僧人道衍是朱棣的谋士；他对朱棣说：我一见殿下；便知当为天子。相士袁珙也对朱棣说：殿下已年近四十了；一过四十；长须过脐；必为天子；如有不准；愿剜双目。在这些人的怂恿下；朱棣便积极操练兵马。
道衍惟恐练兵走漏消息；就在殿挖了一个地道；通往后苑；修筑地下室；围绕重墙；在内督造兵器；又在墙外的室养了无数的鹅鸭；日夕鸣叫；声浪如潮；以不使外人听到里面的声音。但消息还是走漏了出去；不久就传到朝廷；臣齐泰、黄子澄两人十分重视此事；黄子澄主张立即讨燕；齐泰以为应先密布兵马；翦除党羽；然后再兴兵讨之。
建文帝听从了齐泰的建议；便命工部侍郎张籨为北平布政使；都指挥谢贵、张信；掌北平都司事；又命都督宋忠屯兵开平；再命其他各路兵马守山海关、保卫金陵。部署已定；建文帝便又分封诸王。朱棣知道建文帝已对他十分怀疑；为了打消他的疑忌；便派自己的三个儿子高炽、高煦、高燧前往金陵；祭奠太祖朱元璋；建文帝正在疑惑不定；忽报三人前来；就立即召见；言谈之下；建文帝觉得除朱高煦有骄矜之色外；其他两人执礼甚恭；便稍稍安心。等祭奠完了朱元璋；建文帝便想把这三人留下；作为人质。正在迟疑不觉之际；朱棣早已料到这一着；飞马来报；说朱棣病危；要三子速归。建文帝无奈；只得放三人归去。魏国公徐辉祖听说了；连忙来见；要建文帝留下朱高煦。原来；徐辉祖是徐达之子；是朱棣三子的亲舅舅。他对建文帝说：臣的三个外甥之；惟有高煦最为勇悍无赖；不但不忠；还将叛父；他日必为后患；不如留在京；以免日后胡行。建文帝仍迟疑不决；再问别的人；别人都替朱高煦担保；于是；建文帝决定放行。朱高煦深恐建文帝后悔；临行时偷了徐辉祖的一匹名马；加鞭而去。一路上杀了许多驿丞官吏；返见朱棣。朱棣见高煦归来；十分高兴；对他们说：我们父子四人今又重逢；真是天助我也！
过了几天；建文帝降旨；对朱高煦沿路杀人痛加斥责；责令朱棣拿问；朱棣当然置之不理。又过了几天；朱棣的得力校尉于谅、周铎两人被建文帝派来监视朱棣的北平都司事谢贵等人设计骗去；送往京师处斩了。两人被斩以后；建文帝又发朝旨；严厉责备朱棣；说朱棣私练兵马；图谋不轨。朱棣见事已紧迫；起事的准备又未就绪；就想出了一条缓兵之计：装疯。
朱棣披散着头发；在街道上奔跑发狂；喊叫；不知所云。有时在街头上夺取别人的食物；狼吞虎咽；有时又昏昏沉沉地躺在街边的沟渠之；数日不起。
谢贵等人听说朱棣病了；就前往探视。当时正值盛夏时节；烈日炎炎；酷热难耐；但见燕王府内摆着一座火炉；烈火熊熊；朱棣坐在旁边；身穿羊羔皮袄；还冻得瑟瑟发抖；连声呼冷。两人与他交谈时；朱棣更是满口胡言；让人不知所云。谢贵等人见状；就告辞了。
谢贵把这些情况暗暗地报告给了朝廷；建文帝有些相信；便不再成天琢磨着该怎样对付燕国了。但朱棣的长史葛诚与张、谢二人关系极好；告诉他们燕王是诈疯；要心在意；谢贵二人还不相信。过了许久；燕王派一个叫邓庸的百户到朝廷去汇报一些事情；臣齐泰便把他抓了起来；严加拷问；邓庸熬不住酷刑；就把朱棣谋反的事从头至尾说了一遍；建文帝知道后惊；便立即发符遣使；去逮捕燕王的官吏；并密令谢贵等人设法图燕；再命原为朱棣亲信的北平都指挥张信设法逮捕朱棣。
