在痘魔的阴影下。他刚出生时，正值天花大流行，不得不由乳母抱出紫禁城，栖身西华门外的一座宅邸（雍正时改为福佑寺）中“避痘”，长期得不到父母之爱。两岁那年，他患上了天花，在乳母、正白旗汉军包衣曹玺之妻孙氏悉心照料下，硬是从天花的魔掌中挣脱出来，但脸上却留下了与痘魔殊死博斗的点点痕迹。这个经历，在康熙幼小心灵中留下了不灭的烙印。正所谓因祸得福，由于康熙已出过天花，并且有幸存活下来，而且以后再也不会得天花了。于是，天花让康熙登上了金銮宝座。
康熙是清朝第四位皇帝、定都北京后的第二位皇帝，在清朝前六代皇帝中承上启下，处于十分重要的地位。当时的大清，朝虽立而国未盛、民未安，守成和创业同等重要。上继父祖鸿业，下开后世太平，实现民众康宁、国家熙盛，是康熙帝面临的时代课题。事实证明，康熙承担起了这样艰巨的历史使命。
如果说顺治皇帝的即位是孝庄皇后的英明决断，是人力所为的话，那么康熙皇帝的即位应该说是上天的安排，是老天爷为黎民百姓选择了一位好皇帝。
康熙即位时，由于年龄太小，顺治便把索尼、苏克萨哈、遏必隆和鳌拜四人接来，让他们做顾命大臣，这四个人也在顺治帝前宣誓，表示“协忠诚、共生死、辅佐政务”，“不计私怨，不听旁人及兄弟子侄教唆之言，不求无义之富贵”。但是不久，这四位大臣就忘记了他们的誓言，摆在康熙面前的形势是十分严峻的。
就朝廷以外的情况来说，满清入关不到二十年，人心并未归附，前明之思还在人们心中隐藏着，尤其是镇守云南的平西王吴三桂、镇守福建的靖南王耿精忠、镇守广东的平南王尚之喜三藩，势力十分强大，多年来一直准备造反。台湾岛上郑成功的后代也虎视眈眈，窥视清朝的东南沿海一带，寻找时机，准备反攻。东北方有俄国军队不断骚扰边境，侵吞土地，掠夺人口财富。西边的西藏也很不安定，西北部的准噶尔部更是气焰熏天，不断向东进扰，北方还有诸蒙古部落，也伺机南下。
朝廷内部的局势就更令人忧虑了，在四个顾命大臣当中，索尼因年纪大了病死后，遏必隆勾结鳌拜，惟鳌拜之命是从。鳌拜是“巴图鲁”（满族语勇士）出身，号称“满洲第一勇士”，性格强暴，为人武勇，极难制服。他在朝廷之上更是专横跋扈、盛气凌人，根本无一点人臣之礼。别的大臣和他意见不合，就遭到排挤打击。他欺负康熙帝年幼，对康熙视若无物，经常当众与康熙大声争论，乃至训斥康熙，直到康熙让步为止。
另一辅政大臣苏克萨哈和鳌拜发生争执，鳌拜便怀恨在心，不久就对苏克萨哈开刀了。事情的导火线是土地问题。
清王朝入关后，曾用强迫手段圈了农民大片土地，分给八旗贵族。顺治初年圈地时，摄政王多尔衮利用权势，将原定圈给镶黄旗的永平府一带的好地让给正白旗，而另拨河间府一带次地给镶黄旗。这件事当时曾引起一场风波，但事过20多年，旗民各安生业，旧怨也已淡忘。鳌拜掌权后，仗势扩大占地，而且旧事重提，让正白旗与镶黄旗互换土地，目的是讨好自己和遏必隆所在的镶黄旗，而打击苏克萨哈及其所在的正白旗。
这件事引起朝野上下的普遍反对，正白旗人诉告到户部。大学士、户部尚书苏纳海认为不可，直隶总督朱昌祚以此举会造成数十万失业者而抗疏称其不便，保定巡抚王登联以圈拨扰民而疏请停止。鳌拜诬陷这些官员大逆不道，矫诏将这三位大臣诛杀。
随后，螯拜还勾结同党诬告苏克萨哈犯了大罪，奏请康熙帝把苏克萨哈凌迟处死。康熙帝认为他无罪，不肯批准，鳌拜就在朝堂上跟康熙帝争了起来，康熙仍是不许，鳌拜竟捋起衣袖，拔出拳头，大吵大嚷，上前要打康熙。康熙帝非常生气，但是一想鳌拜势力不小，只好暂时忍耐，由他把苏克萨哈杀了。
这样，朝廷之上就只有鳌拜一党了。他把持了朝廷大权以后，独断专横，大肆捕杀异己。
1667年，康熙十四岁，按照当时的规定，他可以亲政（即亲自处理政事）了，但有鳌拜专权，他无论如何是亲不了政的。面对这种内忧外困的局面，康熙如果想开创一个太平兴盛的朝代，必然要有非凡的谋略和气魄。少年康熙表现出不同于一般人的胆识。首先，他决定除掉鳌拜，掌握实权，然后再作他图。康熙除掉鳌拜的方式极具少年的心性特点。当时，鳌拜掌握军权，如果直接下令捉拿，必定会引起叛乱，那样不仅鳌拜捉拿不到，连康熙自己也将危险，朝中的正直大臣，甚至太后都对此一筹莫展。一次，鳌拜称病不朝，康熙亲自去看望他，鳌拜躺在床上，卫士见他的神色有异，急忙向前检查，揭开被子，发现鳌拜的身下藏着一把极其锋利的匕首，鳌拜当时极为紧张，卫士也不知如何处置，康熙却突然插话道：“随身携刀是满族人的风俗，不必大惊小怪。”康熙在不动声色之中稳住了鳌拜。
