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这陈炯明不仅提倡用美国式的联邦制统一中国，他还主动邀请陈独秀到广东建党，对共产主义采取友好甚至支持的态度，真非一般军阀可比，他对孙中山的态度基本就是敷衍，反正你拿我也没办法。但这种貌合神离，相互瞧不上，但又相互给面子的局面，终于在1922年6月16日被打破，孙、陈彻底决裂。
这事，还得从邓铿遇刺说起。
邓铿是一个受过专业军事教育的新式军官，从“辛亥革命”起就跟随陈炯明左右，东挡西杀间，为陈炯明立下汗马功劳，时任粤军参谋长兼第一师师长。邓铿在一师充分体现了其军事才华，在他的训练下，一师的战斗力已经远非其他各师可比，他多方设法罗致粤军中一些较有朝气的军官和由保定军校毕业不久的青年军官等作为第１师的骨干。当时被邓铿选入第１师的陈可钰、李济深、李章达、邓演达、叶挺、陈铭枢、陈济棠、蒋光鼐、蔡廷锴、张发奎、薛岳、余汉谋等人，其后均成为中国军政界叱咤风云的人物。
事发是在1922年3月21日，邓铿从香港公干回省，在广九车站突遭刺客枪袭，击中要害，两天后，不治身亡，他这一去却留下了一个大大的谜团，到底谁是凶手？
海峡两岸的正史中，都指出，杀害邓铿的人正是他的顶头上司陈炯明，原因是邓支持孙中山北伐主张，引起陈的不满。这种说法的源自孙中山和胡汉民的指证，而孙中山为海峡两岸共同推崇，他说的自然不会假，所以这桩政治谋杀案早早就被定性了。
有替陈炯明翻案的人，依据两段史实，已是著名史学家罗香林所著的《革命先烈邓公仲元传》中的记载：“公知凶手所自来，且身中要害，知不能免，急命司车者驶省署，告陈公（炯明）暨家人亲友以后事”，而是鲁直之、谢盛之、李睡仙著 《陈炯明叛国史》中的记载：在有人问邓铿谁是凶手时，邓叹气谓“我认得，真不料他杀我”，这两段记述加在一起说明了如下问题：一、邓认出了凶手。二、这个凶手出乎邓的意料。三、这个凶手不是陈炯明。本人认为《陈炯明叛国史》中的记载在文字上是找不出毛病的，而罗香林的记录却有问题，面对一个被刺的生命垂危的高官，手下人第一反应，也是唯一的反应就是送他去医院而非省署，而事实上，有据可查的是邓铿被紧急送往位于长堤的中法韬美医院救治。因此，这种翻案依据需要存疑，疑点就是罗香林记载的史实出处。
我们没有充分的理由采纳罗香林的论述，但不等于说我会认可主流学者的说法，因为主流观点依然禁不起推敲，首先，孙中山指证的根据或者说证据，从来未见提及，其次，孙中山的指证并不是在邓铿遇刺后不久做出的，据本人查阅的资料，孙在公开场合指证陈炯明是杀害邓铿真凶，是1924年，他在《三*义》民权主义第一讲中提到的，也就是两年以后，是孙中山早就知道陈炯明杀害邓铿而不宣布吗？没道理啊，因为邓遇刺3个月后，他俩就决裂了，没必要替陈隐瞒啊，那就是两年之后孙才调查清楚邓的死因，也太牵强啊，当时找不到证据，两年后找证据岂不更难。第三，邓铿只不过是陈炯明一员部将而已，如果感觉邓的立场不利于自己，明着撤了他的职不就完了，何苦搞暗杀呢？第四，1921年6月28日，陈炯明进军广西时，由邓铿全权代行职务，第二年也就是1922年2月，邓铿遇刺前一个月，陈回海丰老家，仍由邓全权代行职务，可见陈对邓十分的信任，完全没有杀邓铿的理由。
邓铿不光是陈炯明的心腹，同时还是宣誓效忠孙中山的中华革命党的党员，曾经的中华革命党军务部副部长，对孙中山敬佩有加。因为他和二人关系都有比较密切的关系，在孙陈出现矛盾时，他一厢情愿的努力从中斡旋，所谓斡旋就是两边说好话，结果却是两头不讨好。两头都对他产生猜忌，认为他被对方争取过去了。也正因为此，才使他的命案扑朔迷离起来。
本人虽然对罗香林的记载存疑，但却认为孙中山确实难逃嫌疑。
说到这里，我们重新审视一下孙中山实力，前面我们说了他的主要工作就是“挑动军阀斗军阀”，或者说是利用军阀实现自己的政治理想，军阀们不傻，你可以利用我，我当然也可以利用你，不论是当初的“大元帅”还是现在的“非常大总统”都是利用与反利用，利用与被利用的产物，因此对于军阀们来说，孙中山是一枚重要的，举足轻重的棋子，孙中山深知并充分利用了这一点，周旋于各派军阀之间。
