蔡元培自幼聪慧，5岁入家塾读书，像他的祖父一样，蔡元培每天都要复习到深夜，母亲周氏常常不辞辛劳地陪着他。
蔡元培的第一位启蒙老师姓周，最初所读的是《百家姓》、《千字文》、《神童诗》三本小书，然后再读儒家经典的“四书”、“五经”。11岁那年，蔡元培的父亲去世了，此后家境一天不如一天，他无力购书，但这并没有影响到他的读书与求学，他的六叔铭恩铭恩不仅将自己的所有藏书向他开放，使他读到了《史记》、《汉书》、《文史通义》、《说文通训定声》等书，使他较早地由启蒙进入到了研究经史之学的天地。
13岁时，蔡元培拜经学名宿王子庄为师，学八股文及宋儒之学。在王子庄的教导下，蔡元培学问大进，形成了自己独特的“怪八股”风格。蔡跟着王修行了4年，思想上受其影响很大。蔡元培说自己20岁以前最崇拜宋儒，显然与王推崇宋明理学密切相关。他后来走向反清革命道路，主张民主共和，也同他所受的有关刘宗周、吕留良、曾静等明清之际反清志士的熏染不无关系。
18岁之后，蔡元培开始给别人当塾师，也就是做家教，一边教书，一边自学。这时，他看书越来越杂，也不再练习八股文，而是开始了自由阅读。最初的兴趣在辞章，以后又转向考据与训诂，在小学、经学、史学方面都下了一番功夫。
20岁那年，蔡元培被介绍到绍兴的藏书大家徐树兰、徐友兰家，为徐氏子弟伴读并校勘典籍，历时4年。蔡在徐家博览群书，精研小学，涵养大进，还帮徐树兰校勘了《绍兴先正遗书》和《铸学斋丛书》等许多古籍。
多年来对国学所下的苦功，使蔡元培能够在科场游刃有余，连试皆捷，17岁中秀才，23岁中举人，24岁中进士，26岁补翰林院庶吉士，28岁补翰林院編修。
26岁那年，正值甲午战争爆发，西方的“新学”开始在中国大地广为流传。蔡元培一方面开始读西方的书籍。另一方面，国内学者倡导学习西方的著作如郑观应的《醒世危言》，梁启超的《西学书表目》，汤寿潜的《蛰仙危言》等，也成为他的必读书籍。
为了近距离地研究西学，蔡元培于1903年想赴德国留学，但因经费问题直到1907年才成行，至武昌起义后回国。在德国，他先花了1年多时间在柏林学习德语，后入莱比锡大学学习3年。3年间，他一共修课37门，侧重于哲学、哲学史、心理学、文化史和美学，这直接促成了他后来对中国哲学、伦理学以及美学的研究。
听课之余，蔡元培翻译了泡尔生的《伦理学原理》，被国内许多大学作为伦理学教科书。此外，凭借着深厚的中西文化背景，蔡元培还撰写了《中国伦理学史》（1910年），该书是我国伦理学史的开山之作。蔡元培在学界的地位与这两本书的出版有很大关系。
中西合璧的办学方针
蔡元培在北大的成就，离不开他所倡导的“思想自由、兼容并包”。究其根源，这一方针乃是中西合璧的产物——既是对西方办学经验的汲取，也是对中国传统儒家优良教育传统的继承。
自19世纪威廉·洪堡创立柏林大学，奠定学术自由、教学自由、学习自由的原则以来，“思想自由、兼容并包”就成为了全世界大学的基本价值和基本准则。蔡元培曾三次留学德国，并曾在洪堡大学学习过，所以深受洪堡和德国大学精神的影响。
此外，蔡元培认为，在中国教育传统中，在《中庸》等儒家经典中，也已蕴含着这一种精神。如《中庸》有言，“万物并育而不相害，道并行而不相悖”。只是自汉武帝采纳董仲舒的建议，实行罢黜百家、独尊儒术以后，思想界长期受封建专制统治，根本不可能有思想自由。因此，蔡元培认为，要改革中国教育，就必须循“思想自由之原则”。
长眠香江
抗日战争爆发后不久，上海沦陷，国民党政府迁都重庆，中央研究院也迁往内地。蔡元培因不愿随蒋介石去重庆，改从上海赴香港，准备转赴昆明，主持中央研究院院务。但是到达香港之前，蔡元培刚刚得了一场伤寒病。已经近70岁的老人，面对前面的长途跋涉，十分担心能否安全到达昆明。无奈之下，只好先滞留香港。
1937年12月26日，夫人周养浩携子女也到港，全家在九龙柯士甸道156号租房居住。
蔡元培在港期间，除了读书阅报之外，绝无其他消遣。由于怕受人注意，因此很少跨出大门。香港住宅，又很狭窄，三四个房间，便成为他日常活动的小天地，生活的枯燥，是可以想像的。
在枯燥、清贫、寂寞中，蔡元培的生命渐渐地走到了尽头，这盏光照中国思想界的明灯即将熄灭。
1940年3月3日早晨，蔡元培起身后到浴室去时，在浴室门边，忽然感到一阵头晕，失足摔倒，吐了一口鲜血。于是赶紧找来商务印书馆的一位特约医师朱惠康，朱医生看过后未找出病源。这天晚上，他一宿都未睡好。
