进攻邦加岛和巨港的日军兵力由一支先遣部队和一支主力部队组成，由海军中将小泽指挥。先遣部队的目标是占领邦加岛上的战略要点，如文岛附近的机场。然后，兵分三路，经过慕西河的支流（该河通往巨港）前去进攻巨港。主力部队主要是进攻巨港和南苏门答腊。由于日军在马来半岛的行动迅速，取得了该岛的一部分制空权。2 月下半月，日军加紧对巨港I 号机场（该机场距巨港西北方向约10英里）的轰炸。但距巨港西南方向约40英里的II号机场尚未被日军发现。许多航行在新加坡和爪哇海之间的运输船只遭到日军飞机的攻击，并被击沉。
2 月9 日，日军先遣部队离开金兰湾，两天后，主力部队也从那里出发。2 月14日，马来屏障首次遭到日军的攻击。8 时30分左右，由久米陆军上校指挥的第一伞兵旅的700 名伞兵，从太平机场（马来亚）起飞，在巨港附近的三个地方降落。这次行动中，日军吸取了在打拉根和巴厘巴板的教训：不使油田受到破坏，必须按计划在普拉朱附近的一些炼油厂被破坏之前取得胜利。
当天，先遣部队在邦加岛登陆，未遇到任何抵抗就占领了文岛机场。部分先遣部队在天亮时继续向前驶往慕西河河口。
突击编队前出阻击日本入侵舰队
“赫尔弗里希将军想要做的一切就是出海去搜捕日本鬼子。”
此时，盟军的潜艇和飞机已发现了日军的两支入侵舰队。根据侦察信号，联合海军司令部决定集中其突击编队。2 月13日，突击编队的舰艇在奥斯塔哈芬（意为东港，即潘姜）会合。次日，16时，突击编队的“德鲁伊特尔”号，“霍巴特”号，“埃克塞特”号、“特罗姆普”号、“爪哇”号、“范·格恩特”号、“科顿纳尔”号、“皮特·海英”号，“班克特”号、“斯图尔特”号、“巴克”号、“希尔默”号，“约翰·D ·爱德华兹”号、“皮尔斯伯里”号和“帕罗特”号等舰一齐向北驶去。总的计划是去阻击已穿过南中国海，据报道当时已位于邦加岛东海岸或勿里洞岛西海岸附近的日军部队。
突击编队将穿过加斯帕海峡，沿邦加岛北岸，然后再穿过邦加海峡返回丹戎不碌。2 月15日清晨，一般荷兰驱逐舰“范·格恩特”号触礁后由舰员自己将舰炸毁。9时20 分，突击编队被日“鸟海”号重巡洋舰上起飞的一架飞机发现，两个半小时后，出现首次空袭，盟军的巡洋舰成为日空袭的主要目标。
新任联合海军司令的赫尔弗里希海军中将要求派出飞机进行空中掩护，然而却没有一架盟军的战斗飞机出现在突击编队的上空，而皇家空军22架可供使用的“飓风”式战斗机却停在巨港II号机场。这可能是由于联合司令部内不能很好协调一致所引起的结果，但也可能是由于日军正在进攻巨港，致使无法为盟军舰队提供空中掩护。正因为如此，杜尔曼决定13时返航。突击编队在这一天共遭到5 次空袭，约17时45分，日军的最后一架飞机消失，盟军没有遭受任何损失。
这时，正向南航行的日军主力部队发现突击编队后，改变航向，向北驶去。小泽中将决定用所有的飞机向盟军发起攻击。然而，在杜尔曼转向后，日主力部队又重新改变航向，向南驶去，2 月16日傍晚，入侵舰队趁高潮时刻向慕西河驶去，当晚，日先遣部队就占领了巨港。
此时东印度群岛的局势正在急剧恶化。2 月15日，一个倒霉的星期日，新加坡失陷。第二天终了，日军就占领了巨港附近的重要油田。接着，他们就向明古鲁和直落勿洞推进，2 月25日，全部占领这两个地方。
指挥权的变更
“在当时的情况下，我已尽了我最大的努力，可是我失望了，情况就是如此。”
2 月11日这一天，一则过去未曾外传的消息使人们完全出乎意外，T ·C ·哈特海军上将由于“健康原因”本人要求交出最高指挥权，由当时的赫尔弗里希海军中将接替他的职务，根据华盛顿盟军参谋长联席会议的这个决定，2 月14日正式进行交接仪式。
新加坡失守后，韦维尔不得不向盟军参谋长联席会议报告，他指出，如果没有大批增援部队，就很难守住马来屏障。然而，增援是不可能的，因为首先要增援的是欧洲战场。新加坡与菲律宾的失守使盟军的广阔战区分成遥遥相隔的两部分：缅甸和澳大利亚西北海岸。
2 月21日，韦维尔将军接到盟军参谋长联席会议的一份电报，大意是：“驻各岛的所有战斗部队必须竭尽全力坚守爪哇。”正在途中的海军和空军增援部队可以直接前往其指定的目的地，但陆军的增援部队必须改道前往。同时驻爪哇的盟军联合司令部也得撤退。