明捉不行，那么用什么办法才好呢？康熙终于想出一计，并且不动声色地干了起来。满族人喜欢“布库”（摔跤），康熙就挑选了一些身体强壮的贵族少年子弟，到宫中练习摔跤，练了一年有余，技艺大为长进，康熙也不时到摔跤房去练习，居然也窥得了门径。宫廷中的王公大臣以及后妃太监尽知此事，但都觉得是少年心性，十分自然，没有任何人怀疑康熙有什么其他的动机。就连螯拜也是如此。他经常进宫去，看到这些少年吵吵嚷嚷在御花园里摔跤，只当是孩子们闹着玩，一点也不在意。在不知不觉之中，康熙的这支“娃娃兵”就练好了。
在这期间，康熙还依照中国传统的“将欲夺之，必先与之”的做法，连连给鳌拜升官，鳌拜父子先后被升为“一等公”和“二等公”，再先后加上“太师”和“少师”的封号。不仅稳住了鳌拜，还使他放松了戒备。
在康熙十六岁那一年，一切终于准备就绪了，他先把“娃娃兵”布置在书房内。有一天，鳌拜接到康熙帝命令，要他单独进宫商量国事。鳌拜像平常一样大模大样进宫去。刚跨进内宫的门槛，忽然一群少年拥了上来，围住了鳌拜，有的拧胳膊，有的拖大腿，登时把鳌拜掀翻在地，死命按住。鳌拜虽然是武将出身，力气也大。可是这些少年人多，又都是练过摔跤的，鳌拜敌不过他们，一下子就被打翻在地。任凭他大声叫喊，也没有人搭救他。康熙又让“娃娃兵”把鳌拜捆绑牢靠，投入了监狱。
这群“娃娃兵”做完了一件大事，鳌拜尚且蒙在鼓中，还以为是小皇帝爱胡闹，让他们捉鳌拜较量功夫呢？也只有这样，才能守得住秘密，否则，鳌拜的耳目极其众多，只怕要“出师未捷身先死”了！
在捉住鳌拜之后，康熙立即宣布了他的十三大罪状，并组织人审判鳌拜，把鳌拜集团的首恶分子也一网打尽。大臣们认为，鳌拜专横跋扈，擅杀无辜，罪行累累，应该处死。但康熙帝对鳌拜做出宽大处理，免于处死，终身监禁；对遏必隆仅革太师，后还公爵。不久，鳌拜死于狱中。
这样处理，不仅一举清除鳌拜及其同党，而且稳住了镶黄旗。当时，康熙帝年仅14岁，而部署周密，沉着机智，处理得当，不失分寸，初露其胸怀谋略、临机果决的政治家风范。
此后，康熙又为受鳌拜迫害和打击的人平反昭雪，发还了被鳌拜霸占的民田，又限制了奴仆制度，改革了政府机构。康熙真是“三年不鸣，一鸣惊人”，他这些雷厉风行的重大举措，使得一些反应慢的大臣简直有目瞪口呆之感，但他们很快就缓过神来，觉得康熙实在是一位英明的君主。群臣都不敢再把他当小孩子对待了，康熙也从此集中了权力，建立了威信。
康熙在从七岁到十六岁这段时间中虽然因鳌拜专权而备受牵制和压抑，但他的少年生活基本上还是自由和正常的。也许是满族人刚刚入关的缘故，他们还没有汉人皇族那样严格的礼教观念，也不按汉人那样严格地照规矩去生活，所以，康熙在少年时代还可以像一般人家的子弟一样在身心两方面得到较为正常的发展，而不像以前的许多皇帝在童年、少年时代就造成了有一定畸形倾向的性格。
据说，努尔哈赤及其许多儿子都目不识丁，只有第八子皇太极略通文墨，可见，满族人重武轻文，到康熙这一代，仍无多少礼教观念。然而，康熙毕竟生活在汉人地区，汉族的文化开始渗透到满族的贵族之中，再加上满族人从皇太极开始就十分重视汉族的文化，因此，康熙自幼年起就开始大量接触中国的文化典籍了。
况且康熙本人也是一个爱读书、爱思考的人，对于中国传统文化的学习，他是发自内心，是主动的，而不是像前代的许多皇帝那样成天被人“谆谆教诲”被动地接受的，因此，康熙的努力学习，并未对他健全的性格产生不良的影响，相反，增长了他的见识，开阔了他的视野，他是一个真正善于读书而又能用书的人，甚至可以这样说，康熙之所以成为一位英明的君主，其根本原因就在于他能活学活用中国的传统文化。
在铲除鳌拜之后，康熙又面临着一个十分棘手的问题——历法之争。
在顺治时期，西方的传教士就进入了中国，汤若望等一批人还受到了特殊的优待。在这一时期，汤若望用西方较为先进的算法推算出了一部天文历法，顺治把他封为“通玄法师”，并任钦天监监正（国家天文台台长）。这套历法在当时是较为准确的，但有一个叫杨光先的人投靠鳌拜，上书清廷，说汤若望在《时宪历》的封面上印上了“依西洋新法”字样，是要清朝屈服西方，是“阴行邪教”，如果废了黄帝以来的中国天文历法，那就