闻录》、夏琳在《闽海纪要》对此事亦作了同样的记载。由此看来，施琅假借托梦的方式劝谏郑成功放弃南下计划，因而冒犯了郑成功。郑成功对施琅的反感情绪久蓄于心，对于他的再度冒犯怒不可遏，借口施琅托梦劝阻南下是心存胆怯，临阵闪避，所说的话有动摇军心之嫌，阻碍了自己的战略部署，于是立即解除施琅的先锋之职，摘去左先锋印，将其遣回厦门。
其实，施琅的建议是经过深思熟虑的。
永历政权从建立之初就存在着先天不足。永历帝庸碌无能，在抗清活动中只知不停地逃命，人称“走天子”。自政权建立几年来，就在两广之间奔来逃去，实为流亡政府。施琅心下早已认定，依靠这种人建立起来的政权根本不可能恢复明朝江山，也是不值得去拯救的。事实上，江山之于永历帝，不过是个吃饭的饭碗而已。至顺治八年（1651年）春，清朝平南王尚可喜、靖南王耿继茂陆续平定了原来广东群雄林立、各自占山为王的混乱局面，广西的大部分地区也被定南王孔有德占领，形势更为严峻。永历帝局促于南宁，朝不保夕。其实不需要深谋远虑，施琅仅凭一般经验就不难看到，郑军海师距离永历朝廷的行宫遥远，如果郑成功定要前去勤王，就必须同清平南王尚可喜、靖南王耿继茂、定南王孔有德这三藩进行大规模的陆上作战。而要想同陆上雄兵清军作战，收复失地，就必须依靠步兵和骑兵。而东南沿海缺少马匹，郑成功在组建骑兵时受到很大的限制，这也是后来郑军在同清兵作战中往往失利的一个重要原因。郑成功的舟师虽可称雄于海上，但陆战较弱是郑军的软肋，征取粮饷又必需占领较大的地盘，且耗费的时间也长；企图营救远在广西的永历政权，不仅需要长途跋涉，还要穿越清兵的封锁线，可以说是步步凶险，这样的军事行动几乎是注定要失败的。不仅如此，若郑军主力南下，其辛苦建立起的厦门根据地有可能遭到清军的袭击。郑成功欲救永历政权，置生死于不顾，其忠勇精神令人钦佩。但他全然无视客观形势的变化和自己军队的实际情况，一意孤行，执意南下，知其不可而为之，这对具有卓越指挥才能的军事家来说，不能不说是个决策上的重大错误。
郑成功的性格中有为人急躁、易怒的一面，因而在处理问题时常常表现为刚愎自用、主观武断。而施琅虽恃才傲物，有不少缺点和错误，但到此时对郑成功尚无二心，跟随郑成功纵横天下，渴望着建功立业、光宗耀祖。然而，郑成功“英年得志，局量未弘”，此时感到施琅屡逆其意，对其因不满而怨恨，竟疑心其拥兵自重，无端生出猜忌，终于伺机削去了施琅的兵权，这是施、郑矛盾发展到一定程度的必然结果。
总之施琅未能洞悉郑成功的心理。他以为劝阻郑成功放弃南下计划是正确的，错不在己，无罪而受罚，是为不公，因而心存怨气，全然没有考虑到后果的严重性。从后来施琅重夺厦门的事情来看，尽管被削夺了兵权，但他依然有表现自己能力的渴望。然而，心存猜忌的郑成功此时已不为所动了，决意不复其职。这对于渴望建功立业、光宗耀祖的施琅的打击，无疑是致命的。如此这般施、郑关系势必恶化。决裂的种子已然埋下了。
罢免施琅的兵权后，郑成功即刻率兵南下。顺治八年（1651年）三月初十，郑军舟师进至大星所（今广东平海海口），一伙夫上岸砍柴，被清兵和当地百姓赶走，郑成功大怒，传令扎营，进攻大星所城。部将万礼奉命阻击惠州来援的清军，在龙盘岭伏击得胜，全歼惠州来援之敌。十五日，郑军攻克大星所，缴获了城中囤积的米谷。就在郑军取得小胜之际，却传来了一个令人震惊的消息：厦门失守！
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嫌隙渐生施氏全家被囚（5）
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清朝福建巡抚张学圣、巡道黄澍、福建右路总兵马得功早就对郑氏家族垄断海外贸易积累下的巨额财富垂涎三尺，获悉郑成功主力南下，厦门守兵力单，决定攻取厦门。顺治八年（1651年）闰二月二十七日，清福建巡抚张学圣和提督马得功调集同安县十八堡、刘五店等各处之军队，然后找到随郑芝龙降清后一直被清军派驻于安平的郑芝豹，向他借调了八艘战船，又从其他地方搜集小船数十条。一切准备妥当之后，马得功领清军乘坐战船渡海，悄然偷袭厦门。郑军守将前冲镇阮引、后冲镇何德事先毫无防备，在清军临近之时方才发现，匆忙率兵迎敌，却因兵力不足而一触即溃，无奈之下率舟师撤至金门。负责厦门军务的郑芝莞闻知清军来攻，吓得惊惶失措，不敢迎战，急忙自卷珍宝弃城下船，逃往海上。临逃之际，为不让清军查知其去向，竟下令城内居民不准转移，连郑成功的妻子董氏也一并被瞒。三月初一，清军攻入厦门城内。董氏怀抱木主及祖宗牌位，乘小舟逃至郑芝莞船上。清军把郑氏家族的金银财宝和百姓的财物掠夺一空，并焚毁店舍，城中百姓及出征将士之家眷纷纷四散逃难。初四，马得功行牌于各乡安民，意欲长期据守。
