S有来往，那我真的庆幸博士人在东京而非鸟取，这样，也许他还有逃离日本的机会。
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由于组织BOSS的办公地点极其隐秘，非组织高层成员没有权限进入，所以水无怜奈无法提供通道另一头的情报，因此第二阶段行动还是具有相当的危险性。为此，包括毛利大叔在内的ICPO的警员们都穿戴了防弹的战术马甲，并配有MP5冲锋枪。大叔也曾打算交给工藤一把H&K公司的P7警用手枪防身，但却被工藤拒绝了。
一向喜欢手枪的工藤竟然拒绝了警方给予的手枪，放在以前，又要算是奇闻了。而对于现在的工藤新一，无论他有何反常表现，我都有些见怪不怪了。而我所在意的，是他拒绝时的眼神，那眼神好像他早已知道：行动不会遇到危险，或者说，即使遇到危险，多一把小小的P7又能如何？！
我、工藤、毛利大叔和6名全副武装的ICPO警员在FBI的带领下走入组织总部，建筑内部的构造复杂而庞大，并且到处充斥着我曾经熟悉的黑暗气息，即使有工藤等人在旁，我仍感觉不寒而栗。墙壁上随处可见的血迹和弹孔，昭示着这场战斗的惨烈，也昭示着一个罪恶组织的陌路。
战场的清理工作仍在继续，一路上经常遇到被击毙的组织成员尸体，曾身在组织的我，并非没见过死人，但仍紧闭双眼，不敢去看那一张张令人触目惊心的扭曲面孔。
这或许就是命运吧，如果没有姐姐，没有工藤，如果没有逃离组织，也许我的结局也会成为这些尸体其中的一员，在一个悲凉的夜晚，将生命葬送于此。
毕竟，出来混，早晚要还的。
这样不知走了多久，一路上，空气中弥漫的血腥气味不断冲击着我的感观，令人作呕，我还一度躲在墙角呕吐，令我稍感安慰的，是工藤一直守在我身边。
终于，在我心理承受即将达到限度之前，一扇坚固的大门出现在前方，带路的FBI探员抬眼打量了一下大门，对我们说：
“这就是进入BOSS办公场所的入口。根据CIA卧底提供的情报，组织BOSS今天全天会在里面。我们的人已经封锁了这建筑周围五公里区域，没有见到任何疑似BOSS的嫌犯逃离， 所以BOSS还在里面的几率很大。交给你们的了。好运。”
说完，FBI探员转身离开了。
一名ICPO警员取出塑性炸药，安置在大门四周，并示意我们退后。随着一声巨响，大门很轻松的被炸开。
尽管一切顺利，我注意到工藤眼中却有一丝疑惑一闪即逝。
大门后是一条纯白色的通道，在白色灯光照耀下没有一丝阴影。
我们一行九人小心翼翼的走入隧道，每迈一步都十分谨慎，随时堤防着可能出现的陷阱。
但这一路却出乎预料的安全，不要说陷阱，甚至连一个摄像头都没有。对此大家都有些许迷惑，只有工藤对此没有丝毫意外，好像一切都在他的预料之中。
大约走了500米左右，另一扇大门出现在眼前。
ICPO警员再次在门上安装上炸药，还没等引爆，门竟自动向上开启。
大门缓缓打开，门后面的房间一片漆黑。见此状，工藤立即拉我隐蔽在门两侧的死角中，其他警员也是如此。
离门最近的警员向门内投掷了一枚闪光雷。待其引爆后，六员名警员将毛利大叔、工藤和我围拢在中心，缓缓走入门后的房间。
警员手中MP5安装的照明模块射出一道道苍白的光束，在黑暗中不断晃动着，光束扫过的地方，可以看到白色的墙壁，却不见任何设施和人影。
就在此刻，一阵刺耳的枪声响起，伴随着凄惨的呻吟，所有光束瞬间熄灭，房间瞬间漆黑一片，然后死一般寂静。
我感到某种温热的液体溅到我脸上，并沿着脸颊向下蔓延。
不敢抬手拭去脸上的液体，巨大的惶恐将我围绕，四周的黑暗中仿佛潜伏着嗜血的鬼魅，令我的身体失去活动的力量，只能在黑暗中颤抖着用手寻找工藤的方向。
指间传来熟悉的触感，一只大手与我十指相扣，我知道，那是工藤的手，但这双曾无数次给予我安定力量的手，如今却如此冰凉，仿佛也在从我手心寻找温暖和支持。
紧紧握住他的手，眼睛在黑暗中凝视他的方向，工藤，或许我没有能力给你力量，但至少请你相信，无论发生什么，我都会在你身旁。
灯光忽的亮起，我这才看清，这是间纯白色的房间，里面摆放着清一色纯白色的奢华家具，但如今，所有白色已被鲜血染红，强烈的色差给视觉带来强烈冲击，惊恐中，我感到阵阵眩晕。
顺着血迹我低下头，只觉一股寒气贯穿全身，包括毛利大叔在内的七名警员全部倒在血泊之中，而只有我和工藤毫发未伤的站立在四溅的鲜血中央，那情景说不出的诡异可怖。
耳后传来刺耳的笑声，我惊恐的顺声音望去，只见基安蒂和科恩手持AN94突击步枪站在我们身后，枪口的阵阵青烟揭示着他们是这场杀戮的元凶。
