给了洪述祖一个天赐良机，因为当时南北代表均在张之洞的首席幕僚赵风昌那里议事，而洪述祖与赵风昌不仅是老相识，而且还有亲戚关系。由此，洪述祖在南北议和中成为了袁世凯的眼线，并立下大功。
清廷倒台后，唐绍仪本打算让洪述祖出任国务院秘书，但考虑到他之前的种种劣迹，后将他改任内务部秘书。洪述祖与袁世凯及其内务总长赵秉钧的私人渊源并不深，因而当他傍到袁赵这样的新主子后是格外的卖力，争宠立功的心情非常迫切。
洪述祖在上海也曾是帮会中人，因此很快便与应桂馨一见如故，他在代表北京政府处理青洪帮共进会的问题上，最后采取了收买的方式，并帮助应桂馨解除对他的通缉令。应桂馨在革命后受到革命党人的冷遇，于是也很快见风使舵，投靠了袁世凯集团。与此同时，应桂馨也没有割断与陈其美等人关系，颇有点“双面间谍”的味道（毕竟当时上海还是国民党的天下）。
对于应桂馨的投机行为，陈其美等人也早有察觉，特别在破获宋案时，国民党人发挥了很大的作用，比如揭发和抓获应桂馨、从应家搜到应桂馨与洪述祖及内务总长赵秉钧的大量密电函等，背后都有陈其美势力的影子。
在这些密电函中，主要是应桂馨与洪述祖之间的情报交换，而在宋教仁领导的国民党在国会选举中胜利在望的时候，两人的电报开始出现“激烈文章”的字样。对此，历史学家有两种解释，一是认为应、洪二人打算对宋教仁行刺，二是认为应、洪二人谋划从日本购买孙中山、黄兴、宋教仁的劣史，以在报纸上对革命党人进行丑化。
进入3月份后，应、洪的电文中出现“毁宋”的字样，而这个“毁”也是同样有两种解释。更糟糕的是，内务总长赵秉钧也与应桂馨通过两封密电，虽然是例行公事，但在洪述祖与应桂馨的其他电文中透露出袁世凯和赵秉钧是知道“毁宋”一事的。
从电文分析来看，最开始“毁宋”的含义应当是通过媒体丑化孙宋等人，但由于应桂馨拿不出实质性证据（即所谓“劣史”），而洪述祖又提高了相当的价码，于是应桂馨决定铤而走险，“毁宋”变成了 “去宋”，也就是要除掉宋教仁以获取巨额报酬。就这点而言，这件事只有洪述祖和应桂馨知道，而没有直接证据证明赵秉钧与袁世凯了解此事。
令人奇怪的是，武士英在一星期后的法庭上却对之前的供述全部推翻，声称自己此次杀宋教仁，完全是自己一个人的意思，并否认自己曾经见过应桂馨。不仅如此，武士英还声称自己是为北京政府除害，似乎有意为应桂馨脱罪并将人们的视线转到北京政府。由于武士英前后的供词翻得太离谱，这就不得不让人怀疑有人在幕后串供、故意唆使了。
更奇怪的是，武士英在被捕后一直表现从容，丝毫没有畏惧的罪犯心理特征，他在出庭受审时还沾沾自喜地说：“我生平未曾坐过汽车，此次因此案而坐公车，也是一乐。”武士英前后反复的行为让人觉得百思不得其解，而且他的背景也一直没搞清楚：他的被捕很奇怪，他的供词很荒唐，而他的死更是一个谜。
武士英和应桂馨开始被分别关押在英法租界，后来均被引渡到中国法庭，但就在预审的前一天，身体强健的武士英却突然死亡，而整个事件一点线索都没有。由于没有记载有外来者接触犯人，因而武被看守者毒杀的嫌疑最大。更要命的是，武的被杀，凶手干得非常漂亮，竟然没留下任何痕迹，以至于当时都没有留下什么有价值的证据（当然，证据也有可能被看守毁灭）。
目前史论认为袁世凯将武士英杀人灭口，这很可能是无稽之谈。武士英的经历和背景与北京政府没有一点联系，说袁世凯杀人灭口非但在理由上站不住脚，而且从技术上来说也几乎没有可能。当时上海是国民党势力的大本营，当时的破案、审判等工作基本都在国民党控制下。武士英引渡到中国法庭后被关押在上海海运局沪军六十一团的军营中，而该部队是沪军都督陈其美的老部队改编。如果说杀人灭口，最大的可能反是来自应桂馨的帮会系统或者陈其美的国民党内部势力。至少，武士英的口供不一和被突然灭口，在这个幕后黑手没有被彻底揭露出来之前（唆使武士英翻供并将之灭口的很可能是同一主使人），宋案永远只能是一个谜。
至于后来应桂馨的死，则基本是自寻死路的。应桂馨被捕后在二次革命期间趁乱逃跑，他在逃出后躲到了青岛的德国租界里。在袁世凯击败革命党人后，应桂馨犯了一个严重的政治错误，他居然不甘寂寞的跳了出来，并在1913年底公开向北京政府发出请求“*冤狱”的通电。应桂馨打着为刺客武士英*的借口，说什么“宋教仁是主谋内乱之人却死有余荣；武士英为民除害反冤沉海底”，实际上是为自己鸣冤求功。
