业至多只是农业的附庸。于是他只把手工业作为军队组织的一部分，把手工业部门附属到军队里军营生产的营里去。
南京城内管理手工业的部门有诸匠营和百工衙，诸匠营和百工衙的组织有些不同：诸匠营人数众多，完全依照军制，各营以指挥统领，其总制、监军、军帅至两司马一如军队的编制；百工衙所属人数多寡不一，有百人则置一卒长，分辖四两司马，二百人则置两卒长，没有军帅、师帅、旅帅各级官员，其组织不尽依照军制。在职掌上也有些不同，诸匠营只管制造，百工衙则凡所典的事，俱兼司收发。
诸匠营分为瓦匠营、木营、金匠营、织营、金靴营、绣锦营、镌刻营七种（《贼情汇纂》卷四）。瓦匠营所辖都是泥水匠，担任建筑工作。木营所辖都是木匠，也担任建筑工作。金匠营所辖都是金银匠，担任制造金银器皿工作。织营所辖都是织机工，担任织缎工作。金靴营所辖都是靴鞋匠，担任制造靴鞋工作。绣锦营所辖都是绣匠和画士，担任刺绣和画壁画、彩画、画旗、画散、画轿衣等绘画工作。镌刻营所辖都是刻字匠，担任镌刻诏旨、画籍、印玺等工作。太平天国在天京设立的百工衙种类繁多，其范围从军事工业、食品工业、服用工业以至美术工业，包括了当时百工技艺的手工业。
总体而言，太平天国的制度在农村搞得比较好，在城市就很难推行。《天朝田亩制度》能够实行的基础，首先是完全自给自足的自然经济，其次是毫无贪念和私心的国民。而南京城内，手工业相当发达，长江中下游地区，商品经济自明中叶以来，已经达到相当高的水平，从生产力的基础上讲，洪秀全的社会构想很难实现，另外，太平天国提倡的公平和平均，并没有完全实现，太平天国的公有和平均，似乎只执行到了中级将领，太平天国诸王的生活实质上是相当奢侈的，这一方面破坏了平均主义在南京城内的公信，一方面为满足奢侈品的需要，诸王不得不适度地放松对手工业的压制。于是不久后，南京城内开始有了商店，凭借太平天国发放的文件出售圣库提供的物品。消灭手工业后，圣库无法提供源源不断的商品，于是又在一定程度上开始私营手工业，开始以奢侈品的生产为主，慢慢地开始有了生活用品的生产，当然，这些手工业生产主要集中在南京城外和附近的集镇。到最后南京城恢复了商业税，开始允许经营工商业。实践证明，太平天国的圣子们，消灭不了商品经济这个魔鬼。
天王进城（2）
严格地讲，洪秀全设想的完全公有和平均在农村也没有真正实现过，太平天国不久后又恢复了农业税。可见，《天朝田亩制度》不过是一副交织着现实和幻梦，交织着斗争性和不切实际的空想图画。
天京城内遭陆建瀛等洗劫后，城内粮食很少，加上太平军进城男女老幼近百万人，粮食供应很紧张，据记载，每日男丁能分发三四两粮食，女性减半，到后来女营只能食粥。《金陵杂记》说：“贼并逐日发米谷，每日约三四两”，女营的就少得多，“贼给之米，每人一日不过二三合，并不够食”。《粤逆纪略》则说：“每人日给米二合，煮粥食之”，“五月杪，贼提伪示，令湖南北女馆俱食粥，惟广西女馆准食饭”。太平天国待广西老兄弟厚于湖南北新教徒，被不少城内潜伏的忠于清朝的人比如张炳垣利用，煽动了一场小规模的叛乱，死者千人。
彻底镇压张炳垣叛乱后，又经过一番改造，整个南京城已经成了一个大军营，城内只有两种人，一种是太平天国政府的属官和士兵，其余的则是他们的家属，不存在普通百姓。直至天京变乱后，南京城内才开始有不属于政府编制，自行谋生的普通百姓。这种军事化改造，最大限度的扩充了太平天国的军事实力，据称，“金陵建都，精兵六十万”。但南京城内完全废除工商业，生产效率很低，粮食也无法供给，对社会生产的破坏很大，也违反了自古以来的家庭传统。再加上其他方面的原因，南京城完全无法在粮食上做到自给自主，只能靠军队从其他地方征集粮草后运入城内，富庶的南京城非但没有能够为太平天国提供物质上的支持，反而成为一个巨大的包袱。
洪秀全面临的第二个问题是思想改造，和其他政权不同的是，洪秀全立国的基础在于，他向群众宣称自己掌握了世间上最纯正最正统的教义，这种教义将拯救所有的太平天国统治下的民众，所以，清洗掉南京城内其他教义和思想，强化拜上帝教的教义，成为洪秀全必须要完成的任务。
首先，洪秀全要清理掉其他“异端”传播者，于是南京城内的道士、僧侣、儒生如果不接受拜上帝教的教义，就统统地清理掉，其中以佛教徒受到的迫害最为严重，南京城内的佛寺大多数被焚烧，佛像被捣毁，但洪秀全对南京城内的清真教徒表现出出人意料的宽容，南京城内的多数清真寺都没有受到太平军的冲击而完好地保存了下来，而清真教徒也多数得以从容地从南京城内撤走。
