快地成功了。”【21】
1928年3月底，中央研究院筹备委员会一致通过，“因历史语言研究之重要，决设历史语言研究所于广州，委任傅斯年与顾颉刚、杨振声为常务筹备委员”【22】，以傅斯年为掌门人。如此顺利地取得成功，令神通广大的胡适都感到有些意外，因而戏称傅氏“狡兔二窟”。【23】
1928年4月，国民政府决定改*大学院中央研究院为国立中央研究院，成一独立研究机关，任命蔡元培为中央研究院院长，杨杏佛任总干事。下设各研究所及首任所长如下：地质所李四光，天文所高鲁，气象所竺可桢，物理所丁燮林（后改为丁西林），化学所王进，工程所周仁，社会科学所杨端六。
1928年10月14日，中央研究院历史语言研究所正式宣告成立，所址设在广州东山柏园。与此同时，傅斯年辞去中山大学教职，应聘出任历史语言研究所所长，从此迎来了“开辟史学新天地”的伟大时代。
也就在这个时候，傅斯年与顾颉刚的缘分已尽，二人关系开始出现裂痕与冲突。
由同窗到仇寇（1）
傅、顾二人的矛盾表面上没有特殊的标志性事件供后人评断，据顾颉刚的女儿顾潮说，主要原因是两人的性格、志向不同。顾与傅在北大同窗时，谈及各人的理想与志向，顾谓最强者乃知识欲，傅谓最强者乃政治欲。两人都有刚强的性格，傅斯年博学多才，极具办事才干，甚欲在学术界成为领袖人物，做出一番轰轰烈烈的大事业。但他脾气暴躁，霸气十足，在各个方面想把顾氏压服，听命自己的调遣。而顾颉刚则倾心自己的学问，生性倔犟，不吃傅斯年那一套，曾声言“只能做自己愿意做的事情而不能听从任何人的指挥的”【24】。于是二人关系越来越僵，终于酿成了不能合作之局。按台湾学者杜正胜的说法，傅与顾的最终决裂，可能有个性因素，可能也有“瑜亮情结”，但更重要的恐怕还是两人对学术发展方向的歧异。【25】傅斯年之所以在柏林留学的最后阶段决定“弄史学”，就是深受顾颉刚搞《古史辨》并暴得大名的刺激。此前罗家伦、姚从吾曾对傅戏言道：“以他（南按：指顾颉刚）所据的地位在中央的原故，终不能不臣于他。”【26】正是傅不愿向顾“称臣”，遂下决心要跳出“顾氏王国”的阴影，“动手动脚找材料”，以新的科学研究方法“开辟史学的新天地”。这个想法早在他乘船归国，于大洋中漂行时便形成了。对此，顾颉刚也有些察觉，并谓：“傅在欧久，甚欲步法国汉学之后尘，且与之角胜，故其旨在提高。”【27】顾氏的感觉是符合傅斯年当时的内心和实际情形的。
当傅氏从欧洲归国时，他自许自己的学术境界已超越了顾颉刚，对于传统学术更不在话下。此时的傅斯年心中只有一个目标要克服和超越，那就是欧洲的“汉学”。正如1928年傅给胡适信中报告史语所“业已筹备”时所说：“实斯年等实现理想之奋斗，为中国而豪外国，必黾勉匍匐以赴之。现在不吹，我等自信两年之后，必有可观。”【28】如此高远的理想与志向，自然就注定了傅斯年与顾颉刚的联合是暂时的，而决裂与开打才是二人不可避免的宿命。
1928年春，心情郁闷的顾颉刚正好收到了燕京大学的聘书，便以学问做不下去，想换个环境为由，向中山大学校方提出辞职，要到别处去寻找一个“把所有的时间供我从容地研究” 【29】的地方。傅斯年一看这番阵势，认为顾颉刚不识抬举，故意拆自己的台，给自己难看，盛怒之下竟扬起自己特有的“大炮”性格，责备顾颉刚“忘恩负义”【30】，放出了“你若脱离中大，我便到处毁坏你，使得你无处去”【31】之类失态和伤感情的话语炮弹。顾颉刚闻听，既愤怒又伤心，心想你傅斯年虽是一学界大鳄，具有呼风唤雨的超凡天才，但霸气再大，能力再强，毕竟不能一手遮天，傅氏不是如来佛，自己也不是孙悟空，你越叫喊着让我无处可去，我偏一个跟头跳出你的手掌心，找个去处给你看看。顾颉刚想到此处，遂坚定了离去的决心，并深信“如果能够成我理想中之作品，一定抵得过种种毁坏的损失”【32】。恰在此时，顾收到了中央研究院寄来的聘书，请他与傅斯年、杨振声共同筹备历史语言研究所。顾认为在研究所可做些自己乐意做的学问，乃辞掉燕大之聘，暂时留下以观后效。但这时的顾颉刚产生了一个错觉，他认为既然自己成为筹备中央研究院历史语言研究所三名委员之一，或许能控制该所的方向与命运，一旦自己掌控了这个研究所的前途，自然是不屑与傅斯年这个“二杆子”式人物共事的，但看在傅氏为此奔波忙碌，整日拖着肥胖的身子气喘吁吁、大汗淋漓的分儿上，索性划一块地盘让其独自经营，以示报答，而作为史语所的大本营则由自己，另外再拉上一个胡适共同掌控。
