慈禧重新出面训政后，还多方凌辱折磨光绪。起初，慈禧想过要谋害光绪，后来又想把他废掉。光绪深知慈禧的险恶用心，日夜担惊受怕，常常对天长叹：我连汉献帝都不如啊！
光绪被囚于瀛台，由慈禧的四名亲信太监监视着。他或者坐在露台，双手抱膝，愁思哀伤，或者睡在木床上苦思苦想。在太监的监视比较松懈时，就偷偷地记日记。这样差不多被关押了整整两年。
1900年，中国北方爆发了以“扶清灭洋”为口号的义和团运动，引起英、俄、法、德、美、日、意、奧等八国联军入侵。在八国联军逼近北京时，光绪帝有“留京以镇人心之意”，慈禧太后却挟其逃往西安。临走前，慈禧命总管太监李莲英硬将光绪最为宠爱的妃子兼同道者珍妃推入东华门内的一口井内害死。
在逃亡中慈禧下令剿杀义和团运动。1901年岁次辛丑，九月七日，清政府在北京与各国所订立的条约，共十二款，以赔款一项为最重，数目高达白银四亿五千万两，为不平等条约中最苛刻的。1902年1月，光绪又被慈禧带回北京，仍然被囚禁在瀛台。这时的光绪，在经历了大风大浪之后逐渐地成熟起来，更加坚信中国只有变法图强才能免于被帝国主义列强灭亡的命运，他一直念念不忘变法，并一直希望在慈禧太后死后自己能重掌大权，重行新法。但是，他始终没有搬倒慈禧这座压在他头上的大山，历史始终没有给他机会。他也没有勇气冲破封建伦理思想的束缚，因此，“天颜戚戚，常若不悦”，心境悲怆，终其一生是屈辱和哀怨的悲剧命运。
被囚禁的光绪，病情日益加重。御医在光绪的《脉案》中多次写下这样的话：皇上脉搏微弱，面色发黄，鼻子溃疡，吃饭不香，消化不良，心情烦躁，时常叹息，气短而懒得说话，精神恍惚，常常半夜醒来，对墙无故发笑。皇上本来身体就不好，气血双亏，心肾两虚，现在又胸中郁闷，虚火上升，造成脾胃不和。
1908年10月，光绪生病卧床。这时慈禧也生病了。光绪在日记中写道：“我现在病得很重，但是我心觉得老佛爷（指慈禧）一定会死在我之前。如果这样，我要下令斩杀袁世凯和李莲英。”不料这段日记被李莲英获悉，他立即报告了慈禧，说：“皇上想死在老佛爷之后呢！”慈禧听了，恨恨地说：“我不能死在他之前！”
当天，即21日就命令光绪的饮食、医药之事统统由李莲英服侍。这天下午，光绪的病情突然转危，不久死去。
在光绪皇帝临死前一天，慈禧太后也行将不起，由于光绪皇帝无后，慈禧太后在中南海召见军机大臣，商量立储人选，军机大臣认为内忧外患之际，当立年长之人。慈禧太后听后勃然大怒，最后议定，立三岁的溥仪为帝，并让溥仪的亲生父亲载沣监国。大臣将此事告知光绪皇帝后，因为溥仪是自己的亲侄子，又让自己的亲弟弟监国，光绪皇帝十分满意。接着，光绪、慈禧在两天中相继死去。
半个月后，溥仪即位，由光绪皇后隆裕和载沣摄政。第二年改年号为“宣统”，就这样溥仪登上了大清王朝末代皇帝的宝座。宣统三年（1911年）辛亥革命暴发，次年2月12日，隆裕太后被迫代溥仪颁布了《退位诏书》，溥仪退居紫禁城中的养心殿，宣告了清王朝的灭亡和延续了两千多年的封建帝制的结束。
光绪皇帝和慈禧太后去世的消息一传出，就震惊了海内外。人们普遍认为，光绪在慈禧前一天死去，这不是巧合，而是处心积虑的谋害，是慈禧令太监将他毒死的。因为人们总觉得他只比慈禧早死一天，这太奇怪了。光绪当时身体很虚弱是不假，但为什么连这一天也拖不过去呢？是慈禧手下最后几天在药里下了什么东西，还是做了别的手脚？不排除有这样的可能。
也有人认为，由于袁世凯的叛卖告密，使慈禧镇压了维新运动。袁世凯担心慈禧死后光绪重新执政，将会问罪于他，于是就与庆亲王勾结，打算废黜光绪，立庆亲王之子为帝，事不成，就下手毒杀了光绪。
也有人主张是李莲英害死的。因为李莲英一直跟着慈禧，怕慈禧死了之后，光绪执政，对自己不利。所以，他下手，让光绪死在慈禧之前。
当然，也有人认为光绪是病死的。光绪自幼身体孱弱，一直有脾胃虚弱的毛病。成年后又有滑精症状，而且一天比一天厉害。他又长期咳嗽，似乎患有肺结核。政治上的失意，长期的精神抑郁，更使他患有严重的神经官能症，心悸、失眼、食欲不振等症状相继出现，逝世前一年已病入骨肓，直接死亡的原因，可能是心肺功能的慢性衰竭，并发急性感染。这一说法为多数学者接受。
这种说法的依据就是《清德宗实录》和《光绪朝东华录》，以及《清宫档案》。在这些记载中，一致认为光绪属于自然病死，是正常死亡的。
