一年后，钩弋夫人怀孕，但十四个月后才生下一个男婴，汉武帝对此很高兴，因为传说古圣人尧，就是在娘胎十四个月才生出来的。武帝盛爱之下，决定立为太子，又担心这个小太子将来管不了他年轻聪明的母亲，就找借口指责钩弋，钩弋委屈而莫能申辩，叩头谢罪，但武帝主意已定，下令处死。
惟才是举，知人善任
汉武帝在位的54年，是中国历史上少有的一个人才盛世，群星灿烂，各尽其能。他们辅佐雄才大略的汉武帝，造就了不朽的历史功业。
为了加强中央集权，武帝在执政期间，曾先后八次下诏征选贤能良才。中间虽曾一度出现人才济济的局面，这和他兴办官学、广开仕途、注重奖惩、因材授职的人才政策是分不开的。
汉武帝即位后对汉初的用人政策作了大刀阔斧地调整，汉初用人看重资历，担任一定的官职还要有相应的财产标准，凡是两千石以上的高级官吏，都可以保举自己的子弟做官。这种近亲繁殖的制度，造成了人才的退化，压制优秀人才的崛起。汉武帝在继续推行汉初的察举制的同时，扩大了察举的范围。在汉朝初期只有贤良和孝廉两科，武帝增加了儒学、明法以及德行、学术等科。他下了一道“兴廉举孝”的诏书，宣布不讲出身门第，“惟才是举”，并把它制度化，哪级官吏“不举孝、不察廉”就免职罢官。同时允许官吏和百姓上书评议政事。武帝通过这种方式最大限度地选拔出了有德有才的人。
汉武帝未曾在战场里实际指挥作战，但是他知人善用。卫青是卫子夫的弟弟，霍去病又是卫青的侄子，都以外戚创立不世军功。霍光与霍去病为异母兄弟，兹后更成为汉朝宫廷里的中枢人物。
一次，汉武帝到郎署见到一位白发苍苍的老翁，这个老翁步履蹒跚，衣衫不整。武帝感到很奇怪，因为一般郎官都是二十来岁的年轻人，而这个人都这么大年纪了为什么还当郎官呢？于是汉武帝就问他：“你从什么时候开始做郎官？为什么这么大年纪了还做郎官呢？”
老翁回答说：“臣叫彦驷，是江都人也，从文帝时开始做郎官。”汉武帝又问：“为什么这么长时间一直没有得到提拔？”
彦驷回答说：“文帝喜好文而我喜好武；景帝喜欢年纪大的成熟稳重者，可是我那时很年轻；陛下您喜欢年轻有为者而我却已经老态龙钟了。因此三世没有得到帝王的恩遇，一直老于郎署。”听颜驷这么一说，武帝深为震惊，这么一位三朝为官的老者，就是因为碰不上皇帝所好，总也得不到提拔重用，干了大半辈子还是个郎官，这不是颜驷的过错，而是用人上的疏误。于是武帝考察了颜驷的才识，即任命他为会嵇都尉，也就是会稽郡的军事首领。
汉武帝时代人才辈出，使汉王朝达到了鼎盛，这与汉武帝惟才是举的用人思想分不开。
残忍多疑
武帝是雄才大略的帝王，由于他的富于进取和野心，中国得以拓土开疆。但是他有令人望而生畏的特征：多疑残忍。他一巡视各地区，当地太守或因供应不周，或因境内配置不如法，纷纷避罪自杀。到他在位后期，朝中为恐怖政治笼罩。文臣武将动辄得罪下狱，亲信的大臣如丞相及御史大夫因小事互相倾轧，失败的只能以身死解脱。
汉武帝时期，前后共任免了13个丞相，其中被罢黜者二人，病死任上者四人，而被杀的竟有六人！这使当时人们视丞相这一职位为畏途，认为谁任丞相，谁便离死不远了。
为强化皇权，严惩不法的宗室、外戚、豪强富商和游侠，武帝比其父辈更加重用酷吏。当时著名的酷吏有张汤、赵禹、周阳由、王温舒、杜周等，不胜枚举。王温舒杀河内豪强，流血十余里，株连千余家。杜周为廷尉，专伺人主旨意为狱，以诏令捕系者多至六七万人……酷吏嗜杀成性，妄杀无辜，虽维护了皇权，也激化了社会矛盾。
对于在抗击匈奴中立下汗马功劳的卫青，开始时，汉武帝的确给予重赏和重权，但是后来汉武帝渐渐开始对卫青军权过大产生疑虑，而这时恰好霍去病开始崭露头角，于是汉武帝毫不犹豫地开始重用霍去病，霍去病年轻，性格豪迈有气魄，敢作敢为，从不泄露别人说的话，汉武帝对他非常喜爱，甚至达到了纵容的程度。他要借提高霍去病的地位来遏制卫青的气势。尽管卫青性情和善，谦恭退让，对武帝所做的任何决定都毕恭毕敬地接受，即使他对汉武帝重用霍去病的目的一目了然，也毫无怨言，但是，霍去病英年早世后，武帝仍然不愿再起用有军事天才更有出兵必胜运气的卫青，以至于在霍去病死后很长一段时间里，汉朝都没有再次对匈奴用兵。
霍去病死后的元鼎元年，卫青的儿子宜春侯因犯法被夺去封爵。元鼎五年九月，疑心病越来越重的汉武帝又找借口，一口气废去一百多名列侯的封爵，其中又包括卫青的另两个儿子阴安侯和发干侯，四年后，卫青去世了。
