父亲知道，完全停止研制核潜艇，尤其是人才流失后，将来再组织力量就难了，必须想办法坚持下去。这时候，国防部第七研究院（也就是人们常说的七院，该院是核潜艇研制的主要单位）院长刘华清、政治委员戴润生也向父亲建议：核潜艇工作不宜全部下马，否则，不仅会造成经济上的损失，而且技术队伍也将散失，以后再重新上马，困难更多。
父亲同意他们的意见，最终得到周恩来总理的支持，决定在国民经济困难情况下，仍然保留一个由50多人组成的核动力研究室，按照少花钱、少用人的原则，把重点放在一些关键技术的攻关研究上，保持研制工作不断线。
彭湃烈士的儿子彭士禄是我国核潜艇的总设计师，就常来我家做客。彭士禄回忆说：“由于经济困难，核潜艇1962年下马，目的是为确保‘两弹’成功。这时，聂帅留下50余人，在原子能研究所核动力研究室，继续开展这方面的研究。我当时正好调到这个研究室当副主任，主持这项研究工作。当聂帅知道我在核动力研究所当副总工程师并且抓这项工作时，非常高兴，嘱咐我核潜艇这项工作极为重要，希望你们努力搞好。”
1964年，我国先后成功发射中近程地地导弹、成功爆炸第一颗原子弹后，1965年3月，中央专委批准核潜艇工程重新全面展开研制。
核潜艇总体方案论证一开始，设计上就面临着“常规艇型加核动力”与“水滴线型加核动力”两种截然不同的选择。
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一份秘密报告，催生第一代中国核潜艇（2）
一种观点认为，国家因经济困难，科学技术、工业基础还较落后，应采用“常规艇型加核动力”。其根据是，人家先进国家都是遵从这样的路子：普通线型核动力—常规水滴型—核动力水滴型。认为现在不能再犯五十年代后期那种“冒进”的错误，在自身实力不强的情况下，将人家的“三步”化为“一步”走。
黄旭华总工程师等人坚决主张搞“核动力水滴线型”方案，认为我们不能因为五十年代的“冒进”而裹足不前。“核动力水滴线型”方案是经过几年调查研究和在一定的实验基础上提出的。它的特点是：圆形截 面，流线性好，水下操作性好，阻力小，机动灵活，生命力强，可以大大提高航速，是目前世界上先进国家都在研制的目标。只要我们解 放思想，群策群力，充分发挥社会主义制度的优越性，“三步”并作“一步”不是没有可能的。
12月5日，父亲专门召集有关部门负责人开会，听取各方面的意见，并就核潜艇的艇型、鱼雷核潜艇和导弹核潜艇研制程序和研制实施等重要问题，进行研究。
父亲听得很认真，不时地插话询问情况，并当场与有关方面负责人商量探讨。最后，父亲做结论说：
“总体不要用常规潜艇的艇型，要重新设计，不然搞得两不像，又不像常规潜艇，又不像核潜艇。”
“中国的核潜艇绝不是‘核动力加常规艇型’，而应该是‘好马配金鞍’，搞‘核动力水滴线型’！”
多年后，核潜艇总设计师黄旭华来看望父亲。黄旭华回忆说：“聂帅的这个决策，意义非常深远。别看是简单几句话，使我们受到极大鼓舞。小木屋是房子，摩天大厦也是房子，但摩天大厦决不等于小木屋的相加，也不等于是小木屋的放大。核潜艇决不等于常规潜艇加一个核电站就可以成功。”
1982年，美国“核潜艇之父”里科弗上将在参观我国“长征一号”水滴型核潜艇后，颇为惊奇。中国六十年代能研制成功核动力水滴型潜艇使他感叹不已。他伸出大拇指称赞说：“这完全可以与同时代先进国家的核潜艇媲美！”
在要不要建造核潜艇陆上模式堆问题上，也曾有几种不同意见。
一种观点认为：建造1比1核动力模式堆装置“花钱太多，不值得”。
以钱三强、彭士禄、赵仁恺代表的专家们则认为，我们没有反应堆设计和核动力装置试验运行经验，为验证设计、摸索可控核裂变的规律，考验材料设备、培训艇员，这不是任何单项模拟装置能够代替的。美、英、法等国都曾经建有核潜艇陆上模式堆，不是没有科学道理的。我们这样做，不是盲目照搬外国的做法，而是按科学规律办事。试想，造架飞机，造辆汽车都需要制作一个真实的样品，何况制造核潜艇呢！
父亲和国防科委领导在认真分析两种不同观点的争鸣后，决定采纳二机部建造陆上模式堆的方案。会后，研制部门根据父亲指示，又进行了深入讨论，并向中央专委和中央军委正式报告，仅用6天时间就得到批准。1965年8月中央专委第11次会议决定，将于1970年建成陆上模式堆。
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中央军委“特别公函”（1）
