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第八师是在黄兴的领导下所精心保留下来的一支精锐部队，但在黄兴辞去南京留守的职务后，这支部队的内部也出现了很多问题。因为是整编过的部队，当时最主要的一个问题便是中上层军官之间的不团结，譬如当时黄兴将他的警卫团划给了第八师，但由于团长林虎所率的部队来自广东，与部队中的广西士兵及军官发生矛盾，后来正好江西都督李烈钧需要军队充实江西的力量，而林虎与李烈钧是同学，于是便将林虎的一个团调到了江西，这也是“二次革命”中与北洋军作战的主要力量。
与林虎情况基本类似的是，第八师的旅长赵恒惕也和军中的其他干部发生矛盾，后来应湖南都督谭延辏У囊螅院闾杞诎耸Φ囊桓鐾糯搅撕希庵Р慷釉蛟凇岸胃锩钡氖焙虮坏鞒龀ど常导噬厦挥衅鸬绞裁醋饔谩Ｓ捎诘诎耸Φ募父霾慷颖坏鞒觯罄从纸辛艘淮尾钩洌钩涔牟慷用挥姓蕉肪椋埠廖薷锩拍睿蚨蕉芬豢季徒馓逄由⒘耍挥性吹幕刹慷恿角Ф嗳嗽谀暇┙辛朔浅Ｍ缜康牡挚梗馐呛蠡啊�
李纯部的前锋第11混成旅在旅长马继增的率领下，很快便进驻九江，扼住了入赣的战略要地。李烈钧讨袁军的前锋林虎所部也不甘示弱，随后扣留了由德安开往九江的火车，并将前哨布防前移，准备迎战。
但是，李烈钧的讨袁军也存在一个严重问题，这就是部队内部分化，当时江西虽然有陆军两个师和1个混成旅，共10个团的兵力，但第1师师长欧阳武和第2师师长刘世钧均举棋不定，并在暗中与袁世凯、黎元洪互通信息，敌友难分。当时完全服从李烈钧领导的只有林虎的第1师第1旅（两个团）、李明扬的第10团、周璧阶的第9团、卓仁机的机关枪大队和方声涛的新编旅（其实只有两个连兵力，营长和连长分别为后来鼎鼎大名的陈铭枢和蒋光鼐），兵力不足5个团。李烈钧在任讨袁军司令后，他命令林虎为左翼军司令、方声涛为右翼军司令，迎战强敌。
7月12日拂晓，林虎部主动出击，一路向沙河镇挺进，一路袭击十里铺的北洋军。激战数日后，讨袁军初战告捷，占领了沙河镇，并迫使北洋军暂时后撤。但在林虎部激战的同时，方声涛部进攻九江失利后撤，严重影响了战局的发展。
李纯在沙河战役受挫后，随后便调整部署，调集了3个团的优势兵力向林虎部反扑，尽管林虎部抵抗非常英勇，但由于敌强我弱，在激战一昼夜后讨袁军被迫撤退。数日后，北洋军第2师在师长王占元的率领下开赴九江，段芝贵的8营拱卫军进抵九江，海军次长汤芗铭所率的舰队也已到达前线，北洋军实力大增。
在北洋军部署完毕后，袁世凯任命段芝贵为第1军军长兼江西宣抚使，统一指挥前线作战。随后，段芝贵坐镇九江，以李纯为左路军司令，王占元为右路军司令，会同海军舰队进攻湖口。北洋军兵分两路，一路由第6师22团团长张敬尧率领，另二路由第2师旅长鲍贵卿率领，在汤芗铭四艘军舰的配合下，向湖口炮台发起了猛烈的进攻。
在林虎部进攻失败后，方声涛率右翼军约5000人进行了顽强的抵抗，战斗十分激烈，第9团团长周璧阶在冲杀中不幸阵亡。在撤退途中，第9团的营长龚星胜眼见胜利无望，又带领两个营及炮队、机关枪队向北洋军投降，结果右翼军兵力大减，基本失去了进攻能力。
7月25日，北洋军攻陷湖口，李烈钧率讨袁军余部退守吴城。湖口要塞失陷后，江西已是门户大开，无险可守，而北洋军则乘胜追击，攻下德安、建昌、吴城，随后合击南昌。李烈钧在退守南昌后，尽管他在南昌城外布置了两道防线，但毕竟是实力相差悬殊，部队要么被打散，要么就是自行解散，南昌也在8月18日宣告失陷。
在南昌失陷前，湖南都督谭延辏Х⒌绫ㄈ八跋妫蘅赡魏沃拢盍揖仓缓寐什肯潞巫悠娴热顺肆剿铱炻盅馗咏舷拢潦髡虻酱锲枷绾笥胩乞柿斓南婢硬慷踊岷希婧笥衷谠萃只⒔馍⑹Ｓ嗖慷樱詈舐噬偈仔潘嬖背嘶鸪等コど场＠盍揖酱锍ど车氖焙颍费雨＇早已取消湖南独立，但他也不想和革命党交恶，于是在他的安排下，李烈钧、林虎等人都秘密流亡日本。至此，江西战事宣告平息。
在北洋军与李烈钧讨袁军激战的同时，第二军的冯国璋、张勋、雷震春等部也已经进入江苏，摆出一副进攻南京的架势。在程德全出走后，黄兴组织了讨袁军司令部，随即令驻徐州的冷遹第三师向邻近的北洋驻军立即发起进攻，又令第八师骑兵团及机关枪连、炮兵营、工兵营组成混合支队，开赴徐州前线支援第三师，第一师第1旅也随后跟进；第一师第 2旅开赴临淮关，协助安徽讨袁军协防北洋军倪嗣冲部；第一师和第八师的其余部队，暂时驻防南京。
