施琅利用自己过去在郑军中的影响，大力实施招抚策略，果然在同安前线屡试不爽，不断有郑军将士应施琅之召来降。《襄壮公传》中记载：“公（施琅）运方略捍御，前后擒其骁将十数辈，所招降万人。贼由是气夺，而濒海获稍安焉。”
虽然施琅使郑成功连失海澄、闽安两个要地，但郑军力量尚未受到严重削弱。郑成功开始将战略重心转向北伐。在他看来，南京曾为明朝开国京城，第一个南明政权也定都于此，攻下南京并收复长江中下游各地，即可获得半壁江山，复兴大业也将由现在的出没海岛之间，转移到龙盘虎踞的石头城，明清相峙的局面也将大为改观。这就是郑成功等人发动长江战役的基本战略意图。
清顺治十五年（1658年）三月，郑成功命各镇舟师回厦门，在厦门港筑演武亭，精选良将锐卒，整编大军，训练营伍，筹集粮饷，准备大举进攻江南。五月十三日，郑成功留黄廷、洪旭、郑泰等镇守厦门，自率甘辉等部北征，举兵攻入浙江沿海，准备入长江，不幸在海上遇到飓风，沉舟舰五十艘，漂没官兵八千人，覆舟丧师，被迫撤退回厦门。但郑成功并未气馁，又于清顺治十六年（1659年）六月，亲率十七万水陆大军，兵分八十三营，开始第二次北伐。郑军在崇明岛登陆，一路势如破竹，各地官兵纷纷闻风而降。七月战至焦山，破瓜州，接着攻克长江的重要门户镇江，围困南京。这一事件极大地震动了朝野，顺治甚至准备御驾亲征，对郑军进行镇压。
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历经波折重新披挂上阵（6）
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然而，郑成功却没能抓住时机迅速攻取南京。瓜州、镇江两战大捷以及大批州县望风来附，使郑成功陶醉于眼前的胜利，认为南京指日可待，不费吹灰之力。此时，清军总督琅廷佐困守南京城内，无力抵抗，假意愿和郑成功谈判投降，郑成功误以为真，竟拖延了两个月之久，没有及时以全力攻取南京。统率盲目乐观的情绪也影响到整个部队的状态，大军久囤兵于坚城之下，将士们多以为大功即将告成，整日无所事事，竟遨游江上，日夜饮酒作乐，意志亦渐渐松弛。清将梁化凤趁郑军战斗力涣散之机，率兵从南京城内突然出击，郑军毫无戒备，全军大乱，纷纷溃退，郑成功的骁将甘辉被俘而亡。清军乘势大举反攻，郑成功立脚不住，仓卒退出长江，返回厦门。
郑军北伐失败，陆军损失近半，仅将领就战死数十人。回到厦门，郑成功认真总结北伐失利的经验教训，正待重整旗鼓，清军已尾随追击而至。为保存实力，郑成功一面调兵遣将，整编操练将士，一面征集粮饷，修造船只，制造武器弹药等，严阵以待。
在郑军北伐时，施琅趁厦门兵力空虚之机，多次主动出击，与留守厦门的黄廷交战，屡获战功。据《明清史料》福建巡抚刘汉祚上奏的《福建巡抚刘汉祚揭帖》所述，顺治十五年（1658年）六月，被施琅多次袭击而损兵折将的黄廷，抑制不住心中的恼怒，率二千余名郑军士兵，乘战船从小崎登陆。黄廷将大队人马埋伏于小崎，然后分兵一支直接进入同安，行诱敌之计。施琅识破了黄廷的计策，于是将计就计，先派兵百余名前去骚扰，缠住黄廷的主力部队，自己则率部以迅雷不及掩耳之势，歼灭了小股郑军，之后立即前去增援攻打小崎的部队，对郑军形成前后夹击之势。施琅因父亡弟殒而积攒了数年的怨气，在对郑军的拼杀中迸发出来，他杀入阵中，猛不可当。黄廷不觉心胆俱寒，不敢与之交锋，急忙下令退兵。施琅率军乘胜追杀，直抵海岸。郑军见形势急迫，争相上船逃命，慌乱中两船翻覆，船上郑军士兵尽皆淹死。这一战施琅大获全胜，斩杀无数，并缴获许多武器装备。
施琅在郑军中曾与两个人不睦，一个是陈斌，另一个就是黄廷。顺治八年，施琅与黄廷曾为部下兵丁的争吵而发生矛盾，并因此加深了郑成功对施琅的不满，后黄廷又奉郑成功之命，率兵包围施宅并将其逮捕。现今陈斌已死，施琅与黄廷分别驻守清、郑双方斗争的相邻阵地同安和厦门，并且均为主将，正所谓冤家路窄。黄廷愤施琅以前擒杀自己的部下官兵，不顾厦门因郑成功北伐而兵力空虚，竟亲自率兵上岸袭击同安，却又一次损兵折将，败于施琅之手。施琅凭其勇猛善战，屡败黄廷，既尽了同安副将之责，也泄了心中之恨。
施琅还利用郑军北上内部治军松懈之机，大事进行招抚活动，以瓦解郑军的力量，收效明显。据刘兴祚上奏的《福建巡抚刘汉祚揭帖》称，顺治十五年（1658年）六月二十一日，据同安副将施琅报：伪正兵镇左营都督佥事郭禄、游击陈昌、黄贤、伪援剿后镇副中军参将吴升、伪五军效用守备许壮、伪木武镇中军游击林胜，前来投诚。七月初二，又据施琅报称：招到伪副将王仕璋自中左携家眷，并都司王旭、家丁曾唐等共七名前来投诚，缴到伪怀远将军印一颗、伪总兵关防一颗、伪牌一张等情。……七月二十五日，又据施琅报：伪后提督下领班都司王兴国、伪援剿左镇右营下总班守备吕春，前来投诚。