核潜艇工程是一项十分复杂的系统工程，其复杂程度是常人难以想象的。它最起码涉及27个省市和上千个科研、生产单位，任何一个环节上出问题，都会影响整个研制的进度。
文化大革命爆发后，很多参与核潜艇工程的单位受到冲击，部分工厂停工，许多研制项目经有关部门进行协调仍然无法落实。
情况反映到父亲那里，父亲坐不住了。他决定在北京召开有几百人参加的工程协调会议，并明确规定接到通知的同志都要到会，即使正在被批斗的也要来。为保证与会代表顺利到京，父亲还要求在会议通知上注明，凡是接到通知的厂长、书记，不论是否在接受批判和审查，任何人都不准以任何理由阻挡。
在那个时候召开这样的会议，是要冒很大风险的，搞不好就要惹怒中央“文革”那帮人。尤其是那个时候，父亲的政治处境已经十分困难，身体也很虚弱，但他还是下决心要开这个会，不然，核潜艇的建造，就会变得遥遥无期。
1967年6月25日，有关核潜艇的秘密会议在北京民族饭店召开，参加会议的同志都希望中央领导能到会作指示，给大家鼓鼓劲。6月28日下午，父亲一身戎装出席会议并讲了话，他说： “工程工作量很大，协作面很广，一环套一环，紧紧相扣，每个部分的工作都要从大局出发，只能提前，不要拖后，不要因为自己的部分，影响整个进程。困难是很多的，一定要千方百计地克服解决。”
最后，他又说：“一定要按时完成任务，为加强我国的国防做出新的贡献！”
父亲出席这次会议的情况深深地印在了一些与会代表的脑子里，许多年后，他们还能回忆起很多的细节。
会上，有人反映，造反派对核潜艇研制工作横加干涉和阻挠。父亲忍不住发火了，大声说：“不要理他们！抓国防建设，何罪之有？就是戴手铐，这个工程我也抓定了！”
协调会后，大多数单位的研制工作开展起来了，但也有少数单位，任务迟迟落实不下去，甚至连协调会的精神也无法传达。
刘华清回忆说：“‘文革’中，由于工厂、科研单位陷于混乱，核潜艇的研制工作面临中断的危险。有的厂、所领导就来北京要求工程办公室派人去解难。开始还能派人去，以后多了，也应付不过来。有的同志建议以中央军委名义发一个专门文件，但有的同志怕这样被误解为‘以生产压革命’。我和大家反复研究后，决定向聂帅提出建议，以中央军委名义发一个关于核潜艇工程特别公函，强调核潜艇工程是毛主席亲自批准的，对国防建设有极为重要的意义，任何人不准以任何理由冲击生产研究现场，不准以任何借口停工、停产，必须按时保质、保量地完成任务。1967年8月，中央军委发出了新中国成立以来第一个‘特别公函’。当时各有关部、院主管核潜艇工程的同志以‘特别公函’为依据，确实排除了不少干扰，保证了科研任务不致中断。”
父亲是1967年8月30日那天，签发那份史无前例的“特别公函”的。早晨一上班，刘华清怀揣着打印好的一份材料，来到父亲在国防部的办公室。刘华清说了没几句，父亲全明白了，他戴上老花镜，仔细地看完“特别公函”，沉默了片刻，拿起笔来，庄重地签上了“聂荣臻”三个大字。
不经军委常委会研究，不经主持军队工作的林彪点头，当时已经卷进了“二月逆流”的父亲，签发这样一份面向全国的文件，是冒着很大风险的。后来我问他，为什么这样大胆，父亲想了想说：“豁出去了。”
当天，刘华清把父亲签发的那份“特别公函”带到了核潜艇工程协调办公室，人们的激动之情难以言表。
刘华清认为，在这件事情上，父亲有着“大无畏的精神”。
后来的事实证明，“特别公函” 是###年代里的一柄“尚方宝剑”。各有关单位的主要负责人亲自带人到生产厂、制造车间、试验室、研究所传达“特别公函” ：“核潜艇工程是毛主席亲自批准的尖端国防工程。任何单位，任何人，均不得以任何借口和理由冲击车间，更不能以任何借口停工停产……”
“尚方宝剑”一亮出，与核潜艇有关的单位，生产科研秩序纷纷恢复了。
后来，总设计师彭士禄、黄旭华，以及陈佑铭这些中国第一代核潜艇的###，感慨地说：我们能在###的岁月里，在那么困难的条件下，按中央预定的日期将核潜艇研制成功，如果没有“特别公函”，没有毛主席、周总理、聂帅等一批无产阶级革命家的直接领导，没有全国工人阶级、科技人员的大力协作，我们不可能创造奇迹。
1970年12月26日，科研人员和建设者们将我国第一艘核潜艇推向海洋。
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中央军委“特别公函”（2）
1971年8月，第一艘核潜艇经过半年的反应堆安装和调试，开始下水试航。
1974年8月， 88岁高龄的朱德元帅登上海军司令员肖劲光的指挥舰，在碧波荡漾的大海上检阅