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段祺瑞重新上台后，并未去恢复被张勋解散的国会，并废弃《临时约法》，“府院之争”的时候就想把这些个劳什子干掉了，张勋老儿既然已经替我办了，我没有理由再把他弄出来啊。没有国会的共和国，共的哪家的和啊。军人出身的段祺瑞，虽然号称“三造共和”，但他更喜欢拿枪说话。
在当初“府院之争”之时，身在上海的孙中山支持黎元洪反对对德宣战，德国政府为了利用孙中山政治影响，密赠孙中山200万元【注22】。也有说是150万的，总之这时候孙中山手头有些钱，即使做革命的事情，光有革命精神也是万万不行的，这不张勋一复辟，他就拿出了一笔钱给了海军总长程璧光作为军费，使其能率海军第一舰队南下，【注23】。自己也同时带着廖仲恺、朱执信、何香凝、章太炎等人乘“海琛号”军舰从上海南下，为什么南下呢？因为早在“护国运动”时，孙中山就与这些军阀势力取得了联系，并且因为“反袁”而结成了统一战线，所以张勋复辟，孙中山依然希望借助南方军阀的势力以打倒张勋，还没到广州呢，张勋就完蛋了。可段祺瑞废弃《临时约法》和旧国会，这与张勋何异啊，孙中山及其同志们听到这个消息，义愤填膺，于是邀请已经没事可做的国会议员们南下护法，“全体南下，自由*，以存正气，以振国纪”。我有钱，你们只要肯来，食宿行我来安排。
再说这滇、桂军阀陆荣廷和唐继尧，可不是省油的灯，借护国之际谋得的地盘，自然不肯交出去，但如果直接对抗强大的北洋军，又有些名不正言不顺，正好这时候，孙先生来了，这可是当初中国第一大革命党同盟会的一把手啊，这可是民国第一任临时大总统啊，这可是当初民国第一大*民党的名义党魁啊，他的号召力太大了，现在他不是号召“护法”吗，好啊，咱们也拥护“护法”，名正言顺的继续独立。
孙中山一看有陆荣廷、唐继尧和海军总长程璧光的支持，底气自然就足了，来到广州的国会议员已经有150多了，虽然不足法定人数，但非常岁月行非常之事，不得已而为之，一切从简，先把会开了，咱这个国会就叫“非常国会”。人虽然不够，但会开的挺正式，一条是一条，一码是一码，通过了《国会非常会议组织大纲》、《*军政府组织大纲》，决定在《临时约法》之效力未完全恢复前，*之行政权由大元帅行之；大元帅代表*。然后会议进行了*选举，让国会议员们选，毫无疑问海陆军大元帅非孙中山莫属，一呢人家有资历，有威望，如果没有的话，议员们也不会千里迢迢跑广州来，二呢国会议员们刚让军人给解散了，自然不可能再选军人当一把手。当然，也要给这次支持孙中山“护法”的军人们以回报，人家好歹是为了正义的事业对抗强大的中央政府啊，所以唐继尧和陆荣廷被选为元帅，9月10日，孙中山在广州穿上了大元帅的戎装发表就职宣言，就任军政府大元帅，并任命了一批内阁成员，政府就是政府，麻雀虽不大，五脏却是不能少的。可三个元帅只有孙中山老哥一个就任了，两个真正手握兵权的元帅都没来，人家俩人心说话，你孙中山要枪没枪，要钱没钱的，来这动动嘴，就大元帅了，如果我们想让人管的话，直接听中央政府的不就完了，何苦和人家北洋系决裂搞什么“护法”呢，你孙中山看来脑袋糊涂着呢，摆不正自己的位置，那我们要给你提个醒，让你明白这里是谁当家。于是唐继尧只接受了章太炎送到云南去的元帅印，但不肯举行就职典礼，而陆荣廷根本就不接受这个官衔，什么元帅不元帅的，我手里有枪有人，这里就得我说了算。孙中山这边虽然名义上叫军政府，一把手叫大元帅，架子搭的挺象那么回事，但却是一个没有武装力量的伪军政府，积极拥护和支持他的，只有程璧光率领的海军第1舰队和原由李烈钧指挥的驻粤滇军张开儒、方声涛的两个师，以及广东省长朱庆澜交给军政府指挥的20营省属警卫军。
