萧启江旧部南下增援井研，一战告捷，起义军解围撤走。从此湘军不把蓝李起义军放在眼里。
东纯在赴任途中病逝，文宗于8月31日任命驻藏大臣崇实代理四川总督。
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石达开的部队自从进入广西，就分成了几块，不再一起行动。到现在，已经分散在广西、贵州、广东和湖南。
石达开的左旗于8月份抵达灵川，南下攻打桂林。刘长佑调鄢世堂率部回守省城。
探子报告，太平军中的湖南将领朱衣点和彭大顺，与汪海洋联合，恳求石达开回师天京，遭到石达开拒绝。
朱衣点和彭大顺于9月份各率所部离开石达开，命部队身着白衣，头戴白巾，作为万里回朝的标志。这几万人从柳州的东泉出发，冲破各地团勇的阻截，从融县和沙宜进入湖南青林地界，停下休整。
刘长佑得知太平军发生分裂，连忙派人张贴告示招抚。石达开的左旗首领张志功等人请降。
刘长佑在投降部队中留下三千人交给张志功，要他率领这些部属为清廷效力，其余战士全部发给银子遣返。
石达开的左旗瓦解后，后旗又被李明惠的部队击败，奔向桂林附近的义宁。刘长佑派鄢世堂率部跟踪追击，道州的起义军丧亡殆尽。
石达开和赖裕新的部队仍然拥有几万兵力，占据武缘，派兵向东南挺进，袭击迁江，然后折向西南，袭击南宁。清廷左江道吴徵等人率部击败这支太平军，斩杀数以万计。
太平军残部长驱北上，抵达忻城，然后转向东南，长驱直进，到达边界，取道兴业，攻占北流。
刘长佑正在注视着石达开的动向，又获悉吴凌云的起义军从藤县西北约七十里的太平出发，攻占府城，杀死知府刘作肃。陈戊养则占据太平，堵住湘军的南路，致使柳州湘军无法前进。刘长佑派刘坤一统领湘军，在太平攻击陈戊养的部队，分兵渡河，攻击忻城。
彭大顺、朱衣点和汪海洋等人，收到陈玉成的来信，说他打算从安徽进攻湖北，要求彭大顺等人所部攻击湖南。
彭大顺等人的部队果然于9月21日攻打永明。清廷得报，任命翟诰为湖南巡抚，组织镇压。 电子书 分享网站
1860年，咸丰十年（18）
李秀成的部队开始大举进攻上海，遭到薛焕、吴煦所部和英法军队阻击，又因内应兵勇被清军识破，未能攻取。
多隆阿于9月1日挥师攻打桐城西北，没有进展。陈玉成下令固守桐城，以牵制安庆的湘军。他知道清军精锐在这里集结，防守格外严密。桐城西北有个求雨岭，山势俯瞰城内。太平军建成石垒，外围挖了二丈宽的石壕，与砖垒和水堡相辅。
9月2日，多隆阿率领三千人来到求雨岭后，在城前则摆出骑兵阵势佯攻，迷惑守军。半夜，岭后的部队悄悄登上峰顶。
太平军凭借壁垒防守，以为清军无法靠近，占领了峰顶也是徒然，所以未在山岭设防。多隆阿命令两千名军士修筑三座炮台，到拂晓时分，炮台筑成，俯瞰太平军的城垒，历历在目。太平军非常吃惊，以为这是神力所为，顿时丧失斗志。
9月4日，多隆阿率部列队，搬运大炮，安置在三座炮台上。古垒和城内的太平军这才明白大事不妙，全部隐蔽起来。
太平军明白得太晚，因为他们已被多隆阿困死。
自从清军江南大营崩溃以后，太平军在江苏和浙江势力大增。江西的太平军挥师东进，江西省内没有大规模的战争。
张玉良硬撑着江南大营的旗号，还想做最后的挣扎，于9月2日率部向嘉兴发起猛攻，虽然攻破了南门，却被水道阻拦，无法进城。潮州勇暗通太平军，谋划叛变。9月8日，大营溃败，张玉良逃向西南九十里的石门。
9月9日，太平军攻占石门，相继攻占嘉兴周边的嘉善、平湖和桐乡。
北京的情况一天比一天吃紧。9月18日，英法联军攻陷通州，距北京只有五十里。
9月21日，清军与英法联军在八里桥展开激战，统帅僧格林沁等率先逃走，致使全军动摇，而遭败绩。
9月22日，咸丰皇帝带领后妃和一批官员仓皇逃往热河，令其弟恭亲王奕訢留守北京，负责和议。
其间，文宗下诏，命令胜保统领勤王军队。胜保请求征召外援，提到苗沛霖的团练。文宗命令翁同书具体办理。于是苗沛霖大喜，搭起高台，集合全军，向北跪拜，号啕痛哭，陈述英法联军入侵一事，暗中要下属们拥戴自己，但是众人面面相觑，不敢发言。
太平军将领杨辅清、赖裕新和古隆贤于9月26日对宁国守军发动最后一击，周天受兵败而死。清廷命令李元度暂时代理皖南道。
李世贤率领四万兵力从广德南下，攻打徽州，并向南陵增派兵力，加大攻击力度。
南陵城中，粮食将尽，陈大富激励军民死守，等候湘军增援。他在夜间派出壮士，攀绳而出，企图向杨载福的水师求援。前后派了几批人，都被巡逻的太平军抓获，无法把信送到水师。
