二十余年的海禁迁界失大于得，弊大于利，这是由于在封锁策略和封锁措施两方面的失误造成的。在封锁策略上，清政府实行单纯的陆上封锁，没能以海上封锁相配合，因而作用有限。从封锁措施来看，清政府采取了大规模禁海迁界，不考虑这些措施会给沿海经济造成的消极影响，阶级本性决定他们没有也不可能有做好善后安置工作、减少民众生命财产损失，其后果是清政府财政收入锐减，民心渐失。
有趣的是，清朝统治者对于自己的文治武功历来是不厌其繁地张扬备至，惟独对于禁海迁界这个涉及东南各省、持续时间长达二十年的重大政策却很少记叙，连《清世祖实录》中也只是寥寥数语，一笔带过。这多少也可以看作是清廷的自省吧。
顺治十八年（1661年）九月，清廷派出钦差大臣前往沿海各省监督《迁界令》的执行情况，出巡福建的钦差大臣是兵部尚书苏纳海。苏纳海，满洲正白旗人，曾任多尔衮的侍卫，参与过将《三国志》译成满文，深知用兵与用人之道。该大臣至闽后，福建即迁沿海居民入内地，离海三十里内的村社田宅尽皆废弃。据《襄壮公传》记载，苏纳海不仅监督实行《迁界令》，还巡视了驻闽的各清军部队，观看了施琅整练兵马的情况。同月的三十日，苏纳海回到京师，即上奏清廷，举荐施琅为总兵。十月二十五日，清廷即擢用施琅署都督佥事、同安总兵官。《八旗通志》中也有类似记载：“兵部侍郎苏纳海至福建清海疆，奇琅，荐之朝。加都佥事，补同安总兵官。”苏纳海的举荐能迅速地得到清廷的准予，不仅是因为施琅有才干，也与当时清廷更加重视对郑军的招抚密切相关。顺治十八年（1661年），清廷发布了《招抚郑成功部下建功来归诏》，诏书写道：郑成功部下之“伪官将士人等，只因陷溺既深，虐焰久锢，自揣罪重，即归正抒诚，恐难邀宽典，踌躇观望，情所必然。朕洞鉴隐衷，深为悃恻。兹特开一面，赦其既往之辜，予以功名之径。”并颁下奖赏标准：“凡伪官将士人等，有能将郑成功生擒来献或斩首来降，必定破格论功，锡封公侯；如不能擒斩郑成功，或擒其妻子，或各率所属伪官兵丁投诚，亦从优叙录，不吝高爵重赏。”
这道诏书反映了清政府推行招抚策略的决心，也显示出进剿不成，清政府对开展招抚所寄予的厚望。为此清政府还规定有具体细则，凡海上郑军武官率众而降者，不问真伪，照原职补官；单身投降者一般降四级录用；有立功表现者降二级，武官可以改任文官。同时还下令保护沿海等地与郑军有乡邻督党等社会关系之人，不许挟嫌报复陷害。到后来，为进一步加强对郑军的分化瓦解力度，清政府在漳州专设处理郑军归降事宜的“修来馆”，又称招来馆，对招来的郑军文官照原职拨部补官，武官一律保留现职；士兵和平民没有剃发的赏银二
十两，已剃发的赏银五十两；愿入伍者立即拨在营中领取饷银，愿返乡者送路费发回原籍安置；对屡次逃走而复来者也一视同仁，照样给赏，不加追问；甚至对郑军间谍，发现后不仅不予追究，反诱以厚利，多方感化，收为己用。这种种措施，表明清政府对招抚策略的高度重视，确实卓有成效地起到了分化瓦解郑军的作用。施琅原系郑成功部将，不仅了解郑军，且与郑军一些将领关系密切，因此正是对郑军进行瓦解工作的理想人选。
施琅升任总兵。在这一时期，清政府和郑氏集团都发生了一些变化。
爱新觉罗·玄烨于顺治十八年（1661年）正月即位，后成为中国历史上最为著名的皇帝之一。康熙以聪慧的才智和政治品格，一生为国家民族创建了鼎盛的伟业，是中国历代帝王中文韬武略最为突出的一位君王，被誉为“千古一帝”。他一生除鳌拜、平三藩、视察黄河、疏通漕运、任用良将、东收台湾、北定疆界、与蒙古诸王结盟、西征噶尔丹、汲取汉文化，发展民族经济，推行富国强民的政策措施，完成了统一中华、振兴中华民族的大业，是中国最终形成统一的多民族国家的重要缔造者。不过，当时的康熙尚年幼，就连施琅总兵之任，都是由辅政大臣鳌拜决定的。
