第6 驱逐队（第2 群） “雷”号、“电”号
肯达里运输队 6 艘运输船，用于运送佐世保联合特别海军陆战队。
护航队由久保海军少将指挥。
巡洋舰 “长良”号（旗舰）
第15驱逐队（同万雅老） “夏潮”号、“黑潮”号、“亲潮”号、“早潮”号第16驱逐队（同万雅老） “雪风”号、“时津风”号、“初风”号、“天津风”号第1 根据地部队：第21扫雷艇分队 W…7 、W…8 、W…9 、W…11、W…12第1猎潜艇分队 Ch…1、Ch…2航空队由藤田海军少将指挥。
第2 航空战队 “飞龙”号、“苍龙”号 （这2 艘航空母舰不属藤田直接指挥。登陆兵在肯达里登陆期间这2 艘舰的舰载飞机对安汶进行轰炸，以保护东侧的安全。这2 艘舰于1 月23日到达哈尔马赫拉岛的东部水区）。
第11航空战队 “千岁”号、“瑞穗”号巡逻艇 P…34、P…39掩护部队由高木海军少将指挥。
掩护部队的舰只与万雅老的相同。
安汶运输队 10艘运输船，准备运送吴市第1 特别海军陆战队和第228 步兵团。
护航队由田中海军少将指挥。
巡洋舰 “神通”号（旗舰）
第2 水雷战队：第8 驱逐队 “朝潮”号、“大潮”号、“荒潮”号、“满潮”号第15驱逐队 “夏潮”号、“黑潮”号、“亲潮”号、“早潮”号第16驱逐队 “天津风”号、“初风”号、“雪风”号、“时津风”号第21扫雷艇分队W…7 、W…8 、W…9 、W…11、W…12（W…9 于2 月2 日在安汶湾触雷沉没，W…11和W…12被水雷炸伤。）
第1 猎潜艇分队 Ch…1、Ch…2、Ch…3。
航空队由藤田海军少将指挥。
第11航空战队 “千岁”号、“瑞穗”号巡逻艇 P…34、P…39掩护部队由高木海军少将指挥。
第5 战队 “那智”号（旗舰）、“羽黑”号、“雷”号（驱逐舰）
第7 驱逐队 “潮”号、“涟”号
望加锡运输队 6 艘运输船，用于运送佐世保联合特别海军陆战队。
护航队（第1 根据地部队）由久保海军少将指挥。
巡洋舰 “长良”号（旗舰）
第8 驱逐队 “朝潮”号、“大潮”号、“荒潮”号、“满潮”号第15驱逐队 “夏潮”号、“黑潮”号、“亲潮”号、“早潮”号（“夏潮”号于1942年2月9日在南纬5 °36′、东经119 °24′被盟军潜艇S…37击沉。）
第21驱逐队 “若叶”号、“子日”号、“初霜”号此处原为“夏岛”号，有误。日本海军没有这一名称的驱逐舰。
第21扫雷艇分队 W…7 、W…8 第2 猎潜艇分队 Ch…13 、Ch…14 、Ch…15第1 猎潜艇分队 Ch？、P ？、P ？
布雷艇 “筑紫”号、“苍鹰”号航空队由藤田海军少将指挥。
第11航空战队 “千岁”号、“瑞穗”号、“赞岐丸”
巡逻艇 P ？
支援部队（部署在巴厘巴板地区）
第24驱逐队 “江风”号、“海风”号第9 驱逐队 “朝云”号、“夏云”号、“峰云”号第30扫雷艇分队 W…17、W…18第11扫雷艇分队 W…15、W…16掩护部队由高木海军少将指挥：第5 战队 “那智”号（旗舰）、“羽黑”号驱逐舰 “曙”号、“雷”号
帝汶运输队 9 艘运输船，用于运送第228 步兵团。
x 架运输机，用于运送横须贺第3 特别海军陆战队。
护航队由田中海军少将指挥。
巡洋舰 “神通”号（旗舰）
第2 水雷战队：第7 驱逐队 “潮”号、“涟”号第15驱逐队 “夏潮”号、“黑潮”号、“亲潮”号、“疾潮”号第16驱逐队 “初风”号、“雪风”号、“天津风”号、“时津风”号第21扫雷艇分队 W ？、W ？、W ？
航空队：水上飞机母舰 “瑞穗”号巡逻艇 P ？
掩护部队由高木海军少将指挥。
第5 战队 “那智”号、“羽黑”号驱逐舰 “曙”号、“电”号、“山风”号、“江风”号
巴厘运输队 2 艘运输船 “相模丸”（7189总登记吨）、“笹笹子丸”（9258总登记吨），用于运送第48师的一个步兵营（兼村特遣队）。
护航队：第8 驱逐队 “大潮”号、“朝潮”号、“路潮”号、“荒潮”号掩护部队由久保海军少将指挥。
巡洋舰 “长良”号（旗舰）
第21驱逐队 “若叶”号、“初霜”号、“子日”号
中路部队
中路部队由高桥海军少将指挥，准备在打拉根、巴厘巴板和马辰登陆。
打拉根运输队 16艘运输船，用来运送在达沃的坂口支队和吴市第2 特别海军陆战队。
护航队由西村海军少将指挥。
巡洋舰 “那珂”号（旗舰）
