司马睿移镇江东，避开了北方的战乱，保有了江南半壁江山的安定局面，便积极培植个人势力，招收北来士人。自为一家，渐成气候。而当时的北方则是“羌胡相攻，无月不战”，北方人民在匈奴和羯族军队的残酷屠杀中，纷纷扶老携幼，向南迁徙。
有一首当时的民谣是这样形容江南的富庶安定的：
永嘉世，天下灾。但江南，皆康平。
永嘉世，九州空。余吴土，盛且丰。
永嘉世，九州荒。余广州，平且康。
这说明永嘉之乱以后，与“白骨涂地”的北方相比，南方社会是多么的稳定，正是奠定王业的基础。
因此，当后来晋愍帝提拔他为左丞相，要他到京城去辅政，他借口南方初定，坚辞不去。富庶的南方是他不忍丢弃的最主要的原因了！
司马睿南渡时，北方的许多士族、大地主也携眷南逃。而他们的宗族、部曲、宾客以及同乡同里之人，也跟着这些大户南迁。一户南迁大族光随从动辄就有千余家，人口数万或数十万不等。这次移民高潮形成了三大支流。其一为“秦雍流人”（陕西甘肃以及山西一部分），到达的地点是洞庭湖流域；其二为“司豫流人”（河南以及河北的一部分），到达的地点是鄱阳湖流域；其三为“青徐流人”（山东以及江苏安徽一部分），到达的目的地是太湖流域。《晋书·王导传》记载：“洛阳倾覆，中州士女避乱江左者十六、七。”可见规模之盛，史称“衣冠南渡”，这是中原汉族历史上的第一次大迁徙，前后持续了150年之久。移民带来了深厚的中原文化和先进的生产技术，对江南的开发和民族的大融合，起到了积极的作用，影响深远。
弱主开国
司马睿虽是司马懿的后人，但在帝室中处于“疏属”地位。其祖父司马伷为司马懿小妾所生，为庶出之子。父司马觐也不曾建树功业，早已沦为皇室远支。到他这里，已是第四代了，皇家的血脉越来越稀释了。在西晋皇族中，地位和名望都不显要。逃避退让，谦恭处世。按说，是当不了皇帝的，可历史无规律可循。历史就给了司马睿这个机会，而且当的还是东晋的开国皇帝。何也？答案是：八王之乱给他提供了契机。
因为能够有资格继承皇位的司马诸王多已死去。他也因为势单力薄，没有过深陷入内乱，反而被派到江南去镇守，成了有实力的一方藩王。一批北方的士族官员，包括最有名望的王导，追随他到了江东。司马睿听从王导的意见，吸收大批士族地主到王府来，当时有106名士族子弟成为他的辅佐，号称“百六掾”。当权的官僚们也都想方设法把自己的子弟、亲属安插到江南任地方官吏，以为将来自保之地。显然，晋朝的政权，实际上已转移到他这里。
但司马睿初到建康，江东世家豪族，根基深厚，向来傲视王侯，他们对南渡的士族有戒心，也对司马睿这晋室疏属，压根儿瞧不上眼，骂他是北方“伧夫”，意即粗鄙的人。况且司马睿的镇东大将军职衔，又为司马越所封，正统何在？因此，司马睿到江南后一个多月，南方大族中头面人物都不来拜见他。众所周知，魏晋是靠大士族支撑的王朝，若得不到南方士族的支持，司马睿要想在江南立足，那简直就是做梦。
问题不可谓不严重，智慧的王导为他想出了一条妙计。
当时，王导的族兄王敦，是扬州刺史，很有势力，王导把他请到建康，如此这般的交代一番。
按江南风俗，3月3日，是传统的修禊节。人们都要到水边洗濯，除灾祛病。这天，王导特意安排司马睿乘坐华丽的轿子，高擎着琅琊王的旗号，奇戟林立，仪仗导前，鸣锣开道，十分威武，浩浩荡荡到江边参加这一活动。王导、王敦和从北方来的名士清流，一个个气宇轩昂，骑着高头大马，前拥后呼，招摇过市，有意大造声势，抬举司马睿。建康城的市民何曾见过这样气派的场面，全城轰动，万人空巷，争相围睹。
江南士族领袖顾荣、贺循等，听到这个消息，就从门缝里偷偷张望。见北方士族领袖王导、王敦等人，对司马睿如此毕恭毕敬，极为震动，想不到司马睿竟有如此威望，感到司马睿就是北方大族将要拥戴的皇帝，不能不刮目相待。也生怕怠慢了司马睿，便一个个从府第里跑出来，迎立路旁，拜见司马睿。
司马睿连忙停下肩舆，下轿扶起他们，都是恭谨之态，毫无骄矜之色。顾荣等人莫不感佩涕零。
回城之后，王导对司马睿说：“顾荣和贺循是江南士人的领袖，主公如果能请他们出山，就不怕其他人不来了。”司马睿于是听从王导的安排，立即派王导上门，礼聘贺循为吴国内史，顾荣为军司兼散骑常侍。这样，两人都高高兴兴地接受了官职。一时江南世族纷纷归附，如纪瞻、周圯、卞壶、刘超、张贻等，都成了司马睿的幕宾。如此一来，不但提高了司马睿在江南士族地主中的威望，也使司马睿的势力迅速壮大起来，这就为司马睿成就帝业奠定了基础。