张信犹豫不决；回家告诉母亲；母亲说：万万不可；我听说燕王应当据有天下；王者不死；难道是你一人所能逮捕的吗？张信便不再想法逮捕朱棣；可朝廷的密旨又到了；催他行事；张信举棋不定；就来见朱棣；想看个究竟。
但朱棣托病不见；三请三辞；张信无奈；就便服前往；说有密事求见；朱棣才召见了他。进了燕王府；但见朱棣躺在床上；他就拜倒在床下。朱棣以手指口；荷荷而言；不知所云。张信便说：殿下不必如此；有事尽可以告诉我。朱棣问道：你说什么？张信说：臣有心归服殿下；殿下却瞒着我；令臣不解。我实话告诉你；朝廷密旨让我逮你入京；如果你确实有病；我就把你逮送入京；皇上也不会把你怎么样；如果你是无病装病；还要极早打算。
朱棣听了此话；猛然起床下拜道：恩张恩张！生我一家；全仗足下。张信见朱棣果然是装病；喜过望；便密与商议。朱棣又召来道衍王拱等人；一同谋划；觉得事不宜迟；可以起事了。这时；天忽然刮起了风；下起了暴雨；殿檐上的一片瓦被吹落下来；朱棣显得很不高兴。道衍进言说：这是上天示瑞；殿下为何不高兴呢？朱棣谩骂道：秃奴纯系胡说；疾风暴雨；还说是祥瑞吗？道衍笑道：飞龙在天；哪得不有风雨？檐瓦交堕；就是将易黄屋的预兆；为什么说不祥呢？朱棣听了；转怒为喜。于是；朱棣设计杀死了张、谢两人；冲散了指挥使彭二的军马；安定了北平城；以清君侧、诛奸臣为名；自称奉天靖难；公然造反了。
宋忠将兵3万；驻军开平；是防备燕王的重要军事力量。燕王举事后；宋忠未敢贸然进军；而是移军怀来。朱棣控制了北京城；招降守备通州的通州卫指挥佥事房胜；攻取蓟州。居庸关被朱棣攻破；守将率败军归附宋忠。宋忠为调动士气；谎称原来燕王府守卫的家属被燕王杀害了。燕王知道这一情况后；特意让那些士兵的亲属打前锋。原燕王府守卫看到家人没有死；恼怒宋忠欺骗他们；就临阵倒戈。宋忠顿时阵脚乱；燕王趁机麾军过河；直扑过来。宋忠由是败；逃回城内；结果城破被捉于厕所内。
怀来击败宋忠；是朱棣起兵后第一次规模的战斗。这次战斗；斩首数千人；缴获战马八千余匹和量的军械。更为重要的是；怀来之战解除了北平周围的军事威胁；提高了军威。不久开平、龙门、上谷、云、永平等处守军纷纷投降；壮了朱棣的力量。
八月；建文帝命老将耿炳文率兵13万征讨燕王。由于朱元璋几次借故杀功臣后；朝廷已经没有几个能征惯战的武将了；所以尽管耿炳文当时已经65岁了；也只能披挂出征。耿炳文驻军真定；派前锋9000人据守雄县。朱棣探知清楚后；于八月十五日悄然来到雄县。正值秋之夜；守城士兵饮酒赏月；放松了警惕。当发现燕兵时；朱棣的军队已经攀上了城墙；守军仓促应战。这支部队是南军的精锐；战斗力很强；直到第二天破晓之时；朱棣才攻占县城；南军全部力战而死。
离雄县50里的莫州；由潘忠、杨松率军驻守。朱棣料定二人会来援救；命千余勇士埋伏在必经之路的月漾桥下的水。潘忠果然带兵来援；见雄县已失；想退回莫州；不料燕兵突然从水冒出来；占据了月漾桥。这样前后夹击；南军败；许多人掉进河里淹死了；潘忠被俘。朱棣乘胜追击；招降了莫州留守的万余人。一天之内；南军损失了3万人马。
