马拉松之役是希波战争中希腊方面第一次赢得的胜仗，这个胜仗是雅典一国独立赢得的。斯巴达领导的拉凯戴孟盟军因出发迟缓未及参战。
马拉松之役后雅典的海军建设
波斯军第二次进犯希腊本土，在马拉松之役后10年。在此期间，有些希腊人认为波斯军在马拉松受创后不敢再度东犯。这10年中本土诸邦间和从前一样有彼此间的争执和小规模的战争。雅典和埃吉纳争霸海上的战争就是这类战争中的一个。雅典政治家铁米斯托克列斯（Themistocles）独具远识，利用雅典和埃吉纳战争的机会劝导雅典人大举建造新式的三列桨战舰200艘，准备应付行将到来的波斯进犯。这种战舰每艘需配备桨手150人（一说170人），建舰经费利用开发劳里翁（laureum）银矿（银矿租给私人开采，每一个承包人需交一个Talent即26。2公斤的银币，并征收开采取得白银的1/24）所得国库收入（这部分国库收入本来是分配给每个公民的）开支。战舰于公元前480年大战前夕建成，为建设这些战舰，著名的庇里犹斯海港也开辟出来了。
战舰桨手，由公民中的贫民担任，战舰上的陆战队员，即是从前的陆上公民军。此后雅典霸权，全靠海军，因此贫民在政治上的地位大为提高，这是伯里克理斯民主的一个重要因素。
薛西斯的进犯和希腊本土的解放
马拉松之役，是在波斯大帝国大流士（Darius）第一在位时进行的。公元前485年，大流士死去，薛西斯（Xerxes）继位。薛西斯于镇压埃及和巴比伦反波斯起义后，即着手进军希腊本土的准备。他从庞大的波斯帝国各州征集陆军，从伊奥利亚诸希腊城邦和腓尼基、埃及征集海军。公元前480年，陆军渡过达达尼尔海峡，经色雷西亚海滨，南下特萨利亚，侵入希腊本土。
强敌压境前夕，希腊本土诸邦集合于科林斯，决定消弭内战，共御侵略，订立了反波斯的军事同盟，盟主是原已存在的拉凯戴孟同盟盟主的斯巴达。但是，本土诸邦虽然多数参加了同盟，抗战坚决的，主要是雅典和斯巴达为首的拉凯戴孟同盟诸邦，北部中部诸邦态度暧昧。拉凯戴孟诸邦地处伯罗奔尼撒（Peloponnese）半岛，波斯军从陆上进入半岛，有科林斯地峡天险可资防守，而且拉凯戴盂同盟成立以来已将近300年间，半岛内部长期没有内战，同盟的陆军兵力是希腊首屈一指的，对抗击波斯的胜利具有信心。不过即使如此，伯罗奔尼撒本岛上还有斯巴达的宿敌阿尔哥斯，它在战争中通波斯，守中立，没有参加科林斯同盟。倘使希腊人不首先消灭波斯舰队，波斯军可以在地峡以南守军后方登陆，伯罗奔尼撒的优越战略防御地位也就失去作用了。这样，海战在战争中就起了决定作用。希腊人唯有海战胜利，掌握制海权，战略上才有把握以伯罗奔尼撒和科林斯地峡天险为最后的基地，抗击波斯陆军。
在这样的战略形势面前，通过希腊内部的种种矛盾，和一些领袖人物所起的作用，战争经历了以下诸阶段：
甲，波斯军长驱直入阶段。希腊军原拟在特萨利亚的腾皮谷及其附近海面阻击波斯陆军及海军（当时的海军都靠岸航行，并必须和陆军取得联络），以拉凯戴孟同盟军为主力的希腊联军已开到此地，希腊舰队也开进附近海面，但因特萨利亚当政贵族态度暖昧：不利决战，再度退却，决定在希腊中部温泉关及其附近海上的阿提密西安（Artemisium）海角，以陆海两军阻击波斯军。温泉关战役中，斯巴达王李奥尼达所率陆军300人凭天险抗击波斯大军，全军壮烈牺牲。海军在阿提密西安获得胜利。不过波斯舰队虽受重创，仍占优势。
乙，萨拉米（Salamis）海战扭转战争局势。温泉关及阿提密西安战役后，希腊军继续退却。此时希腊北部中部诸邦全部附敌，波斯军陷阿提卡，雅典全民登船避居萨拉米、埃吉纳两岛和南面伯罗奔尼撒半岛上的特洛溱（Trozen），雅典城被焚毁。希腊诸邦联合舰队，以雅典船舰为主力，在萨拉米岛海面上迎击波斯舰队，打了一场海军的决战，史称萨拉米海战，获得全胜。波斯舰队大部被歼，残余船舰返航小亚细亚，制海权落入希腊军手中。
丙，波斯军退却和希腊军追击的阶段。萨拉米海战后，率军亲征的波斯大帝恐惧失却制海权后无法渡过海峡返回小亚细亚，于是除留一军在彼奥提亚继续与希腊军对峙而外，全军后撤。波斯军是一支人数巨大，成分庞杂的波斯统治下形形色色的民族组成的队伍。按希罗多德夸大的估计，战斗部队达170万人，连同各色各样的随军人员，总计达500多万人。这当然是不可能的。但是，即使把这个数目降为50万人，这还是一支数目大，成分杂的军队。这样一支军队，深入敌国，现在仓皇后撤，可以设想无法保持有组织的后勤供应，它会造成异乎寻常的混乱是势所必然的。后撤军队究竟有多少返达小亚细亚，难于推测。薛西斯及其行宫，当然是安然返回了。