比较麻烦的是南京城内的天主教徒，表面上看起来，他们与太平天国拜着同一个上帝，但是他们并不愿意接受拜上帝教的礼拜的仪式，也不承认除了圣父圣子圣灵三位一体之外，还有洪秀全这个上帝次子。南京城内大约二百名天主教徒，也拥有巨额的家产，于是太平军冲入了这些天主教徒家中，没收了他们的财产。在冲突中大约有八十名天主教信徒被杀死，其余人被武力押送到教堂中，被要求按照拜上帝教的仪式祈祷。许多忠诚的信徒依然拒绝了拜上帝教，于是他们都被送到南京城外和清军作战，有不少人投降了清军。
洪秀全印发了大量的太平天国的文书，比如经他删改和解释后的《圣经》，新编的识字教材《御制千字文》，新《千字文》开头几句是这样的：
“惟皇上帝，独一无二。当初显能，造及天地。万物齐全，生人在世。分光隔暗，昼夜轮递。日有莅照，星辰协治。风偃四方，吹嘘猛厉。悠然作云，雨下空际。洪水退后，辈悯约誓。”
洪秀全删改的《圣经》也十分有趣，比如原本《圣经》的《创世纪》第十九章中，索多玛的毁灭，有写到罗得和自己的两个女儿逃到一个山洞隐居，这段描写里面有相当淫乱和污秽的文字。比如说：“大女儿对小女儿说：‘我们的父亲老了，地上又无人按世上的常规进到我们这里。来！我们可以叫父亲喝酒，与他同寝。这样，我们好从他存留后裔。’于是，那夜，她们叫父亲喝酒，大女儿就进去和她父亲同寝，她几时躺下，几时起来，父亲都不知道。第二天大女儿对小女儿说：‘我昨夜与父亲同寝。今夜我们再叫他喝酒，你可以进去与他同寝。这样，我们要从父亲留存后裔。’……这样罗得的两个女儿都从他父亲怀了父亲的孩子。”
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天王进城（3）
在洪秀全看来，如此淫荡、乱伦的文字，是不应该让信徒阅读的，也是与分男女别行的太平天国制度相悖的，于是他按照自己的理解和传统出发，把这段文字删改成了两个女儿对父亲孝顺的段落。
在印制大量的太平天国文书的时候，洪秀全还改掉了不少汉字，制定了许多奇怪的习俗和礼仪标准。在以上的程序完成后，洪秀全认为对百姓的思想改造完成了，他又开始大修天王府，以表示自己天上地下独一无二的地位。天王府以原两江总督府为基础扩建，刚完工即失火被焚，于是再度重建。新建成的天王府方圆十余里，比明故宫大数倍。洪秀全爱好壁画艺术，于是天王府内以泥金彩绘壁画，以绸缎裱糊窗户，处处饰以精美的雕刻，十分富丽堂皇：“盘龙骞凤，重规叠矩”，“穷极侈丽”（王彝寿《越难记》）。有人讽刺道：“千村万落尽焦土，宫中尚挂珠灯红”，“盘龙与赛凤，留戒世人看”（许瑶光《雪门诗草》卷六）。
据记载，天王府四面黄墙，高两丈多，厚四尺（《金陵杂记》），内外两重，外重称为太阳城，内重称为金龙城（贼情汇纂卷六伪礼制伪宫室）。太阳城向南开门，称为真神荣光门。门内左右有鼓吹亭，高出墙外，盖以琉璃瓦，四柱盘五色龙，昂首曳尾。由亭而北，为金龙城门，称为真神圣天门，两旁列大鼓二，这是天朝宫殿所设的登闻鼓。门内为朝房，东西各数十间。历甬道数十步，中树木牌坊，上下雕云龙狮象，饰以金彩。过坊又行数十步为正殿，称为金龙殿，尤高广，梁栋俱涂赤金，文以龙凤，光耀射目。四壁画龙虎狮象，禽鸟花草，设色极工。正殿后有长穿廊。穿廊后为后殿。后殿之后，左右各有一池，方广数十丈，池中各置石船二。池后为内宫，分为左右两区，每区大楼五层，高约###丈，深数丈。大楼之后为花园，称为后林苑，有台、有亭、有桥、有池。过桥为石山，山有洞，中结小屋，须蛇行而进。旁有小树十数行。山后山茶一树，大可合抱，每当冬令，绿叶红花，倍增景致。天王有游后林苑诗道：“乃车对面向路行，有阻回头看兜平。苑内游行真快活，百鸟作乐和车声。”后林苑可以乘车游览，可见是不小的。这是天朝宫殿内部的建造。
荣光门外两旁，设东西朝房两所，内外各三层，宽敞高广，外墙内厅，中悬灯彩。门前十余丈开河一道，宽深二丈，称为御沟，上建五石桥以通往来，称为五龙桥。桥前建牌坊一座，上有立匾，系用全金，上刻天朝二字。过桥一里，将至大行宫街处，砌大照壁，高数丈，宽十余丈，壁上绘双龙双凤，每于天王发授官黄榜时，其榜即揭于此壁，天王颁布的天榜、诏旨也揭于此壁。照壁适中搭造高台，称为天台，为天王生日登台谢天之所。照壁两旁，又竖立左右两牌坊，左书“天子万年”，右书“太平