取得了第一场可以被计入官方战绩的胜利。这是费德勒在他与亨曼的八次交手中第二次获胜，第一次在2002年比斯坎湾对阵亨曼，亨曼赢得首盘后因为僵硬的脖子而退出了比赛。因此，他此次真正意义上的获胜特别令他满意，正如他说的那样：“现在我相信，再没有一位对手能够拥有对我的心理优势。”
然而，在印第安维尔斯大师赛之后，很快就出现了一位能将费德勒击倒的对手——疾病。几乎在决赛一结束时，费德勒就立即开始发高烧了，他恶心呕吐、肌肉疼痛。尽管身染疾病，但他并没有取消事先已安排好的对他的球衣赞助商耐克公司总部、俄勒冈州的波特兰所做的一次推广访问。但在去迈阿密参加下一站赛事的途中，费德勒不得不临时在洛杉矶暂停行程，转而住进一家机场附近的酒店休息并恢复体力。当他和米尔卡终于抵达佛罗里达时，他考虑是否要退出赛事；但降雨给了他多一天休息的时间，他决定还是放手一搏。
在费德勒的首场比赛中，他勉强聚集起足够的力量三盘艰难拿下世界排名第54位的尼克莱？达维登科（Nikolay Davydenko），接下来他将面对被广为看好的西班牙少年拉菲尔？纳达尔。这位来自马略卡的17岁左撇子打出了一场他当时认为这辈子最棒的一场比赛，以6比3和6比3掌控了与无精打采的费德勒的对决。费德勒对于输球并不意外，毕竟他还没有从疾病中完全康复；不过他察觉到纳达尔将是他今后一个危险的对手。“他在今后的几年里将成长为网坛最强有力的左撇子球员。”费德勒如此预言。
在比斯坎湾败阵后，费德勒渐渐康复，并且在卢塞恩举行的与法国队的戴维斯杯1/4决赛中首次作为新的世界第一在瑞士本土出赛。马雷伊冰球馆里座无虚席的球迷们用牛颈铃、口哨以及震耳欲聋的喊叫向他致意，费德勒事后称他几乎被巨大的喧闹声吓住了，但表示他非常享受这样的经历：“能在这样的氛围中比赛简直就如梦幻一般。”尽管他均是直落三盘地横扫了尼科拉斯？埃斯库德和阿诺？克莱芒，费德勒和伊夫？阿莱格罗却未能赢下双打的一分，而丢掉的这一分最终使法国队3比2获胜，并给了法国队机会报了一年前在图卢兹输给瑞士队的一箭之仇。
在泥地赛季中，费德勒在汉堡第二次赢得了德国公开赛冠军，总的来说，他取得了他最出色的一个泥地赛季。然而在法国公开赛上，他在第三轮被三届罗兰？加洛斯冠军得主古斯塔沃？库尔腾拦住了继续前进的脚步。“这场失败我可以接受。”费德勒说，这也是对那位巴西对手超强的泥地赛能力的一种承认。
世界第一（2）
随着温布尔登赛的到来，围绕费德勒的新闻报道达到了一个新的高度；作为头号种子和卫冕冠军，他还从未如此程度地被众人追逐。他选择租住在位于温布尔登村克里夫顿路上的一套别墅，皮特？桑普拉斯在他的温布尔登旅程中曾经住过那里。这一次，费德勒的理疗师帕维尔？科瓦奇不用再睡在客厅的沙发上了，他可以享用他的单间。
曾经和费德勒共同征战过瑞士俱乐部队际联赛的好友里托？斯道布利（Reto Staubli），在温布尔登赛期间临时加入了费德勒的团队。这位前职业球员如今已投身银行业，他将旅行和帮助费德勒看做是一次激动人心的历险，并为费德勒打点那些通常应该由教练承担的差使与细节。作为瑞士的前全国冠军，他甚至还偶尔和费德勒练练球。费德勒将自己局限于住所和球场之间两点一线的生活，与此同时，那些曾经有过的对他教练情况的纷纷议论都已烟消云散。是啊，为什么还要去轻易改变“赢球配方”呢？
费德勒在全英俱乐部将自己牢牢确立为成功夺冠（卫冕）的热门人选，他的排名积分比位列第二的安迪？罗迪克多出近1 000分——相当于一个大满贯冠军的积分数。在温布尔登的哈雷热身赛上夺得又一项冠军之后，费德勒已将草地赛连胜纪录扩大到了17场。草地球场上的费德勒就好像是在自己家里那般自在，甚至是英国的阴湿天气也不会让他慌乱不安。
在四场相对轻松的常规性胜利之后，费德勒充满自信地打入1/4决赛，他将在那里面对莱顿？休伊特。这场戏剧性的因为下雨而三次中断的比赛，考验着卫冕冠军。在输掉首盘之后，休伊特重新振作，凭借抢七扳回第二盘，终止了费德勒在温布尔登连续26盘的胜利。在费德勒以6比0横扫第三盘之后，休伊特终于打破了费德勒的发球局并在第四盘中取得4比3领先，同时也令费德勒连续保住105个发球局的纪录瞬间中断。一场惊心动魄的五盘大战看似在所难免，但费德勒抓住了机会连下三局，以6比1、6比7（1比7）、6比0和6比4逃出生天。
跑动飞快的法国人塞巴斯蒂安？格罗斯让在半决赛中面对费德勒，多雨的天气再次让比赛成为一场潮湿的灾难。雨水从周五费德勒6比2、6比3和4比2领先的比赛一直拖到周六的早晨，最终，费德勒仅用了30分钟便凭借抢七局拿下第三盘，而此时已是比赛开打24个小时之后了。
