地最大时候曾涵盖河内、和泉、摄津、丹波、若狭（今福井县西南部，又称若州）、备中（今冈山县西部）、备后（今广岛县东部）、讚岐、阿波、土佐、伊予（今爱媛县，又称予州）等国，作为室町幕府的“三管领”之一，在足利义满时期到达了鼎盛。细川氏既是幕府的有力支持者，也是挑起战乱的祸首之一。应仁之乱后，细川政元继任家督。文明十八年（1486），二十一岁的政元出任管领。
将军足利义稙对六角氏公然对抗幕府，致使前任将军足利义尚病死军中的事情一直耿耿于怀。延德三年（1491）八月，义稙欲雪前耻，以六角高赖违抗幕令为由，命政元代替高赖出任近江守护之职，挑起了第二次六角征讨战。明应元年（1492）三月廿九，六角军四千人与细川军在爱知川筑濑河原展开激战。六角军因寡不敌众而惨败，重臣山内政纲被杀，高赖逃进甲贺郡的深山之中。十一月初五，重新集结兵力的高赖再次被击败而逃亡伊势（今三重县东南部，又称势州）。意气风发的义稙让亲信高岛赖高之子虎千代作为已故的六角政尧的养子，出任近江守护代，随后自己班师回朝。这次征伐近江的成功使得义稙对恢复幕府统治的信心大增，开始与政元逐渐不合。应仁之乱虽已结束多年，但作为*导火线的畠山氏内讧却仍未停止。明应二年（1493），义稙受畠山政长邀请，出兵河内的正觉寺，*畠山义就。留守京都的政元趁机拥立足利义澄为“征夷大将军”，义澄乃是堀越公方足利政知次子，出家在京都的天龙去香严院，一直受政元照顾。政元随后攻破正觉寺，政长切腹自尽，其子畠山尚顺逃往纪伊（今三重县西部及和歌山县，又称纪州），义稙投降。两月后，义稙趁暴风雨出逃，投奔越中的榊保长诚。从此，细川氏开始将幕府大权完全玩弄于股掌之中，而这只是幕府将军们悲剧命运的开始。
同年十月十九，高赖趁机重新攻占近江的部分地区，并夺取了金刚寺城。政元罢免了义稙扶植的虎千代的近江守护代之职，转以山内就纲代之，并命他对抗六角军。明应三年（1494）十月，山内军在比叡山延历寺的支持下攻陷金刚寺城。次月，高赖在老搭档美浓守护代斋藤利国的帮助下展开反攻，在彻底击败山内军和延历寺后，重新夺回近江的控制权，六角氏与将军家近三十年的战争最终以幕府的失败而终告。
翌年，高赖又一次出任近江守护。曾经大败高赖的前任将军义稙却如丧家之犬，最后于明应八年（1499）十一月，来到中国地区的名门大内氏本城山口城下寻求庇护，当主大内义兴亲自在郊外居馆迎接，义稙这才找到了容身之处，从此受庇于大内氏的羽翼之下。
追放义稙后，政元开始把持幕政，控制了几乎整个近畿地区和四国岛，可谓权倾一时，有“半将军”之称。他虽算得上一代豪杰，却迷信修炼飞升之说，深信修炼成功后便如天狗一般，不但可腾空而起，更可升天成仙（记于《细川两家记》）。他不但每日斋戒沐浴，口中念念有词，还准备在闲暇时四处游访，寻找修练的捷径。为了能早日飞身成仙，他戒除女色，就连服侍他的侍女也不得靠近身边，以免她们身上的阴气影响自己修炼。
由于不近女色，政元没有子嗣，过继了三个养子：细川澄元、细川澄之和细川高国。澄元是阿波守护细川义春之子，澄之是关白九条政基之子，高国则是野州细川氏的细川政春之子。他们三个为了成为细川氏家督的继承人，不断钩心斗角，明争暗斗，众家臣为利益也分别依附于三人，细川氏从此开始分裂。政元想立澄元为继承人，遭到澄之不满。永正四年（1507）六月，澄之派家臣香西元春将沐浴中的政元刺死，政元时年四十二岁。干完这惊天动地的大事，澄之决定斩草除根。次日，香西元春受命攻打澄元，澄元不敌，与家臣 三好之长 逃往近江的甲贺郡。两月后，之长 联合高国攻打轼父逆子，澄之兵败身死，凶手香西元春也战死军中，澄元继任细川氏家督。由于高国的姐夫畠山尚顺支持义稙，因此高国受到澄元的怀疑而被疏远，原先是同盟的澄元与高国开始产生矛盾。
