土匪是什么？——左宗棠南方集群底子是楚军与淮军，这些部队战斗力强悍，并且左宗棠、程学启、王德榜、刘松山、刘锦棠都是身经百战有勇有谋的帅才、将才。在保家卫乡的口号下，四处流窜的那些王爷纷纷落网。他们毕竟以前都参加过太平天国起义，在落网后杨沪生网开一面，并没有将他们全部杀了，只是杀了其中几个民愤特别大的，至于其他的在财产充公后，均关进大牢，算是保留一条性命了。只是用左宗棠剿灭这些流窜的前王爷在赣州太平天国投奔过来人们心目中留下了不好的印象，左宗棠以前毕竟与太平军进行过浴血撕杀的，可以说左宗棠双手沾满了太平军将士的鲜血，今天他竟然又再次对自己以前同胞挥舞起屠刀，而且还杀的特别凶狠，只要投降稍微晚一点，脖子上的脑袋马上就落地了，这些王爷自然心中大为不忿了。
左宗棠可不管那些以前的所谓王爷心里怎么想，左宗棠的眼角高的很，他也不可能看到王爷看自己的眼神简直是在朝外面喷火。他认为现今世界，除了上天派下来的俩位神人外，就数自己这个“今亮”最英明了。那些所谓的王爷不过猪狗之辈，有什么好理会的？
左宗棠的心情现在正好到了几点。在剿灭了流窜在根据地内部的大小土匪后，他的三个旅部队升级了，编成十一到十三师——绝对主力师！每个师都有两个旅，每旅下辖三个团，在师一级部队中还编有炮兵团、驮马团、机枪营……等辅助部队，全师共有一万八千人。以前三个旅长现在都成了响当当的少将师长，至于自己，解放军副司令的名头还在，同时杨首长又把自己暨原属南方集群的三个师调到浙江、赣东北、皖南一线，自己成了东方战区司令员，整个战区负责浙江、安徽、江西东北、福建、广东，指挥的部队不光有十一到十三师，还有李世贤正在整编的两个主力师（十四、十五师，师长分别是黄呈忠、范汝增）、陆战旅等部队，可以说根据地半壁江山三分之一的军队由自己全权负责。
李世贤部队在进攻过绩溪后就撤回浙江进行休整了，在精简兵员，改善武器，建立了政治工作制度，部队将领成批到军校进行短期学习，同时又补充了大量军事、政治学校毕业学员后，到了半年后这支部队与左宗棠以前部队一样，除了最高层主将没有更改，其他一点以前痕迹都没有了。并且下级全部换了一遍，可以说李世贤就是突然想反悔，他除了自己连一个士兵也不可能带走。在七月份李世贤的部队进行了整编，十万大军只保留了三万六千人，编成两个主力师，其他人要么到湖南种庄稼，要么到广东当工人，还有部分素质比较好的编入到其他主力部队中去。改编后南方集群与东方集群的编制被撤消，两个集群合编成解放军第三集团军。
根据地在通过香港进行货物进出口后，因为有了充足的原材料，军工厂很快恢复了原有的生产速度，并且极大地提高了武器装备的生产能力。这方面从美国过来的赫尔做出了杰出的贡献，在过来时，他的家族将大批生产工具走私过来，在安装后，很快就投入了生产，为此赫尔荣获了根据地颁发的银质杰出贡献奖章。
有了充足的弹药，部队的扩充就有了保障。现在根据地拥有长江以南半壁江山，人口达到一亿两千余万，加之太平天国王爷将自己的士兵“卖”给了政府，在合格兵员方面根据地用不着发愁。到了七月，除了将李世贤的部队改编成两个师，杨沪生同时还将自己的两个军编成两个集团军，五个主力师扩大为五个军，下辖十个师，以前的旅长都成了师长。至于机动旅，在改编后编成八个乙种师，乙种师每师只辖三个团，在支援重武器方面不如主力师。
调到湖南的荣一师改编略晚于其他部队，不过在扩充后荣一师成了模范军，下辖三个模范师，他的编制、规模、武器装备均远远好于其他部队，其他各师只装备了一个多管机枪营，而每个模范师却配备了一个水冷式机枪连，其他师还有大量的前装火炮，而模范师已经完全后装线膛化了。
石达开的西方集群改编最晚，过程也最复杂。石达开的部队毕竟没有经受过西方军队战斗洗礼，他的部队中除了抬枪、火枪，大量的武器还是原始的大刀长矛，对新式武器他们不向左宗棠、李世贤心情那么急迫。同时石达开虽然加入了解放军，可他对解放军中那一套还是心有疑虑的，石达开认为所谓的政委制度，这是杨沪生、史秉誉剥夺自己掌握军权的一种把戏——例子是有的，赣州那些整天无事可做、醉生梦死的前王爷就是接受了政委后所得到的回报，也许这些王爷喜欢过这种花天酒地、无忧无虑的日子，可这决不是他石达开。于是杨沪生再三要求石达开将部队完全解放军化，可每次都被石达开婉言谢绝了，不光政委制度，根据地其他地方官员制度在石达开控制区同样得不到贯彻实施，四川一时仿佛成了石达开的独立王国。
