这一次，毛泽东对第五次反“围剿”和他的军事思想作了最系统的阐述，他的发言很吸引人，大家一直在倾听，也是三年来唯一一次没有被打断和结束后遭受批评的一次。 最后，周恩来主动请求中央撤换他本人的职务，同时推举毛泽东出来指挥红军作战。周恩来的态度最终使党内最高领导核心“三人团”解体。
之后，党内负总责的为洛甫（张闻天）。在军事指挥上，由周恩来取代了李德。毛泽东作为中央常委开始参与党的领导核心，并根据常委分工，他作为周恩来的副手参与军事指挥。由此可见，毛泽东并未如通常所说的通过遵义会议确立了其在全党的领导地位。
关于这一点，陈云会后起草的传达提纲说得很清楚：“扩大会完毕后中央常委即分工，以泽东同志为恩来同志的军事指挥上的帮助者。”
应该说，中国共产党在遵义会议后的领导格局又恢复到了宁都会议以前的状况，党权与军权分离，毛泽东参与军事指挥，但最后仍要由周恩来拍板定夺。
1935年3月4日，军委决定设立“前敌司令部”统一指挥，任命朱德为司令员，毛泽东为政治委员。红军再度成了“朱毛红军”。
朱德智斗张国焘（1）
1960年10月，北京，中南海菊香书屋。毛泽东正在会见他的一位老朋友——美国作家埃德加·斯诺。斯诺向毛泽东提了一个只有斯诺才敢问的问题：“你一生中最黑暗的时刻是什么时候？”毛泽东的回答出人意料：“那是在1935年的长征途中，在草地与张国焘之间的斗争。当时党内面临着分裂，甚至有可能发生前途未卜的内战。”
当毛泽东在中南海的菊香书屋与斯诺谈着他“一生当中最黑暗的时刻”之后不久，在香港拥挤的贫民住宅区的一间小屋里，一位贫困潦倒的老人，正在一字一句地撰写他的长篇回忆录——《我的回忆》，他就是张国焘。长征途中在草地和毛泽东的斗争，竟成了他政治生涯的转折，从10万红军的领袖变成了被中国革命抛弃的叛徒。他心酸地回忆着过去的往事，关于过草地这一章的标题他沉重地写下两个大字——“分裂”。16 毫无疑问，长征中那场惊心动魄的斗争，无论是在毛泽东还是张国焘的内心深处均留下了极为深刻的记忆。
遵义会议后，毛泽东、周恩来和朱德采用“兜圈子”的游击战术，避实就虚，迂回穿插，指挥红军在运动战中声东击西，以走制胜。其中先后四渡赤水，二占遵义，佯攻贵阳，威逼昆明，最后巧渡金沙江，终于跳出了国民党几十万大军的围追堵截。在这一过程中，毛泽东的军事指挥才能发挥得淋漓尽致，逐渐为党内所共识。
1935年6月，中央红军与红四方面军会师于四川懋功。为了商定会师后全军的行动计划，中央于20日致电远在茂县的张国焘，请张国焘“立即赶来懋功，以便商决一切”。张国焘当时可是显赫一时的风云人物，他是党的创始人之一，曾任中国共产党第一次全国代表大会代表、中共中央第六届政治局常委、中共鄂豫皖中央分局书记兼军事委员会主席、中华苏维埃共和国副主席。论资历，他不在毛泽东、周恩来之下，而对当时居中央政治局高位的张闻天、博古、王稼祥、凯丰等人就更加不屑了，更重要的还在于，他所指挥的红四方面军拥兵10万。
6月25日，毛泽东、周恩来、朱德、张闻天、博古、刘伯承等冒着瓢泼大雨来到两河口等待张国焘的到来。下午5时，张国焘骑着一匹高头大马，在三十余名警卫员的护卫下，疾驰而至。张国焘受到如此隆重的欢迎，非常高兴，立即下马同毛泽东、周恩来等人一一握手拥抱。
当时的张国焘可谓满面红光，气宇轩昂，警卫队伍也是威风凛凛，井然有序。反观他面前这些刚刚从巍巍雪山上走下来的中央领导人，毛泽东一头蓬乱长发，朱德满脸皱纹，周恩来胡子拉茬……
看到这种情形，张国焘骄傲写在脸上，就连李德也觉得，张国焘像主人一样对待红一方面军的人。这使毛泽东等中共中央领导人感到不快。
欢迎晚宴结束后，张国焘问周恩来：“你们有多少人？”
周恩来非常机智地反问张国焘：“红四方面军现在有多少人马？”
张国焘自得地说：“我们有10万。”
周恩来说：“那我们只有3万。”其实，到达懋功的一方面军也仅止1万人左右。
在第二天召开的两河口会议上，张国焘开始向中央发难，双方就红军今后的前进方向进行了激烈的辩论，博古和张国焘甚至互相进行人身攻击。最终，张国焘还是表示拥护中共中央关于在甘南建立根据地的北上方针，也赞成攻打松潘、平武地区。但后来他却借口所谓“组织问题”没解决，按兵不动，故意延宕红四方面军的行动，以达成向中央要权的目的。