厦门丢失的消息让郑军极为震惊。《先王实录》中记载，众将士获知厦门失守，军中人心惶惶，有人甚至失声痛哭，一致主张立即回师厦门，但郑成功却坚不回兵，一心继续南下勤王计划。他对部下将领说：“奉旨勤王，今中左既破，顾之何益？且咫尺天颜，岂可半途而废？国难未报，遑顾家为？”然而，此时全军上下已是人心思乡，部下将领尽皆前来劝归，认为三军各怀家属，若不迅速回军厦门，恐怕军心不稳。无奈之下，郑成功向南叩拜，说道：“臣冒涉波涛，冀近天颜，以佐恢复，不意中左失守，将士思归，脱巾难禁。非臣不忠，势使然也。”言罢挥泪痛哭，众将士闻言哀恸不已。郑成功召集诸将商议：“班回杀虏，须足粮食，先就近处取粮满载，俟风开驾，何如？”诸将再无异议，均表赞同。
郑成功为他的刚愎自用付出了惨重的代价。事已至此，只得下令回师厦门了。三月二十五日，郑成功率舟师从大星所一带返航。然而，四月初一，当郑成功回到厦门时，厦门已经失而复得，清军马得功部已逃回大陆。更出乎郑成功意料的是，重新为郑军夺回厦门的人，正是被他削官免职的施琅。
厦门被攻占四天之后，郑鸿逵率领部分人马反攻厦门。马得功率军迎战，一箭射死郑鸿逵的部将吴渤，各将领见状，尽皆不敢与之交战。此时，被罢职遣回的施琅惊闻厦门失守，遂率领部下亲兵陈埙、郑文星等六十人从厦门港上岸，正遇马得功所部，于是与近千人的清军展开了厮杀。马得功被施琅杀得败回城内，坚不应战。施琅与郑鸿逵围攻厦门城，马得功势穷，向巡抚张学圣求援，张学圣派漳州参将冯君瑞领兵六百前往援救，遭到郑军阻击，无法进城。马得功困于厦门城内无法脱身，又估计郑成功主力回师后必遭灭顶之灾，于是想到了郑鸿逵之兄郑芝龙受困于京城，家眷又居于安平，都掌握在清政府的手中，遂派人就近去安平向郑芝龙的母亲求情，请她写信给郑鸿逵，放清军返回大陆。郑鸿逵接信后，碍于母命，索性人情送到底，除了归还缴获清军的八艘战船外，另派三十艘兵船将马得功及其部将送回大陆。
关于施琅主动奋勇收复厦门的事迹，许多史料中都做了详细记载。《先王实录》对此有言：“时左先锋施琅率陈埙、郑文星等数十人与虏战，杀败之，进至城下。”阮旻锡在《海上见闻录》中叙述说：“施琅率陈埙、郑文星百余人登厦门港与战，败之，得功几为所及”。《襄壮施公传》中写道：“祖仅有亲丁六十余人，敌杀马得功之弟，马得功遽逸。”在清军占领厦门岛、形势极为严峻的时刻，施琅主动率领六十名亲兵攻打马得功之近千清兵，真可谓以一当十，神勇无比，并取得了胜利，最终夺回了厦门。施琅之英勇善战，于此可见一斑。更为难能可贵的是，施琅虽无守城之责，并未对厦门的失守置之不理，反而主动带兵出战，为收复郑军的这一根本重地立下了大功，忠勇之外，也表现出了强烈的责任感，以及对郑军的认同和归属感。
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嫌隙渐生施氏全家被囚（6）
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厦门的失守也反映出郑氏集团同清政府的微妙关系。除了这个集团的首领郑芝龙被软禁京城外，郑芝龙的母亲黄氏和五弟郑芝豹居住在安平，处于清政府的控制区内。巡抚张学圣等决定偷袭厦门时，搜集数十条船，其中便有郑芝豹提供的八艘，马得功之所以能轻易攻占厦门，同郑芝豹所提供的援助不无关系。
郑成功闻厦门失守详情后，震怒不已。在《先王实录》中记载着，郑成功“引刀自断其发，誓必杀虏。又传令不许芝莞及定国与诸亲相见。曰：‘渡虏来者澄济叔，渡虏去者定国叔，弃城与虏者芝莞功叔，家门为难，与虏何干？’”郑鸿逵写信请郑成功到厦门商议善后事宜，郑成功拒不入城，派人答复说：“定国公与虏通好，请我似无好意。回报定国，谓不杀虏，无相见期也。”郑鸿逵闻听信使之言，长叹道：“马虏之归，盖以吾兄身在于清，重以母命故耳。不然，我亦何意何心也？侄有疑吾之言，不亦惜乎？”郑鸿逵自此心灰意冷，离开了自己的驻地金门，迁往白沙居住，除留下部分船舶从事海上贸易外，其余军队和战船均交予郑成功，再未参与郑军的军事活动。
郑鸿逵离去后，郑成功于当月初十进入厦门港，召集诸将，议商厦门失守之功罪，先赏施琅花红纹银二百两，辖下陈埙等一百两。施琅开始时以中左曾失守、又未擒得马得功为由，辞谢不受。郑成功曰：“虏生渡海，水陆失守，该镇假回闲员，目击虏氛，身率数十人与虏对敌，追逼城下。使蓝登水路诸人如是，虏