11月26日，国民党中央政治会议决定，将首都由广州迁往武汉。但12月7日，当部分中央委员由广州抵达南昌时，蒋介石却提议，将首都迁往南昌。但遭到各委员的反对。12月13日，在武汉成立了国民党中央执行委员会及国民政府委员会临时联席会议。但是，蒋介石一意孤行，扣留了路经南昌的一部分中央委员。1927年1月3日，还在南昌召开了中央政治会议第六次临时会议，非法决定将中央党部与国民政府暂驻南昌。
蒋介石为实现自己的非法主张，1927年1月9日，亲自到了武汉。乘此机会，周佛海便向蒋介石密告中央军事政治学校的情况。周佛海说，在他出任中央军事政治学校秘书长兼政治部主任时，“当时最痛苦的，就是应付国共的摩擦。”他说，他已于1924年“在广州脱离了共产党，所以共产党对他是对立的。同时国民党的右派，却认为我仍然带有红色，时加以监视和牵制。当时工兵队和炮兵队的学生，是从黄埔调来的，步兵学生2000人，则是在武汉新招的。我是学生招了之后，才被调到学校，所以新招的学生，三分之一二是共产分子。十六年一月蒋先生由南昌到汉口，有一晚我深夜去看他，把学生分子复杂的情形报告他，他要我切实的监视。”37 周佛海就是用这种卑鄙的手段，得到蒋介石的高度信任。
逃离武汉
由于国民党左派的坚决主张和迫于大敌当前的形势，蒋介石不得不于2月8日，在南昌作出了中央党部及国民政府迁到武汉的决定。但是，这不过是蒋介石的一种缓兵之计。为了反对蒋介石的专制*，2月9日，武汉国民党左派举行高级干部会议，推举吴玉章、邓演达、徐谦、孙科、顾孟余5人，组成“行动委员会”。会议并发表宣言，强调必须巩固党的权威，统一党的领导机关，实行*政治，扫除封建势力，军队必须在党的指挥下统一起来，以此和蒋介石的专制*作斗争。并提出速开中央执行委员会全体会议，解决一切问题。
为此，国民党中央决定于1927年3月7日召开二届三中全会。各地中央委员陆续到达武汉。但蒋介石却提出只有把会议改到3月12日，他才能到武汉出席会议。蒋介石是借此达到破坏会议的目的。为了争取蒋介石出席会议，只好将会议延至3月10日，但结果蒋介石仍未出席。
周佛海不是指摘蒋介石的不当，却歪曲事实诬称坚持10日开会，是共产党和共产国际的阴谋。他说：“这是鲍罗廷在内主使，共产党在内作祟，要使第三次执委会议，完全为共产党所操纵，以通过有利共产党的决议案。”38
二届三中全会通过一系列有利于革命深入发展的决议，在一定程度上对蒋介石的个人专制*予以某种限制，并改组了国民党中央执行委员会及国民政府。共产党人谭平山被推为国民政府农民部长，苏兆征为工人部长，董必武为湖北省政府农工厅长，张国恩为民政厅长，刘芥为司法厅长。这本来是国共合作的具体体现，但周佛海却诬蔑说，这是共产党和共产国际的“整个计划”，乃是他们用蚕食的政策，消灭国民党的阴谋。39
国民党二届三中全会，虽然对蒋介石的个人*从制度上作了种种限制，并广泛开展了反*的宣传，但却仍然推选蒋介石为国民革命军总司令，这就为蒋介石继续利用手中的军权，反对共产党，以至发动反革命政变提供了有利条件。
3月22日，北伐军在上海工人武装起义的配合下，占领了上海。24日占领了南京。26日，蒋介石由南昌出发，经九江、安庆，到了上海。从3月6日起，蒋介石就在赣州、南昌、九江、安庆等地，制造了一系列的反革命破坏和屠杀事件。他到了上海之后，在帝国主义的支持下，便开始*上海的工人运动。4月1日，下令包围上海闸北工人纠察队，收缴枪械。11日，蒋介石在南京密令已克服的各省，一致实行“清党”，开始屠杀共产党人。12日，在上海血腥屠杀革命群众和共产党人，发动了震惊中外的“四·一二”反革命政变。17日，蒋介石在南京另立国民党中央政治会议。18日，由这个会议决定，建立了一个与武汉国民政府相对立的“国民政府”。
蒋介石叛变革命，另立国民政府之后，武汉国民政府采取了相应措施，撤销了蒋介石国民革命军总司令的职务，废除了中央军事政治学校的校长制，改为委员制。周佛海始终心向蒋介石，他对此极为不满。当中央军事政治学校改为委员制后不久，他便提出辞呈，辞去秘书长和政治部主任的本兼各职。
当时，武汉地区的工农运动异常高涨，革命形势继续发展。特别是4月19日，国民革命军出师，继续北伐后，所向无敌。6月1日，北伐军与冯玉祥的国民军会师武汉。