曾国藩更加重视徽州的防御，打算自己带兵防守，派朱品隆侦察地形。
朱品隆回来报告说：“没有两万精兵，恐怕难以防守。”
张芾留下的一万兵力，分别防守各个隘口。但是，这些部队确实缺乏作战能力。由于军饷长期不足，曾国藩赶紧将这些无用的部队遣散。军士们杂居在城内，不肯离去，索要军饷。
曾国藩记得李元度曾在防守江西贵溪时立下战功，便令他防守徽州。李元度自认为能够胜任。曾国藩认为他招募的三千新军不能野战，所以在浙江请援时没派他去，现在也不敢派他攻击太平军，只是让他凭城固守。
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9月30日，刚刚过完中秋节，李元度率部到达徽州。
李元度进城的第三天，当地的起义游击队与宁国太平军挂上了钩，而旌德的太平军则绕过绩溪，夜晚进入丛山关，直逼徽州。李元度急忙向祁门大营求援。
李元度给曾国藩出了个大难题。鲍超仍在四川休假，张运兰正在率部攻打旌德，前后都被太平军所牵制。曾国藩手下没有将领统领部队。曾国藩只能派出四营零散的部队前往徽州。
四营援兵刚刚到达徽州城外，李世贤的大部队已经杀到，湘军败溃，逃到休宁。城内的湘军跟着奔逃，李元度则南逃浙江开化。
10月6日，太平军进占徽州，前任皖南道福咸战死。曾国藩认为李元度作战不力，上奏参劾，清廷下令，将李元度革职拿问。
李鸿章竭力为李元度争辩，以至于和曾国藩翻脸，导致师生之间的一次分手。 。。
1860年，咸丰十年（19）
李鸿章其实早就不赞同曾国藩的一些做法。在曾国藩决定移军祁门时，他就表示反对。他认为祁门地处万山丛中，是兵家所忌的绝地，湘军大营不宜驻扎在这个偏僻的小地方。但是，曾国藩没有听取他的意见。
李鸿章对李元度认识比较中肯，说他是个典型的读书人，豪言壮语颇多，执行能力较差，不是一位将才。曾国藩也深知李元度的短处，却派他领着一支数量不多的部队防守兵家重地徽州，兵败后又要严词纠参，李鸿章不愿拟写奏稿，率领所有的幕客与曾国藩争辩。曾国藩还是没有采纳他的意见，于是他愤而离开大营。
曾国藩急召张运兰返回，并催促鲍超回营，从太平以南还驻休宁以西的渔亭。
太平军与湘军抢时间，急速西进，攻占休宁，即将攻打祁门。湘军大营被恐惧所笼罩，随从官员都请曾国藩立即离开祁门，连以前主张在祁门驻军的谋士都改变了主意。
对于谋士们的劝告，曾国藩答道：“无故退军，兵家大忌。”
曾国藩身在军中，意气自如，时常与宾佐酌酒论文。他自从到京城做官以来，每天记下自己的言行，在此危难关头，仍写日子，从未间断。
曾国藩并不担忧祁门，料想太平军必定会向东南方钻空子进入浙江，便令左宗棠迅速率领新军赶来江西，驻扎乐平。果然，徽州的太平军分兵攻占浙江淳安，继续东进，挺进严州。清军副将封九贵战死。
贵州的石达开部众于9月到10月之间从定番北上，袭击贵阳以南五十里的青岩，逼到了贵州省会的门口。
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这年秋天，一名20岁的英国退伍军人来到太平天国的占领区。他的英文名字是F？A？Lindley；中文名字叫呤。他带着四万两银子，偕同夫人玛丽，驾驶轮船，来到江苏。一进入太平天国辖境，呤就看见防守边境的军士们彬彬有礼，严整肃穆，与清军官兵大不相同。起义军给他留下了良好的印象。
呤十三岁在船上当学徒，十七岁通过考试成为二副。1859年夏天，他乘座“埃缪”号轮船到达香港，在英军司令部当一名海军下级军官。
呤到香港后，对中国人的生活产生了兴趣。1860年春天，太平军在天京外围打垮清军江南大营，乘胜攻克常州、苏州和浙江的嘉兴，接着向上海进军。这一系列重大胜利，引起了呤的关注。他决定辞去在海军中的职务，找一个不受拘束的自由职业，观察太平天国的情况。
他在一艘中国商人的小轮船上当上了大副，船长也是他的一个辞去军职未久的同僚。这艘轮船要航行到上海附近的太平天国统治区收购蚕丝。
呤在停船采购生丝期间，花了大量时间考察天国的情况。不久，他大胆地去苏州拜见当时名震一时的忠王李秀成。
那时候，李秀成刚从上海受挫，回到苏州，他的部下有数百人死于英军之手，他的面部也被英国的大炮击伤。
听说有一个英国人要见他，李秀成立即答应了，并让他住在王府里，享受最友好的款待。
李秀成与呤会谈，介绍了天国的情况，抨击了英国政府的干涉政策。呤认为，欧洲社会所宣传的太平军肆意破坏和杀戮的形象是被歪曲的。在离开苏州之前，他已经非常钦慕太平天国革命，并向李秀成表