薛西斯所留与希腊军对峙的一军是全军主力，有坚强的领导。这支军队在公元前480年冬季退入彼奥提亚过冬，翌年再陷阿提卡，力图诱迫雅典单独媾和。几经曲折，拉凯戴孟全军出地峡和雅典军会和，公元前479年春，在著名的布拉的（Plataea，阿提卡和彼奥提亚边境）战役中，希腊军获得全胜，波斯殿后军全军被歼。
与此同时，希腊联合舰队追击波斯舰队残余于小亚细亚海滨的密卡尔（Mycale），波斯舰船全数被焚毁。
布拉的战役希腊军统帅为斯巴达王波桑尼阿斯（Pausanias）其中雅典军由亚里斯特底斯（Aristades）指挥。密卡尔战役，联合舰队统帅为斯巴达王利俄提基德（Leotychides），其中雅典舰队由桑西巴斯（Xanthippus，伯里克理斯的父亲）指挥。在此以前，亚里斯特底斯和桑西巴斯两人都曾按陶片放逐法放逐海外，大战前夕，雅典人决定流放的人一律准许回国，得以建立战功。
公元前479年，希腊本土全境解放。
小亚细亚及爱琴海上希腊诸邦的解放
布拉的战役以后，下一个阶段是小亚细亚及爱琴海上希腊诸邦的解放。
现在战争的主动权始终操在希腊人手里，公元前479年密卡尔战役后，小亚细亚西面爱琴海上四个大岛，累斯博斯、基俄斯、塞莫斯、罗陀斯自然而然获得了解放。希腊人以下的一个目标是打通被波斯阻断的黑海航路。公元前478年，收复达达尼尔北侧，克索尼苏斯半岛上的塞斯都斯（Sestos）和拜占庭（Byzantium）。拜占庭之战，波斯率军投降，从此，黑海粮食又可源源输出。同年，希腊人还收复了塞浦路斯岛上原属希腊人诸邦，岛上的腓尼基城市未能攻克，以后还长期藩属于波斯。
色雷西亚还有强大的波斯守军。公元前476年，希腊联军在奇蒙指挥下进军该地，围攻斯特赖蒙（Strymon）河上的埃翁（Eion）城，进行了长期的围城战，全歼波斯守军。此后希腊人又围攻爱琴海上背离提洛同盟（参见下文）的纳克奈斯岛和海盗巢穴的西罗斯（Scyros）岛。至此，爱琴海全入雅典掌握。
公元前467年左右，希腊军与波斯军又会战于小亚细亚南岸中部的攸利密顿（Eurymedon）河上，在此以前，小亚细亚西岸自米利都以北的大陆滨海诸城邦，大体上均已脱离波斯获得解放，自米利都以南，波斯还驻有大军，大陆上的希腊城邦还在波斯轭下。奇蒙率三列桨战舰200艘集中于库都斯（Cuidus），不久，在攸利密顿附近海面歼灭波斯海军，俘战舰100艘，接着又俘增援军舰80艘。海战获胜后，奇蒙立即登陆攸利密顿河口，奇袭波斯陆军，波斯军溃败。
攸利密顿之役是亚历山大东征以前，整个希腊世界团结一致进行对波战争的最后一次战役。自此以后，希腊与波斯之间的关系，就和雅典、斯巴达争霸的内战交织在一起了。公元前449年，雅典和波斯签订的卡利亚斯（Kallias）和约，名义上是公元前480年开始的希波战争的结束，事实上，此时雅典与斯巴达的战争已经进行了很久，而且进行得十分剧烈，和约的签订已经以争霸为背景了。
希波战争的重大历史意义
希波战争的历史意义是十分巨大的。希波战争以前，古代文明世界的典型的政治形态是一种“神授的王”统治广大的领土，埃及、巴比伦、亚述、赫梯、吕底亚、福里基亚、米地（Mede）以及大卫所罗门时代的以色列王国都是这种类型的国家。城市国家诚然是有的，腓尼基的拜布罗斯、泰尔、息敦都是“城市王国”，并以航海商业为生，然而在当时的“世界政治”中，它们都不过是几个大帝国争夺的目标，从来没有，也不可能在历史上起什么积极主动的作用，也没有创造出新的，有别于起源于这些古老帝国文明的新文明来。希腊文明本身也渊源于这些古老的东方文明，因为它从头到尾是海上文明，一连串历史事变又促使它发展起来了一种自治自给的城邦制度，这种城邦制度在可称为偶然的历史条件下——小亚细亚内陆在赫梯崩溃后长时期内没有出现强大的王国——居然获得了充分发展所必要的几百年时间，它不仅在海外巩固了，希腊本土也城邦化了。自治自给的，个人创造能力有充分发展余地的城邦制度，在这几个世纪中，在经济、军事、科学、技术、文化、艺术等各个方面，充分吸收了东方古文明的遗产，加以消化，加以改造，并以跃进的速度加以提高。公元前6世纪波斯征服以前，事实上希腊文明已经高出于“东方”文明。然而自治自给的城邦制度有一个致命的弱点，它的个人主义和城邦本位主义，使它在强大的外敌侵犯面前显得是一盘散沙，使它宁愿各别屈从大帝国成为它的藩属，无法团结起来外御强敌，并在对外战争中谋求民族统一，其结果，藩属帝国的那些城邦，还势必要派兵出钱，在帝国旗帜下向