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在东方，早在1542年，西班牙为了与葡萄牙分享香料群岛的贸易，派遣了一支远征队前往西太平洋，这5艘舰船从墨西哥出航，对群岛进行勘察性的远征，就在这次远征中，指挥官维拉洛博斯为了向当时还是王储的菲利普表示敬意，就以菲利普这个名字将这些群岛命名为菲律宾群岛。当时尽管葡萄牙人抗议他们违反了《萨拉戈萨条约》，但是西班牙人还是声称对这片群岛拥有主权。
到了1564年，菲利普二世觉得应该分享香料贸易，并与中国和日本建立联系，使这两个国家信奉基督教，因此必须使菲律宾基督教化。就在这一年，米格尔·洛佩斯·德·黎牙实比率领一支舰队，从墨西哥出发，企图永久占领菲律宾。
1565年，黎牙实比在宿务岛登陆，在这里建立了第一个殖民地。4年后，西班牙又在班乃建立了第二个殖民地。菲利普二世任命黎牙实比为菲律宾总督，命令当地人信奉天主教。1570年，黎牙实比以菲律宾总督的名义，派遣15艘军舰进入民都洛岛。黎牙实比委派他的孙子胡安·萨尔塞多和戈伊蒂在吕宋岛建立殖民统治。戈蒂伊和马尼拉苏丹索利曼结成联盟后进占了马尼拉。1571年5月，黎牙实比宣布马尼拉为菲律宾首都，并且在天主教会势力的组织和支持下，菲律宾成为一个信仰天主教的地方。
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兼并（1）
1580年，西班牙兼并了葡萄牙，葡萄牙的东方帝国、非洲殖民地和巴西也同属西班牙国王菲利普二世，加上西班牙原本在欧洲的领地，在亚洲、美洲的殖民地，由此西班牙成为世界上第一个日不落帝国，势力达到顶峰。
这次兼并，既是由于西班牙的老谋深算，巧于借势，也是葡萄牙社会急变，国运衰微所致。60年后，葡萄牙重新获得独立，在1580年到1640年漫长的60年中，葡萄牙成为西班牙的附庸。
1。葡萄牙的衰落。
葡萄牙的衰落，早在1580年之前就显出端倪。
首先是让他们富足起来的香料贸易带来了一系列连锁反应，这些反应让葡萄牙始料未及。
葡萄牙在东方打破了阿拉伯商人贸易网络，成功地实现了贸易控制，垄断了香料贸易。而他们在东方购买香料，大多使用现金交易，有时也以物易物。他们将一些欧洲的产品带到亚洲交换香料，当时亚洲对欧洲的产品也有一定的需要，比如铜、铅、水银、白银和布匹。
遗憾的是，葡萄牙自己并不出产这些原料，也不想生产这些工业品，而是要到国外去购买。当时开往东方的一艘船上的运货单上显示：船上装载了热那亚的平绒，佛罗伦萨的绯布，伦敦的棉布，还有荷兰的亚麻布。
香料贸易的终点不在里斯本，而在安特卫普，那里是欧洲香料的集散地。为了处理和北欧国家的贸易，葡萄牙在安特卫普建立了一个商行。船队从那里赊账购买东方贸易所需要的欧洲布匹，等船队运回香料以后再付账。这些贷款的利息很高，大约年利率有25％，而且运输路线很漫长，短时期内无法还债。所以债务越滚越大，到1524年，葡萄牙已经欠下了300万克鲁扎多。
香料贸易的经营成本也在逐步加大。葡萄牙为了东方的战争需要花钱，为了维持与当地部落的联盟需要花钱。更重要的是，航行到印度仍然充满风险，海上的死亡率极高，一位经常跑这条航线的水手说，有4000人与他一起跑这条航线，但是回来的不到2000人，一些人在海上死了，一些人在印度不适应气候得病而亡，还有一些人永远留在东方，不再返回欧洲。
每年复活节期间，船队离开里斯本，到达印度后，卸下装载的欧洲货物。装上葡萄牙商行预先收购好的香料。有人算过一笔账：装船时每51公斤胡椒的价格为3个克鲁扎多，加上旅途开销、在印度和里斯本贮存的管理费、海上运输费以及货物在船上的损耗，到达里斯本以后，价值就达到17个克鲁扎多，而由贸易公司批发出售的价格达到了33个克鲁扎多。每年葡萄牙的香料进口达到200万公斤。
大量的东方香料进入欧洲，导致香料价格下跌。另一方面，原来经营香料的意大利城市不甘心失败。不久，从红海阿拉伯老商路过来的香料在欧洲市场上卷土重来。他们大肆鼓噪说，葡萄牙的香料经过漫长的海上运输，很多都已经变质。
欧洲人在香料上有了另一种选择，这对葡萄牙人来说不是好消息。很快，香料贸易的收入不能弥补支出，葡萄牙不得不向国民借内债，1528年，葡萄牙发放了利息为的国库债券，用来支付年利率为25％的外债。到16世纪中叶，内债比外债多了4倍。葡萄牙国内的全部积蓄就这样流到了国外，东方贸易使国家变得日益贫困。
