号、“矢矧”号和2艘驱逐舰，重创2艘驱逐舰。2艘被重创的驱逐舰在返回基地的途中沉没，其余舰只撤回基地。
4月7日，一架“神风”特攻机突破第58特混舰队战斗机的空中警戒，撞中“汉科克”号航空母舰的甲板，使43人死亡。到黄昏时，日神风特攻机又撞伤4艘海军舰只。然而，4月6日和7日的大空袭只是“神风”特攻机对冲绳海域盟国舰船所实施的10次大规模特攻袭击日军称之为“菊水”作战。中的第一次。至于“神风”特攻机的小规模袭击和一般的空袭，几乎天天都有。4月12日至13日的空袭和以后的几次空袭，改用一种称为“樱花”的特攻炸弹。这是一种靠火箭推进的带翼炸弹，炸弹脱离轰炸机的挂弹装置后，由飞行员引导捕捉目标。
在近3个月的时间里，快速航空母舰特混舰队一直在冲绳以东海域活动，一面在60平方海里的水域内遂行巡逻任务，一面支援登陆兵的岸上战斗，同时要与日军飞机作战，并担任反潜巡逻任务。各特混大队常为进行补给而暂时离开巡逻海域。快速航空母舰特混舰队曾四次北上去突击九州地区的机场。然而，如同在吕宋岛那样，虽对日军机场进行猛烈的空袭，但是无法将其摧毁，因为日军在这里的机场不仅多而分散，且有高炮予以严密的掩护。
除在冲绳海域的雷达警戒舰只和输送舰船常常成为“神风”特攻机的袭击目标外，快速航空母舰特混舰队也是在劫难逃的。由于“邦克山”号和“企业”号航空母舰相继被“神风”特攻机撞中，而且丧失了机动能力，米彻尔将军失去了大部分参谋军官，并在3天内两次变换旗舰。活动在冲绳东南海域的英国特混舰队也成了“神风”特攻机连续攻击的目标。英国的4艘航空母舰都曾被特攻机撞中，但因其甲板有装甲防护，所以仍能坚持作战。
美国的飞行人员和舰艇人员，在军舰返回乌利西岛或其他基地进行维修保养或更换配件时，尚可得到短暂的休整，而那些必须留在作战海域的第5舰队的几位指挥官却一直很紧张，疲惫不堪。5月底，尼米兹将军终于在这次作战正在进行之中采取了更换指挥官这一前所未有的措施。哈尔西接替斯普鲁恩斯，麦凯恩接替米彻尔，希尔接替特纳，因而第5舰队又改为第3舰队。哈尔西不愿意留在冲绳海域，遂行单纯的防御任务，但很快发觉他自己并没有选择权。于是他继续实行斯普鲁恩斯所采用的战术。但他极力主张应在冲绳岛尽快修建航空基地，以解除当时已改为第38特混舰队的快速航空母舰特混舰队所担负的掩护及支援任务。
美军正在逐步改进对付“神风”特攻机的作战方法，在斯普鲁恩斯和哈尔西交接指挥权时，已基本上可以对付“神风”特攻机的威胁了。美军用雷达警戒飞机弥补了雷达警戒舰只的不足，派遣驱逐舰和两栖作战舰艇充当雷达警戒舰只，并在最有可能出现敌机的方向加派战斗机进行空中巡逻。美军不仅在冲绳岛北部地区设立了许多雷达监视哨，还夺取了附近的一些小岛，并在上面建立了雷达站。容易操纵的小型舰艇已能对付“神风”机的攻击，即舰艇把俯冲下来的“神风”特攻机置于自己的正横方向，除充分发扬火力进行抗击外，突然增速，让日机难以捕捉目标。这是因为，“神风”特攻机的俯冲速度很快，在空气压力的作用下，几乎不能再变航向，难以调整命中点。
“神风”特攻机的情况与此相反，因为没有一个完成最后突击的飞行员能够回来报告自己的体会，所以日军无法得到第一手资料据以改进自己的战术和技术。同时，日军这支特攻队的人员成份也在发生变化。那些以献身为荣欣然挺身而出的特攻队员已经损失殆尽，这时的日军飞行员多是被迫去送命的。在这些迫于无奈的特攻队员中，逐渐滋长了一种厌战情绪，他们认为：冲绳岛显然是要失陷的，他们所作的牺牲是毫无意义的。据说有的飞行员自称没有发现任何美国舰艇而活着返回了基地。还有个飞行员起飞后用机枪扫射其司令部，以消强迫他们送死之恨。
“神风”特攻机的袭击越来越弱，美军在冲绳的航空兵力越来越强，加之，从中国和马里亚纳起飞的B…29重轰炸机也能成功地轰炸九州地区。到6月10日，第38特混舰队终于能够离开冲绳水域了。美军拟于7月对日本本土发动几次进攻，为了对此进行准备，美快速航空母舰特混舰队于6月13日返回莱特岛。截止这时，这支航空母舰编队已在海上连续活动了92天。