军政府成立后，以孙大元帅名义通电否认冯国璋为总统，宣布段祺瑞等为叛逆，下令北伐，发动了护法战争，四川、湖北、陕西、浙江、湖南、安徽等省宣告独立，在短短几个月内，护法的烽火遍及十几个省份，"；纵横于大江南北，如火如茶，一日千里，皆以拥护军政府为名"；，只可惜以你为名可以，受你管辖的不干。一群地方军事割据势力借“护法”之名，对抗中央政府，也许有维护正义的成分，但巩固自己既得利益也是必须考虑的原因之一。孙中山曾计划把各地的护法力量纳入军政府的统一指挥之下，但根本没人听你的【注24】，自己坐在总统府起草命令，起草完后发出去，辗转各个渠道，但殊途同归，都进了废纸篓。再说这老百姓，哪里懂得什么*与*、专制与共和啊，讲那大道理谁明白啊，国会解散与否与我们何干啊，我们只知道有皇帝的时候，哪怕皇帝是个三岁顽童，我们顶多是受受洋人的欺负，国内大部分地方还是太平的，可自从你们搞了个什么“辛亥革命”之后，今天换总理，明天换总统，间或还蹦出俩皇帝，这*已经六年了，天天你打我、我打你，就没消停过，你们有完没完呐。
孙中山此时的处境无疑是尴尬的，在军界，他始终没有威信，没有当年袁世凯坐镇，四海宾服的气势，而在民心思定普通百姓中间，其威信也因一次次的发动战争而降到了冰点，那么单靠极少数的知识分子精英层的支持，想把握住纷乱的中国政局，实在是有心无力。
人家陆荣廷不光不接受元帅的任命，还公开说，“自无另组政府之必要”，“以后广东无论发生何种局面，概不负责”【注25】，意思就是说，咱们护法就护法，你另立中央我是不同意的，唐继尧虽然没有陆荣廷说的这么直接，但不听你号令不受你节制是旗帜鲜明的。你自称代表*，可老百姓不认可你代表，军队不服从你领导，其他国家有什么外交上的问题也不找你，国会代表开会选你吧，还不够法定人数，不光两个元帅没就任，分封了一通部长，只有陆军总长张开儒一个人上任，这使得孙中山军政府的合法性遭到了广泛的质疑。
你这边风风火火的搞自治，我就堂而皇之的出兵*，段祺瑞不顾代总统冯国璋的反对，当即决定向南军发难，武力统一。这可好玩了，南方打的是“护法”的大旗，宣称是真共和*伪共和之战，这其中分两派，一派是孙中山所代表的精英知识分子群体，希望恢复张勋复辟前的国会，那个国会里，国民党占了绝对优势，后来这些人很多加入了中华革命党，如果成功，孙中山是有可能借国会之力取得国家领导权的，这是合理合法的，因为当初宋教仁领导国民党时，这些议员们可是*选出的，凭借合法的手段实现权力，本就是*的一大特色，所以孙先生如果真的寄希望于通过恢复国会而取得国家领导权，完全正确，无可厚非，只不过想的天真了些。另一派是陆荣廷、唐继尧所代表的军阀割据势力，他们对国会啊共和啊也没有什么特殊的好感，只不过拉大旗作虎皮，为自己继续保有护国战争时攫取的既得利益才是真的。北方打的是“统一”的大旗，宣称是平灭反政府割据势力，而北方在“统一”大旗下，又分两派，一派是携皖系而自重的总理段祺瑞，执意“武力统一”，就你们南方那点兵那点将，竟然胆敢向我强大的北洋军叫板，我直接平了你就算了。另一派则是直系领导人代总统冯国璋，主张“和平统一”， 咱们安抚一下南方各派，求同存异，不要动不动就拿刀动杖的，小心眼就是，你段祺瑞如果真三下五除二把南方给剁了，你的势力得多大啊，我将何处容身啊。
在各怀心腹事的氛围当中，南北战争开打了，战场湖南，陆荣廷、唐继尧虽然不听总统府号令，但北抗段祺瑞还是有共识的，现在的桂系，滇系已经具备了一定实力，并且是在保卫自己的胜利果实，因此打的比较坚决，而北洋军则不同，想当年袁世凯掌权南北议和的时候，那是铁板一块，令行禁止，可老袁一去，现在的北洋是直、皖、奉三大系加若干小系，各打各的算盘，想再拧成一股绳，已经不可能了。段祺瑞以陆军总长身份直接指挥“武力统一”，他命令直系部队打头阵，这也太明显了点，消除异己也得稍加掩盖啊，冯国璋能干吗？南北两军没打两下，直系的王汝贤、范国璋两个师就罢兵不打了，不光不打，还发表通电，反对内战，主张“和平解决”，多么冠冕堂皇的理由啊，立马就得到了人民的支持，老百姓管你什么“护法”还是“统一”，谁主和老百姓就拥护谁。段祺瑞派去的湖南督军傅良佐见势不妙，抽身逃走了。护法军乘势向北推进，竟然旗开得胜，直系公然的不合作态度，令段祺瑞手忙脚乱，紧接着南方护法军在四川湖北相继取得了胜利。段祺瑞知道自己被直系给算计了，怒不可遏，找到冯国璋，我是责任内阁总理，却不能行使权力，作为陆军总长却不能指挥军队，我不当了，你另请高明。冯国璋一听，好啊，那就接受你的辞呈，请王士珍继任总理兼陆军总长，然后高举“南北和谈”的大旗，下令南北停战议和。孙中山看见南军获胜，甚是高兴，命令前敌各军乘胜前进，务求“护法”之完全胜利，“舍恢复约法及旧国会外，断无磋商余地”，在大总统