一个曾经炮轰过周恩来的红卫兵后来在坦白材料中写道：“有人叫我们整理最大的当权派的黑材料。领导上给我们提供文件，有时我们自己查找文件。文件就是周恩来总理的报告、讲话、谈话纪录等。我们仔细审查每一个字，检查周恩来总理的每一个行动。1961年，周总理在关于文学的讲话中说：‘我们中间有一个坏现象存在，缺乏民主，许多人不敢想、不敢说、不敢做……’这不是鼓吹资产阶级自由主义吗？他还说，‘毛主席曾经修改过自己的文章……伟大人物承认自己的缺点和错误……’这不是吹毛求疵吗？我们从他的许多讲话中东拼西凑，断章取义。最后我们说服自己：周恩来应该打倒。”
实际上，1966年8月以后，一个反周活动的浪潮就在秘密蕴酿之中。
炮轰周恩来的活动，以著名的“五·一六兵团”为急先锋。“五·一六兵团”发源于中国科学院，领导权后来转移到了北京外国语学院的一帮红卫兵手中。其主要幕后指挥者，有文革中红极一时的中央文革小组成员王力和戚本禹。
到了1966年9月，秋风瑟瑟之中，炮轰周恩来的大字报、大标语开始出现在北京街头。
在大字报的汪洋大海中，炮轰周恩来的大字报十分为人们关注。
1966年9月25日晚，在同红卫兵的一次彻夜长谈中，周恩来提到了这些大字报：“今天我非常坦率地同你们讲，世界上有哪一个国家有这样大的自由？你们可以贴各种各样的大字报，有人甚至写出了‘炮轰周恩来！’当然，我知道了，但我一点也不会注意它。有人写出了一张大字报，要求消灭伊斯兰教。世界上有许多伊斯兰国家，例如印度和巴基斯坦，拥有近四亿人口，怎么能完全消灭？答案是：不可能。”说着，周恩来轻松地笑了起来。
周恩来坦诚地说：“我自己曾犯过路线错误。但单单这一点并不能说明我是革命还是反革命。1927年南昌起义时，我犯的错误是进城而不是下乡。六届四中全会我也犯了错误，但蒋介石还是下令逮捕我，你又怎么能说我不革命？”接下来，周恩来谈到了他自己的家庭出身。谈到他父亲时周恩来说：“从阶级成分看，他是个小官吏。”紧接着周恩来又说：“我没有孩子，只有两个侄子，一个没有工作，一个在解放军部队里。我是总理，但是，要解决这些问题也不容易。”
作为战士，周恩来没有撤离他的阵地。用一位外国人的话说：“千百万中国人相信，在这个庞大的国家里，作为个人，只有他一个人才能解决大家无法解决的问题。许多人寄希望于他，是因为他了解他们的个人困难，他会答复他们苦恼的信件，或答复他们的请求，给他们在北国严寒中漂零的红卫兵孩子送去被褥。”
周恩来似乎从来没有这么忙过。事无巨细，一概都得他具体过问。以仅有的少量政府工作人员，他尽力使国家机器正常运转。从每天必需的柴米油盐，到人造卫星计划，从少数民族事务到接见外宾，周恩来每天的工作日程都安排得满满的。
他经常彻夜工作，同红卫兵、工人、干部和外省来的群众代表们谈话，给对立的红卫兵组织做耐心细致的调解工作。他下令保护寺庙文物，劝阻狂热之中的红卫兵不要破坏历史古迹。
1966年10月3日，在一次红卫兵的集会上他再次强调：“红卫兵不要进入解放军守卫的机关。红卫兵不能携带武器，不能穿军装，因为你们不是正规预备役部队。司法权属于法院。红卫兵组织不能使用宣传机构、党报、新华社和广播电台。”
到了1967年，周恩来的部下一个个落马。陈毅、贺龙、廖承志等人一个个成了红卫兵炮轰火烧的对象。当时的情况是：今天，他号召工厂继续开工生产，红卫兵不要进入工厂；明天，《人民日报》上白纸黑字载称，现在所有工厂和全国城乡都要放手搞文化大革命。
1月6日，天安门前出现了一条长15米的巨型标语，赫然写着“炮轰周恩来”的字样。
与此前后，一批攻击周恩来的大字报陆续出现在北京街头。
针对这种情况，周恩来进行了温和且又行之有效的斗争。在一次向毛泽东汇报工作之后，他有意无意提到了揪斗“牛鬼蛇神”的问题。
毛泽东信心十足地说：“真正坏的右派分子只占全体右派分子的百分之一、二、三。”
周恩来说：“现在比这多多了。”
毛泽东一楞，然后坚决地说：“不管多了多少，都要把他们镇压下去。”
当听说北京街头出现了“炮轰周恩来”的标语，并且有红卫兵组织要批斗周恩来时，毛泽东脸色愠怒地说道：“那好，就让他们连我一起批斗。”
毛泽东心里非常清楚，中国在文化大革命那样一个特定的历史时期，如果没有了周恩来，许多事情会无法收拾。