在多雨而阴冷的7月4日，费德勒和罗迪克相会决赛，后者不仅将在他国家的独立日参加他的首个温布尔登决赛，而且这一天还是他哥哥约翰的生日。罗迪克将自己牢牢确立为仅次于费德勒的世界二号球员，并且成为费德勒的最主要挑战者，特别是在草地赛事中。两位球员的交手战绩是费德勒以5胜1负领先，但和一年前在这里与罗迪克的半决赛不同的是，费德勒如今已被看成是赢球的绝对热门人选。
罗迪克及其教练布拉德？吉尔伯特（Brad Gilbert）也都做足了他们的功课，罗迪克以一种即便是中央球场最顶部一排的观众都能够感受到的热度全情投入作战。罗迪克的力量型打法让他在比赛开始阶段掌控了比赛，他狂暴的底线球以及闪电般的发球令他以6比4拿下首盘。第二盘的争夺变成了一场莫名其妙的过山车之旅，费德勒上来就以4比0领先，距离5比0仅一分之距；但他连续丢掉了两个发球局，让罗迪克将比分扳回到4比4平。不过网球的保护神终究还是站在了费德勒的一边，在6比5时，一次擦网而成的直接得分，让他拿到盘点，之后他一次华丽的跑动中正手斜线球直接得分，拿下了这一盘。
然而，费德勒仍不能完全掌控比赛。在第三盘他以2比4落后时，上帝再次介入到比赛之中，因为雨水比赛被迫暂停了40分钟——也许这听上去有些奇怪，这次暂停成为了这场比赛的最关键一刻。
这期间，澳大利亚人帕特？卡什在BBC电视台的比赛转播中做出了一个错误的预言——他不愿意押哪怕是一分钱来赌费德勒赢得那场胜利。但重新回到球场上的费德勒已完全改头换面，他采用了全新的战术。就像卡什曾经取得过巨大成功的方式那样，费德勒开始更高频率地冲上网前，并且在那里赢下越来越多的分数。他凭借抢七局赢得第三盘，并且一度在第四盘中顽抗过6个破发点，最终一分不失地打破了罗迪克的发球局并取得4比3的领先。接下来的就只是时间问题了，费德勒再次戴上了温布尔登桂冠。
英国当地时间下午5点55分，在又一次赢得网球界最重大的赛事冠军之后，费德勒双膝跪下躺倒在地。与此同时，太阳从云层背后出现，就像一年前的这一时刻一样，颁奖仪式处在阳光普照之中。但和2003年那场他泪流不止的颁奖仪式相比，“至少这一次我在颁奖仪式上更好地控制住了眼泪，我甚至比去年更加开心”。费德勒承认罗迪克充满进攻性的打法和扎实的发挥让他感到非常吃惊，他在比赛因雨暂停时做出了改变战术的决定，转而更多地发球上网。在这方面，他表示自己感到非常自豪。“费德勒教练对球员费德勒很满意。”他语带自嘲地说道。
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法拉盛之夜
罗杰？费德勒第一次在赢得一项大满贯赛事后直接回到了他的家乡巴塞尔。巴塞尔市在集市广场上组织了一场欢迎仪式，迎接新科温布尔登三冠王的回归。大批球迷以及等待着他出现的同胞令费德勒激动不已，成千的人群挤满了风景如画的广场，这是以往只有在为巴塞尔的足球队欢庆时才有的盛大场景。费德勒站在市政大厅一个小阳台上俯瞰广场，向人们挥手致意。“这是为你们而得的！”他大喊着，一边指着他如今所拥有的第三座温布尔登冠军奖杯的复制品。
在前往迪拜度假之前，费德勒去医院就诊检查他的脚部。尽管他在温布尔登的表现异常出色，但他的脚伤依然在困扰着他。在一次核磁共振检查之后，医生建议他不要参加在加拿大举行的大师杯系列赛事，而他是赛事的卫冕冠军。尽管他的迪拜之旅主要是为了休闲放松，但他的体能教练皮埃尔？帕加尼尼和托尼？罗切还是很快就加入到了他的行列。
在大约一个半月之后，费德勒在辛辛那提重返巡回赛的网球世界。他在世界排名榜上的领先优势下降到了只有一千多分，他的主要竞争者也不再是莱顿？休伊特，而是拉菲尔？纳达尔。在费德勒休赛期间，纳达尔赢得了在瑞典巴斯塔德以及德国斯图加特的泥地赛事，还在决赛中击败安德烈？阿加西而在蒙特利尔赢得了他的第一个硬地赛事冠军头衔。本赛季已获胜65场的纳达尔如今已是ATP巡回赛单打获胜场数的领先者，超过了费德勒的58场。
辛辛那提大师赛是一项费德勒从未取得过什么成功的赛事，在之前的四次参赛中，费德勒仅仅赢得过一场胜利。但2005年的赛事截然不同，他打入了决赛，并且要再次和安迪？罗迪克交手，而费德勒也以7比5和6比3再一次击败美国对手并赢得桂冠。这场胜利也创造了又一项里程碑——和在印第安维尔斯、比斯坎湾以及汉堡夺得的冠军一起，费德勒成为首位在一年