第二天上午，朱医生过来复诊，认为可能是胃溃疡，因为家里人手不多，照料不便，因此建议送到养和医院去诊治。到了养和医院，朱医师又诊断可能是急性胃溃疡，于是通过文学家许地山找来港大医学院的英籍教授寇克博士，为蔡元培诊治，并施手术。
由于输血设备都在香港大学，又将蔡元培转移到香港大学。输血的过程中，蔡已经陷入昏迷状态。输完之后，他的手足开始缓缓活动，有时两片嘴唇微微翕动，像要开口说话。寇克博士认为，这种反应情形非常良好，令人兴奋。
回到养和医院，已是午夜以后。约至四点多钟，蔡元培的呼吸开始显得很费力。六时左右，口中嘘气已经极为微弱。养和医院院长李树芬和寇克博士虽然先后来到，但到七点左右，两位医师都认为救治无望。九时过后，蔡元培嘘出了最后一口微弱的气息。
蔡元培轶事
征婚启事
1900年夏，蔡元培的原配夫人王昭病逝，那时他才33岁。为他提亲的人多得踏破了门槛。蔡元培面对纷至沓来的媒人，磨浓墨，铺素笺，挥羊毫，写下了一张征婚启事，贴在书房的墙壁上。他的择偶条件为：（一）女子须不缠足者；（二）须识字者；（三）男子不娶妾；（四）男死后，女可再嫁；（五）夫妇如不相和，可离婚。这则征婚广告曾经轰动一时。在旧礼教盛行的晚清，一位堂堂大清朝的翰林，居然公开提倡男女平等和妇女解放，这确实是要有些勇气的。
胡适轶事
胡适与黄侃
黄侃曾与胡适同在北大讲学。在一次宴会上，胡适偶尔谈及墨学，滔滔不绝。黄侃骂道：“现在讲墨学的人，都是些混账王八！”胡适赧然。过了一会儿，黄侃又骂道：“便是适之的尊翁，也是混账王八。”胡适大怒。
黄侃却大笑道：“且息怒，我在试试你。墨子兼爱，是无父也。你今有父，何足以谈论墨学？我不是骂你，不过聊试之耳！”举座哗然大笑。
黄侃反对胡适提倡白话文。有一次，他在讲课中赞美文言文的高明，举例说：“如胡适的太太死了，他的家人电报必云：‘你的太太死了！赶快回来啊！’长达11字。而用文言则仅需‘妻丧速归’4字即可，只电报费就可省三分之二。”
一次，黄侃对胡适说：“你提倡白话文，不是真心实意！”胡适问他何出此言。黄侃正色回答道：“你要是真心实意提倡白话文，就不应该名叫‘胡适’，而应该名叫‘到哪里去’。”此言一出，他仰天打三个哈哈，不管胡适，扬长而去。
胡适著的《中国哲学史大纲》，仅成上半部，全书久未完成。黄侃曾在中央大学课堂上说：“昔日谢灵运为秘书监，今日胡适可谓著作监矣。”学生们不解，问其原因？黄侃道：“监者，太监也。太监者，下面没有了也。”学生们大笑不已。
陈寅恪之死
1966年7月，“文革”波及到了中山大学。
陈寅恪这次终于没能幸免。
第一批大字报贴出来了。对陈寅恪的打击不仅仅来自大字报。7月，陈寅恪晚年的得力助手黄萱被历史系召回参加运动；9月，校方撤走了“三个半护士”，陈夫人唐筼只好自己出资聘请护士护理陈寅恪。
10月，破四旧之风蔓延到了岭南，人们开始随意进入陈宅。陈寅恪的书籍和一些未刊的书稿、手稿被查封，多年精心保存的一些文物字画也被抄走，尤其是他精心保存的祖父陈宝箴和清朝官员来往的信札也被翻了出来。
秋冬之际，大字报已经快把陈寅恪淹没了。东南区一号的楼房被贴满了，红色的砖墙都已经看不见了，整幢大楼显得阴森恐怖，活像一口纸棺材。大楼四周的树木上挂上了长幅标语，风一吹来，像片片白幡“沙沙”作响。
高音喇叭是陈寅恪最害怕的一种声音。住宅对面的办公楼被造反派占领，高音喇叭每天不间歇播放。平常日子陈寅恪尚且要靠安眠药才能入睡，这样一来睡觉几乎成了一种奢望。1945年陈寅恪用眼过度，双目失明。所以每当召开大型批斗会，造反者便将几只高音喇叭直接吊在陈宅的屋前屋后，有时甚至将小喇叭吊到陈寅恪的床前，名曰“让反动学术权威听听革命群众的愤怒控诉”。
1969年春节刚过，陈寅恪被勒令搬出东南区一号楼，据说陈寅恪被迫搬家的原因是因为工宣队看中这座楼房，想做指挥部使用。
５月５日，陈寅恪被迫做口头交代，但并没有“过关”，因为交代中并没有“承认错误”，而是说了许多类似“我现在譬如在死囚牢中”的话。于是不断逼问，直到陈寅恪不能讲话。
在不断折磨下，陈寅恪瘦得不成样子。少数亲朋好友偷偷登门看望时，他一言不发，只是眼角不断流泪。
1969年10月7日早上五点半，因为心力衰竭，肠梗阻、肠麻痹，