大多数研究尼采的学者都认为，尼采最后几个月（以及最后几年）所写的文章精细敏锐，这证明当时他可能没有受到梅毒的影响。学者克劳迪亚·克罗馥（Claudia Crawford）有篇文章讨论尼采最后几年的著作，很能代表这方面的见解。她认为尼采最后几年的著作数量超越以往，尤其是1888年最后一季，在《偶像的黄昏》（Twilight of the Idols）、《反基督》（The Antichrist）、《瞧！这个人》（Ecce Homo）、《瓦格纳事件》（The Case of Wagner），以及他的笔记和书信中，都看不出“夸大狂和即将疯狂的症候”，或是“退化疯狂的迹象”，＇7＇只觉得他神志清醒，其作品有种伟大风格，充满预言和启示。尼采的文章是要实行他破坏两千年来反自然的计划，扮演“在心理学上与耶稣及苏格拉底同等地位的救世主”。＇8＇尼采对于人性的要求是有史以来最艰巨的：“企图提升人性，包括不断破坏所有退化和寄生的东西。”他拥有和表达出来的“意志力量”，是前人所不及的。
尼采（2）
不过，梅毒教科书也告诉我们，在麻痹性痴呆发作之前最后神志清醒的阶段，可能出现的迹象是有神秘的洞察力、以救世主自居的预言能力、浮夸的自我定义、清晰明澈的表达力和相当无法抑制，不过大部分时间还是保持精确细致。这么说来，他最后的著作超然卓越，与他即将被麻痹性痴呆所毁灭，两者间并没有不符或是互相冲突之处。尼采最后的著作一再表现出紧紧控制住能量与内在爆发力的影像。自传《瞧！这个人》最后一章“为什么我是命运之神”，宣告会出现危机，全世界大火蔓延数十年，前所未有的战争，并且确定尼采这个名字将与这些都有关系：“我不是哲学家，我是具有潜在危险的人！”他的才智似乎无边无涯。1888年12月18日，尼采写信给朋友卡尔·富克斯（Carl Fuchs）说：“从九月到现在，这几个月我所知道的事情比以前更广泛。最令人吃惊的工作，也简单得像游戏；我的健康就像天气一样，一天比一天好，感觉有无穷的才智与坚定。我无法告诉你做完多少事情──每件事情我都结束了。未来几年，这世界将会重新开始：因为旧的上帝已经退位，我将从现在开始统治世界。”＇9＇圣诞节那天，他承诺在两个月内成为全世界最有名的人。他认为自己是即将爆炸的机器，托马斯·曼（Thomas Mann）形容尼采当时才智激增，就像是“被狂喜入神下了咒”。＇10＇卡尔·雅斯贝尔斯描述说，这些最后的著作有一种神秘的光，一种危险的战栗。＇11＇由于尼采一生所出版的书籍，在他生前只卖出几百本＇12＇，他最后的宣言似乎太过浮夸。但是他对于西方文化各方面都有深远的影响，所以我们要问，他的极端自我夸大是否另有未被证实的隐情。
弗洛伊德称赞尼采最后著作的成就时，知道麻痹性痴呆的影响。1908年10月28日，维也纳心理分析学会在当天晚上开会，纪念尼采遗著《瞧！这个人》出版。弗洛伊德说（奥托·兰克记录在《会议记录》中）：
尼采患有脑梅毒。他的兴奋之情美丽地开展，不断扩展。不过，这样就太简化问题了。麻痹性痴呆是否与《瞧！这个人》的内容有关，这是相当存疑的。麻痹性痴呆曾经侵袭伟大的天才，在疾病发作前的短短时间内，完成相当不凡的成就（莫泊桑）。尼采这部作品相当令人佩服，应该视为大师杰作好好保存。＇13＇
弗洛伊德说，疾病成为尼采的宿命。（托马斯·曼更进一步指出：“他的天命就是他的天才。但是，他的天才还有另一个名字：疾病。”＇14＇）弗洛伊德继续指出：“尼采内省反思所达到的程度，可说是空前绝后……最基本的因素还是必须加上去：麻痹性痴呆在尼采生活中所扮演的角色。麻痹性痴呆形成一种松开的过程，使得他有能力看透各种层次，并且认清最基本的直觉，达到非凡的成就。他以这种方式，将脑梅毒的特性转变成为科学服务。”＇15＇阿德勒（Alfred Adler）也同意：麻痹性痴呆的人可能有非凡的成就。
尼采在精神病院可以认出母亲弗兰齐斯卡（Franziska），她与奥弗贝克安排尼采从维勒的诊所转到耶拿大学的心理诊所，以便就近照顾。诊所的主管施图茨医生（Dr。 Stutz）的结论是“资料显示进行性麻痹是正确的诊断。几乎没有可疑之处。”＇16＇最初的检验是由住院主治医师齐恩医生（Dr。 Ziehen）执行。在耶拿大学进行的检验发现###有个疤，可能是以前梅毒下疳所留下的。斯托克斯说，下疳消退“大多只在表面上留下很小的疤痕”。＇17＇这个疤痕可能是另一种性病软性下疳造成的。尼采心烦意乱时字迹会颤抖，说话时不断用手势表达以及做出奇怪表情。前五个月，他仍然很激动，经常没有条理──用粪便弄脏自己、喝自己的尿、尖叫，其他时候看起来非常正常。他接受水银药剂治疗。根据当时的观念，家人只会更刺激脑梅毒患者，因此尼采的母亲有六个月不能探望他，就像克拉拉·舒曼不能到精神病院探望罗伯特·舒曼一样。
