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吕不韦因送假太监进宫伴太后，犯下欺君之罪，本当连坐，因念他侍奉先王有功，功罪相抵，被免去相国职衔，勒令去河南乡下闲置。吕不韦在河南住了一年多，山东各诸侯国，多派遣使问讯，使者络绎不绝。这件事被嬴政知道后，为了防止他谋变，嬴政就派人给吕不韦送去绝命书，信中对吕不韦大加斥责：“你对秦国有什么功劳，却能封土洛阳，食邑十万？你和秦国又有什么亲缘，却得到仲父的称号？你快给我滚到西蜀去吧！”
吕不韦看完书信，长叹数声，几乎泪下。他想如果告知嬴政自己是他的生父，那么性格暴戾高傲的嬴政，为了不让家丑暴露，肯定不会放过自己，可是如果去了西蜀也不会有什么好结果，想来想去，他觉得不如就此自尽，免得受苦。便取了鸩酒，勉强吞下，顷刻间毙命。几年后赵姬也死了，赵姬死后，嬴政把母亲悄悄埋在了子楚的陵墓中。
至此，嬴政可以说是清除了对自己政权构成威胁的所有对手，于是他便开始对六国采取了军事行动。在嬴政手下，有一批很有才干的文臣武将，在他们的辅佐下，嬴政采取了远交近攻，集中兵力，先易后难，中间突破，后扫两翼，最后灭齐的方针。在执行中又及时抓住可乘之机。灵活机动地变通主攻方向，在军事进攻的同时，配合以政治上的分化瓦解，两者结合，得心应手，加速了统一的进程，前后用了十年的时间灭掉了六国，统一了中国。
最先灭掉的是韩国，秦王十四年，即公元前233年，韩国割地称臣，也没能挽救败亡的命运。三年后，秦国俘虏了韩王，灭掉了韩国；然后秦国攻打赵国，俘虏了赵王，公子嘉逃到了代郡，称代王。到秦王二十五年，代王也被俘，赵最后灭亡。
在秦王二十年，大将王翦领兵攻燕。在易水西面秦兵打败了燕、代联军。攻占了燕国都城蓟城（今北京）。燕王向辽东方向出逃。后来，燕王只得杀死了曾经派荆轲刺杀秦王的太子丹，把他的头献给秦军求和。到秦王二十五年，燕国最后的一个王——喜被俘获，燕国也被灭了。同时，魏国也被秦军灭掉。
秦王二十三年，攻打楚国的秦军因为兵力太少，被楚军打败。秦王又派老将王翦出征，并听从他的建议，给了六十万重兵，结果，王翦用了三年时间，终于拿下了楚国。
最后灭掉的是齐国。在秦国先后对其他五国用兵时，齐国不但袖手旁观，而且和秦国结盟，根本没有意识到自己的前途和其他五国一样。因此，齐国没有做任何战争准备。等到秦王二十六年，五国都被灭掉后，齐国这才派兵准备抵御秦国，并和秦国断交，但为时已晚。秦国大将王贲在最终灭掉燕国后，领兵大举南下，一战俘获了齐王。从此，春秋战国以后在中国大地上形成的诸侯争霸，连年混战局面结束了，六国统一于秦。秦的疆域异常辽阔，北到长城和阴山，南到南越，即现在的岭南地区，秦还设置了南海、桂林、象郡进行管理。疆域的西界是陇西，东则延伸到了辽东。
这时，嬴政才三十九岁。
实行改革建帝国
统一六国以后，嬴政认为自己德高三皇，功过五帝，于是将皇和帝并称为“皇帝”，因而称自己为始皇帝，意即从他开始，从此以后，中国历代君主均称皇帝，的后世称二世、三世，以至万世，传之无穷。他推行了一整套维护统一封建帝国的改革措施，对中国政治、经济和文化的统一和发展起到了巨大的作用。
秦始皇认为必须由皇帝来掌握全国的政权，不能再像西周那样分封诸侯，各管一地，致使最后诸侯各自独立，中央无法控制，这才导致了天下大乱。
于是他废除了自殷、周以来的分封制，实行郡县制，即把全国分为三十六郡，郡下设县，郡的长官是郡守，县的长官有两个名称，一是县令（万户以上），一是县长（万户以下）。县以下依次是乡、亭、里、什、伍，是一种准军事化的管理体制，基层百姓五家为一个单位，由伍长负责。什则由十家组成，由什长负责。
在中央设三公九卿，帮助皇帝处理国家大事。三公是丞相、太尉和御史大夫。丞相是最高行政长官，辅助皇帝处理政务，同时负责对文武百官的管理。太尉则是最高的军政长官，负责军事事务，但他平时没有军权，战时也要听从皇帝的命令，而且要有皇帝的符节才能调动军队，军权实际上也是掌握在皇帝手中。御史大夫是负责监察百官的，也是副丞相，皇帝的诏令一般由御史大夫转交给丞相去执行。
