证明，若不能真正束缚住权力本身，任何权力都是靠不住的。
垂直管理不是通行证
垂直管理只是权宜之计，真正解决部门管理与地方管理之间，即“条块”之间的矛盾，理顺中央和地方的关系，长久之计在于通过立法的形式合理划分中央和地方之间的职责权限。
当下我国的改革已经进入深水区，几乎都牵涉到中央与地方关系的层面。中央政令难以贯彻、地方保护主义盛行，已经影响到法律的实施和中央的权威。地方保护主义往往以放宽中央法律、政策底线谋求地方利益，从而贯彻执行中央的法律、政令不力，甚至上有政策、下有对策；有令不行、有禁不止；无视上令、公然违法等现象屡见不鲜。
为保障政令畅通，破除地方保护，提高行政效率，实行垂直管理就成为惯性选择。但效果如何呢？
垂直管理的弊端，部门与地方政府须明确责任
强化部门垂直管理可以有效避免地方政府的干扰，保证“上传下达、政令畅通”，同时有利于资源配置。但也存在潜在的弊端：容易强化部门利益，滋生腐败；架空地方管理；造成条块分割，部门职能交叉