中央为了争取张国焘的配合，尽快实现北上建立陕甘根据地的计划，不得不对其作出一定程度的妥协。经芦花会议、沙窝会议，张国焘的红四方面军干部在红军指挥机构中占了明显优势，张国焘本人不仅当上了中央革命军事委员会副主席，而且成为红军总政委。
毛泽东和当时的中共中央总书记张闻天曾认真讨论对张国焘做出什么样的让步才合适的问题。张闻天主张把自己总书记的位置让给张国焘，但遭到毛泽东的强烈反对。毛泽东认为，宁可让出红军的指挥权，不能让出中央的领导权。他分析认为，张国焘要抓大权，把总书记一职让给他，他可能不会满意，但如果真让他当总书记，会留下很大的祸患。毛泽东的意思是尽量考虑张国焘的要求，但又不能让他独揽军权，因此在同周恩来商量后，毛泽东和中共中央决定将周恩来所任的红军总政委一职让给张国焘。
沙窝会议后，党中央为了加强一、四方面军的团结，迅速北上，决定将两个方面军混合编成左、右两路军。左路军由四方面军的红九军、三十一军和一方面军的红五、九军团及军委纵队组成，朱德任总指挥，张国焘任政委，刘伯承任参谋长，经阿坝北进；右路军由一方面军的红一、三军团和四方面军的红四、三十军组成，徐向前任总指挥，陈昌浩任政委，叶剑英任参谋长，经班佑北进。中共中央随右路军行动。
朱德与毛泽东和中共中央暂时分别。毛泽东嘱咐朱德对张国焘须小心警惕。
张国焘率领左路军到达阿坝地区后，以种种借口拖延执行中共中央北上方针，当时右路军过了草地，已到巴西地区。他密令陈昌浩率右路军立即南下，并提出要“彻底开展党内斗争”。在陈昌浩身边的右路军参谋长叶剑英意识到关系重大，于9月9日立即设法将这件事向毛泽东做了汇报。
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朱德智斗张国焘（2）
为此，毛泽东经过考虑，决定以部队南下要召开中央书记处会议为借口，带领张闻天、博古离开前敌指挥部来到彭德怀的红三军驻地，与在那儿养病的周恩来、王稼祥连夜召开了政治局紧急会议。会议决定立即率红一、三军、军委纵队一部，组成临时北上先遣队，继续北上。
9月10日凌晨，毛泽东和彭德怀率红三军秘密离开巴西地区向甘肃俄界进发。
徐向前和陈昌浩第二天才发现中共中央和红三军已经北上，马上派四方面军副参谋长李特带骑兵去追赶，当李特追上中央机关的时候，毛泽东冷静地对李特说：“我相信，不出一年你们一定会北上。”李特怒气冲冲地带回了四方面军的人。一年后，毛泽东的预言被证实。南下碰壁的张国焘无奈之下只得带着历尽磨难的红四方面军，重新踏上了北上的道路。
与此同时，身在左路军的朱德也与张国焘展开了一场艰苦的斗争。张国焘策划召开了所谓川、康省委扩大会议，实际上是围攻斗争朱德，迫他表态、写文章、发表声明反对党中央和反对中央北上抗日的方针。在这个会上，朱德坦然自若，坚定沉着，任他们怎么斗、怎么骂，他总是一言不发，埋头看书。等到他们斗完、骂完，他才义正辞严地说：“中央北上抗日的决定，我是赞成的、拥护的、举了手的。我不能写文章反对我亲自参加作出的决定。如果硬要我发表声明，那我就再声明一下，我是拥护党中央北上抗日的决定的。”他还幽默地说：“朱毛、朱毛，人家外国人都以为朱毛是一个人，哪有朱反对毛的？”最后表示，“你张国焘可以把我劈成两半，但你绝对割不断我和毛泽东同志的关系。”张国焘又威胁朱德：“你既然主张北上，那你就离开部队北上好了。”朱德看穿他们的阴谋：“我是党派来的，我不能离开部队，”朱德心里明白，倘若离队，一方面很可能遭暗害，另一方面也失去了继续做红四方面军工作的机会。
10月上旬，张国焘南下到达四川理番县卓木碉后，公然另立“中央”，组织了“中央政治局”、“中央书记处”、“中央军事委员会”和“常委委员会”，宣布“毛泽东、周恩来、博古、洛甫（张闻天）应撤销工作，开除中央委员会及党籍，并下令通缉。###、叶剑英免职查办”。
张国焘成立第二“中央”后，自封“中央主席”，再次逼迫朱德表态。朱德坚决反对：“我是总司令，不能反对中央，不能当你这个‘中央委员’。你要搞，我不赞成。我按党员的规矩保留意见，仍以总司令的名义做革命工作。”朱德和刘伯承等在十分艰难的处境下与张国焘的反党分裂主义错误进行了不懈的斗争。
张国焘在南下过程中屡遭挫折、部队损失严重，后来由于共产国际的指导及党中央再三督促和教育，以及朱德、刘伯承、徐向前、任弼时、贺龙、关向应等人的斗争下，张国焘才被迫同意北上，于1936年6月宣布取消另立的“中央”。7月率部与红二方面军会合北上，10月与红一