赖汶光投降后，亲自写下一千多字的供词，详细地陈述了太平军中的情况。清廷下诏将他凌迟处死，牛喜子、李允和任三厌一起被杀。东捻军至此不复存在。
李鸿章以为大功告成，上疏请求让各部回原地休整，筹划善后。他告诉将士们：不用再打仗了。刘铭传请假还乡，将领们争请卸甲归田。
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西捻军于1月3日从山西南部的垣曲进入河南，到达济源，沿黄河东进原武，然后北上卫辉。
左宗棠命令喜昌、全福和安住率领骑兵，偕同刘松山和郭宝昌部一起奔赴河南北部边界的彰德，也就是现在地图上所标的安阳。
傅先忠的部队在甘肃南部的礼县击败了回民起义军，彭定国率部在兰州西南方的安定击败回民起义军。穆图善命令彭定国所部向西南推进，攻打渭源。
1月6日，王得胜与傅先宗部攻克渭源，留兵戍守，主力向东北方挺进，攻打西吉的官堡。
1月12日，左宗棠从陕西东部起行，要求刘典率本部与恪靖前路五营，共计五千人，从金锁关移驻省城西安，各路将领都听从刘典指挥。
西宁守将邓全忠的部队因粮食吃完而溃散，办事大臣玉通仍然坚持安抚，听命于回民起义军。
成禄率部驻扎在肃州，清廷屡次颁下严旨，令他领兵出关。但他逗留肃州，不敢西进。
黄祖淦率部与起义军作战，兵败阵亡，穆图善奏请清廷任命三十六岁的甘肃提督杨占鳌统领肃州清军。
雷正绾所部在甘肃东部庆阳一带作战，接连攻克当地起义军的村堡，接收两万多人投降，庆阳解围。
西捻军于2月份从河南内黄渡过漳河，进入直隶。主力北上鸡泽和平乡，另一支部队北上邯郸、顺德，抵达定州。保定清军紧急备战，京畿大为惊骇。
京城神机营侦察到西捻军已经接近易州，直隶总督官文则上奏说捻军在泾阳驿。清廷下诏严厉斥责，催促李鸿章率部驰赴畿辅，命令左宗棠率部扼守保定以北。书 包 网 txt小说上传分享
1868年，同治七年（3）
西捻军开始攻击保定东北方的雄县。张曜等部尚在河南境内，开到安阳以南的汤阴，刘松山和易德麟等部先到保定以南的清苑，李鸿章所部还在徐州。清廷严厉训斥李鸿章、李鹤年、左宗棠及官文，将他们全部罢免。
丁宝桢率领山东清军先到河间，清廷下诏嘉奖。
五城团防神机营发兵驻扎涿州和易州，清廷命令恭亲王巡防。西捻军到达保定，知道清军已有防备，北上袭击满城和易州。禁卫军误将清军当成了捻军骑兵，提出要派出探子侦察捻军行踪。
安徽巡抚英翰请求率部进京增援，清廷批准。
西捻军已向南攻占祁州，杀死知州胡源，又向东攻占饶阳。
山东清军将领王心安率部到达饶阳，西捻军奔赴安平，王心安向清廷报捷。
但是王心安很可能是打了败仗。李鸿章的部将潘鼎新说，在献县看见了溃败的山东清军。
西捻军的确攻占了献县。清廷命令恭亲王弈訢会同神机营王大臣总管京师巡防。侍郎李鸿藻请派恭亲王为大将军，左宗棠和李鸿章为参赞。清廷命令恭亲王节制左宗棠与李鸿章及诸位总督巡抚，由左宗棠总领前敌各军。又派陈国瑞另外招募一支部队，由他担任特将，隶属神机营。
左宗棠的部队在3月份抵达保定，李鸿章所部到达德州。
刘松山和易德麟等部绕到捻军前面，在献县的商林击败西捻军。张宗禹率部退向西南方的深州，然后北上博野。刘松山和郭宝昌率部追击，捻军作战失利，南下安平，与郭松林所部遭遇，几百人投降。
张宗禹率部向西南方撤退，到达深泽。刘松山和郭宝昌的湘军会同张曜与宋庆的淮军将捻军击溃。张宗禹率部东进饶阳，然后折向西南，再次到达深州，郭宝昌部在追击中斩杀西捻军首领张和尚与张五孩。
张宗禹率部北上肃宁，西进博野，程文炳所部追赶上来，解散几千名难民。
西捻军从晋州渡到滹沱河以南，刘松山、张曜和郭宝昌等人率部追到河干，将来不及渡河的捻军部队全部歼灭。在这次战斗中，易德麟率部打前锋，动作迅速，猛扑滹沱河，战功卓著，清廷将他简放提督。
增援的清军纷纷在直隶集结，昼夜围绕西捻军追赶堵截，但都无法挫败捻军。捻军每人携带几匹战马，人不下鞍，避开清军疾驰。但是西捻军所到之处，都被清军所阻挡。张宗禹率部从赵州南奔巨鹿。清军云集，骚扰商人、集市和民宅。
直隶百姓怨恨清军，约集在一起，格杀清兵，每天都有猛烈的搏斗。身着军服骑马的人，十多人结伴，都不敢经过，被杀的无辜者不计其数。
于是李鸿章又提出把捻军压迫到太行山与黄河之间，而李鹤年自告奋勇，请求担任攻击任务，但仍然无效。
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西捻军离开陕西以后，陕甘两省只剩下回民起义军单独与清军和湘军作战。