尼采住进耶拿诊所，住院单是这么写的：“疾病名称：瘫痪性心理疾病。”耶拿诊所的主管奥托·宾斯万格（Otto Binswanger）是全身性瘫痪精神错乱的专家，发表的论文有“进行性麻痹的病情与差别诊断”（Contributions to the Pathogenesis and Differential Diagnosis of Progressive Paralysis），以及“脑梅毒与麻痹性痴呆，临床与统计的研究”（Brain Syphilis and Dementia Paralytica； Clinical and Statistical Studies）。宾斯万格教授曾经在课堂上以尼采做为麻痹性痴呆的案例研究。宾斯万格经常通知奥弗贝克病人的状况。他写道，尼采讲话条理较清楚，较少突然尖叫，有一些妄想症和幻听。复原的机会不大。
第二年的3月，尼采获准出院，此后一直由母亲照顾，直到1897年母亲过世。他的妹妹伊莉莎白（Elisabeth）在母亲女佣艾文（Alwine）的协助下，接手照顾，直到最后。从1894年年初起，尼采就被关在家里。1895年，他开始出现身体瘫痪的迹象。奥弗贝克回忆他最后一次探望尼采时，见到朋友半蹲在角落，只希望不受打搅，而刚才他还相当兴奋，又吵又叫的。
尼采（3）
反对尼采患有神经系统梅毒的人所持的论点，是认为他在麻痹性痴呆发作之后，有11年的时间处于精神错乱的模糊地带。不过，梅毒教科书也告诉我们，麻痹性神经梅毒的病程为三至六个月，如果是缓慢恶化的状况，最长可能到30年以上。＇18＇这种缓慢进展或是“滞留型麻痹性痴呆”（statio…nary paresis），与症状明显的“急性麻痹性痴呆”（galloping paresis）不一样。斯托克斯写道，心理创伤的刺激可能引起脑梅毒患者的脑梅毒发作，其他时间脑梅毒则保持非活动性，尼采那次抱马事件就是受到刺激。＇19＇
1900年8月25日，尼采死于中风。他被以传统路德教派的仪式安葬，而那正是他哲学所嘲笑的对象。他没有被解剖检验。伊莉莎白承认，在哥哥死亡的时候，她从来没有想到要解剖，事实上也没有医生建议过。她又说，此外，当时还没有人“可憎地怀疑”尼采染患梅毒。当然，在他的病历上有梅毒，但是很可能诊断结果没有告诉家属，而且医生认为没有理由要公开。
没有一位档案保管员，像尼采的妹妹伊莉莎白那样做了那么多评论。她是崇拜哥哥的小妹妹，从小就开始搜集尼采的手稿，将哥哥最早的文献资料都收藏在柜子里。这份收藏后来发展成为“魏玛档案馆”（Weimar Archive），这是伊莉莎白所建的一栋可爱房子，存放她哥哥的文件，也安置了她哥哥；尼采在这房子的楼上度过他最后精神错乱的日子。伊莉莎白筹钱，谈出版合约，并且管理一群员工将尼采的作品分类（希特勒掌权后，这些人大都成为纳粹党徒）。她从1892年开始出版尼采所有的作品，还有81篇文章和3本传记。她以女文学家和尼采遗产监护人，在欧洲甚有名气，跟科西马·瓦格纳（Cosima Wagner）不相上下，后者监管丈夫理查德·瓦格纳的创作。伊莉莎白曾经被提名三次角逐诺贝尔奖。
但是奥弗贝克警告说，伊莉莎白是个不一样的妹妹，颇具危险性。奥弗贝克的评论直到今天还是没错。为什么学者一致批评和非难伊莉莎白？她是虔诚的路德教派，反闪族的激进分子，崇拜希特勒的民族主义者，因此不适合代表一个反反闪族和反爱国主义的人。尼采曾经写过上帝的讣闻，尼采的著述都是要推翻她所虔诚相信的事物。尼采一直不想让母亲和妹妹知道，他与家乡的基督宗教美德已经有多大差距，最后还是让她们知道了。多年来，伊莉莎白为了避免她与哥哥的道德观产生可怕的矛盾，每个步骤都扭曲真相，以配合她自己的希望。
诺贝尔委员会如果颁奖给她，将造成一大遗憾，因为她以自己的喜好编辑尼采著作，以自己的意思窜改书信，甚至毫不掩饰她窜改的痕迹。传记作家现在礼貌上称她是不可靠的见证人，有些人就不客气地说她是强制性病态的说谎家、非常令人受不了、偏执固执以及故意刁难作对。她汇整编辑尼采的著作，尤其是《权力意志》（The Will to Power），包括从他笔记里抽出的段落，这些段落可能尼采根本不想出版。尼采在瑞士西尔斯玛丽亚（Sils Maria）所住的房间里，被他扔到垃圾桶的只字词组，也都被捡起来任意编排出版。伊莉莎白最严重的错误，就是将档案交给希特勒使用。
1932年2月，伊莉莎白在魏玛的国家剧院第一次与希特勒会面。当时正上演贝尼托·墨索里尼（Benito Mussolini）（后来他也捐款给尼采魏