这时南军尚有10万人马；驻兵真定；分为两营；列于河两岸；互相声援。耿炳文担心燕军势盛；下令移营合兵。朱棣趁机率军猛攻；南军仓促应战。战斗十分惨烈；最终南军不敌燕军铁骑；退守真定城；不再出战。耿炳文长于固守；而所率军兵多步兵；燕军多骑兵；擅长野战。朱棣认为耿炳文是富有作战经验的老将；不好对付；担心时间一长；士气低落；遂围城三日后退回北平。
真定一战；南军损失数万人马；但主力尚存。如果坚持固守策略；朱棣还真没有什么好办法。然而建文帝对战事甚不满意；命李景隆接替耿炳文；意图从速歼灭燕王朱棣。临阵换将；本是兵法忌；何况李景隆然而缺乏作战经验；是一个纸上谈兵的纨绔子弟。
李景隆放弃了耿炳文稳健的策略；率军直扑北平；分兵三处：一军攻打北平九门；一军攻打通州；自己驻扎郑村坝（北平东20里）。当时朱棣赴宁寻求救兵；北平守备空虚。攻打北平的战斗十分激烈；正阳门情势岌岌可危。燕王妃徐氏亲率妇女登城；投掷石块；帮助守卫城门。主攻彰义门的瞿能父子骁勇善战；率领精骑一度攻入城内；然而李景隆却命令等待队人马；结果贻误战机；守军以水泼城；一夜成冰；第二天已经难以攀爬了。守军并没有一味死守；而是在夜里不断派遣股部队骚扰南军；弄得南军精疲力竭；人心不宁。
十一月；朱棣已经收编了宁王的部队归来；包括能征惯战的朵颜三卫骑兵；实力为增加。李景隆派陈晖率一万骑兵东行；寻找机会迎击燕军；不期两队人马没有走到一条路上；未曾相遇。后陈晖发现了燕军；从后面尾随而来；准备前后夹击。朱棣察觉后；命精骑回头迎击；将其一举击溃；陈晖只身逃回军。燕军士气振；燕王乘势派朵颜三卫猛冲南军。朵颜骑兵锐不可当；疾风暴雨般连破南军七营。李景隆整顿军马；在郑村坝与燕军决一死战。这场战斗；数十万军马从午一直打到晚上；尸横遍野；十分惨烈。朱棣趁着天黑；派奇兵左右冲杀；搅乱了南军的阵营；然后燕军正面猛攻；占据了上风。当日未分胜负；双方各自收兵回寨。李景隆没有经历过这样惨烈的战斗；初战不利；感到难以取胜；连夜拔营南遁；匆忙之竟然没有通知围攻北平九门的将士。攻打九门的将士失去主力的掩护；仅两天就被朱棣击败；北平之围始解。
这一战；守城的燕王世子朱高炽作用不可低估。他以城老弱残兵坚守北平城；面对李景隆数十万军的攻击而岿然不动；有力地牵制住了南军；保住了燕王朱棣的根据地。假设北平被攻占；朱棣将面对另一番景象；胜负的天平尚不知会倾向哪边。
郑村坝战之后；原本锐意削藩的建文帝却变得软弱起来；罢齐泰、黄子澄职；希望燕王息兵。这种做法无异于向朱棣示弱；是不会起到任何积极作用的。建文二年（1400）二月；李景隆致信朱棣；请求息兵。朱棣现在兵强马壮；自然不会讲和。双方厉兵秣马；积蓄力量；准备在春天再战。然而朱棣使用了一个花招；戏弄李景隆于股掌之间。二月；朱棣佯攻同；李景隆率军救援。朱棣却不与之战；由居庸关退回北平；李景隆奔波一场；劳而无功。当时天气尚寒；南军衣衫单薄；不少士兵被冻伤；部队也没有得到很好的休整。
四月；李景隆举北伐。双方