李世忠派部队赶到寿州，要求进入，杀死五名守门将领。宋庆等将领为了报复，斗杀李世忠部将朱元兴和杜宜魁，用器械拘捕蒋立功，乘胜进占下蔡，捣平苗家老巢，将苗氏家族及苗沛霖的妻儿押送僧格林沁的军营，全部处死。
12月12日，蒋凝学和成大吉的部队攻克颍上。
12月14日，毛有铭的部队攻占正阳关，康锦文和程文炳率部一同入城防守。
12月16日，蒋凝学的部队移驻正阳，还不知道苗沛霖的余部已经献关，而守关的驻军却把蒋凝学部误当成敌人，隔河发炮阻击。毛有铭后来发觉对方是自己人，连忙下令停火。
僧格林沁上奏，说将领们为了争功而发生械斗。清廷把此事交给曾国藩处置。曾国藩认为，陈国瑞和李世忠的部将械斗，杀伤人数，彼此相当，而李世忠已经领着他的部队回滁州了。因此这个案子，只要杀掉苗景开，就可以结案。至于正阳的那场战斗，由于两军没有通气，发生误斗，并非出自有心，请求免议。于是外省军队全部从淮河南北撤走，湘军部队分别回到皖南和湖北。安徽的捻军各部，有的被消灭，有的投降，事情就此平定。
清廷颇为担心安徽北部民圩众多，命令唐训方筹划善后。僧格林沁又请求在蒙城和亳州的中间地带，增设文武官员，添加驻防部队。唐训方上奏，请求将凤台县交给下蔡管辖，把涡阳县的县治改为雉河集。清廷大臣们都打算趁势铲除李世忠的势力，僧格林沁请求派李世忠的部队协助攻打金陵，责成李世忠交出城池和盐卡。吴棠则请求从豫胜营中挑选几千名精壮军士，分别由曾国藩和唐训方管辖，把他们混杂在湘军部队里，观摩熟悉营规。
曾国藩上奏说，李世忠成为众矢之的，有两个原因。第一是因为心怀叵测，第二是因为专门从扰民中取利。他从同治元年阴历九月开始统领李世忠的部队，仍然担心他倒行逆施。后来搜获太平忠王的文书，发现李秀成极力主张攻打江浦和浦口，以打通北伐的道路，才知道李世忠确实没有私通太平军。
曾国藩虽然肯定了李世忠没有对清廷怀有二心，但他反对借用李世忠的兵力征讨太平军。李提督没有二心，他的部众却决不可用。李世忠发表檄文声讨苗沛霖，慷慨请行，似乎是因为他已知道世人容不下自己，借此来表明他的歉意。他的部队到了寿州和下蔡，接连与友军发生争端，他的部将蒋立功被捕，朱兴元和杜宜魁被杀，李世忠仍然出语谦逊，不像往年那般倔强，似乎知道自己大祸将要临头，只能委曲求全了。
但是，这次作战，李世忠部在怀远与寿州一带，焚烧抢掠，令人惨不忍睹，民怨沸腾，实为众所周知。试论其中的原由，还在于胜保当初纳降时，处置不尽妥当。收留一万八千人，听任他们盘踞几座城市，养成桀骜不驯的脾气。胜保认为天长、六安、滁州和来安，本来是造反者出没的地区，便放手让李世忠纳税收厘，又上奏令李世忠用盐供给月饷，自捆自卖，形成风气，习惯而成为自然。
曾国藩说，自从袁甲三和他接管李世忠的部队以来，也不能筹发官饷，来改变以前的做法。于是在李世忠势力范围之内的几个县，田地荒芜，百姓离散，再也无可盘剥了。淮河航运不通，卖盐的利润也就减少。今年征讨苗沛霖，路途上竟然买不到大米，任何部队驻扎在这种地方，都不可能不侵扰百姓，何况驻扎在这里的是李世忠的乌合之众呢？
1863年，同治二年（24）
因此，曾国藩认为，李世忠刚刚协助清廷消除了苗沛霖的势力，可以追究他骚扰百姓的罪过，却不必怀疑他会背叛朝廷。
曾国藩还说，凡是降将骄兵，当他们力量有余时，必然会骄横跋扈，无法制约；当他们力量不足时，就会破坏法纪，连累朝廷。借助别人的力量，是军事上的大忌。淮河上游的往事，就是因为清军无能，导致权势下移。现在李世忠的部队，实力比不上湘军，朝廷何必依靠他们呢？何况僧格林沁曾经征调过苗沛霖的团练，他们从来就不听从调遣，反而刺激他们生变，毫无益处。
他提出的办法是：命令李世忠遣散部队，交还城池，退出厘卡，停止供给饷盐，放他回归乡里，安享晚年。
僧格林沁对李世忠还不放心，派人到五河侦察他的动向。发现李世忠已经在执行曾国藩的命令，大家才打消了疑虑。
刘长佑在这一年里提出建立直隶六军。各个行省编练军队的做法，就是从这里开始。
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曾国荃于10月下旬命令萧庆衍等部结扎筏子渡水，扎营扼守天京东路。可是，萧庆衍发现，太平军已窥破曾国荃的意图，抢先占据河东阻截。萧庆衍下令隔河开炮轰击，朱吉玉与李祥和率部占据西岸，修筑三座壁垒，与太平军相持。