可以说汉武帝到了晚年已经残忍、多疑到了极点，如果他觉得自己的王权受到了威胁的时候，他是六亲不认，杀人如麻。
汉武帝因为好色，再加上年老，所以在他将近七十岁时疾病缠身，耳目不灵，常产生幻觉。一天中午他在宫中睡觉，梦见有无数木头人拿着棍子打他，他顿时吓出一身冷汗。醒来之后还感到心惊肉跳，魂不守舍。后来他对奸臣江充谈到了这个梦，江充一口咬定是巫蛊作祟。武帝便令江充随时查办。
当时江充担任绣衣使者之职，主要是负责都城的治安，当时因江充执法严明，深受武帝宠信。汉法规定：无军情重事，任何人不得在驰道上奔驰。一次太子刘据的侍仆犯了禁，江充就毫不客气地捉住了太子的侍仆，没收了车马。太子闻讯，忙派人前来谢罪说：我并非舍不得车马，实在是怕父皇责怪我训导无方啊，万望江君见谅。江充不但不听，还奏闻了武帝，又一次得到了武帝的夸赞。
江充由此与太子刘据结怨，他生怕太子有朝一日继承皇位后，对自己进行报复，所以他处心积虑要颠覆刘据的地位，现在机会终于来了，他决心借此次“巫蛊”事件，除掉刘据。他挨家挨户地掘地找蛊，只要看见木偶，便不论出身贵贱，一律办罪。其实他从地中掘出的木偶，全是他暗中预先派人埋下的，以致于当时因此被陷害受戮的官员、百姓多达数万人。
接下来江充继续努力，将案情进一步扩大，一直查到皇后卫子夫和太子刘据的头上。他将他们所居住的宫室挖得如同菜地，使得做了三十八年皇后的卫子夫和拥有理政之权的太子连放一张坐榻的平地都没有。尽管卫子夫和刘据难以忍受江充肆无忌惮的羞辱，但他们还是坚信清者自清，事情总有大白于天下之日。可是等到江充居然“挖”出“证据”的时候，他们才明白了的江充的险恶用心。于是刘据要求面见父亲申辩。然而这个再正常不过的请求却被江充一口回绝。面对这样的情形，卫子夫让刘据向一些大臣求救，于是有人对刘据说江充明摆着就是想要除掉你们母子，事已至此，只能逮捕江充一行，追查真相，免得他们去向皇帝胡言乱语，否则不堪设想。
于是皇后卫子夫与太子刘据在愤怒和恐惧中，听从了他人的建议，派人假冒武帝的使者斩杀了江充。但是在混乱中却没能将江充的同党一网擒拿，使得江成的搭档——宦官苏文逃之夭夭，苏文逃跑后立刻去向远在淳化甘泉宫的武帝诬告皇后和太子谋反。
武帝不相信一向胆小懦弱的刘据居然敢谋反，就派了一个人赶往长安打听底细，结果这个人胆小如鼠，连长安城门都不敢进去，却回来谎奏道：太子真的造反了，要杀臣，臣只得逃回来了。武帝这才勃然大怒，立即派军去跟儿子决一死战。卫子夫和刘据到此时已是骑虎难下，只能跟武帝动起刀兵。但是他们哪里是武帝的对手，八天后，长安城内死者数万人，刘据大败，只好踏上了逃亡之路。获胜的武帝一面派人追捕儿子，一面派人前往未央宫，向卫子夫宣布诏令，收缴她的皇后玺绶，等待制裁。卫子夫深深了解丈夫的无情，她拒绝再受任何羞辱，愤然自杀身亡。
卫子夫死后不久，亡命河南的刘据迫于父亲派来的追兵的围捕，自缢而死。在卫子夫和刘据死后，卫氏家族尽数被灭，刘据的幕僚与眷属也被杀光，只有一个数月大的婴儿刘询幸免于难，而与卫氏沾亲带故有交情的侯爵、将领，也都被抄家杀头，数以十万计的人死于非命。而在这场大混战中为刘据出过力的兵丁则举族流放敦煌，这一路拖老带少的颠沛流离，死人数目只会比十万更多。
自认为大功告成的苏文心花怒放，找来另一名宦官作帮手，将卫子夫的尸首拖到小空房里，装进一具平民使用的小棺材，胡乱埋到长安城南桐柏这个地方。
这就是历史上所谓的“巫蛊之祸”。
一年多后，事情渐渐弄清了，所谓巫蛊一案，多属虚妄。武帝也终于明白：太子是被逼无奈，才发兵自卫的，根本就没有造反的意图。武帝追悔莫及，便将苏文烧死于渭桥之上，又杀光了江充的家族。在湖县围捕时，一个兵刃触及太子尸身的，已因此功被封为北地太守了，这时也被灭了族。由于感念太子无辜，心中伤痛，汉武帝又在长安建造了一座思子宫，并在他丧命之处兴建“归来望思”台，希望能为刘据招魂追思。
然而他好象忘却了与自己做三十八年夫妻之久的卫子夫，没有对她进行任何改葬追悼。
太子刘据死后，面临立储问题，当时汉武帝的儿子中，齐王刘闳早夭，昌邑哀王刘髆郁郁病死，所以武帝的继承人只能在他剩下的三个儿子中选择。在这其中，三子燕王刘旦和四子广陵王刘胥都是另一位李夫人所生。