穆图善于2月3日派遣范铭率部攻克官堡，王得胜率部在渭源获得大捷，开始进兵攻取狄道。
甘肃金积堡的回民起义军长驱东进，于2月5日抵达陕西靖边以西九十里的宁条梁，然后向东北方推进，袭击怀远。清军总兵文星明率部与起义军交战，被起义军击败。
刘典率部从耀州出山，南下三原驻扎。
2月下旬，乔松年因病免职，刘典暂代陕西巡抚，积极地组织湘军对起义军发起攻击。
张岳龄于2月29日率部抵达凤翔，第二天在亢家河攻击回民起义军，获胜。
黄鼎所部于3月6日在凤翔东北方约六十里处的麟游攻击回民起义军，小受挫折。
起义军于3月8日攻占陕西北部的富县，分兵南下，袭击洛川。刘端冕率部前往增援，与起义军大战二十里铺，重创起义军。刘厚基从富县以东的英旺镇率部前来会师，两军联合，于3月11日攻克富县。
高连升率部从宜君进攻何家庄，斩杀两千多名起义军，俘虏起义军首领马阿浑和禹方魁等人。这些人都是甘肃东部董志原的回民起义领袖人物。
3月12日，回民起义军攻打甘肃秦州，被清廷兵备道豫师的部队击退。
穆图善派知府舒之翰与提督黄金山等部攻打狄道州。州城就是现在地图上所标的临洮。这座城市南北山峰夹峙，中为平川，其中寨卡林立。
3月18日，黄金山所部先击破平川内的起义军，傅先宗所部攻占南山，梅开泰与彭国忠所部攻占北山，三处得手，攻克了已被起义军占领五年之久的狄道城。书 包 网 txt小说上传分享
1868年，同治七年（4）
起义军首领牟弗谛无心再战，请求清廷安抚。穆图善命令舒之翰等人率部视情处置。
第二天，范铭率部攻克店子川，获得粮食，接济部队。
成禄的部队对肃州久攻不克，部属与王仁和的营勇私斗，焚烧抢掠河西村堡，激起居民生变。清廷把此事交给穆图善处置，并催促古丈人杨占鳌率所部湘军赶赴肃州，令成禄按时领兵出关。
3月20日，董志原的起义军奔向陕西宜君西南一百里外的马栏镇，分兵南下，袭击三水、淳化和三原。高连升率部于3月29日攻克马栏镇，追赶起义军，抵达刘店。起义军出兵达腊坪，包抄湘军后方，高连升率部鏖战半天，才将起义军击退。
刘典派李大有等部出兵耀州，增援三原。起义军已奔向淳化的方里。刘典增派夏奉朝、吴国富与吴士迈部攻击方里，起义军从方里撤走。
三水守军喻兆圭和陈集贤的部队，也在枣池击败起义军，黄鼎和吴士迈所部则在泾河川击败起义军。
这一仗，湘军在十天之内击败回民起义军的五六万精锐部队，声威大振。清廷对吴士迈赏加员外郎，并赏戴花翎。
穆图善于4月15日抵达狄道城，牟弗谛率领三千名男女投降。清军西渡洮河，进攻河州。河州东乡和南乡的起义军也请求安抚，穆图善应允。
这时，回民起义军在甘肃东部攻占了镇原和庆阳，很快又被清军夺取。起义军包围泾州。
黄鼎率部冒雨西进甘肃增援，解了泾州之围。
5月下旬，刘端冕所部在陕西东部的韩城击败回民起义军，围绍濂所部在洛河东西攻击起义军。天降大雨，河水猛涨，湘军趁雨攻击，斩杀两千多人，起义军丢弃的牛马驴骡数以万计。
刘典于5月31日移驻咸阳，兼顾省城的防御。这时甘肃庆阳所辖全境，都被起义军占领。起义军相继攻占宁州与合水，宁州驻防军无法制止。另一支起义军从陕西宝鸡渡到渭河以南，李辉武率部追到斜坡。起义军遇见湘军就撤，湘军常常追赶不上。
李辉武令部队埋伏在麦地里，令三十多名军士假扮乡民割麦。起义军大部队果然来到，湘军伏击部队群起攻之，起义军大败，折向东边，一路袭击岐山、扶风、眉县和渭南。道员魏光焘率部先到眉县，黄鼎和吴士迈所部到达扶风和岐山。起义军不战而走，掉头西进，返回甘肃。
刘厚基的湘果营在延安与另一支起义军作战，部将刘文华与甘彰辉战败身亡，士卒伤亡过半，刘厚基本人也负了伤。
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张宗禹的西捻军虽然跑得快，无奈直隶省内到处被清军封锁，简直无处插足，只得于4月份南渡漳河，再度进入河南。
清廷的各路大军，包括湘军和淮军，虽然未能在直隶重创西捻军，但毕竟把这支起义军逼出了清廷的腹地。
西捻军渡过漳河以后，疾驰到河南西北部的清化，在这里添制武器。他们砍伐木材，制造长矛。张曜的部队追赶上来，不容西捻军停留。张宗禹只得率部东进封丘。
湘军郭宝昌所部在封丘迎战，被西捻军击败。郭宝昌身负二伤。提督周盈瑞战败身亡。西捻军乘胜再次北上，抵达滑县，击败淮军唐仁廉的部队，捻军战士用长矛刺死提督陈振邦。
左宗棠见湘军和淮军连连