不仅如此，应桂馨在青岛找到洪述祖（宋案发生后洪述祖立刻逃到了青岛租界）强索报酬未果后，又从青岛跑到北京，并写信给袁世凯索取杀宋的报酬。这个应桂馨当时可谓是头脑发热，他也不掂量掂量自己的分量，一开口就是索要现金50万元，而且还要求授予他“勋二位”，两者缺一不可。
对付应桂馨这样的流氓，袁世凯还是很有一套的。反过来说，如果真是袁世凯指使了应桂馨刺杀宋教仁，那倒是有可能秘密给他一笔钱将之打发走，但要是刺杀宋教仁是洪述祖与应桂馨肆意妄为并让袁世凯背了黑锅的话，那袁世凯对应桂馨陡起杀心，那就实属正常了。
果然，某日晚上，四个彪形大汉以搜查烟土为名爬墙进了应桂馨的住所，所幸的是应本人不在。当应桂馨得知这个消息后，他吓得连行李也不敢去收拾，便仓皇逃往天津，但最终还是不免一死。就在火车开到廊坊附近的时候，应桂馨在车厢中被人乱刀砍死，死状极惨。从某个意义上来说，应桂馨的被杀，也算是为宋教仁报了仇。后来有证据证明，杀应的是北京执法处的郝占一和王双喜，而下命令的人极有可能就是袁世凯。这就是一个流氓泼皮前后反复、言而无信的下场。
更让人头大的是，在应桂馨被杀死后仅一个多月，在宋案中被攻击得最厉害的另一个嫌疑犯赵秉钧也突然死亡，这就让宋案显得更加的扑朔迷离。在宋案发生后，赵秉钧辞去了总理之职，并在风声过去后出任直隶都督。目前很多历史书都称赵秉钧是被袁世凯毒死，但这种总统毒杀前总理的重大事件，多少会显得有点离奇。
至少在相关记载中，没有找到赵秉钧被毒死的任何确凿证据。事实上，赵秉钧的死亡很有可能只是正常的病故，但由于死亡的时间与应桂馨的被杀过于巧合，这大概就是历史偶然性的魅力了。从历史记载来看，赵秉钧早年跟随左宗棠大军参加西征，曾经在星星峡戈壁滩遭遇大风雪，结果连人带马埋没雪中三昼夜，由此筋骨折伤，一生多病而且不能近女色，惟与鸦片烟相依为命。
赵秉钧为官多年，在袁世凯小站练兵的时候发迹，并专攻警政。袁出任直隶总督推行新政后，赵秉钧在天津筹建了中国最早的现代警务系统，开创中国现代警察制度之先河。赵秉钧在清末一直跟随袁世凯，后来还出任过巡警部右侍郎，他常年负责警务、民政，并无什么特别的劣迹。最有意思的是，至少从表面上来看，赵秉钧和宋教仁的关系还算亲密，在宋教仁北京任职的时候，因为宋住在城外不便，因而经常留宿赵秉钧家。在宋教仁退回五十万支票给袁世凯时，也是委托赵秉钧办理并请求赵秉钧从支票中代为偿付五千债务。倘若两人关系不好，断不可能有此委托。
在宋教仁遇刺消息传来后，赵秉钧正在主持内阁例会，他听后大惊失色，一边绕桌子不停转圈一边自言自语：“人若说我打死宋教仁，岂不是我卖友，哪能算人？”不一会，总统府中电请总理，赵秉钧即仓皇离去。从当时人留下的现场记录来看，赵秉钧的严重失态似乎并非是故意表演，反倒是因不知情而手足无措，假如他事先得知刺宋计划，想必不至于如此。但是，赵秉钧是知道洪述祖“毁宋”活动的，这才会说“人若说我打死宋教仁，岂不是我卖友，那能算人”这样一句话。看来，赵总理虽然在政治上也对宋教仁搞了些小动作，但对于宋教仁的被杀一事，应该是为管束下属不严而承担责任。
据记载，赵秉钧死前一直抱病工作，之前并无什么异常之事。在凌晨5点钟的时候，赵秉钧突然腹中剧痛，他的家人急忙派人将天津最有名的军医官屈永秋、徐德顺和名医王延年请来，但这三大名医也毫无办法，最后赵秉钧在当天上午死亡，其家属、医生等人也都没有提出他是中毒而死。由此，认定赵秉钧是被袁世凯毒死，多少有点过于武断。
宋案中最为阴险狡诈的内务府秘书洪述祖，他倒是在宋教仁被刺死后以最快的速度逃到了青岛德租界内。但是，天网恢恢，疏而不漏，洪述祖在1917年春跑到上海，结果被得讯赶来的宋教仁之子宋振吕（当时年仅15岁）及宋之秘书刘白认出，结果洪先是被扭送到上海地方法院，后来又被解到北平法院，最终在民国8年被判绞刑，而这也是民国第一次使用绞刑。在行刑过程中，不知何故，洪述祖竟然头颈分离（也许是太胖或者是绞机是不合格产品），其状可怖。
洪述祖在狱中时自知难免一死，他曾自作一挽联为自己辩护，称：“服官政，祸及其身，自觉问心无愧作；当乱世，生不如死，本来何处着尘埃。”既然洪不服气，那就去阴曹地府见宋教仁、应桂馨辩驳一番罢。
至于另一个重大嫌疑人陈其美，更像是冤冤相报，自食其果。陈其美是浙江湖州人