不过，出于战备工程的保密考虑，开工典礼当天，组委会只邀请了新华社、人民日报、中央新影等少数几个新闻单位参加，并明确表示地铁开工典礼的消息不登报，只作为内参保留。
北京地铁一期工程，就这样神秘地开工了。
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施工神秘地进行（1）
1965年下半年，正在永定路附近十一学校上初中的徐金华发现，一向冷冷清清的西郊突然多了很多工人和汽车。他们分日夜轮班工作，连吃饭都在工地上。有时施工完，还会在工地上踢踢正步。
路中央宽大的绿化带上，一棵棵高大的树木被拔掉。挖掘机开了进来。挖出的土，被一车一车运走。有一段时间，工地旁边甚至建起了一个小铁道，用专用的小火车运土。
“没人告诉那是在修地铁，但是所有的人都知道。”徐金华至今想来，自己也觉得挺奇怪。但那就是当时的情况，对于正在身边进行的地铁工程，北京市民心照不宣。
“因为是战备工程，所以不可能宣传。”但是之前的很多舆论已经告诉大家，北京要修地铁了，修地铁是为了备战。
当时路上车辆很少，施工并没有对交通造成多大影响。由于是明挖，又没有做遮挡，上学路上徐金华随时都可以看到施工的进展。他看到铁道兵战士们夜以继日地进行施工。挖出的隧道也渐渐有了形状，从最初浅浅的沟渠，变成了一条宽十几米，深接近10米，放坡完整的梯形隧道。隧道挖好后，工人们又依照图纸依次完成了钢筋敷设，混凝土浇筑，以及铺贴玻璃布油毡防水层。
地铁工程在有条不紊地进行着。但很少有人知道，在此之前，地铁的设计方面出现过一个很大的纰漏，甚至险些延迟了开工。
在开工前的几个月，地铁一期工程的全部设计图纸已经完成。现在已经是中国工程院院士的王梦恕，那时还是交通大学的一名年轻教师。作为新中国培养的第一批地下铁道专业硕士，王梦恕受邀参与审定地铁设计图纸。
审定过程中，王梦恕突然发现了一个严重的问题，所有的设计图纸都没有考虑到贯通误差。这意味着，如果按照图纸进行施工，分别开工的两个乃至几个施工段，在最后连接的时候，断面位置可能错开。整个隧道将无法对接成一条直线。设计中，这个贯通误差本应在计算之内，但由于经验不足，少计算了将近20厘米。“可别小看这区区20厘米，如果不计算在内，就会造成隧道的宽度和高度不够，将来机车可能碰壁或碰设备。轨道也铺不上。”这一发现让所有参与设计的人大吃一惊。很多人立即提出质疑，不相信王梦恕的判断。
时隔多年，王梦恕对此深表理解，“如果我的判断是正确的，那就意味着所有有关结构的3万多张图纸都要修改。对于奋战了好几年的技术人员来讲这是很残酷的”。但是，科学面前来不得半点马虎。为了证明自己理论的正确，王梦恕利用当时正在施工的前三门水渠做了一个实验。这个水渠的断面都是直线断面。他把这些断面做了一个投影，投到平面上，参与实验的技术人员很容易看到，投影相差了二三十厘米。
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施工神秘地进行（2）
技术人员们终于认同了王梦恕的理论，并开始了紧张的改图工作。经过3个月的奋战，所有3万张图纸都改好了，原计划下半年开工没有耽误。“因为这个发现，局里专门奖励了我20元钱，这是从来没有过的。”提起这段往事，已经是国家地下工程带头人的王梦恕仍自豪不已。
北京站到石景山22公里的路段，几乎同时分段开挖。
由于是战备工程，工程的保密工作非常严格。但对于工程本身敞口放坡开挖的施工方式，保密的难度很大。针对这种情况杨勇指出，保密工作既要严格，又不能搞得很神秘。
虽然，每一个路过的北京市民都能看到施工的进程，但是设计图纸、数据等核心资料，一般人根本接触不到。
全程参与施工的张孟勋回忆，每个标段的施工技术人员只能得到各自的图纸，总图是看不到的。资料的整理和归档，则由专门的公安处负责。技术员领图纸需要严格登记，施工完毕后，无论图纸多么破旧都必须如数归还。“因为，即使看不到整个工程的总图，但懂行的人仍然可以按照单项数据推算出整个地铁工程的防护等级。”
即便这样小心，失密事件还是发生了。地铁工程局四处一队在整理文件时发现，一份实验段组织设计文件不见了。几天后这份文件又神秘地从邮局寄回。地铁工程局立刻在一队有关人员中进行调查。最后一名吴姓技术员终于承认，这份文件是他帮助印制后带回宿舍学习的。由于忘记文件应该放在什么地方，组织上又查得厉害，他既不敢留下又不敢归还，只好通过邮局寄回。经过调查，这名技术员是共青团员，家庭出身也比较可靠，带回图纸的确是为了学习，于是没有深究。但是，这一失密事件对地铁工程领导小组震动很大。杨勇亲自批示，一定要加强地铁工程的保密工作。