郑成功北征失败，实力大损，被迫退回厦门。清政府决定乘胜追击，企图在郑军喘息未定之机，攻取厦门，一举消灭多年来的心头大患。顺治十六年（1659年）十月，福建总督李率泰亲临沿海各地察看形势，施琅、黄梧陪同巡视同安、浔美等各进攻厦门的前沿阵地。顺治十七年（1660年）三月，清宁南将军达素率兵至泉州，调集各路人马，催促船只，配备兵员，准备攻厦战役。
此时，西南抗清武装大势已去，郑军在进攻南京时又遭受惨败，整个抗清形势转入了低潮。郑成功不愧为杰出的军事家和政治家，在危急时刻，显示出不同凡响的军事和政治才能，为迎接清军对厦门的进攻做好了一切准备。
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*第五部分
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清军与郑军在厦门海域展开激战，不习海战的八旗军以惨败告终。清政府除继续“迁界禁海”对郑军进行经济封锁外，还实行招抚恩养的新的策略，以分化瓦解郑军。同时，清政府认识到必须加强水师建设，这给熟悉风潮水汛的施琅提供了再次晋升的机会。顺治十八年（1661年）的三月初一，郑成功率领众将士在金门“祭江”，表达誓死收复台湾的决心。郑成功的这次远征，将使他的名字在史册上永放光辉。
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扬帆启航郑氏收复台湾（1）
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由于南京一役清军大败郑军，便心生骄傲，并没有清醒地认识到郑成功所损失的仅是陆军，而水师却毫发未伤，因而低估了郑军的力量，在战前单纯准备武力进攻，完全忽略了对郑军的招抚工作。郑成功攻南京严重受挫，将士伤亡惨重，这势必使郑军内部对坚持抗清产生消极影响，倘清廷能抓住这一有利时机，在大兵压境的形势下，对郑军展开政治攻势，进行招抚，完全可能使郑军内部分化瓦解，更有利于武力进攻。然而，清军盲目乐观，认为此役即可重创郑军，海疆可就此安静，因而不仅在战术上不予重视，而且还放弃了对郑军实行剿抚并用的策略。清军在战略上的失误，客观上不但造成了郑军内部的稳定团结，而且还把郑军官兵逼向了破釜沉舟的绝境，反而令他们作战更加神勇。
顺治十七年（1660年）五月初八，清军布置进攻厦门：由福建总督李率泰、海澄公黄梧督率百艘大型兵船出海澄港到厦门；由安南将军达素、同安副将施琅统率小型兵船，从同安港横渡高崎到厦门。是日，官兵皆下船待发，约定初十进兵。
原本李率泰曾约广东碣石总兵苏利、饶平总兵吴六奇、南洋水师副将许龙率部赴闽，共同围攻厦门。吴六奇接信后，即会同两位将领整顿战船，统一旗帜颜色，准备出征。然而，广东的平南王尚可喜却以郑成功尚有战船在广东海面游弋为由，仍令三人驻守广东，后虽经吴六奇等人力争而得以入闽作战，但已延误了战机。当他们到达福建海面之时，厦门之战已结束两日了。吴六奇、苏利、许龙所辖之三镇清军，长期驻扎于沿海地区，是清军中仅有的较为熟悉海战之部队，而且已与郑军有过多次交锋，积累了与郑军作战的经验，他们未能参战，在相当程度上削弱了清军的进攻力量，为清军惨败的原因之一。
清军在盲目乐观而又准备不充分的情况下，对厦门发动了进攻。阮旻锡《海上见闻录》和江日升《台湾外纪》等诸多史籍均记叙了这场惨烈的海战。
初十，黄梧乘潮落率战船四百余艘出海门，乘风顺流进逼厦门，郑成功亲自督师迎战。此时郑军处于逆风，顶风逆流与清军交战，对郑军十分不利，但深谙水情的郑成功知道这种状况不会持续很长时间，待风势水流转向之时，优势就会在己一方。于是，郑成功令所有战船全都沉砣停泊，不得擅自起锚交战。清军船队则乘风顺流而至，对着郑军船队后面的陈尧策、周瑞指挥的两条战船猛烈开炮，战船被炸沉，船上郑军将士全部殉难。然而，清军见郑军其余的战船停泊不援，不觉生疑，担心中计，于是纷纷落帆停舵，远远地进行炮击。这个战术指挥上的失误，使清军丧失了乘风顺流的有利战机。郑成功见状大喜，为拖住清军，他下令全力用大炮进行还击。双方在海面上展开了炮战，一时间炮声轰轰，硝烟弥漫。战至近午，潮平风转，郑军一方变为乘风顺流。郑成功当即下令反攻，郑军战船拔锚而起，向清军战船冲去。黄梧到此时方才醒悟，但为时已晚。清军在长时间的炮战中并未占得上风，已呈疲惫之态，又处于逆风逆流，而且所率官兵多为不习海战之满族八旗士兵，他们“舍弓马长技”，而与郑军“争衡于舟楫波涛之间”，被杀得纷纷落水。