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传国玉玺之谜
公元936年，当李从珂和后妃登玄武楼积薪自焚时，还牵出一件惊天大案，那就是传国玉玺自此神秘失踪了。从此，关于它的下落众说纷纭，莫衷一是。在说传国玉玺之前，要先说一说和氏璧。
而中国历史上最具传奇色彩的文物，就莫过于和氏璧了。
公元前689年，有位叫卞和的楚国人，从荆山上得到一块珍贵的玉石，他知道这是无价之宝，就把它献给楚厉王。不想楚厉王认为不过是一块普通的山石，没有什么奇特之处，于是以欺君之罪砍掉了他的左脚。武王即位后，卞和又带着那块玉石前来进献，而武王也同厉王一样，认为仅仅是一块普通石头，又以欺君罪砍掉了他的右脚。文王即位后，听说失去双脚的卞和，每天怀抱石头，跪在荆山下痛哭，以至最后眼泪哭干了，流出了鲜血，于是招来卞和，询问缘由。卞和回答说：“我不是因为别的事情而悲伤，只是因为无价之宝被认为是普通的石头，忠贞的臣民被误认为是刁民，这样的遭遇让我肝肠俱裂。”文王令玉匠对卞和怀中的石头进行打磨，刚切开一角，就发现里面异光闪烁，璀璨夺目，果然是稀世珍宝。文王把它命名为“和氏璧”。从此卞和献玉的故事就成了凝聚着血泪的千古佳话。和氏璧，也成了“天下所共宝”，一直被收藏于楚国宫中。
三百年后和氏璧莫名其妙地流入赵国，落入赵惠文王手中，引起秦昭襄王的垂涎，表示愿用十五座城池进行交换。但当蔺相如将璧送到秦宫时，秦昭襄王却食言；多亏蔺相如凭着大智大勇，先是“完璧归赵”挫败秦王的阴谋，接着又在渑池会上戳穿秦国的第二个圈套，保住了和氏璧。这便是成语“价值连城”和“完璧归赵”的出典。
但新一代秦王嬴政依仗强大的军事力量，血洗长平，马踏邯郸，终于在血雨腥风中得到了这块令几代秦王梦寐以求的晶莹美玉。当他登基称“始皇帝”，建立起中国历史上第一个封建王朝时，为了显示自己前无古人的至尊伟大，特的用和氏璧制作了“传国玉玺”，并刻上“受命于天，既寿永昌”八个大字。玺的造型是螭龙盘踞，张牙舞爪。螭是神圣之物，虎是威猛之象，充分体现皇帝独尊和无上权威。刻制这颗玉玺的是著名玉工孙寿，题写玺文的是著名书法家李斯。价值连城的玉质，巧夺天工的雕刻，加上盖世无双的书法，使这颗玉玺成了精美绝伦的艺术品。
这方传国玺自此就成了承天受命的象征，得之者欣喜若狂，以为“天命在朕躬”，就洋洋得意地宣称自己是名正言顺的正宗皇帝；自称皇帝而没有得到它，就会自惭形秽，心里发虚，甚至被认为是冒牌货，充其量也只是“白板天子”。
而这方“传国玉玺”还有另一面，那就是在创业者手里，被视为得天命的神圣之物，而到了末代子孙那里却又无一例外地成了国亡身死的不祥之物。它的辗转流传，易手换主，甚至成了封建社会改朝换代的标志。后来，它的归宿迷失在唐末五代烽火遍野的兵荒马乱之中。此后，虽然它时隐时现，乍沉乍浮，引发了无数阴谋诡计，诱发了无数刀光剑影、血腥厮杀，演绎了无数狂欢与巨痛、惊险与神秘的传奇，但都不能确认，其下落也最终成了千载悬案。
秦始皇刻传国玺时本想使秦朝天下永世万代传下去，没想到仅传了两代就寿终正寝了。秦末，刘邦先入咸阳，秦始皇的孙子子婴不得不乖乖地捧玺跪于咸阳道上，献给汉朝开国皇帝刘邦。刘邦称帝后，号“汉传国宝”。公元前1年，汉哀帝刘欣病死，幼帝登基，传国玺由皇太后代管。王莽篡位自立前，派堂弟逼皇太后交出传国玺，太后大骂来人，但被逼无奈，气得将它掷于地，说：“你们兄弟逆悖天理，不会有好下场！”当王莽拿到传国玺时，发现它被砸掉一角，连忙命玉匠用黄金镶饰。新莽政权垮台时，禁卫军校尉公宾得到传国玺，赶至宛，献于更始帝刘玄。赤眉军杀刘玄，立刘盆子，传国玺一度挂在赤眉义军首领的头颈上。后刘盆子兵败宜阳，将传国玺拱手奉于刘秀。因此东汉初年，传国玺重回宫内。
东汉末年，宦官专权。灵帝熹平六年，袁绍入宫诛杀宦官，段硅携帝出逃，玉玺失踪。汉献帝时，董卓作乱。孙坚率军攻入洛阳，兵士见宫中一井在早晨时有五彩云气，遂使人入井，得传国玺。孙坚将玺秘藏于妻吴氏处。后袁术拘孙坚妻，夺玺。袁术死后，荆州刺史徐璆携玺至许昌，时曹操挟汉献帝在此，至此，传国玺又归汉室。公元220年，曹丕篡权，逼献帝禅让，汉亡。曹丕使人在传国玺肩部刻下隶字“大魏受汉传国玺”。
公元265年，司马炎同样篡权，称晋武帝，传国玺归晋。公元311年，前赵刘聪虏晋怀帝司马炽，玺归前赵。公元329年，后赵石勒灭前赵，得玺，在右侧加刻“天