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两个特委，一个有中央驻北方代表支持，一个有陕西省委支持。虽然1935年2月举行了联席会议，成立了统一的西北工作委员会，但无法定出明确的领导人。中共中央驻北方代表孔原当然支持陕北特委的工作。派朱理治到陕北，就是开展反右倾取消主义及右倾机会主义的斗争，解决右派问题。主要针对陕甘特委。认为陕甘特委有右派混入，企图推翻陕北已经开始执行的中央路线。
朱理治到陕北永坪镇后，先是发现扩红推不动。派到地方去搞分地的同志被撤了职。高岗讲陕北地广人稀，文化落后，群众不要土地。继而有人报告，地主富农到处告状，还有人在大会上公开骂群众是土匪。报告说陕甘边特委没有做党、团、工会工作的干部；几万平方公里苏区内只有300个党员；有6个县的苏维埃内根本没有一个党员。非党员实际领导了南区十几个县的分区委，国民党的公安局长甚至做了苏维埃主席。陕甘特委所在地的保卫队内不知有党，是哥老会的把子团占据领导权。
这个报告对一直在白区工作、刚刚进入根据地的朱理治来说，影响十分重大。看过报告的其他党、政、团、工会的同志也极为震动。朱理治由此相信了来前中央驻北方代表孔原的断言：陕甘边确有右派，不开展斗争，会犯大错误。他立即写了一篇《打倒右倾取消主义为列宁主义中央路线而斗争》，同时派人前去陕甘边反右倾取消主义。
就在此时红二十五军到陕北。他们还带来另一个新情况。在陕南时，他们也听到陕西省委为右派把持。从俘虏的杨虎城警卫旅长张汉民口中得知，陕西省委派了许多人到红二十六军。这个张汉民本是地下党员，红二十五军不知道，把他错杀了。
二十五军听到的消息使朱理治更加自信。徐海东他们过去和陕北完全没有联系，毫无利害冲突，现在也听说此讯，很可能二十六军真的混入了反革命，要立即搞清。
9月17日，中共西北工作委员会和随二十五军来的鄂豫陕省委在永坪镇召开联席会议，决定以朱理治、程子华、聂洪钧等组成中共中央代表团；成立中共陕甘晋省委，朱理治任书记，郭洪涛任副书记，聂洪钧任军委主席。
9月21日，中共陕甘晋省委发出指示，决定建立政治保卫系统，颁布赤色戒严令，实行肃反。
肃反由谁主持呢？站出来一个戴季英。
红二十五军参谋长戴季英曾是鄂豫皖苏区保卫局审讯部长，还带有一些原保卫部门的干部。朱理治提议叫戴做保卫部长。
徐海东反对，说戴意识不好。
徐海东如此说，因为有切身体会。
1932年11月，在二十五军七十四师当师长的徐海东正准备找干部研究作战问题，师政委戴季英却下令将七十四师二二〇团的政委、参谋长等49名干部抓起来了。徐海东大吃一惊，连忙去找政委，
问：这是怎么回事？他们犯了什么错误？
答：这还不知道？是肃反！
又问：他们打仗都很勇敢呀！
答：那是伪装得巧妙。
问：都有口供吗？
答：你不懂肃反的事。真正的反革命，没有说实话的。不吐口供，更证明他们是死心塌地的反革命，不愿供出他们的组织关系。
问：这么多干部，不可能都是反革命吧？
答：我是省委常委，又是政委，肃反是我的事，你不要多过问。
49名干部全部被杀掉了。
当时四方面军主力已经突围转移，但遗留下来的肃反扩大化，仍然搞得人人自危。当时鄂豫皖苏区流传一段顺口溜：“天不怕，地不怕，就怕保卫局找谈话。”被保卫局找去谈话的人，十有八九没有好下场，轻则被关，重则被杀。
虽然徐海东反对，戴季英还是做了保卫部副部长，代理部长职务。朱理治同时指定，后方肃反由郭洪涛领导，因他是本地人，熟悉情况；前方肃反由聂洪钧领导，因他曾在赣东北搞过肃反。
戴季英轻车熟路地干开了。
鄂豫皖的肃反经验就是用刑。刑讯之下，很快就招出了刘志丹、高岗等13人。
再审，又招了。被审人用刑后都讲刘志丹、高岗等人是反革命。
向上的报告却说被审人未经拷打。
省委有怀疑，问：为什么审讯不让负责后方肃反的郭洪涛参加？
戴季英胸有成竹，答：按照鄂豫皖保卫局规定，审讯只能由军委主席一人参加，省委书记不能参加。
军委主席聂洪钧在前方，根本无法参加。
郭洪涛不信招出的口供。他很肯定地说：“刘、高不是右派。”“杀了我的头也不信。”他在陕北工作多年，说出的话自有权威。
但戴季英在不停地审，口供在不停地供。看到口供越来越多，郭洪涛虽仍有怀疑，也不敢再多说什么了。
此前未在根据地工作过的朱理治，根本不知道苏区肃反这一套。他听信了戴季英，觉得问题严重。