由同窗到仇寇（2）
胡适自从1926年7月以英庚款委员会委员的身份赴欧洲考察后，于第二年5月方从美国、日本转道回上海定居，直到三年半之后，即1930年11月28日才重返北伐成功后的北平，重执北大教鞭。
顾颉刚把自己心中的计划向时在上海的胡适作了透露，“最好北伐成功，中央研究院的语言历史研究所搬到北京，由先生和我经营其事，孟真则在广州设一研究分所，南北相呼应”【33】，等等。此信正如台北研究者杜正胜所说：顾颉刚“对傅斯年的规划似乎一无概念，对胡适在傅斯年的学术中的地位也相当模糊”【34】。不仅如此，无论从哪方面看，顾颉刚作如此构想都是一个大忌，或者说是点燃了一枚危险的炸弹，此事显然已背离了为人处事光明磊落的基本原则。顾颉刚没有明白，或曰糊涂中揣着明白，这个“无中生有”的研究所，主要是凭借傅斯年的霸气与才气加天才的办事能力，才迫使老校长蔡元培批准并鸣锣开张的，这里面更多的是包含着蔡元培对傅斯年而不是对顾颉刚的信任。确切地说，这块研究所的牌子是傅斯年从中央研究院费心尽力地扛到广州的。顾氏所为，假如让傅得知，其情形自可预料。顾颉刚当然也深知其中的利害得失，所以特地叮嘱胡适不要把信的内容透露给对方。但出乎意料的是，此时的胡适在感情与学术认同上，已由原来偏向于顾氏转向了傅斯年，并对顾公开说过“我不疑古了，我要信古”【35】的话。这是一个非常明显的信号，顾颉刚虽感到“惊骇”，但没有想到胡适竟转变得如此之快和彻底。此时的胡适对顾出此策略内心是何种感受，外界不得而知，所知的是傅斯年借出差的机会到上海胡家拜访，向来以和稀泥、捣糨糊之法处理人际关系的胡老师，竟不顾当事人顾颉刚的再三叮嘱，径自把信的内容透露给了傅斯年。傅闻讯大怒，咬牙切齿地把顾颉刚视为仇寇，二人在感情上彻底决裂。接下来，带有火药味的肉搏也就不可避免了。
据顾颉刚女儿顾潮说，当傅、顾、杨三人在中山大学某室商量筹备中央研究院史语所时，“傅斯年与父亲两人各有一番设想：傅氏在欧洲7年，甚欲步法国汉学之后尘，且与之争胜，故其旨在提高。父亲以为欲与人争胜，非一二人独特之钻研可成，必先培育一批人，积叠无数材料加以整理，然后此一二人者方有所凭借。两人意见不同，而傅氏脾气暴躁，不免有家长作风，父亲亦生性倔犟，不能受其压服，于是两人始破口相骂，幸赖杨振声等人劝解而止”【36】。
面对这一恶劣情形，顾颉刚在给胡适的信中抱怨道：“孟真对于我的裂痕已无法弥缝，差不多看我似叛党似的。”【37】到了这个时候，胡适只好以导师兼朋友的双重身份出面为二人调停，并劝顾颉刚不要因骄傲树敌。而顾氏可能已感觉到胡适此前并未践约为自己保守秘密的信条，遂心生怨恨，不再听这位导师的啰唆，胡适的和稀泥调解宣告失败。顾颉刚在1928年8月20日给胡适的信中说道：“我自己觉得傲则有之，骄则未也。……所以这两年来树的敌虽多，但我自己心无愧怍，则亦听之而已。（我树的敌人可以分做两种，一种是妒忌我，一种是想征服我，这两种都是没法避免的。我不能求悦人而自暴自弃，迁就了别人的标准。我自己不愿压迫人家，也不愿人家来压迫我。如有人想要压迫，当然反抗。此其所以结怨而心无愧怍也。）”【38】此处所说的“征服”与“压迫”，自然是指傅斯年的所作所为。而傅斯年越想征服，顾颉刚越竭力反抗，并坚定地表示：“我决不愿把身子卖给任何人。我决不能为了同党的缘故而把自己的前程牺牲了。”【39】
由同窗到仇寇（3）
到了此时，顾颉刚还未明白，由于他在太岁头上动土的轻举妄动，满身霸气的傅斯年不是“差不多”，而是确切地把他视作乱臣叛党了。顾氏提出的先培育一批人再由一二学者研究的主张，固然与傅斯年原有的设想不合，但敏感的傅斯年同时也有了顾氏想借此培植私人势力的警惕，言语相激中才有了双方开骂，几欲肉搏的场面。在傅斯年的心中，顾颉刚总在想方设法地把史语所变成他的独立地盘，以实现全权掌控，做山大王的野心。1928年10月6日，傅斯年在致清华大学冯友兰、罗家伦、杨振声等三人的信中道：
金甫竟这样恼了吗？一去一字不来。如果是我骂的，不知“其词若有憾，其实乃心喜之”也！报上看见诸兄弘谟，不知清华修得此？岭表孤臣，不尽倾慕！
我们（你们都在内，北平话‘咱们的’inclusive）的研究所，以我暑假在此之拼命，经费、设备、接洽工作等，俱有成就了。北平未去，实不敢去也。怕得自己未组织好，辛辛苦苦的为人吞了也。如果人是肯工作的，不把些不相干的大大小小满着，奉送之不暇，