好，书归正传，先说动机，杀人是需要有动机的，杀邓铿当然也必须有动机，刚才我们分析了陈炯明没有动机，那么孙中山有吗？有，邓铿乃陈炯明手下第一大将，杀掉邓铿，可以敲山震虎，逼陈炯明就范。这可能吗？陈炯明要兵有兵要钱有钱，你孙中山敢这么干吗？这个问题得这么看，首先没有什么事是孙中山不敢干的，其次，这是暗杀，陈炯明可以怀疑孙中山，但却没有证据，没有证据要他直接抓大总统，自然会给其他军阀以口实，孙中山背后还有几派人马呢，这些人虽然不会为孙中山的“主义”打仗，但却完全可以利用孙中山找理由打自己认为该打的仗。
接着，我们来看看，邓铿遇刺后，孙陈都干了什么。
3月26日，也就是邓铿遇刺身亡三日后，在桂林主持北伐的孙中山决定停止劳而无功的北进，率领主要由李烈钧所属的滇黔赣联军和许崇智所属的粤军一部组成的北伐军密返广东，理由是粮饷给养接济不上，而负责筹措北伐军资粮饷的正是邓铿。之所以说是密返，是因为这次回返的目的地是陈炯明的大本营广州，可却没和陈炯明打招呼，而且是分兵两路，一路经梧州、西江到广州，另一路经韶关、北江到广州，所以说“密返”好听，准确的说法似乎应该是“杀向广州”，没有不透风的墙，何况是大军如此运动；陈炯明急忙向胡汉民电询，孙中山是否要班师？胡汉民回答说，欲进不能，只得回来。此时广州的守军只有刚刚死了师长的第一师和洪兆麟的第二师，可这个关键时候，洪兆麟却鬼使神差的请假去了上海，而魏邦平的第三师竟然宣布中立，其他部队远在南宁，已不及回救，4月9日，孙中山向陈炯明的部队发出警告：不许阻挡北伐军回师，否则武力对待。然后在行至梧州和肇庆时，两次电召陈炯明过来商讨所有问题，陈炯明拒不应召，很正常，都这时候了，搁谁能去啊。孙中山一看陈炯明不敢前来，知道他怕了自己，就派汪精卫前往会见陈炯明，传达几项命令：（一）省长、总司令让出一职。（二）北伐军需换新枪。（三）北伐军军费须于六个月内筹齐，这时候，已经不是和陈商量而是命令了。已处劣势的陈炯明再一次拒绝了孙中山，我不同意北伐，我不同意你拿钱去打仗。你也别让我让出一职了，不是给我内务总长、陆军总长、广东总司令、广东省长四个职吗，我都不要了。孙中山给陈保留了个陆军总长的位子，其余三职免去，陈炯明“遵令卸职”，命令自己的部队撤出广州，让给孙中山，自己也于21日离开广州，回到了他的家乡惠州。
我们来分析一下，如果陈炯明因为邓铿支持孙中山北伐而杀了他，那么就是就和孙中山撕破脸了，以陈炯明历来稳重的行事作风，他应该做好布置，一不做二不休才对，可事实上邓铿死后，陈炯明除了办理丧事再无其他行动，反观孙中山在洪兆麟离开、邓铿遇刺，广州武备最空虚的时候，突然回师，时机拿捏之准确，部队反应之迅捷有如诸葛重生。
综上所述，虽然不能断定孙中山杀了邓铿，但起码不能凭借同样有杀人嫌疑的孙中山的指证，将这次暗杀算在陈炯明头上，历史教科书这么写未免太不严谨了。
孙中山这次行动十分的成功，一举迫使陈炯明下野，于是迫不及待的开始筹划北伐事宜。就在这时，粤军第二军参谋长蒋介石向孙中山进言道：且慢，此时不宜北伐，陈虽被解职，但对其部署依然有足够的号召力，而我方将士也未必真心归附，现在广州城中的第一第二师尚未撤走，西江上游的陈军实力尚存，此次行动，我方已占尽先机，机不可失，时不再来，如不趁此机会一举剿灭陈部，待他将广西叶举调回，则大势已去，悔之晚矣。我认为，应该立即进攻石龙和惠州将陈炯明彻底打垮，然后回师将叶举歼灭，将广东真正变成咱们国民党的地盘。孙中山琢磨了一下，认为不妥，我回广东，人家没拦没阻，我撤人家职，人家欣然接受，我进广州，人家主动撤出，这时候下手追杀，赶尽杀绝，公众怎么看我，舆论怎么看我，我孙中山岂不和那些为争个人地盘儿打打杀杀的军阀毫无二致了吗？我还北伐个什么劲啊。
于是，孙中山非但没有采纳蒋介石的意见，反而派伍朝枢前往惠州迎接陈炯明回广州，并且电请陈炯明以陆军总长身份挂帅北伐。陈炯明回电语气恭顺，但却仍不肯挂帅北伐，对于请他回广州履行陆军总长职责，他只是向孙中山请假，但不再拒绝。孙中山一看，还是以德服人好啊，你只要不对我掣肘，我也没必要怎么着你，你好我好大家好嘛。遂指定肇、阳、罗、高、雷、钦、廉及梧州等地为陈军防地，派叶举以粤桂边防督办名义统率之，广州由第三师驻防。陈部欣然领命。
孙中山感觉后防已稳，粮草也已齐备，即令北伐军集中韶关、南雄、仁化，改道江西北伐。北伐诸军绕道不经广州，自三水转舟，直溯北江而上，经清远而至韶关。所有北伐大军自接到命令后，不及两个星期就全部在韶关集中。5月4日孙中山偕同胡汉民、许崇智等由广州前往韶关