他还读了洛克的《人类的悟性》和波尔洛亚尔派的作者们写的《思维的艺术》。富兰克林的学习日渐深入。
也就是在这一时期里，富兰克林在改进自己文体的同时，注意到了论证方式的改进。一次他偶然在一本英语语法书的后面发现了两篇关于修辞法和逻辑的简短介绍，其中关于逻辑的那篇在结尾时举了一个用苏格拉底对话法进行论辩的实例，他立即发生了兴趣。此后不久，他买了一部色诺芬的《苏格拉底回忆录》，加以研读。书中记载的苏格拉底运用对话法进行论辩的实例，吸引了他。从此，富兰克林放弃了自己生硬反驳和武断立论的辩论方式，而效法苏格拉底，用一个谦逊的、对事物抱有怀疑的人的口吻发问。他发现这种方法常常使自己的对手，即令是“很有学识的人”，也不得不让步，直到陷入窘境，而使自己和自己的论点获得往往是不应得的胜利。但几年以后，富兰克林又逐渐放弃了这种辩论术，而只保留了用谦虚的语句表达个人意见的习惯。在那以后，每当提出什么可能引起争论的意见时，富兰克林从不用“一定”、“无疑”等表示肯定语气的字眼，而宁愿用“我猜想”、“我料想”、为了什么理由，“在我看来这件事好像是”等等。后来，在富兰克林漫长的一生中，有许多场合他需要说服他人接受他的意见，而大多都如愿以偿，这恐怕是大大得益于他的论辩技巧上的研究改进。
就这样，仅仅上过两年学的少年富兰克林在早早地当起了学徒去挣自己的面包的同时，以非凡的求知欲和刻苦精神，吸取着文化知识的养分，不自觉地为未来作为科学家、思想家和外交家的生涯架设了最初的牢固的梯级。
★离兄出走
1721年，詹姆士不顾朋友中一些人的反对，开始出版自己的报纸《新英格兰报》，富兰克林则把印出来的报纸送到城里各处的订户家中。詹姆士的朋友中有人为报纸写些短文作为消遣，而这些文章使得报纸的声誉提高，销路更广。这些朋友常到印刷所来，在谈话中提到他们的报纸受到居民的欢迎。听到这些，富兰克林不禁砰然心动：何不也在报纸上一试自己的身手呢？
当然，他不能像其他撰稿人那样公开署名，因为哥哥不会允许他写的文章在报纸上发表——在他眼中，弟弟始终不过是一个学徒，一个孩子。于是，他以一个名叫“赛伦斯·杜古德”①的女子的身份用第一人称给报纸写稿。他给《新英格兰报》的第一篇文稿写于1722年4月2日。在他的笔下，杜古德出生在到新英格兰去的船上，父亲在旅途中丧命。到了新英格兰后，她和母亲住在离城不远的乡下，“我不得不出去当学徒工，因为我不能再靠我贫穷的母亲生活，她也在苦苦地挣扎求生。”她的教师是一位牧师，他让她学习针线活、书写和算术，并“让我随意使用他的藏书，那藏书量虽不大，却是经过精选、适合于启迪理解力并使头脑形成伟大而高尚的思想的。”过了一段日子，那位牧师开始物色一位妻子。在几次向上层社会的女子求婚不成功后，“他选择了他的学生”。这里，富兰克林显然是以他的外祖父当年娶了他的女佣——富兰克林的外祖母——为原型加以虚构的。“由于他是一位伟大的慈善家，并待我犹如一位父亲，我不能坚决拒绝他的求婚”。于是，杜古德结了婚，成了三个孩子的母亲，后来又成了寡妇，平静地住在乡村——
①原文是SilenceDogood，意为沉默做好事。
按富兰克林的眼光，他杜撰的这位杜古德夫人具有讽喻意味地梦想进入哈佛学院学习。那所学院的门由富裕和贫困把守着。凡是未经富裕推荐的求学者，一概由贫困拒之门外。而在那所殿堂之内，学识高踞在宝座之上，从地面到宝座是难以攀爬的阶梯。大多数的进香者先是满足于同爱德尔尼丝夫人和伊格诺伦丝①夫人两姐妹一道，呆在那宝座脚下，到他们不得不攀登时，又“千方百计求助于已经攀登到他们前面去了的人的帮助。那些人则为了一品脱牛奶或一块果馅饼的代价，而冒天下之大不韪，将后进者拉到和他们同等的高度上……。每一个木鱼脑袋看起来都因为分享了一份学问而心满意足，尽管他们还和先前一样愚蠢。一旦来到那座殿堂的外面，我觉察到，他们之中，一些经营商业，一些去旅行，有的干这行，有的干那行，有的什么也不干；许多人在那以后由于没有世袭财业而一贫如洗，就像教堂的耗子，因为他们种不了地，也羞于乞讨，靠机智度日又不可能。我暗自思忖，那些傻到极点的父母们看不到他们子女脑瓜的迟钝和不开窍，是因为他们以为他们的钱袋足以将儿女送进知识的殿堂，在那里，由于缺乏所应有的天份，他们学到的难以超出举止漂亮大方、优雅地进入一个房间——而这在一所舞蹈学校就可以学到。在支付了大量的烦恼和费用之后，他们就这样返回来了，还像先前一样是个木头脑瓜，只是多了一些傲慢和自满。”——