11月1日，李祥和率部从上游渡河，萧孚泗的吉字营从下游渡河，攻破太平军的五座壁垒。城内太平军出兵增援，萧庆衍命令部队边作战边筑垒，在东岸构成防线。
11月5日，太平军又分几路出击，萧孚泗、彭毓橘和陈湜等人率部扼守双桥门以东，萧庆衍率部进击中路。交战之后，太平军稍有退却，湘军将士们奋臂高呼，太平军掉头退走。萧庆衍指挥骑兵截断太平军的退路，攻克上方门和高桥门。
在右路方山与土山作战的太平军，被熊登武的部队挫败，也放弃壁垒逃走。
在这种情势下，驻守七瓮桥的太平军各部也想撤走，萧孚泗和彭毓橘率部挡住了东边，李臣典率部拦住了西边，不让他们逃走。城内的太平军着急了，出动大部队营救，与湘军搏杀。双方伤亡惨重。
萧孚泗命令部队趁夜放火，太平军顶着烟雾突出营垒，湘军进占七瓮桥。
接下来，湘军从方山南进秣陵关，攻打博望镇。在这里，太平军环绕全镇修筑了七座壁垒，上可以接应水阳，旁侧可以控制金柱关。
金柱关守将朱南桂听说鲍超在水阳作战，邀约朱洪章等人的部队出兵小丹阳，以袭击博望镇，使博望的太平军无法增援水阳。朱南桂率领所部八营趁夜衔枚急进，于拂晓抵达博望，攻克两道关卡。
太平军开壁大战，溆浦人武明良率部绕过第一垒，袭击军营。太平军回头一看，七座壁垒已换挂了湘军旗帜，大为惊慌，狂奔逃走。朱南桂率部追到长流觜，太平军战士多半淹死。
湘乡人朱南桂是罗泽南旧部，此战以后，因功以总兵记名。
曾国荃见博望已经攻克，只有中和桥孤零零地处在湘军包围之中，便于11月6日派赵三元率领七个营的骑兵和步兵，南袭秣陵，到达中和桥，一举攻占。秣陵关的太平军正在吃饭，见湘军骑兵和步兵突然杀到，拔腿便逃。湘军追到河干，被水阻挡，无法渡河，斩杀来不及渡河的两百多名太平军。
从此以后，紫金山西南方没有了太平军的壁垒。
11月8日，曾国荃来到孝陵卫勘察地势，准备调部队扎营合围。太平军从朝阳门和太平门出兵袭击，萧庆衍和陈湜分别领兵拦截，萧孚泗和李臣典所部从侧边杀入太平军阵列。激战正酣，一名太平军将领出来督阵，曾国荃派枪手将他击毙，太平军阵势大乱。天国章王和顺王退入城内。太平军余部奔向淳化镇。
安徽宁国和太平的太平军进驻高淳与溧水，企图南攻芜湖。彭玉麟亲率水师攻打高淳以南四十里的水阳，杨岳斌率部前来会师，两军联合攻克窑湾、金宝圩、水阳、新河庄和塘沟的太平军壁垒。
11月12日，湘军水师攻克沧溪和长乐，太平军将领杨友清投降，湘军进占高淳。
11月15日，曾国荃派兵攻克淳化、解溪、隆都、湖熟和三坌镇，捣毁太平军的二十多座壁垒。于是天京东南侧几乎全被湘军占领。
11月17日，彭玉麟、杨岳斌和鲍超的部队攻克高淳东侧的东坝，接着攻克高淳以北的建平和溧水，解散数以万计的太平军。 。 想看书来
1863年，同治二年（25）
李秀成于10月下旬又集结了###万兵力扑向后宅，命令各位王爷率部自己的部队，从望亭与后宅扎营，交替前进。李鹤章领兵攻打后宅，无法撼动太平军。李秀成又将各路大将的主力集结在西路，企图保住无锡，增援苏州。
程学启与戈登正在率部攻打苏州五龙桥。五龙桥位于宝带桥以西五里处，太平军靠着这座桥，可以从澹台湖和鲇鱼口到达太湖，然后前往浙江。
程学启亲率水陆四千兵力，从宝带桥攻击五龙桥左面，戈登的轮船从鲇鱼口攻打五龙桥右面。李朝斌率水师进入澹台湖，攻破太平军的六座壁垒。
谭绍洸从盘门出兵增援，被张遇春的部队击败。谭绍洸邀约嘉兴与湖口的太平军到达同里，攻打太湖东南侧的平望，为苏州太平军声援。
程学启叮嘱戈登率部防守五龙桥，自己率领水陆三路南下平望，在八坼会师，大败从嘉兴与湖口开来的太平军。天国会王和荣王只身逃脱。程学启令陈有升等部驻守五龙桥，于是苏州从盘门进入太湖的道路也被断绝。
李秀成所部占据了后宅、西仓和马塘桥，李世贤所部靠北占据了惠山和高桥，向南抵达坊前和梅村，队伍排列几十里，攻击猴山。
李鹤章令周盛波和刘铭传所部攻打坊前，令张树声和郭松林所部攻打梅村和麻塘，自己率领洋枪队援应。三路出击，都获大捷。只有李秀成设在麻塘的石营无法攻克，郭松林负伤，部队撤回。
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李鹤章于11月下旬催促各部轮番进攻，逼近东亭，攻击李世贤的太平军。刘铭传所部击毁太平军军营的几丈营墙，刘盛藻率领亲兵越墙而入，遭到火枪的猛烈射击，仍然无法攻克。
围攻苏州的湘淮军已攻克浒墅关，太平军接到军报，无不惊慌。
浒墅关在苏州西北方三十里处，由天国来王陆顺得防守。程学启和戈登率部越过苏州进攻