台湾岛内，郑成功病逝，诸将公推郑成功之弟郑世袭为护理，主持台湾事务，但郑世袭却存有野心，与黄昭等部分将领密谋自立，形成与厦门的郑经相拒的局面。郑经闻讯，在众将领的举戴下，立即宣布继位，称为“世藩”，并为郑成功发丧，之后将囚禁的周全斌放出，任命其为五军都督，准备进兵台湾，攻打主持台湾事务的郑成功之弟郑世袭。
施琅探知郑氏的这些情况后，迅速向福建总督李率泰作了汇报。清政府接到施琅的情报，认为“海上人心摇动，纷纷离散，行动不一”，于是加紧了招抚活动。据《台湾外纪》所载，康熙元年（1662年）七月，清福建总督李率泰接获施琅所呈成功病逝、郑氏内部不和的消息后，经与靖南王耿继茂计议，即派遣都司王维明、李振华、总兵林忠前往厦门招抚郑经，提出的条件是：剃发、上岸，即保其荣华富贵。郑经此时因郑成功病逝，郑军内部人心惶惶，正忙于准备前往台湾平定内乱，为便于集中精力解除后顾之忧，密令郑泰、洪旭等佯与清政府谈判，答复清廷欲行招抚的条件为：照朝鲜例，不剃发，仅称臣纳贡而已。八月，耿继茂、李率泰派林忠等人往厦门，要求郑经送还郑军攻占的州县印信，以示确有谈判诚意。郑经为争取时间以靖内患，应允了清廷的要求，派人缴还明朝所赐予郑氏的敕命等，以骗取清政府的信任。十月，郑经亲率五军周全斌、侍卫冯锡范、咨议参军陈永华进兵台湾，斩杀了举兵相抗的镇将黄昭等人，仍善待郑世袭。至此，郑经内乱平息，政权稳定下来，正式继郑成功之位，成为郑军统领人物。十二月，清廷通知郑氏负责和谈的洪旭：若要接受招抚，必须剃发、登岸。郑经此时内乱已靖，遂断然拒绝，清廷的招抚毫无成效。郑经平定了台湾内乱之后，分派诸将驻守台湾各个要地，诸事安排妥当，郑经率大队舟师回到厦门。
其实，清廷始终未放弃武力平台的准备，在行招抚之策的同时，也在积极整修兵马船只，随时准备再攻金、厦。清廷总结了进攻厦门海战失败的教训，充分认识到，欲平沿海之乱，必须组建水师。清廷在与郑军交战多年，终未占得上风，其因在于八旗军队的铁骑强弓宜于陆地称雄，拙于海上作战。而郑氏集团为海上世家，其海上武装力量之强大，在当时尚未有人能够望其项背。郑军攻城掠地，飘忽无定，又以孤悬于海外的金、厦二岛为基地，现又拥有澎湖、台湾为根据地，恃此海峡天险，清廷望洋兴叹，对之更是无可奈何，如欲与之抗衡，乃至于消灭之，必须建立一支足能与之匹敌的水师部队。
据《清圣祖实录》记载，康熙元年（1662年）六月，清政府决定在福建建立水师，设置水师提督一名、总兵两名，令兵部会同大学士苏纳海、尚书车克就有关事宜速议具奏。苏纳海官居大学士，位高权重，而且他到过福建等东南地区，对沿海形势及驻防的将领都较为了解，尤其欣赏施琅的才干，因而苏纳海再次举荐施琅出任福建水师提督。掌握大权的辅政大臣鳌拜曾任命施琅为同安总兵，对施琅颇有好感，因而当施琅，鳌拜很快同意了苏纳海的再次举荐。七月，清廷颁令，提升施琅为福建水师提督，并征募漳州所属各县水兵组建水师。
十二月，命水师提督施琅率兵四千驻扎于海澄县，并在此海防前线指挥训练新军，建立海军基地，其属下左路水师总兵官带兵三千驻扎闽安县，右路水师总兵官带兵三千驻扎同安县。至此，清朝第一支水师部队组建起来，施琅因此成为中国历史上第一位海军统率——水师提督。