却说大内氏源自百济圣明王之子琳圣太子，当年琳圣太子东渡，在周防的多多良滨登陆，开始定居繁衍。一支族人居住于周防的大内村，后改苗字为“大内”，领周防、长门、丰前、筑前四国守护，先后三十一代雄霸西国，是当时人人羡慕的名门望族。大内政弘去世后，其嫡子大内义兴出任家督。义兴早就有进京以图控制幕府的野心，此时闻听政元被杀，畿内大乱，便马上率中国地区的国人势力，拥护义稙上洛（上洛：当时日本仿唐朝模式，将京都分为东京、西京，东京仿洛阳，西京仿长安。在镰仓幕府时期，西京衰落，东京兴盛。所以当时的日本人将京都称为洛阳或洛城，而战国大名进京也就被称为“上洛”，它主要用于形容实力最强的大名集结大军开往京都，表明自己地位的过程）。见上洛之军来势汹汹，高国知道澄元肯定不是对手，于是决定利用与畠山尚顺的姻亲关系转投义稙一派，不仅可以保身，还可以驱逐背信弃义的澄元，更可以在义稙成为将军后得到好处，真是一举三得。永正五年（1508），高国举起反旗迎接义稙、义兴和尚顺入京，澄元不敌，败走近江。将军足利义澄也败逃到近江，受到伊庭贞隆的保护。同年七月，义稙再次出任“征夷大将军”，高国受命出任细川氏家督，并担任管领；义兴也出任管领代，并兼任山城守护之职，官至左京大夫，开始与高国联合执掌幕政，并长期在京都理事。大内氏势力也由此涉及近畿、中国、九州岛，如日中天，一时间无人能敌。
永正六年（1509）八月，不甘心失败的澄元派 三好之长 及其子三好长秀出兵攻打京都，但被高国、义兴联军打败，长秀逃往伊势，被伊势国司 北畠材亲 杀死。义澄在逃亡后，也不甘心将军之位落入义稙囊中。同年十月，义澄派忍者悄悄潜入京都的将军御所，准备刺杀义稙。不料，忍者被发现，导致计划失败。义稙连遭对手的两次发难，心中大为恼怒，决定先除义澄，再铲澄元。永正七年（1510），义稙命高国和义兴*义澄，却战败而回。永正八年（1511），澄元在领地阿波国举兵上洛，支持义澄的 和泉守护 细川政贤也起兵响应，两军会合后在山城的船冈山与高国、义兴联军展开激战，政贤战死，澄元败逃到摄津，后回到阿波，寻机再次对付义稙、义兴和高国。细川氏经一系列战乱开始分裂成两派，这场内乱也就是所谓的“二川分流”。
出云守护尼子经久曾应义兴之邀到京都协战，战功赫赫，却未得到相应的报酬，令他怀恨在心，于是暗中策划侵略大内氏。上洛成功的义兴也并非一帆风顺，曾被澄元赶出京都，与义稙一起逃到丹波。义兴战败后，随军出战的安艺（也写作安芸，今广岛县西部，又称艺州）国人领主毛利兴元、高桥元光和吉川元经背弃大内，撤回各自领地。不料，义兴却又重新夺回京都，将澄元赶走。满心怒火的义兴摩拳擦掌，准备*那些曾经背叛他的领主豪强。安艺守护武田氏早已失去对领国的控制权，国内散乱的小领主夹在大内、尼子两家之间艰难的生存，稍有风吹草动便会坐立不安，不知该倒向哪边。这场转折性的胜利使得毛利、高桥、吉川三家深感惊慌，不知会受到什么惩罚。为了对抗大内的兴师问罪，三家决定联合安艺的其他领主组成联盟，安艺国内颇具实力的天野氏却决定不加入联盟而跟随大内。无奈之下，永正九年（1512）二月，高桥元光将女儿雪姬嫁给兴元以巩固两家联盟，见此情景，天野氏未敢听从义兴之命贸然进攻毛利，反而加入到联盟阵营里来。随着国人势力的不断加入，联盟也越来越大。面对逐渐强大的联盟，义兴终于按捺不住，派随他一起上洛的安艺守护武田元繁归国*。元繁早有光复家门的野心，正好借此机会收复对安艺的绝对控制权。此时，逐渐壮大的国人联盟也使得经久深感不安。早与尼子氏暗中串通的元繁与经久密约，决定共同进攻安艺。领兵出发的元繁没有完全按照义兴的部署行事，而是首先攻占大野河内城，而后率军北上，包围 己斐城，矛头直指毛利氏。
毛利氏源自镰仓幕府政所执事大江广元之子大江季光，季光受命担任相模的毛利庄地头一职，其后代遂以“毛利”为苗字。传至毛利时亲，由于足利尊氏任命其为安艺的吉田庄地头而移居郡山城。传至毛利兴元时，毛利氏只不过是一个拥有吉田庄一万石领地的小小土豪。
看到武田氏不听从自己的作战安排，又看到面对敌军的进攻，毛利氏未作任何反应，义兴使出一计：派人传令毛利氏出兵*元繁。毛利家臣们认为既然已背弃大内，如果再听从其调遣会被联盟所不容，有的甚至提出投靠尼子氏。兴元力排众议，主张与武田决一雌雄。通过交涉，毛利氏使者终于说服吉川氏起兵对抗武田。永正十二年（1515），毛利、吉川两军各自出发并于中途会师，一起向 有田城 进军。包围己斐城的元繁立即挥军增援有田城，欲与守军合力夹击毛利、吉川联军。幸运的是，联军终于在元繁赶到之前攻占了有田城，摆脱了被夹击的命运。老奸巨猾的经久没有出兵，只是坐山观虎斗。元繁独自无法抵抗联军的攻击，终于败下阵来，逃到距离有田城仅四里的今田城固守。这场战争以毛利、吉川的胜利而告终，为了履行合约，兴元将有田城割让给吉川氏，然后凯旋回到郡山城。义兴对毛利氏听从自己的命令感到满意，因此也原谅了兴元此前的背叛行为。此时，雪姬为兴元生下嫡子幸松丸，一家人其乐融融，展望着毛利家的美好未来。翌年，兴元的异母妹松姬在其母相