葡萄牙东方贸易带动了欧洲其他国家如英国、荷兰工业品的生产。葡萄牙人在安特卫普的大批收购，使这些工业品价格上涨。在葡萄牙，很多靠香料贸易发财的人要提高生活水平，不断进口生活用品和奢侈品，从武器、纸张、家具、艺术品、地毯、粮食、马匹、车辆、船只，一直到贴面石、书籍、裘皮、香水，可谓应有尽有。
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兼并（2）
但是葡萄牙的致命弱点在于，它的工业生产能力没有提高。在垄断香料贸易的100年中，葡萄牙的工业生产和13世纪没有任何差别，仍然只 是一些铁匠铺、瓦窑、土布纺织、制鞋、做马具、纺麻，仅仅是农村生活和城镇生活的补充。城市生活的大量用品都依靠进口。
这也就是为什么后来荷兰和英国能靠自己的工业品和舰队击败葡萄牙，一旦他们意识到葡萄牙人只是在转手贩卖他们制造的东西，他们就用自己的舰队一步步剥夺了葡萄牙人在远东的据点，自己取而代之。
1533年，在葡萄牙的埃武拉，一出新的剧目正在上演。戏剧的名字叫《受害者的朝圣》，这是当时的大戏剧家维森特创作的一部构思奇特的杰作。这部戏剧的奇特之处在于，朝圣者游行队伍中的人物是一对一对地出场，每一对人物象征着葡萄牙的一个阶层。
第一队出场的是农民。剧中的农民说：“如果诞生只是一刹那的事，为什么我的死亡却那样漫长？”葡萄牙因为海外贸易而富裕，但是财富到不了农村，而恶果却转嫁到了他们的头上。教会的地主和贵族地主为了享受城市的高消费，对农民施加压力，想从土地上获取更多的收益。农民不甘心过那种在土地上的贫困生活，他们仰慕城市的财富，便干脆跑到城里来。1521年，葡萄牙发生了饥荒，农民们背井离乡来到里斯本，许多人死在路上。在土地上的农民又面临着非洲黑奴的竞争，到1541年，每年有1万多黑奴进入葡萄牙，他们承担了耕田这样的重活。对葡萄牙农民来说，有三条道路可以选择：进入教会、服侍王室，或者漂洋过海。许多农民和贫困之人为了发迹，纷纷投向教会，因为教会可以收取什一税，接受土地租赁者的地租。到16世纪后期，葡萄牙的修道院从200个增加到400个，入教人数激增。农村自耕农也同样破产了，他们的农场和小块田地，逐渐被因航海发家致富的贵族、官吏和冒险家们看成投资场所。他们收购了土地，将自耕农逼到绝境。自己却摆出老爷的架式，虽然有些人并非是世袭的“老爷”。
在城市里，随着扩张和快速致富，产生了许多新的国家机构，官吏大量增加，宫廷人员由若昂国王时的200人，增加到曼努埃尔国王时的4000人。在这100年的时间里，葡萄牙的高官，仆人的增加也大致是这样一个数字。贵族拥有万贯家产，却不思进取，庸庸碌碌，吟风弄月，勾心斗角。城市的中产阶级梦想进入宫廷。每年都有数千名青年涌入里斯本，希望找到一个雇佣他们的贵族或者阔太太。当时的一名外来的教士，对里斯本的社会风气大感惊奇，他发现“这些人宁肯忍受一切痛苦和屈辱，也不愿学点技术”。干活是黑人和摩尔人的事，谁有后台，谁就不必干活，谁干活就意味着谁没有本事。
在航海大发现迅速致富的35年后，维森特的戏剧真实地把葡萄牙海外扩张的后果表现了出来。来自国外的财富促使一个不事生产的阶层的成长，这个阶层如同赘瘤般地吸收国家集体和其他部分的养分越长越大，以 至压断了国内劳动者的脊梁骨。
2。葡萄牙的王位危机。
危机总是积累出来的，更可怕的是，一边窥视的对手动作极为凌厉。
始作俑者是葡萄牙的国王若昂三世，1577年，他逝世了。他的逝世给这个国家留下一个未尽的故事，和许多王朝一样，继承王位者的能力和作为仍然决定着这个国家的方向，遗憾的是，这个继承者是他的孙子，一个只有3岁的孩童：塞巴斯蒂昂。王太后在国王年幼的时候摄政，而这个王太后不是别人，正是神圣罗马帝国皇帝查理五世的妹妹卡塔琳娜。这个决定在议会一公布，民众代表就起来反对，他们不希望一个卡斯蒂利亚人主持葡萄牙的国政。
兼并（3）
1562年，摄政5年的王太后放弃了摄政的位置，由前国王惟一活着的弟弟恩里克大主教摄政，等待幼主成年亲政。
小国王即将面对的世界是一个不一样的世界。
他的老师告诉他，自从在东方发现了香料，葡萄牙就变成了一个郁郁寡欢的国家。此时葡萄牙的东方帝国已经出现了一系列问题，连摄政的恩里克主教都说，维持对印度的统治，看起来只有依靠上帝的神迹才做得到。
船只的吨位越来越大，但是海上的风险也越来越多。在亚速尔群岛和里斯本之间，越来越多的荷兰海盗和英国海盗肆无忌惮地抢劫，葡萄牙不得不派出舰队为他们护航，军事费用一路上升。
而在印度，总督府的设置日现臃肿