在受到冷遹部的攻击后，北洋军在第5师师长靳云鹏的指挥下坚守待援，多次打退讨袁军的进攻。辨帅张勋得知徐州已经爆发战事后，不待袁世凯的命令便派出3营如狼似虎的辫子兵前去支援，而田中玉的巡防营也从兖州开到前线，随即加入战斗。冷遹部在被北洋军左右夹击后，势不能敌，只得后撤到徐州以北20公里的柳泉待援。
这时，第八师的混成支队和第一师第1旅也相继赶来增援，南北军再度展开激战，双方你来我往，阵地几度易手，不分胜负。这时，黄兴还试图利用张勋忠于清室的情结来离间张勋倒戈，他致电张勋说：“袁世凯本清室权奸，异常险诈，戊戌政变便是他告密导致。辛亥革命时，袁世凯假借民军的名义，欺负人家孤儿寡妇，乘机盗窃权位。袁世凯不仅是民国的大盗，也是清室的贼臣，天下人皆可*之，还望张公深明大义，再造国家”。
张勋接到电报后，还没等看完便一把撕了个粉碎，破口大骂道：“呸！我以前只知道大清朝，现在就知道袁总统，什么讨袁军司令黄兴？混账王八！我老张岂是你所能诱惑的么？”
在辛亥革命中，张勋曾被江浙联军打得落花流水，想必正等这个机会出了胸中的这口恶气。骂罢，张勋反命令部下向讨袁军发起猛烈进攻，而冷遹部刚退守徐州，土匪出身的骑兵团团长张宗昌在所部被打散后突然叛变，以致军心大乱，讨袁军被迫退出徐州。就在这时，驻守扬州的徐宝山第四师（原第二军）也宣布投袁。徐宝山也是土匪出身，参加革命实属投机。
在讨袁军撤出徐州后，北洋军步步紧逼，讨袁军中的高级将领们斗志十分消沉，而坐镇南京的黄兴也是一筹莫展，整个司令部充满了悲哀失败的情绪。这时，逃到上海的程德全也来捣乱，他发布取消江苏独立的电报，并密令捉拿黄兴。在此情况下，黄兴也觉得事无可为，便在夜间乘船离开南京，一走了之。
按理，像黄兴这样的革命死硬派，百战百败却又百折不挠，这种人只要活着，就很可怕。失败一百次并不可怕，因为胜败并不是以次数来计算，而是以最后的决定性胜利来衡量，但黄兴还是跑了。
黄兴从南京不声不响地出走后，其他高级将领洪承点、冷遹等也当即出走，局势陷入了混乱。这时，代理江苏民政长蔡寅、第八师师长陈之骥和代理一师师长周应时等人干脆宣布取消独立，并派人到上海去将程德全请回。程德全是个老官僚，政治经验丰富，他见南京此时尚未安定，怎肯轻易回来。
这时，何海鸣、张尧卿、韩恢等人建立的铁血监视团在得知黄兴离开南京后，急忙从上海星夜赶来，试图挽回局势。但他们到达南京的时候，为时已晚，黄兴等人早已是人去楼空。像武昌起义一样，在高级将领缺位的情况下，又是革命士兵主动站了出来。在何海鸣等人的鼓动下，第一师的士兵赶走师长陈之骥（他虽是同盟会员，却是冯国璋的女婿），并与第八师联合起来占领了都督府，再次宣布独立。
在南京再次宣布独立的第2天（8月12日），张勋部前锋已经抵达南京城外，而此时城内何海鸣领导的讨袁军连师长都无法选出。尽管如此，士兵们的战斗自觉性仍旧非常之高，他们每天都在在街上站岗巡视，敌人一发起进攻，他们无须号令便奋身前往；即使在阵前，他们也无须指挥，便向前攻击。不消说，这些士兵便是黄兴任南京留守处改编的第八师所残存的部队了。另外，临时领袖何海鸣也是位革命精神很强的人，他下手很狠，将军中怀有异心的军官一律剪除，颇似当年法国大革命时罗伯斯庇尔的风格。
如果说“二次革命”是辛亥革命后续的话，南京保卫战无疑是最激烈的。等到冯国璋等北洋军汇集南京后，双方势力相差是极为悬殊的，但即使在这种情况下，南京保卫战仍旧坚持了20天，这与何海鸣等人及其革命士兵艰苦卓绝的革命精神是分不开的。在这20天里，南京守军与北洋军在雨花台、紫金山、天保城、幕府山等地展开了激烈的争夺，讨袁军并未明显落于下风。
在此期间，安徽讨袁军总司令柏文蔚从芜湖率卫队1营及宪兵约1000多人来到南京，这给南京讨袁军以极大的鼓舞。但是，何海鸣、张尧卿与柏文蔚之间出现不和，柏文蔚带领少数人从水西门出走，而他带来的大部分人却自愿留在南京继续作战，足见当时城内的革命气氛是何等的浓烈。
8月底，各支进攻南京的北洋军相继到齐，其中以冯国璋、雷震春和张勋