第二类为“共栖菌”，一起生活但不提供特别服务，亦无害人体，但在“菌丛失衡”时会改变特性，甚至变成害菌。
最不好的是第三类，称为“寄生菌”或“病原菌”，这类细菌会释放毒素及有害代谢物，也会引起慢性发炎，例如一些带有特殊“基因型”的人，当肠道寄居某种细菌时，会诱发“僵直性关节炎”。事实上，长期的“菌丛失衡”会造成肠道慢性发炎，导致“肾上腺压力”增加，而影响身体健康（参阅第九章）。此外，某些病原菌甚至会产生致癌物质，或引起神经及免疫系统问题。
表10…5肠道生态失衡（菌丛失衡）的原因
饮食不当（过多脂肪、糖类）
长期压力誗抗生素过度使用
长期使用消炎止痛药
口服避孕药
免疫能力下降
消化功能不良
肠道感染誗环境毒素
肠道酸碱值改变