三公的下面是九卿：奉常，掌管宗庙礼仪；郎中令，负责传达皇帝命令，以及皇帝的警卫；卫尉，就是宫廷的警卫首领，负责皇帝住所的日常守卫；太仆，主要工作是负责侍从皇帝，掌管皇帝的车马；廷尉，掌管全国的司法事务，负责审理重案要案；典客，负责国家的外交事务，同时负责内部少数民族的事务；宗正则是专门管理皇室事务的官员；治粟内史，管理中央财政，并负责全国的税收工作；少府是皇帝个人的财政官员，管理归皇帝私有的山泽湖泊和宫廷手工业。
秦朝对于官吏的管理是很严格的，制定了很多处罚官吏的法令。官吏犯法，不是像西周那样享有特权，而是加重处罚。这使得秦朝的吏治非常清明，政府的办事效率极高。对于官吏要求很严，必须通晓法律，但也给了很高的地位。
这样从中央到地方，一切权利均集中于皇帝，大大加强了中央集权制的君主统治。
除了政治体制改革外，秦始皇还采取了一系列的措施来巩固集权统治。
为了保卫北方领土，他让大将蒙恬率军北防匈奴，并把战国时期各国修筑的长城连接起来以抵御匈奴的袭击，秦的长城西起西起甘肃岷山，东到辽东，共一万多里，号称“万里长城”。这是我国古代劳动人民修建的一项伟大工程，也是世界奇迹之一。
秦始皇还下令修建官道，即弛道。以咸阳为中心，共修成三条，一条向北通到了内蒙；一条通向东面的河北和山东，直到海边；一条向南，通两湖和江苏。弛道宽达五十步，两旁每三丈远就种一棵青松树。弛道的建立，大大缩短了信息传播的时间，有利于中央集权的加强和政令的及时传达。
为了根绝先前六国后裔的反叛行动，秦始皇将后裔贵族们连同富豪等12万余户，一律迁到了咸阳附近，这样便于监视，同时也繁荣了都城的经济。
同时，秦始皇还改革并统一了原来混乱的度量衡和货币，汉字也得到了统一，以秦小篆为全国通用文字，这大大促进了各地文化的交流。
焚书又坑儒
秦始皇在统一天下之后，志满意骄，凶暴残忍，酷法严刑。无休无止地征调赋税和夫役，修长城、建宫殿、筑陵寝、开边戍守使刚刚脱离战乱之苦的广大农民，又陷于疲于奔命的劳役之中。
秦始皇很喜欢六国华丽的宫殿，所以，每当灭掉一个国家，他都要让人将宫殿的图画下来，然后在咸阳照样仿造。秦始皇却建了其他很多的宫殿，单单咸阳的周围就建有宫殿二百七十多座，行宫在关外有四百多座，关内三百多座。在这些宫殿中，最大最有名的还是阿房宫。因为在秦末已经被项羽烧毁，所以其规模究竟有多大，现在无法估计，但根据历史记载，光阿房宫的前殿的东西就宽达五百步，大约相当于七百米。南北有五十丈，相当于一百一十五米。殿的门用磁石砌成，主要是用来防止人带兵器行刺。在殿门前排列着十二个铜人，即用没收民间兵器熔铸而成的那十二个铜人。但在秦始皇死在出巡的路上时，阿房宫还没有建成，这个巨大的工程，每年都要调用民工七十万人。
另一个宏大的工程是修建秦始皇自己的骊山墓，每年也用工七十多万人。加上其他的用工，如修建长城，修弛道，常年的兵役征发，致使秦朝每年服役的人达三万之多，男子征发不足使用，有时还要征发女子。
为了聚集财富以供自己大兴土木，秦始皇就制定了多如牛毛的苛捐杂税，本来按照传统，人们都主张和长辈同住，以便尽孝，而秦始皇则要成家的男子和父母分居，这样国家可以按照户数多收赋税。
秦始皇的暴政导致民怨沸腾，为了防止老百姓对自己的反叛，秦始皇制定了严酷的法律，秦法仅死刑就分为戮、腰斩、车裂、坑（活埋）、
凿颠（凿破头脑）、抽胁、枭首，并推行连坐法和族诛，这些严重的刑法的实施，就是为了镇压人民的反抗。严酷的法律，使人民生活在水深火热之中，老百姓动不动就触犯了法律，处罚当然就相当严厉，常将人的脚砍断，造成大量的残废人。原来百姓渴望统一，结束无休止的战争，是想从此过上安宁的日子，现在秦的暴政让他们失望至极，秦的民心丧失是它迅速灭亡的主要原因。
秦始皇是中国历史上以残暴著称的封建统治者。焚书坑儒是他最骇人听闻的、震烁古今的暴行之一，数千年来受到千夫所指，众口所矢，几乎妇孺皆知，被称作知识文化和知识分子在中国遭受的首次大规模的浩劫。
秦始皇由于实行严酷法律，引起了士人的不满，纷纷指责秦始皇。丞相李斯主张严厉镇压这些胆大妄为的士人，他给秦始皇写了一封奏疏，要求进行焚书。即除了《秦记》之外的所有史书一律烧毁，全国百姓和士人私自收藏的经书和诸子百家的典籍，也全部由官府统一烧毁。敢再违抗命令，议论政事的人一律处死。如果官吏知情隐瞒不报，也和藏书的人同等治罪。除了少数史书之外，其他的最后只留下了关于农业、卜筮和医药的书籍。
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