司马睿获得了江南士族们的拥戴，心里十分感激王导，赞道：“卿为今世之萧何啊！”
所以，当愍帝被俘后，司马睿才能迅速在江东开创新局面，成为晋代一位中兴之主。王导居功至伟，史称“晋中兴之功，导实居其首”。王导实乃东晋政权的奠基人，当时被称为“江左管夷吾”。此时，尚在北方守卫故土的西晋地方官员如刘琨、段匹磾、刘翰等180多人，也都上书司马睿，劝他登基。由此可见，这时候的南北民心，早已把司马睿视为晋朝的正统所在，盼他能够出面结束中国的混乱局面。
司马睿得到南北士族的共同拥戴，遂于318年4月26日称帝，是为晋元帝，改元太兴。宣布大赦天下，文武百官都官升二级。汉民族有望了。但五胡民族心里酸溜溜，因东晋草创，传国玉玺还遗失在北方，赵汉和前赵的民族政权，便戏称他为“白板天子”，极尽讥笑之能事。
由东晋的开国可以看出，其政权基础是西晋门阀士族统治的继续和发展。司马睿本身并无权力，王导总驭朝政，王敦总管军事。一文一武，牢牢控制住了东晋的统治权。史载，司马睿登基之日，姿态非常谦恭，因为他深知晋室复兴，要倚赖于王导。他称王导为“仲父”，竟要与王导同坐御床，接受百官朝拜，王导坚决辞谢，言道：“若太阳与万物处在一个位置，苍生何以仰照！”
王导在东晋政权中的特殊地位，由此可见一斑。当时天下有言：“王与马，共天下”。意思就是琅琊王氏同皇族司马氏共同掌握东晋的大权。一个“共”字，就定下了东晋政权离不开世家大族支持的调子。
新亭对泣
东晋建立初期，面对北方残破的河山，司马睿和王导也起跃马中原重整秩序的雄心。在他们的心中，江东只是寄籍。加之江东士族与北方士族相比，占有天时地利的优势，司马睿对此不能不有所忧戚，常有寄人篱下之感。这从他和顾荣的一次谈话中，就可以看出他这种不安的心态。他说：北士来此，只是暂寄南人国土，心常怀惭。
据《世说新语》记载，北方南渡士人，经常悲歌聚会，慷慨陈词，对国土沦丧于异族之手，无不痛彻肺腑。有一次过江的诸名士趁风和日丽的天气，到新亭饮宴，周顗叹息道：“风景殊好，而山河殊异。”名士们都哭了起来，王导勃然变色道：“当共戮力王室，克复神州，何至作楚囚相对泣邪！”名士们听了都停止哭泣。
这是一则非常有名的故事，南渡士族的家国之悲、北伐之志跃然纸上。按说，士人有此复国的志向，司马睿和王导如果积极收拢人心，以江南雄厚的财力为基础，兴师北伐，“克复神州”，打回老家就不仅仅是写在纸上的美丽口号了；但遗憾得很，不管是司马睿也好，还是王导也好，都无北伐之意。他们之所以高举“戮力王室、克复神州”的大旗，也只是做做样子，鼓鼓劲儿，无非是借此口号来凝聚北来士族支持司马睿政权的一种策略而已。
司马睿并无远图，只想做个偏安皇帝，王导也只是想建立一个以王氏为主导的小朝廷而已。他们的目光专注于江东内部的权势分配上，对于那些真有北伐志愿的慷慨悲歌之士，他们不但不支持，甚至打压。
大臣周嵩曾上书劝晋元帝要整军备武，收复失地，险些丧命。
士族熊远针对南渡的“衣冠”们忘记故土父老，安于江南优裕的生活，更是直言犯谏，指出朝廷既无北伐复国之志，却有耽于游戏酒食之情。结果外放出京。
军谘祭酒祖逖主张北伐最力，愿带兵杀贼。司马睿不好拒绝，就对祖逖采取敷衍态度，只给了他1000人的粮廪和3000匹布，任为豫州刺史，让他自募兵员，自造武器。祖逖就召集自己的亲戚朋友千人，在路上又收集2000名壮士，誓师北伐。祖逖击楫中流，慷慨流涕，矢言不收复沦陷的山河，决不再过此江。狭路相逢勇者胜。祖逖带着这3000壮士，屡次大败石勒军，尽复黄河以南全部失地。正当祖逖准备渡河，收复河北时，晋元帝却派戴渊为征西将军取代祖逖，以致收复的失地又尽数丢掉。祖逖仰天悲愤，真是有心杀贼，无力回天，遂感到前途无望，于321年忧愤而死。
因为在司马睿和王导的眼中，东晋之初，对政权威胁最大的，并非北方的异族，而是南渡的侨姓士族和江东的土著士族之间的矛盾。江南大族自孙吴以来，势力强大，盘根错节。吴郡的朱、张、顾、陆，会稽的虞、魏、孔、贺是著名的大姓。西晋灭吴，他们的势力并没有被摧毁。甚至在司马睿到建康之前，义兴大族周圯、陈敏和钱绘等，都曾起兵割据自守，此即史家所谓“三定江南”，由此可以看出他们的力量。王导很敏锐地看到了这一点，就极力拉拢南方的世