当然，慈禧太后一刻也没有放松对光绪的警惕，她躲在颐和园里，对光绪的一举一动全都清清楚楚。早在下达《定国是诏》的时候，慈禧就连下三道“上谕”，罢了翁同龢的官，使光绪失去了左膀右臂，并命凡二品以上的大官均须到太后面前谢恩，牢牢掌握了人事大权。
“六堂官事件”后，慈禧更是加紧密谋，让掌握军队大权的荣禄调派军队，包围北京。荣禄就把当时清朝最为精锐的几支陆军调到了北京的周围，一是把聂士成的甘军调驻天津，二是把董福祥的武毅军调驻北京西南。慈禧还派亲信重兵严密护卫颐和园。这样，慈禧就有恃无恐了。
相对于慈禧太后的十万雄师，而光绪的改革者只是几个文弱书生。在“百日维新”期间，光绪授予了谭嗣同、刘光第、杨锐、林旭等人四品官位，担任军机处章京，做文书工作，人称“军机四卿”，再加上康有为、梁启超，也不过六人。而这些人一点军政实权都没有，只能今天上一个奏章，明天上一个奏章，连光绪的面也见不上。而光绪呢？只是今天一个诏令，明天一个诏令，没考虑能否实行下去。这种变法在思想文化上的影响固然是巨大的，但在实际操作上，无异于小孩过家家。
光绪对于慈禧太后的阴谋一无所知，只是从每日朝见慈禧太后的感觉中，觉察到大势不妙，于是，他写了几道“密诏”，要康有为到上海办报馆，实是要他去避难。等光绪密召杨锐入宫，向他说明紧急情况，要他设法时，杨锐惊慌失措，竟冒出了一句书生气十足的话：“这是陛下的家事，应当同你家里人商量。”至此，光绪已完全绝望，他慌急、焦躁、愤怒，但却一筹莫展。
他是个聪明人，知道自己只能坐以待毙。但他还想作一番努力，当时，袁世凯正在北京，光绪就于九月十六日召见了袁世凯。在光绪看来，袁世凯对维新变法一贯表现得较为积极，他想争取袁世凯的军队，也许会有挽回败局的希望。在与袁世凯面谈时，光绪对他备加称赞，并大升其官。袁世凯先是一惊一喜，随后就恍然大悟，明白了光绪是想利用自己。袁世凯权衡了各方力量之后，立刻跑回天津驻军所在地，向荣禄告密。荣禄得讯，当晚就乘火车从天津赶往颐和园，向慈禧报告。
9月21日，慈禧太后从颐和园回来，光绪慌忙跪地迎接，慈禧太后声色俱厉地把他训斥了一番，以光绪的名义下了两道“上谕”，宣告光绪退位，自己重新训政。慈禧把光绪囚禁起来，又杀掉康广仁、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第六人，史称“戊戌六君子”。
这下，光绪帝完全成了一个囚徒，被监禁在西苑瀛台，或颐和园的玉澜堂。到过颐和园的都知道，这里完全是一个死院，东西两厢的墙是一个暗墙，不能从窗户跑，皇后住后院也不能到前院来。从光绪24年到34年光绪死，整整十年。
“戊戌变法”是清朝五次历史机遇当中的最后一次，变法的失败使清朝丧失了最后一次改革变法的机会，导致的结果就是清朝的灭亡。
婚姻不幸
光绪皇帝一生政治生活可以做出一个结论是悲剧，但是光绪的家庭生活也是悲剧。光绪只有一后二妃，这在清朝皇帝里面是十分罕见的。
1888年，光绪18岁，已到结婚年龄了。西太后慈禧决定为光绪成亲。慈禧不顾光绪本人的反对，给他物色了一个他并不喜欢的皇后。她就是慈禧亲弟弟佳祥的女儿，比光绪大3岁，时年已21岁。这位皇后长得实在不漂亮，瘦弱驼背，才能也平庸，再仗着有慈禧这层关系，行为做事比较骄横。光绪虽然极为不满，但也无可奈何。
其实，光绪是慈禧亲妹妹的儿子，皇后是慈禧亲弟弟的女儿，他俩是表姐弟关系，属于近亲结婚。然而，慈禧之所以选自己的侄女为皇后，就是想利用皇后来控制和操纵皇帝，继续掌握朝廷大权。
光绪对这桩婚姻从定亲时，就不满意，接踵而来的不幸是择定婚期前一个多月迎娶皇后的必经之门太和门在深夜突然起了大火，吞噬了太和门及其左右的贞度门、昭德门等建筑，不得已，只好清理火场，临时赶制了太和门彩棚，才得以奉迎皇后入宫。
光绪与皇后的婚事也许正应了那场预兆不祥的大火，夫妻两人生活上一辈子不亲、政治上不合。在光绪与慈禧帝后两党之争中。皇后不仅始终站在慈禧一边，而且还起到了忠实帮凶的作用，是慈禧探听、监视皇帝行动的一个忠实耳目。