①是英文单词idleness和ignorance的译音，意为“懒惰”和“愚昧”。
富兰克林的文章内容正是他自己思想状况的写照。少年时代的富兰克林就曾想过到哈佛学院念书，也曾向往过牧师的职务，但既然当了手艺人，他便将当年的理想付之一笑，自慰并没有失去太多，而且有了一份更好的职业。富兰克林还用他懂得的一点拉丁语，在文章结尾时加上一句拉丁语箴言，给全文增添了几分幽默感。
这些文章全都是用化名写成，也不敢公开投稿。富兰克林用伪装了的笔迹誊写后，在夜间将稿子塞进印刷所的大门。第二天早晨詹姆士开门时发现后，把它拿给自己的朋友看，文章居然得到了大家的赞许。詹姆士和朋友们猜测文章的作者，纷纷举出他们中的佼佼者的姓名。这样的评价使富兰克林在一旁听了喜出望外。对文章加以好评的这些人或许称不上什么专家名士，但正是这些赞许增强了16岁的富兰克林在写作方面的自信心。富兰克林还撰写诗文讽刺当时在新英格兰的诗人中写得最多的挽诗，因为挽诗的作者常常将莫须有的美德和业绩加到死者身上来加以赞美和哀悼，使得挽诗具有一种虚伪的、套话连篇的格式。
这一系列署名杜古德、在挽诗问题上大发议论的作品到1722年6月25日停止发表了，因为从这个月起，富兰克林兄弟及其朋友们不得不全力应付一场严重的事端。
詹姆士的《新英格兰报》自1721年8月7日创刊以来，屡屡刊登代表当地激烈思想的文章向保守势力挑战，已经引起了地方当局的注意，为了除掉这个与众不同的新的声音，他们在等候时机。1722年6月，这个机会出现了。6月11日，《新英格兰报》登出一篇虚构的从新港寄出的信，信中说有人看到海盗在那一带海岸出没，“我们从波士顿得到通知说，麻萨诸塞政府正在装备一艘船（“飞马号”）去尾随海盗，由彼得·巴比伦船长带领，人们认为，只要风和天气许可，他将在本月的某个时候出航。”文章刊出后，麻萨诸塞参事会借口这是蔑视当局，下令逮捕了詹姆士，审讯以后将他关押在波士顿的石筑监狱里。一个星期后，詹姆士告诉参事会说他“确实感到衷心地抱歉”。又过了一个月，波伊尔斯顿医生为詹姆士出具证明说，犯人的健康因监禁受到损害，詹姆士获释了。
在哥哥被捕的日子里，富兰克林独自继续出版报纸。他的第8篇署名为杜古德的文章标题是《一篇伦敦杂志的摘要》，文中写出了他的心声，“没有思想自由就没有智慧这类东西；而没有公众自由这类东西就没有言论自由；这是每个人的权利，正如由于这权利，他不能损害或控制他人的这一权利……。谁要颠覆一个国家的自由，必先压制言论自由。”他又写道，“一段日子以来，我有这样一个问题：对一州来说，危害更多的是虚伪地声称忠实于宗教还是公开地亵渎神圣。但最近的一些这种性质的思想使我倾向于认为两者中伪君子更为危险，特别是假如这个人还占据着政府的职位的话。……如果在新英格兰我们有了或像是有了这样的例子，我们只有这样做才能最好地证明我们对宗教和国家的爱，那就是，把欺骗者置于光天化日之下，使受骗者不再受骗……”富兰克林在支持自己的哥哥。
詹姆士一出狱，他的悔罪的心情也就无影无踪了。《新英格兰报》在舆论界独树一帜的面貌依然故我。1723年1月14日，报上的一篇文章严厉地写道：“有许多人看上去比一般人更信教，但在几件事情中却比那些声称一点也不信教的人恶劣得多。”这一下，参事会再也不能容忍了，他们下令“禁止詹姆士·富兰克林继续出版《新英格兰报》或任何其他这类性质的小册子或文件，除非事先经过本省秘书的检查。”
在这种形势下，詹姆士和他的朋友们在印刷所举行了一次会议，以决定对策。有人提议改变报纸的名称来避开法令的规定，但詹姆士认为变换报名会带来许多麻烦。最后，大家决定以本杰明·富兰克林的名义继续办报。为此他们又商定将当初签订的师徒合同还给小富兰克林，并在合同背后注明解除合同规定的一切业务，意在不引起州议会的非难，指责詹姆士仍在通过自己的学徒出版这份报纸。同时，为了保障詹姆士作为老板和师傅的权益，双方另外签订一份新的适用于未到期的师徒关系的合同，这份合同将不予公开。立即，弟兄俩将这些办妥了。这样，《新英格兰报》以本杰明·富兰克林的名义继续发行。
然而，几个月过去，富兰克林兄弟俩之间的不和日益表面化，终于达到不能相容的地步。
从富兰克林跟随兄长学艺以来，詹姆士就视弟弟为普通学徒，认为弟弟应当