第二天，韦维尔将军与荷兰总督一起商讨决策，最后决定向华盛顿提出以下建议：美英荷澳盟军联合司令部不是撤退，而是解散。把荷属东印度的海、陆、空部队指挥权交给荷兰。盟军参谋长联席会议同意了这个建议。2 月15日中午盟军联合司令部不复存在，一个新的组织系统开始行使职权。盟国海军部队和突击编队（由荷兰杜尔曼海军少将指挥），亚洲舰队（由美国W ·A ·格拉斯福德海军中将指挥）的剩余部队以及驻中国的一部分部队（由澳大利亚J ·A ·柯林斯海军准将指挥）都由赫尔弗里希海军中将实施作战指挥。亚洲舰队实际上于1942年1 月30日已改称为美国西南太平洋海军舰队。盟国的陆军部队由H ·塔·普尔顿陆军中将指挥，盟国的空军部队则组成爪哇空军司令部，已于2 月22日归L ·H ·范奥伊恩空军少将指挥。所有空军部队均置于塔·普尔顿将军统一指挥之下。三军的司令官驻在万隆。但为了有效地指导战争所必须进行的改组，由于时间太仓促而无法实施，这就意味着赫尔弗里希将军仍无法派出飞机去执行海上侦察任务。1942年3 月1 日，随着美国和英国指挥官相继离去，盟军海军司令部彻底解散，第二天，赫尔弗里希也前往科伦坡，荷属东印度的剩余地区要抗击日军入侵，看来是一件艰巨的，几乎是没有希望的和徒劳的事情。但尽管如此，由于内部的政治原因，盟军仍决心拚到底。
荷属东印度总督的地位
“我们可以毫无愧色地回顾过去的一年。”
根据1938年制定的荷兰宪法第62条，荷兰国王对荷属东印度拥有最高指挥权力，而总督则是执行国王通过殖民地大臣转达给他的指示。宪法第6 条指出，海军是国家的工具。在宪法中为荷属东印度规定：总督是荷兰皇家海军和荷属东印度皇家陆军的最高指挥官。
美英荷澳联合司令部的成立对总督作为总司令的地位有何影响呢？韦维尔将军作为最高指挥官的地位在新形势下比总督高。在伦敦的荷兰政府曾询问过A ·W ·L·特亚尔达·范·斯塔尔肯博尔赫·斯塔豪韦尔总督他是如何看待他的最高指挥官的地位的。但最后决定大家不要再纠缠这个问题。
1942年1 月15日，暂时免去总督最高作战指挥官的职务，只让其负责荷兰和荷属东印度部队的行政管理工作。这种状况一直维持到1942年2 月25日，直到联合司令部解散时，韦维尔将军才把荷属东印度的最高指挥权交还给荷兰总督。可是，最高指挥权并不包括对盟军部队的指挥权，因为这些部队分别由驻荷属印度的海军司令和皇家荷属东印度的陆军司令以盟军最高指挥官的资格实施指挥。这是为了避免在投降时，由于总督是荷兰部队的最高指挥官而可能引起一系列的麻烦。所以在1942年3 月4 日13时，这位官员将荷属东印度的最高指挥权交给陆军中将普尔顿和海军少将范·斯塔弗恩。后者在赫尔弗里希海军中将1942年3 月1 日离开爪哇后暂时担任荷兰海军司令的职务。3 月4 日后，美国和英国在东印度的海军部队均由普尔顿指挥。
日军进攻马来屏障的东部
“很显然，（当前）日本是最可怕和最危险的敌人。”
日军计划在对爪哇遂行最后攻击之前，占领马来屏障东部的两个地方：帝汶和巴厘。
前面已提到，荷兰和澳大利亚军队于1941年12月17日已进驻葡属帝汶。荷澳军队的这一做法是因为日本人自1940年初就觊觎帝汶岛。因此，这是盟军为了防止日军在后方取得据点而采取的行动。更重要的原因，帝汶是澳大利亚和马来亚，以及澳大利亚和整个荷属东印度之间空中航线中的一个重要环节。
盟军曾通报葡萄牙政府，他们没有任何领土野心，当葡萄牙对帝力采取必要的防御措施后，他们将立即撤出自己的军队。2 月份，葡萄牙派出部队，但未能到达该岛。在途中即被日军击溃。
从2 月12日开始，日军加紧轰炸彭富伊机场和古邦一带的公路。3 天之后，盟军增援部队离达尔文港开往帝汶岛，可是在16日这天遭到日军飞机的轰炸，虽然未受到任何损失，但奉命返回达尔文！根据当时的形势，趁盟军掌握空中优势的时机，护航运输队也撤离该岛，这就是说，不会有更多的部队增援帝汶。
2 月17日，准备攻占帝汶的日军在安汶上船。3 天之后，必须攻占帝汶岛，19日，日军从肯达里出动所有飞机对达尔文港进行轰炸，同时，他们还加强了左翼的防御。日军用4 艘航空母舰上的飞机进行支援，这4 艘航空母舰是：“赤城”号，“加贺”号，“苍龙”号和“飞龙”号。这些舰只均停泊在达尔文港西北约220 英里的地方，舰上共载有36架战斗机、71架轰炸机和81架攻击机。
20日，日军按计划在帝力和古邦以南登陆。同时，在彭富伊机场附近投下了307名伞兵。这些伞兵属于日军横须贺第3 特别陆战队，他们是清晨从肯达里机场出发的。次日，又有一批323 人的伞兵部队投在同一地点，他们与首批伞兵一样，同属第3 特别陆战队