这个看上去有点“马大哈”意味的失密事件，却使地铁工程的保密工作上了一个等级。曾参与核心设计工作的王梦恕回忆，那时设计完毕，设计人员必须把自己的设计图纸和工作日记按页码如数上交。完整不缺页的资料还好说，那些零散缺页的资料都被他烧掉了。“缺页的资料交上去，我说不清楚呀！”那时正处于“文革”时期，任何一点纰漏都有可能上升到政治高度。回想起这段往事，王梦恕说：“保密是应该的，但我们也搞得太紧张了。那么多数据资料都烧掉了，现在进行研究时，我只能靠回忆了。对于科研是个不小的损失啊！”
不过，北京市民对地铁的兴趣却没有因为严格的保密制度而有丝毫减弱。当时在公主坟商场工作的常华记得，有一次，一个人在地铁工地拍照，被铁道兵战士当场制止，不但曝光了他的胶卷，还把他带走了。
施工神秘地进行（3）
那时候，附近的八一湖被分片划给各个单位做游泳场。常华单位所在的游泳场正好跟铁道兵部队相邻。“我们几个小青年经常找他们铁道兵‘套瓷’，想知道点儿修地铁的事。他们有时候也跟我们说点不要紧的，比如埋多深啊，过木樨地的时候，从河下走啊，当时听着挺新鲜。”后来，他们中的几个女同志还跟铁道兵战士结婚了呢！
虽然北京市民也隐约了解一些地铁施工的进展，但对于1965年12月29日发生的一场大火，却少有人知。那天，正在连夜施工的地铁工程局一处五队18分队电焊工张庆兰在电焊时，不慎引燃了覆盖混凝土的草帘。由于是冬天作业，为了保暖必须在混凝土上加盖草帘保温。为防止电焊火花引燃草帘，每一个电焊工还专门配有看火员。看火员手持小水壶，发现着火马上浇灭。但12月29日这一天，这个简单易行的消防措施失效了。火星引燃草帘后，看火员罗桂友马上用手里的水壶浇水，一股浓烟冒出来，当人们都以为火灭了的时候，草帘却死灰复燃。张急忙用手去拽着火的草帘，但噌噌的火苗迅速蔓延，顷刻间烧着顶棚。工人们纷纷脱下棉袄进行扑救，但火势太大无法近身。这时他们才想起来去报火警。在消防队员、工人以及闻讯赶来的群众共同努力下，大火在黎明前被扑灭。
大火造成直接经济损失30多万元。地铁工程局一处五队被撤销建制。
地铁依城墙而行（1）
虽然经历了一些波折，但北京地铁一期工程总体上进行得十分顺利。
石景山到复兴门段地处西郊。上世纪60年代，这里的居民和车辆都比较少，因此拆迁和施工方面进展得比较顺利，也没给沿线居民的生活造成什么不便。但复兴门到北京站段，情况却没那么简单了。
线路规划时，一线地铁到达复兴门将折而向南，经象来街（即长椿街），再向东，经宣武门、和平门、前门、崇文门到达终点北京站。这条线路，地处旧城区，不但有城墙，还有前门、宣武门、崇文门三座城楼和箭楼。这里从明代以来就是店铺林立的老商业区，民居、单位分布极广。地铁工程在这里进行敞口明挖，必将牵扯一大批搬迁问题，这无论在工期还是资金上都是一个巨大的难题。
如何解决这个矛盾，规划人员非常为难。这时，有人提出可以把内城城墙和城楼拆掉，地铁沿着城墙的走势修。这样就可以把拆迁数量减到最小。这个方案一经提出就得到地铁领导小组的重视，在当时看，这确实是一个最省时，省力，又省钱的方案。
于是，1965年1月，在杨勇、万里和武竞天上报中央的报告中有这样一段话：
修地下铁道是军事的需要，也兼顾解决城市交通问题。同时，由于现有城墙大部分已拆除或塌毁，地铁准备选择合适的城墙位置修建。这样既符合军事需要，又避免了大量拆房，在施工中也不妨碍城市正常交通，可方便施工，降低造价。
这个报告得到了中央的批准。
北京城墙是拆，是留？这个旷日持久的论争，始于建国初。
新中国成立时，北京城墙已经历了五六百年的风风雨雨。国家内忧外患，不可能有人去修缮它。坍塌、断裂，有的地方甚至已因危险被拆除了。沿城顶一带，解放前挖的射击孔有158处，大大小小的洞穴119处，最深的地方已经能与城下所挖的防空洞连通了。
1957年8月14日的《北京日报》上对城墙的状况有这样一段描述：
北京内城城墙长期没有很好地管理，现在城墙顶上长了很多蒿草、树丛。城墙顶面的海墁已经破坏，很多地方沉陷、裂缝（大的有两公寸宽），城墙局部鼓闪，女儿墙和垛口松动，遇到雨季经雨水浸泡、冲刷，常发生塌滑事故。
事实上，由于自然侵蚀和人为破坏，上世纪50年