毛泽东的态度多少给了周恩来心理上的一些安慰。基于此，周恩来开列了一份长长的要加予保护的人物名单，请毛泽东签了字。因此，他的一些部下得到了暂时的保护。
甚至，连老奸巨滑的康生也曲意讨好周恩来。在一次会议上，康生提出：“有些红卫兵把批评总理的大字报贴到天安门广场上去了，这都是什么意思？”
“这是反革命行为。”一个红卫兵喊道。
“那么，你们怎么办？”康生问。
“把他们抓起来！”
“对了。”康生击掌赞道。
由于毛泽东保周态度鲜明，中央文革在“炮轰周恩来”的问题上不敢轻举妄动，形形色色的红卫兵组织便始终把周恩来当作毛泽东司令部的人来拥护。1967年4月的一次红卫兵代表大会上，甚至还发出了特别通令：“周恩来总理是毛泽东主席的亲密战友，不应对他有任何怀疑。张贴攻击周总理的大字报，将被视作反革命行为。”
尽管如此，“炮轰周恩来”的活动并没有停止。林彪、江青一伙为打倒一大批党、政、军高级领导干部，于1967年春天策动了一场反击“二月逆流”的运动。余秋里、谭震林、谷牧、李先念、李富春、陈毅、叶剑英等人一个个被指控为“二月逆流”黑干将，公开点名批斗。而周恩来，也被视作黑干将们的保护人和总后台。
于是，一些人乘机把矛头再次指向了周恩来。
1967年3月24日，北京师范大学校园内，贴出了一张《给周总理贴大字报》的大字报，公开反对周恩来。
3月31日，北京钢铁学院因“炮轰周恩来”受到批判了的学生张建旗，公开发表声明，坚持“炮轰周恩来”的立场，并表示他没有错，要“三个月后再见”。
5月初，北京第二外国语学院以张光武为首的几个人，公开发表针对周恩来的“开炮声明”；北京商学院出现了一个“火线纵队”，矛头直指周恩来。在此前后，北京农业大学出现了一个称为“五·一六兵团”的组织。
5月16日，北京外国语学院“6·16兵团”贴出大字报，诬蔑周恩来是“反革命两面派”。
5月底，以张建旗为首，正式成立了北京钢铁学院“五·一六兵团”。
6月2日，张建旗将他3月31日写的攻击周恩来的大字报《给周恩来的一封公开信》抛了出来，又以“钢院五·一六兵团”的名义，贴出《23个为什么？》的大字报，责问周恩来。
6月14日，北京外国语学院“6·16兵团”头头刘令凯与“钢院五·一六兵团”头头张建旗等人在北京外国语学院聚会，策划成立“首都红卫兵五·一六兵团”。
此间，社会上反击“二月逆流”正烈。谭震林、叶剑英、聂荣臻、徐向前等人被公开攻击。中央文革小组成员王力、关锋、戚本禹四处煽动，更是把这一切都推向了极端。
于是，“五·一六兵团”的活动更加肆无忌惮。他们在夜深人静之时，张贴出各种攻击周恩来的大字报、大标语和传单，诸如《揪出二月黑风的总后台──周恩来！》、《周恩来之流的要害是背叛“五·一六通知”！》、《彻底捣毁资产阶级司令部！──质问周恩来》、《周恩来是毛泽东主义的可耻叛徒！》、《周恩来还我战友！》、《周恩来，你在农林口究竟要干什么？》等。在每张大字报、大标语和传单的最后，都署名“五·一六”三个醒目的阿拉伯数字，其中的“1”字写成一个熊熊燃烧的火炬形状。
面对“五·一六兵团”对周恩来越来越猛烈的攻击，北京的许多红卫兵组织表示愤怒。每当“五·一六兵团”的大字报、大标语和传单贴出来之后，不到一两天时间，就被另一批新的“迎头痛击反周逆流”的大字报所覆盖。“首都大专院校红代会”还发表声明：“炮打周总理就是炮打无产阶级司令部，就是反革命，谁要是恶毒攻击我们敬爱的周总理，我们就打倒谁！”
迫于压力，中央文革小组也不得不让陈伯达出面表态：“周恩来总理是毛主席司令部的人”，“反对周总理是严重的政治问题”。
“五·一六兵团”张建旗等人稍稍收敛了些。6月4日，他们发表了一个《严正声明》，表示群众对他们误解了。摆出一付偃旗息鼓的姿态，转入到更加隐蔽的地下活动。
文革波及海外
1967年2月，红卫兵包围了苏联大使馆。两个星期了，仍不见有撤退的迹象。
一切行政命令在红卫兵面前不能奏效，一切领导人的讲话都无法使红卫兵撤离。要这样的时候，照例，由周恩来出面解决问题。
周恩来站在麦克风前，真不知道应该怎样来说服这些狂热的红卫兵们。
他开口了。周恩来总理以他特有的魅力和谈话技巧，将红卫兵的思路从狭隘的一隅引向全世界，引向风起云涌的国际风云。他强调斗争要注意策略，斗争要有艺术性，不要过分刺激苏联领导人。红卫兵们安静下来，沉思着。
两天后，红卫兵的包围圈撤掉了。