舰炮火力支援舰只和护航航空母舰，在美军攻占冲绳南部的日军最后一个阵地之前，一直在冲绳海域坚持作战。6月21日，美军宣布占领了冲绳全岛。次日，牛岛中将及其参谋长剖腹自杀，说明此地的日军确已失败。但是对日军残余部队助清剿作战一直持续到6月底。截至此时，日本守军除11；000名被俘外，其余全部被歼。约有24；000名冲绳居民被迫留在日军及其军事设施附近，也不幸成了美军舰炮、岸炮轰击和飞机空袭的牺牲品。美军在冲绳登陆战役中也付出了相当高的代价。约有13；000名美军官兵战死，其中有海军陆战队3；400人，其他海军人员4；900人。舰队死伤的人员大部分是由日机，主要是“神风”特攻机所造成的。共被日军炸沉15艘军舰，都是驱逐舰以下的军舰。受伤的舰艇达200余艘，有的已难修复。美国以这种严重的损失，获得了一个用来突击日本工业中心地带的航空基地，从这里就可以封锁日本本土和支援对九州的进攻了。
日本投降
1945年6月22日，裕仁天皇在战争最高指导会议上说出了一些军政要人不愿说或不敢直言的话：日本必须寻求一个结束战争的办法，机不可失，时不再来。美国的大批轰炸机正在把日本的城市化为灰烬，令人窒息的封锁已使日本全国的军需生产陷于停顿状态，饥饿的阴影笼罩着日本大地。4月，苏联政府声明，废除苏日中立条约。这对日本是一个不祥之兆。5月，德国投降，这使日本期待从德国得到某种可以救命的新式武器的幻想成为泡影。与此同时，盟国的联合作战兵力正在太平洋上进行集结，准备进攻日本本土。日本的最后一个前哨基地——冲绳岛，已经落入美军手中。
然而，结束这场战争并不是一件轻而易举的事。无论在日本国内还是在出国作战的部队，都有一批强而有力的主战分子，他们主张血战到底。而且，日本的当权人物和国民都不愿意接受丧失帝国国体的和平。因此，谈判必须秘密地进行，而且一定不要提出“无条件投降”这样的条款。在各主要参战国中，只有苏联在太平洋战争中表面上处于中立状态，所以，日本认为通过莫斯科进行和平试探是适宜的。日本战争最高指导会议希望苏联政府出面进行斡旋，并以让出满洲的特权为条件，要求苏联再次作出中立的许诺。但是，当日本驻莫斯科大使就媾和问题同苏联外交部接触时，发现苏联官员支吾其词，态度暖昧。在德国战败后，几个战胜国于7月召开了波茨坦会议。在这次会议上，苏联部长会议主席斯大林既未向杜鲁门总统也未向丘吉尔首相在波茨坦会谈结束前，克莱门特·艾德礼于7月28日接替丘吉尔担任英国首相。转告有关日本要求进行调停的问题。显然，苏联人在自己参战并分享胜利果实之前，无意帮助日本结束这场战争。
但是，杜鲁门总统已经知道了有关日本进行和谈的试探活动，因为美国情报机关破译了东京的日本外相与日本驻莫斯科大使之间的来往密码电报。7月26日，美、英、中三国政府发表《波茨坦公告》，在《公告》中明确指出，要求日本“无条件投降”只适用于武装部队。这项《公告》还规定，除日本本土四岛及盟国所规定的其它小岛外，日本必须放弃它对海外领土的一切权益，并在根据民意通过自出选举建立起“爱好和平的负责政府”之前，日本将处于被占领的状态。至于天皇的命运和日本的国体则只字未提，因为当时各盟国政府并未就此问题达成协议。《波茨坦公告》发表两天后，斯大林才将日本政府对媾和条款的要求转告美英两国首脑。
《波茨坦公告》的发表，对于日本当局未免有些突然。因为日本政府尚未采取步骤使其国民做好投降的思想准备，还没接到苏联对媾和条款的答复，日本当局的内部对此问题仍未取得一致意见。然而，最主要的障碍是盟军在《公告》中没有明确提出怎样对待天皇的问题。
当苏联等待时机，而日本的决策人物迟迟不能作出决择时，美英两国正在积极制定计划，准备于1945年11月在九州实施登陆，尔后于1946年3月在本州进陆，进攻关东平原。1945年7月16日，世界上第一颗原子弹在新墨西哥州阿拉莫戈多地区试爆成功。这时，原为第5舰队旗舰的“印第安纳波利斯”号重巡浑舰（在冲绳海域遭到重创）已被修好。原子弹试爆成功后不过数小时，这艘重巡洋舰已经载着原子弹从旧金山出发，驶向马里亚纳群岛。在此以前，从冲绳和马里亚纳等地起飞的重型轰炸机，对日本本土已经轰炸500余次，已将其入城市的广大地区夷为废墟。7月10日，第38特混舰队空袭了东京附近的机场。从这天起，第3舰队的航空母舰特混舰队除中断过一次之外，直到战争结束，一直在日本近岸海域势旁若无人的游弋，进行轰炸和炮击，并且未遭到什么损失。但日军却把航空兵力保存起来，准备在盟军进攻本土时使用。7月17日，哈尔西舰队的105艘军舰与编为第37特混舰队的28艘英国军舰会师。这支空前强大的美英联合舰队，先后空袭了东京湾的横须贺港和濑户内海的吴港，击沉或重创了日本舰队的残余舰只。7月30日，第3舰队空袭了本州中部的机场和工厂设施，以此结束了集中轰炸的