戴季英主张立即抓捕刘志丹、高岗。
朱理治犹豫不决，感到问题太大。刘志丹是创造苏区、创造红军之人，说他反革命，怎么解释？
戴季英振振有词。他以苏区中处理的季振同、旷继勋、许继慎等为例，说这些人创造苏区、创造红军为的是消灭苏区、消灭红军。
事情至此，朱理治便与郭洪涛商议，在刘志丹回来后把他软禁在省委机关。又叫戴季英起草一信，叫前方注意防备。戴将信写好后，未给省委看便直接送出。
那封信是保卫部签发的命令，抓捕二十六军营以上干部。
10月6日，陕甘晋省委保卫部以开会为名，将刘志丹骗回瓦窑堡逮捕“审查”。
前方开始按照保卫部的意见捕人。
面对着肃反运动一天一天扩大，红军里军心浮动，谣言也乘机传播开来，说红二十五军是杨虎城化装进来的假红军，专为制造内部的混乱。
说二十五军是假红军，令徐海东相当恼火。他曾经被人说成是假党员，几乎掉了脑袋。
1933年4月，鄂豫皖苏区规定，凡是在白区入党的人，都要填一份入党登记表，说明何时何地入党，介绍人是谁，现在何处。说不清入党介绍人现在何处、又找不到其他人证明入党，就定为混入党内的假党员。轻则清洗出党，重则被抓被杀。
徐海东也收到了这份登记表。他是1925年4月在武昌打工时由地下党员吝积堂、李树珍介绍入党的。两位入党介绍人一个在广州暴动中牺牲，一个下落不明，再无人可以证明他入党的情况。他陷入了被怀疑的困境。后来只因他作战异常英勇，红军中极需要这样的军事干部，才勉强过关。他后来在《生平自述》中说，沈泽民、徐宝珊“两个人对我从政治上肯定下来，才使我的生命有了保证”。
现在他率领的整个队伍都被说成是假红军，心中的愤怒可想而知。
前方部队开始杀人。
这时朱理治在后方开始发现有问题。他连续几天亲审已有口供的7个人，这些人完全看鞭子和脸色说话。于是他用省委名义拟了一个自首条例：诬陷了人要枪毙，隐瞒了人也要枪毙。
条例一出，开始讲老实话了。都说刘志丹、高岗不是右派，在口供上签了字。这才发现有可能搞错了，朱理治赶紧叫郭洪涛到前方，停止捕人杀人。
郭洪涛到前方找到了程子华，程当即找了保卫科长，命令不许再捕人。
前后方在刘、高不是右派这点上，已基本统一了。
这里出现了败笔。本来觉察到肃反搞错了，就应该马上甄别，迅速放人。但没有这样做。
没有放人的理由有几个。整肃方是戴季英态度蛮横，不同意放。被整方是高岗态度蛮横，怕放出来不好收拾。一拖再拖，错过了时机。
但主要领导人朱理治决心不坚，应是主因。
情况并不很明之时，肃反决心下得过快，情况已经很明显了，结束肃反则前忧后虑，踌躇不决，朱理治为此付出了相当沉重的代价。不仅被说成是王明在陕北的代表，阴谋陷害高岗、刘志丹，还说他拒绝迎接北上的中共中央和中央红军。
后一个指责最要命。不愿让中央到陕北，比肃反扩大化不知要严重多少倍。
程子华在回忆录中详细回忆了这一段：
劳山战斗缴获了敌军一份文件，内容有：中央红军主力北上到甘肃省武山县西南。前方负责同志们给朱理治同志写信，并附缴获的文件，建议红十五军团到关中苏区去欢迎中央红军。朱理治同志把前方来信和敌军文件给我看，征求我的意见。我看后对朱理治同志说：“敌军文件是一个多月前的，中央红军要来关中苏区的话，已经来了，用不着我军全部去；要是没有来关中，那就是到别处去了，十五军团去欢迎就会扑空。十五军团远去关中，来回要一个多月，敌军会乘虚占领永坪镇，苏区就困难了。不如十五军团继续向南打，调动西安敌北援，以此配合中央红军的行动。同时，十五军团在苏区边沿，敌军就不敢占永坪镇。”朱理治说：“我考虑一下答复你。”过了两天，朱对我说：“戴季英同意你的意见，我也同意。你去前方与同志们开个会，把后方同志们的意见转告他们，征求他们的意见。”我同意了。但我的伤还未好，是睡在担架上抬到前方的。到前方后，与徐海东、刘志丹、聂洪钧、高岗、郭述申等同志开会，转达了后方同志们的意见，前方同志同意后方同志们的意见。1954年，彭德怀、马明方同志在北京饭店召开西北问题座谈会时，我在会上把这个情况讲了，并说：“这是作战方针问题，不是不欢迎中央和毛主席。如果说作战方针错误，我负责。因为是我提出来的，前后方同志们同意的。”我的话在那次会上没有人提出反对意见。
程子华1954年在西北问题座谈会上就这样讲，实在难得。我们就是因为少有程子华这样直露真情的人，使多少不应陷