他俩在生活上也不协调，光绪始终不爱她，两人各闹各的犟脾气，你不迁就我，我更不迁就你，互不让步，只是当着西太后的面或在别人面前，才装成夫妻样，但那是做给别人看的，事实上双方彼此并不说话。据说在光绪临死前的十多天，有一天皇后来请安，光绪当即吩咐皇后“请跪安吧”，意味着请她马上退下。然而，皇后没有及时退下，而是装作没听见。光绪连发两次话，她都不答理。光绪是个易怒的人，他奋起身来拽下皇后的发髻，把皇后的一只玉簪子摔在地上。总之，光绪跟皇后斗气不斗嘴，有她只当没她，干脆把她晾在一边，他俩至死也没有感情，甚至还有解不开的怨仇。皇后事实上守了一辈子活寡。作为家庭生活来说，这不能不说是一个悲剧。
当时一块随皇后入宫的还有两位妃子瑾妃和珍妃。她二人是亲姐妹，瑾妃相貌一般，性格脆弱；珍妃貌美端庄，性情机敏。
珍妃入宫犹如一块石子投入一潭死水，珍妃性格活泼热情，年龄也小，无忧无虑，喜欢打扮，甚至于女扮男装，经常穿着男人的衣服。她对光绪的同情和体贴，激起了光绪对未来的憧憬和热情，同时，也引发了他要在政治上摆脱束缚有所作为的欲望。大婚后的数年间，他与珍妃共同度过了一生中较为轻松的时光，特别是珍妃与他政治上多有契合，珍妃支持他进行变革、变法。而这一点，是慈禧最不愿看到的。
后来，又发生了一件事，使慈禧对她极端厌恶起来。裕宽想谋一个福州将军的职务，他先托人找李莲英，想走李莲英的后门来谋这个缺，李莲英要价太高，他没有接受，他由于跟珍妃家里有一层关系，就托珍妃来办这个事。结果，被李莲英察觉到了，就报告给了慈禧太后。慈禧太后知道这个事情，非常生气。
光绪二十年，十月二十八这天，光绪循例到慈禧太后那儿请安时，慈禧不搭理他，头不抬，眼不睁，光绪跪了好长时间也不敢起来，也不敢问。最后慈禧甩出一句话来，说你那个珍妃，你不管，我可要管一管了。光绪退出，回到他的宫里不久，一个太监就来跟他报告，非常慌张地说出事了，珍妃遭到了廷杖。
廷杖尽管明朝常用，但在清朝几乎没有用过，有人说慈禧还是实行的褫衣廷杖，就是脱了衣服打板子。这对一个妃子来说，既是肉体上的痛苦，又是精神上的羞辱。这件事正史没有记载，只说这一天御医给珍妃看病，珍妃受到惊吓，浑身肌肉颤动，甚至昏迷不醒，夜里几次紧急召太医到珍妃那儿。从这些记载来看，珍妃可能是真的受到了廷杖。这事传到光绪那里，光绪自己是皇帝，却连自己爱妃的利益、权利都不能保障，他的内心痛苦可想而知。
慈禧对珍妃实行廷杖，可以收到一石五鸟的效果：从光绪这个角度说，是对光绪的警告。你老宠着珍妃，你不听我的话，我要杀鸡给猴看，杀一儆百，借着珍妃教训光绪。从皇后的角度来说，是对皇后的心理安慰。珍妃老受宠，你老被冷漠，我惩治珍妃，给你出口气，给她亲侄女出口气。从珍妃角度说，做的事被慈禧抓住了，就要受到严厉的惩罚，以解慈禧多年对珍妃的心头之恨。从宫女的角度说，皇宫应当是一片净土，怎么可以在这里面贪污纳贿，卖官鬻爵，惩治一个人，教育一大片。谁再敢卖官鬻爵以此为戒。最后从慈禧来说，惩治了珍妃就吐出了一肚子的怨气，但事情还没完。慈禧接着又连发两道木牌，告诫瑾妃、珍妃和其他的人。
第一块木牌是大意是这样写的：“如有不遵家法，在皇帝前干预国政，颠倒是非，从重治罪”。看起来，光绪变法，珍妃可能从侧面支持或者鼓励，可能有这样一个情况，因为她讲到干预国政。
第二个木牌明确指出告诫瑾妃和珍妃的：“平素妆饰衣服，俱按宫内规矩穿戴，并一切使用物件不得违例，如有不遵者，重责不贷。”特别提到瑾妃和珍妃的穿着衣服，看起来珍妃穿男人衣服，女扮男妆，讲得很具体了。
之后，慈禧就命人把珍妃打入冷宫，大门反锁，饮食从门槛底下递进去。戊戌变法失败后，慈禧又将珍妃囚禁在钟粹宫后北三所，并且给她立下一条规矩：今后不许再见皇上。
因此，光绪的一生，在爱情、婚姻和家庭中都充满着悲剧色彩。光绪无儿无女，身边没有子女的家庭欢乐，自己长期过着一种囚徒的生活，没有任何人跟他来往，孤苦伶仃，寂寞寡人，对个人生活来说，也是一种悲剧。
尤其是他与慈禧之间的恩恩怨怨更令人嘘唏不已。是慈禧点名让他继承皇位的，应当说慈禧是他的恩人；慈禧既是他的伯母，又是他的姨妈，他对慈禧叫“圣母皇太后”，又是慈禧把他抚养大的，按理说慈禧是他的亲人。但是在政治上，慈禧又是他的仇人和敌人。光绪亲政的十年，是与慈禧进行政治和权力斗争的十年，从中日甲午战争到戊戌变法运动，双方矛盾日益尖锐。因此，慈禧既是光绪的亲人、恩人，又是光绪的仇人、敌人，这是一个矛盾，作为家庭生活来说，也是一种悲剧。
死因之谜
慈禧重新出面训政后，还多方凌辱折磨光绪。起初，慈禧想过要谋害光绪，后来又想把他废掉。光绪深知慈禧的险恶用心，日夜担惊