对石达开杨沪生还是比较客气。毕竟人才难得，有些事情杨沪生也就睁只眼闭只眼，只要石达开能按照要求，在战略上与其他各战区紧密配合，杨沪生也就觉得心满意足了。
石达开虽然兵多将广，可杨沪生也知道他的那些兵并非强到让自己害怕的地步。与赖汉英会师后石达开部队达到了四十万，但这支部队光靠四川粮食是远远不能养活的，还必须从湖南朝石达开供应粮食。同时四十万大军中，真正有火器的不足三万，石达开要是造反，不要说自己的十个师，就是动用左宗棠那三个师也足以将他平定了，当然能不造反是上上之策。
一直拖到十月份当天气凉爽，进入金秋后，石达开的西方集群才编成了一个师，就是这个新编的师连政委都没有配备，可以说还是旧式军队，只是挂了现代化师的招牌而已，真要想让它在战场上担当起与其他主力部队一样的职责，这是杨沪生根本不指望的。既然石达开没有将部队按照解放军制度整编，他的西方集群也就没有改编成集团军，还是外甥打灯笼——照舅。
黄翼升的海军到了一八六五年底新增加了两艘千吨级军舰，分别被命名为“卫青号”“霍去病号”。这两艘军舰均按照郑和号设计来制造，只是在蒸汽机方面加大了马力，最高航速提高到十一节。吸取了“郑和号”的教训，同时现在洋面上运送物资的主要是英国与西班牙商船，为了不刺激英国人，海军虽然多了两艘远洋军舰，可这两艘军舰自从建好后就一直停泊在马尾水面上，配合炮台守备福州，不再出洋进行破袭战了。至于百吨左右的小吨位兵船，黄翼升舰名册中新增了二十艘，这些船大多数都是赣州造船厂与星子造船厂制造的。船速慢，火力不强，防备落后是它们的通病，这些船只能用于鄱阳湖防卫，让它们出去寻找法军扬子江舰队交战，在马垱追歼战后大家得出了一致结论——让百吨兵轮过去，简直是自杀行为。几百吨浮动炮台还在建造，但造的不多，虽然浮动炮台皮糙肉厚，经得住敌人重炮轰击，可它上面安装大马力的蒸汽机却是一个很大的问题，没有大马力发动机，这种浮动炮台航速极为缓慢，就跟铁乌龟似得，简直是在爬行。浮动炮台作为要地防守不错，真要进攻中使用，它是永远追不上敌人的。何况虽然敌人炮弹打不穿浮动炮台的装甲，可多挨上几发，里面的水兵震也要震死了。总不能眼瞅着敌人打自己，自己却不能追上去将敌人揍进水里吧？只要浮动炮台动力问题不解决，慢腾腾的炮台就永远无法用于进攻！现在英国人已经私下里签订了友好通商协定，扬子江面虽然还有英国军舰，可他们不会再配合法国海军进攻湖口了，让法国海军单独进攻湖口相信他们也没有这个胆子，既然如此浮动炮台的建造自然让位给更加继续的项目了。
与海军相比较，林忠的空军扩军很快，到了一八六五年底，空军已经拥有了一百艘飞艇，并且飞艇还进行了分类。有三十艘飞艇体积比较小，装备了经过改良的发动机，速度达到顺风情况下每小时四十公里。不大的飞艇只能乘坐三人，并且装备有一挺多管机枪——这种飞艇是专门用于对敌人飞艇部队进行空战设计的。
其他的飞艇体积更加庞大，庞大的飞艇可以装载八百公斤的货物，或者运送七名全副武装的士兵，飞的更高，当然，相对而言它的速度也极为缓慢了。这种飞艇除了用于空运，主要作用是用来进行轰炸的，在经过不停地研制后，根据地兵工厂生产出适合飞艇所用的六十磅（相当于二十七公斤多一点）、一百磅、两百磅、四百磅炸弹（两百磅、四百磅炸弹装载极为困难，同时投掷也显得麻烦许多，一艘飞艇携带不了几枚，只是这种炸弹用来进行定点轰炸军舰倒不错），五十磅燃烧弹、空爆宣传弹，还有原始的子母弹（设定时间，在炸弹投掷前将引信点燃，当炸弹落下一定时间后爆炸将无数的小炸弹撒落各方，对敌人密集队形进行大面积杀伤。这种炸弹是史秉誉神经错乱情况下想起来的）。
林忠空军的是在与敌人陆空撕杀中一步步强大起来的。法国人在丧失了十五艘飞艇后，没过多久就将自己的雷夫耶机枪也搬上了飞艇，虽然雷夫耶机枪性能不如斯潘塞，可它毕竟是机枪，在几次空战中取得了一定战果，当然，法国人的损失更为巨大。当法国人发觉自己手头上飞艇无法取得上风时，他们吸取了马垱战斗的经验，改造了大量后装线膛炮，让它成了对付飞艇的飞艇炮，这种火炮射高先是只有八百米，可是经过改进装药、增强膛压、加厚炮壁后，射高达到了一千米以上。一门两门飞艇炮对天空移动的飞艇来说压力不大，可当飞艇炮达到一定密度后，空中进行轰炸的飞艇就感受到威胁了，法国人的改进逼着根据地不得不研