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远东国际军事法庭在审讯最初期间对证人的直讯完全是采用问答方式。但是，不到两三个月的工夫，法庭便发现了采用这种方式进行直讯将使法庭的审讯无限期地拖延下去，永无休止。特别是考虑到审讯的案情之庞大复杂，以及出庭作证的人数将达数百名之多，法庭遂更痛感有立即改弦更张、变换办法之必要。日本证人及律师说话的冗长、嗦，也是促使法庭对直讯要及早采取变通办法的有力原因之一。
经过法官会议的几次讨论，并征得诉讼双方的同意，法庭根据宪章赋予它采用任何非技术性的便捷审理程序的权力，在1946年6月18日宣布：今后对证人的直讯将不采用问答的方式而改用宣读证言的方式，即证人把他要向法庭提供的全部证言事先作成书面，并由检察方面或辩护方面（视他是由那一方提供的而异）翻译成法庭通用的文字（即英文、日文），在开庭之前送交对方，以便使对方有时间研究是否有抗议或异议提出和如何进行反诘。等到开庭之时，证人被引到证人席上并举行了宣誓之后，提供证人的一方的代表（亦即执行直讯的检察官或被告律师）便把这个文件给证人辩认，并问他：“这是否是你向法庭提供的证言书？”在证人答“是”之后，再问他“你是否认为书中的内容正确无误？”在证人再一次答“是”之后，该代表便立即申请法庭采纳。法庭表示同意后，登记官便高声宣布接受，并给它编上法庭作证文件的号码。登记官宣布毕，直讯执行人便开始替证人宣读这个书面证词，读完为止。翻译文字的宣读也同时在译意风中进行。这样，时间上便节省得多了。
证人出庭作证及受讯的程序（6）
倘使对方对书面内容有所抗议或异议，它必须于法庭表示采纳之前向法庭提出，并申述理由。在这种情况下，必须等待法庭作出裁定之后，登记和宣读方可开始。
直讯执行人替证人读完了书面证言，直讯程序便算结束。如果他还有要向证人询问的问题，可以作为补充问题向证人口头提出。但这种情况是少有的。即使有问题也只是极少数，因为书面的内容是事前经过执行人同证人详细“协商”的，不至于有太多的“未尽之意”。
直讯改用宣读书面证言的方式来进行，是远东军事法庭审讯程序的一大革命。它为法庭节省的时间之多是不可估量的。倘使法庭对数以百计的证人始终拘泥于英美法系的陈规，坚持直讯必须采用一问一答的方式，像审讯最初期那样，那么人们不难想像：东京审讯必会大大拖延，月复一月，年复一年，而审判结束更是遥遥无期了。在远东法庭采取的加速审讯的各种措施之中，这个对直讯方式的变更无疑是最重要的，也是最明智的一个。
乙）第二阶段反诘
反诘（cross examination）亦称“反讯”，也是证人出庭作证过程中的一个重要阶段，但不是每个证人所必经的阶段。有的证人在直讯完结之后，对方表示不愿对他进行反诘，那么他便可立即退席，他的作证任务此时便算全部完成。
对方之所以放弃对证人的反诘，原因很多，大致不外乎：1。证人陈述的事实十分简单明确，无懈可击，无隙可乘。2。证人的立场坚定，态度强硬，而所陈述的证言又合情合理，估计不容易从他口中捞到什么有利于己方的东西。3。证人陈述的事实无关宏旨，且证据价值很小，估计法庭必不重视，因而没有对他进行反诘之必要。例如，被告辩护律师曾提供过许多被告们当年的同事、战友或僚属来出庭作证，说某某被告一贯秉性忠厚，对人友爱，从未有过残暴行为，或者说某某被告酷爱和平，一贯热心国际友好合作，绝无侵略他国的意图或野心等。对这一类的辩护证人，对方（检察官）大都放弃后诘，借以表示轻视或蔑视之意。
除了上述几种情况之外，证人多半是逃避不了对方的反诘的。估计在远东国际法庭亲自到庭作过证的四百多名证人之中，约有半数是受过反诘的。
反诘是由提供证人的对方代表或律师执行的。对检方提供的“检察证人”，执行反诘的是被告辩护律师。对被告方面提供的“辩护证人”，执行反诘的是检察处代表，亦即检察官，包括检察长、各国陪席检察官和助理检察官。在这里必须指出：对一个“辩护证人”，执行反诘的只能是一名检察官，因为检察处是一个统一的整体；但是对一个“检察证人”，执行反诘的却可以是一名或多名辩护律师，因为辩护律师们不是一个整体而是各自代表不同的被告的不同利益的。因此，如果某个证人的证言攻击了或牵涉到好几名被告，则这几名被告每人都可以有一名辩护律师对他进行反诘。例如，伪满皇帝溥仪在直讯的证言中集中地攻击了被告板垣和土肥原，同时也说了南次郎、星野、贺屋等被告许多坏话。在反诘阶段中，这些被告们的辩护律师便依次挺身而出，提出无数的问题，继续不断地向他进行反击，弄得证人疲惫不堪，费了整整八天工夫，始得“下台”。其他许多证人，如秦德纯、魏尔德（Wilde）、黎伯特（Liebert）、巴兰亭（Ballantine）、田中隆吉等，都是经过好几天反诘的折磨才得“脱身”的。