周佛海对此极为仇视，而且一直密谋逃离武汉、投奔蒋介石的时机与办法。他曾说：“5月初，湖南来了一位朋友，他暗中通知我，说湖南方面对我的空气很不好，说我是蒋校长的走狗，是戴季陶派。他劝我设法走避。我便老实告诉他，我早预备离开武汉，川资已经筹得，一切都预备好了，只等机会。”40
5月5日，蒋介石密令四川军阀、第20军军长杨森的国民革命军独立第14师夏斗寅，背叛武汉国民政府，率兵进攻沙市、嘉鱼、咸宁、汀泗桥，直逼距武昌仅40公里的五里界、纸坊一带，武汉告急。当时，国民革命军出师北伐，武汉空虚，在此危急形势下，武汉国民政府派叶挺率所部第11军第二24师，以及由中央军校学生组成的独立第1师，前往*叛乱。周佛海正是趁形势危急的时机逃离武汉的。
他说：“不久邓演达到河南去了，中央军校也改为中央独立师，忙着预备开拔，我想趁此机会逃走，遂托病请施存统代理政治部主任。” “当然得到批准，并决定我为后方留守主任。”41
周佛海为了逃走，便在汉口法租界一个旅馆，开了一个房间，以便于妻子儿女看戏洗澡为名，让他们先住在旅馆。他自己则仍留在武昌军校。当时他的岳父杨自容也在汉口。杨认识太古洋行黄埔轮船的买办，经杨与这位买办商量好，由他接周佛海上船，先在买办房中，躲避稽查，等船开后，再与妻儿会面。
周佛海本定17日上船，但16日中央军校举行特别成立典礼，为掩人耳目，他不得不去。他说，他一直怀着鬼胎，心想如果会场中人知道他要上船，一定拿他去枪毙。但等到散会回家，才知道船要等到18日才开。他说：“又要多耽一天，心中焦急如焚。”4217日下午，武昌中山大学召开校务委员会，周佛海照例去敷衍。下午4时，周佛海先从武昌过江到汉口，约定家眷于18日早晨过江。等他们到了旅馆，周佛海便脱下军装，装做土豪劣绅的模样，乘着9点前码头上人少的时候，溜上了轮船。就这样，周佛海偕其岳父及妻儿逃离了武汉。
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上海被逮（1）
周佛海的计划是先到上海，到上海后再电告蒋介石、张治中及戴季陶等人，说明他已逃离武汉，准备投奔南京。因此，当船停靠南京时，他没有上岸。但由汉口往南京，船行途中，曾偶尔到甲板散步。当时，同船的也有从武汉逃离的原军队政治工作人员，他们认识周佛海。由于周佛海没有在南京上岸，这些人上岸后，向南京总政治训练部副主任陈铭枢报告了这情况，陈便派了四个侦探追到镇江。当轮船在镇江靠岸时，他们便登上轮船。船一开，船上的买办便神色仓皇地到仓房里对周佛海说：南京派了四个侦探上了这艘轮船，说明周佛海在这船上，到了上海，便要逮捕。周佛海听到这个消息，便同其岳父和其妻杨淑慧等商量办法，决定到上海时，他先上岸，立即分电各方，其余人随后搬运行李上岸。
船到杨树浦码头靠岸时，已经是晚上9点多钟了。杨自容送周佛海上岸，叫了一辆汽车，等汽车开走后，他以为无事，便回船去带领杨淑慧等人上岸。但是，汽车开了不到三分钟，忽然被大批巡捕阻住。有人拿手电往车内一照，就叫周佛海下车，并将一副手铐，铐上了他的双手。当时，本来是要把他引渡到丰林桥的特务处，但因为是在星期六晚上，第二天又是星期天，所以周佛海便在租界巡捕房关了四天。周佛海说，这真是侥幸，如果早一两天被引渡到国民党特务处，他的小命便完了。因为那时蒋介石血腥屠杀，“杀个把人哪里算一回事”。43
当周佛海被捕时，恰遇同行的一个留日同学经过身旁，周佛海便用日语告诉这个同学，说他已被捕了，请其立即通知杨淑慧。旋即，周佛海便与其他4人一齐带到杨树浦巡捕房。
周佛海说，当晚5个人被送进一间牢房，中间已经睡了十二三个人，都是蓬头垢面的，一个个像是恶魔。他当时已是非常疲倦，便在人缝中找了一个空隙，纳头便睡。第二天一清早，又把他们几个人带到另一个空牢房。他在昏昏沉沉中过了一天，而且颗粒未曾入口。他说，在那种情形之下就是什么珍美味也都不能吃下去，何况是不能下咽的牢饭！
星期一中午时分，周佛海听见有人在门外叫他的名字，便从铁门上小小的洞口看出去，原来是杨淑慧来探监。据杨淑慧告诉他说，杨在接得周佛海被捕的消息后，急得半晌不省人事。后来精神略定，便去找张治中，凑巧张去杭州，遂托其家人去电杭州报告；然后，杨又去找戴季陶，但戴时在南京。当时上海国民党特务处只要提到共产党人就杀。杨不知周究竟关在何处，担心被误杀。所以一心要查明周关押在何处。想来想去，她忽然想起周的老朋友，时在上海任外交特派员的郭泰祺，杨淑慧向他们说明原委，于是，郭泰祺立即电话告诉吴稚晖，请其营救。
杨淑慧经过星期日一天的努力，才终于探知周佛海关在杨树浦巡捕房，所以星