第4 水雷战队：第2 驱逐队 “春雨”号、“五月雨”号、“夕立”号、“村雨”号第9 驱逐队 “朝云”号、“峰云”号、“夏云”号第24驱逐队“海风”号、“江风”号、“山风”号、“凉风”号航空队：水上飞机供应舰“山阳丸”、“赞岐丸”
油船 1 艘根据地部队由弘濑海军少将指挥。
第2 根据地部队：巡逻艇 P…36、P…37、P…38第11扫雷艇分队 W…13、W…14、W…15、W…16（W…17和W…14扫雷艇于1 月12日在打拉根被岸炮击沉）。
第30扫雷艇分队 W…17、W…18第31猎潜艇分队 Ch…1O 、Ch…11 、Ch…12必要的辅助舰艇
巴厘巴板运输队 16艘运输船，用于运送在打拉根的坂口支队和吴市第2 特别海军陆战队。
护航队由西村海军少将指挥。
护航舰艇除“山风”号和”凉风”号驱逐舰外，其他的与打拉根的一样。
航空队：与打拉根的相同根据地部队由弘濑海军少将指挥。
除W…13、W…14扫雷艇和Ch…10 、Ch…11 猎潜艇之外，其余的与打拉根的相同。
马辰陆上部队 坂口支队的一个营（少一个连），由山本陆军上校指挥。
两栖部队 坂口支队步兵营的一个连，由吉文冈本海军上校指挥。
西路部队
西路部队由小泽海军中将指挥，“鸟海”号为他的旗舰，该部队准备在邦加和巨港登陆，由一支先遣部队和一支主力部队组成。
先遣部队运输队 由8 艘运输船组成，用于运送第229 步兵团的一部分。
护航队由桥本海军少将指挥。
巡洋舰 “川内”号（旗舰）
第20驱逐队 “朝雾”号第11驱逐队 “吹雪”号、“初雪”号、“白雪”号第1 扫雷艇分队 W…1 、W…2 、W…3 、W…4 、W…5 第11猎潜艇分队 Ch…7、Ch…8
主力部队主力部队由小泽海军中将在“鸟海”号上实施指挥。
运输队 14艘运输船，用于运送第229 步兵团（除先遣部队的一部分外）和第230 步兵团的一个营。
护航队：练习舰 “香椎”号第20驱逐队 “夕雾”号、“天雾”号护航舰 “占守”号第11猎潜艇分队 Ch…9根据地部队布雷艇 “初鹰”号扫雷艇 w ？w ？
运输船 “金夕丸”
油船 “永京丸”
掩护部队由小泽指挥。
第4 巡洋舰分队 “鸟海”号（旗舰）
巡洋舰 “由良”号第7 战队 “三隈”号、“最上”号、“铃谷”号、“熊野”号第12驱逐队 “白云”号第19驱逐队 “绫波”号、“矶波”号舰空队由墨田海军少将指挥。
第4 航空战队 “龙骧”号和第3 航空队。
第19驱逐队 “敷波”号
进攻爪哇的部队
为了直接攻占爪哇，日军组织了一支联合进攻爪哇部队，该部队由一支进攻西爪哇和一支进攻东爪哇的部队组成，由高桥海军中将指挥，旗舰为“足柄”号，伴随旗舰的有巡洋舰“妙高”号和2 艘驱逐舰“雷”号和“曙”号。
进攻西爪哇部队该部队于2 月18日离开金兰湾，前往默拉克、万丹湾和埃雷坦维坦等地登陆。
运输队 56艘运输船，用于运送第16集团军司令部人员以及第2 师和第230 步兵团全体人员。
护航队由原海军少将指挥。
巡洋舰 “名取”号、“由良”号第5 驱逐队 “朝风”号、“春风”号“松风”号第11驱逐队 “吹雪”号、“白雪”号、“初雪”号第12驱逐队“丛云”号、“白云”号第6 驱逐队 “响”号、“晓”号第22驱逐队 “皋月”号、“文月”号、“长月”号、“水无月”号第21水雷队 “初雁”号、“千鸟”号航空队由角田海军少将指挥。
航空母舰 “龙骧”号驱逐舰 “敷波”号根据地部队由弘濑海军少将指挥。
第2 根据地部队：布雷艇 “白鹰”号第1 扫雷艇分队 W…1 、W…2 、W…3、W…4 、W…5 掩护部队由栗田海军少将指挥。
第7 战队 “三隈”号（旗舰）、“最上”号、“铃谷”号、“熊野”号驱逐舰 “曙”号、“雷”号
进攻东爪哇部队该部队于2 月19日离开霍洛，前往克拉甘附近登陆。
运输队 41艘运输船，用于运送第48师和坂口支队。
护航队由西村海军少将指挥。
第4 水雷战队也由西村指挥。
巡洋舰 “那珂”号（旗舰）
第9 驱逐队 “朝云”号、“峰云”号、“夏云”号（“夏云”号驱逐舰在爪哇海战期间一直与运输舰队一起行动）
第2 驱逐队 “村雨”号 “夕立”号、“春雨”号、“五月雨”号第2 水雷战队由田中海军少将指挥。
巡洋舰 “神通”号（旗舰）
第16驱逐队 “雪风”号、“时津风”号、“天津风”号、“初风”号第24驱逐队 “海风”