首先，反诘的目的主要是以向证人提问题的方法，使证人在直讯中所作的证言显得不确切，不真实，或者前后矛盾，不合情理，甚至是胡言乱语，伪造虚构的。这样，便可以抵销或减少证言的作证价值。其次，便是以提问题的方法攻击证人的信用或人格，使法庭对他的证言之可靠性发生动摇或怀疑。最后，便是以提出某些新的问题（即在直讯中未曾接触到的问题）的方法，企图从证人的答复中捞些有利于己方的材料。
以上是执行反诘的一方所企图达成的三项目的。一个执行反诘的检察官或辩护律师之能力是否高强，便要以他在这三方面所能取得的成就如何为断。反诘是诉讼双方斗争的焦点所在，反诘执行人必须绞脑竭思，全力以赴，他对证人和他的证言要无孔不入，无隙不乘，无所不用其极。在远东军事法庭里，英国陪席检察官科明斯·卡尔一向被认为是一个执行反诘最卓越的能手。他提出的问题非但尖锐、扼要，而且富于破坏性，常能击中证人的要害。被告证人和被告律师对他畏惧最深。美国辩护律师则大都是庸碌之辈，学识浅薄。有的假装神气，在法庭上张牙舞爪，但是腹中却空洞无物，发言时常闹笑话，有的则愚蠢不堪，在反诘证人时常常遭到庭长的严厉申诉。例如，日本证人前田曾为检方作证，证明日本军阀利用过各种手段控制当时日本青年的教育和思想，使其服从于日本军国主义的侵略政策和战争政策。美国辩护律师克莱曼在执行反诘时竟向证人问道：“请你告诉我，难道在日本小学教育课程中没有规定日语课吗？”庭长斥道：“这简直是胡闹！难道在日本学校里能不教授日语吗？”并命令证人不必答复。克莱曼在略加申辩后，又向证人说：“好，我就改提下面一个问题：学生们上不上算术课呢？”庭长厉声斥道：“这真正是岂有此理！你扯得太远了。须知你是站在国际军事法庭面前，而这个法庭是在审判前日本帝国的领导分子对人类犯下的滔天罪行的。”庭长再度命令证人不必答复。克莱曼再度作了一番强辩之后，又向证人问道：“……在这些学校里有音乐、图画、日本历史、手工等课程吗？”庭长被这些愚蠢的问题所激怒，几乎说不出话来，他只简单地对证人说：“证人，不必答复这种问题。”克莱曼连接碰了三个钉子之后，才感到自讨无趣，于是收拾了他的公文包，无精打采地向法庭说：“我再也没有问题了。”克莱曼律师的这次滑稽表演虽然是特别突出的一个事例，但是人们也可以从此看出那些捣乱成性的美国辩护律师们实际上是智能很低劣的人。
证人出庭作证及受讯的程序（7）
在证人方面，反诘对他也是最紧张的，甚至是痛苦的。在直讯阶段，讯问他的是“自己人”，态度亲切友好，问答大都是事先协商过的。在反诘阶段，讯问他的是“敌人”，态度是不友好的，所提的问题时常出乎意料之外，突如其来，有时竟是稀奇古怪，不伦不类的。因此，证人在作答时必须聚精会神，提高警惕，勿授予对方以可乘之机。这是对证人的智能的一种严酷的考验，也可说是一种精神上的折磨。英国法学家哈理士把对证人的反诘比喻为对死人的剖解。他写道：这有些像法医学上的剖解，所不同者只是证人是活的，他对折磨行为是非常敏感的。
在反诘阶段中对证人提问的范围问题在远东国际法庭里一直是一个有争执的问题，而法庭的态度最初也是举棋不定，矛盾迭见的。严格地照道理讲，对证人反诘应该限制于他在直讯中所提供过的证言，亦即他叙述过的事实或表示过的意见。倘使不加限制，什么问题都可以向证人讯问，反诘将成为一场海阔天空、永无休止的舌战，证人亦必被弄得心缭眼花，穷于应付。但是法庭在审讯最初期便是这样办的。它仿照英国法例，对反诘中提问的范围采取了极端宽大的态度。除了与案情完全无关或十分无聊的问题之外，它对反诘执行人向证人提出的任何问题几乎全不加以制止。这样，便鼓励了反诘执行人提出许多新的、证人在直讯中完全没有涉及的问题，其目的是想从证人对这些新问题的答复中捞点于己方有利的东西，以供以后辩论和总结之用。
实践证明，这种办法并不是好办法。它的最大缺点便是节外生枝，造成混乱，而且浪费时间太多。早在1946年6月25日，检察处便申请法庭予以改变，但是遭到了庭长的擅自拒绝。
庭长的擅自拒绝引起了一部分法