工藤一个箭步迈到我身前，将我护在身体后面，双眼怒视着眼前的杀手。而基安蒂和科恩的脸上却露出令人憎恶的笑容，抬手将步枪的准心瞄向我们。
砰砰，两声枪声想起的刹那，我尽全力将工藤从身前推开，闭上双眼，等待死亡的召唤，工藤，我能为你做的就这么多了…
一秒，两秒，没有痛感，身体还能活动，我没有死。
将右眼睁开一条缝，我想看看究竟发生了什么。
眼前的景象令人惊诧，几秒钟前还得意的笑着的基安蒂和科恩现在已躺倒在地，鲜血不断从胸前涌出，从伤口的位置判断，他们应当是一枪致命。
基里安的脸上至死仍留着刚才那不屑的笑容，但此时看来，更像是在嘲笑她自己。
是谁救了我？难道是工藤？
但工藤呆呆的伫立在不远处，同样一脸茫然失措，丝毫没有开过枪的样子，再说，他确实拒绝了大叔交给他的防身手枪。
“新一，志保，你们还好吧，看来我们来的不晚。”
一个温和而富有磁性的声音传来，那声音多么熟悉，是谁？是谁救了我们？
三个熟悉的身影出现在门口，站在最前面的是手握格洛克手枪的工藤优作，身后是工藤有希子和阿笠博士。
原来是他们，是他们救了我和工藤，而且博士，博士也在，这说明工藤的推理是错误的，博士是好人！
经历了刚才的生死关头，得救的我只感觉如释重负，眼泪已止不住的落下，举步向博士他们走去。
一双手拉住了我的肩膀，我一惊，回头发现那是工藤，他的双眼深深的埋在刘海后，面无表情。但颈部凸显的青筋表明他紧绷的神经。
“新一，你没事吧？”工藤优作关切的问道。
“托您的福，我很好，父亲大人…”工藤缓缓抬起头，我看到他眼中的愤怒像两道长剑一般射向他的父亲。
“…或者说，应当叫做黑暗组织的BOSS。”
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怎么可能。我惊讶转头望向工藤优作等三人。
“小新，你在说什么，你爸爸他刚刚救了你们，怎么可能是…”
有希子的话被工藤生硬的打断，他说：
“故意让我们顺利进入这房间，让基安蒂和科恩躲在这里先消灭ICPO警员，并命令他们在打开灯后干掉我和宫野。而你在早已准备好在他们开枪射杀我们之前将之干掉。这样，既灭了他们的口，又能和我以及志保一起逃脱，并在我的证词下免除警方和FBI的怀疑。”
工藤眼前的刘海有几分颤动，他低声的说：
“这就是你的脱身计划，对吗，BOSS。”
有希子想辩驳些什么，却被工藤优作阻止。
“那么新一，你从什么时候开始怀疑我的？”
“从去年的圣诞节。”工藤的语速渐缓，似乎是在回忆着什么。
“那天在机场，由于大雪的缘故，扩音器不断广播你们乘坐的航班晚点的动态。而几乎每次广播完后，博士都要往洗手间跑。起初我并没有在意，但无巧不成书，我恰巧有一次，在博士之后也去了洗手间。
在洗手间里，我听到隔间里传来一个熟悉的电话号码，………《七个孩子》的旋律。那时我很激动，以为遇到组织高层成员。所以躲在那人隔壁，等待他出来。但最终走出来的人竟然是，阿笠博士。而就在那时，扩音器再次传来你们航班的动态，博士则又转身回到了隔间中。
这时，我便产生里一个令我自己都难以置信的假设：我的父母不在从夏威夷飞往东京的航班上，也不在成田机场，他们大概在另一架私人飞机上，或许根本就没有乘坐飞机。由于不在机场，所以他们无法了解到晚点飞机的动态，因而需要博士不断通知其信息，以确定进入等候大厅见儿子的恰当时机。而那个《七个孩子》的号码则表明 …我的父亲就是黑暗组织的BOSS。”
“你的证据呢？”
“证据？我不需要什么证据，再说侦探小说大师工藤优作也不会留下什么证据给我，对吗？”
工藤的语气很凄凉，但也很坚定，他突然抬起头，甩开刘海，蓝色的眼眸已被熊熊怒火所填满，他用近乎疯狂的吼叫疾呼：“但凭你刚才杀死你两名党羽的行径，我就可以断定，你是黑暗组织的BOSS。那么无情，那么狠辣，两枪就剥夺了两个人的生命，这不是我记忆中父亲的所为，这是被黑暗所吞噬的人才有残忍！”
“残忍”二字回音在房间中回响着，反复敲击着我的耳膜。
最后一句话，工藤的声音已接近哭腔，人也近乎崩溃，瘫坐在地上。
眼前的工藤新一是那么无力，那么悲伤，就像一个被丢弃的孤儿，往日的英挺已荡然无存。
不知那里来的力气，也不知为何原因，我一步一步挪向工藤，跪倒在他身旁，将颤抖的他揽入怀中，同时，目光直视对面的三人，从有希子到博士，在从博士到工藤优作，我任然抱有一分希望，希望他们三人中能有一人作出解释，说明这一切