事实上，把抗生素基因导入细菌很容易——那只是一个基本技术，没什么神奇的。西方情报部门随后的报告表明，奥博思科内黑死病菌株能够抵抗16种抗生素以及核辐射。如果苏联人的确培养了出了这种菌株的话，那么他们是怎样培养的——这些都不为人知。他们是运用基因工程还是运用传统的不断尝试的方法培养的这些菌株？不管怎样，美国已经向苏联政府发出声明，要求苏联政府作出解释，苏联是否真的将对很多种抗生素具有抵抗作用的黑死病菌株用于武器生产。苏联科学家和政治领袖直到今天也没有对该问题作出合理的回答。他们只是进行了含糊其辞的否认。
“奥博思科内黑死病菌株是一种非常可怕的东西，”马克说，“它基本上无药可救，并且在人群种传播的速度极快。如果有人在巴黎市散布1英磅的奥博思科内黑死病菌株；巴黎周围的人都别想逃生。我们最担心的问题之一是：苏联政府似乎对这种军用菌株已经失去了控制。”
核查小组飞往西伯利亚西部的新西伯利亚市。在该市东部20英里的一片白桦林和落叶松林中，坐落着新西伯利亚分子生物学研究所，其内部约有30座建筑物。这些建筑物内有许多苏联设计风格的环形热区。这里的研究的核心是病毒——埃博拉病毒、马尔堡病毒、来自南美洲的一种大脑病毒（委内瑞拉马脑炎病毒）、克里米亚半岛－刚果的出血热病毒、虱类传播的脑炎（另一种大脑病毒），以及马丘波病毒（玻利维亚出血热病毒）。
调查小组获悉新西伯利亚分子生物学研究所拥有数台培养天花病毒的生物反应器。从反应器的规模可知，苏联军方的天花病毒生产能力达到每年数吨。
马克当时感到十分震惊。“那是我一生中感觉最糟糕的时刻，”他对马萨乔说，“我一直想着那些印度和非洲的医生，他们一点点地同天花病毒作斗争。但同时，生物备战研究所这个怪物却在成吨地生产天花病毒。”
随后的核查发现新西伯利亚分子生物学研究所并不是苏联惟一进行天花病毒武器生产的研究所。另外两个地方也有进行同样工作的工厂。一个是位于莫斯科附近一座叫做札格尔斯克（现名叫坡萨德）的城市内，另一个位于波格罗夫市内。
马克说：“你是不是听说过苏联已经把所有的天花病毒都放在一个冷库里了？这种说法纯粹是胡说。苏联国防部把留存的天花病毒分别保存在多个地方的军用冷藏库中。苏联军事人员是不会放弃他们的天花病毒的，绝对不会。天花是一种战略武器。尤其是在天然病毒已经从人群中消失以后，它们更显得弥足珍贵。”地球上的大多数人已经失去了对天花的免疫力。所以它们具有很强的传染性和破坏性。一个感染者可以很轻易地感染20多个人，所以在缺乏免疫力的人群中的小规模爆发会很快导致大面积的人群感染。“我们都认为我们有免疫力，不会被感染，因为我们在儿童时期都注射了天花疫苗，” 马克说道，“不幸的是——天花疫苗在注射10到20年后就会失去作用，除了军人之外，公众最后的一次疫苗注射是在20年前。军人现在仍然接受天花疫苗注射。”
全世界现有的天花疫苗仅够给50万人注射——也就是说每一万人中只有一人有机会接种天花疫苗。如果天花在全球范围内爆发，天花疫苗将会比钻石还要珍贵。另外可以通过基因工程使天花病毒对现有的疫苗具有抵抗性，从而使现有的疫苗无任何防疫作用。
在新西伯利亚分子生物学研究所，研究人员向核查人员承认，他们正在“改造天花病毒的DNA”。这句话震惊了核查人员。所有的核查人员都感觉到了前所未有的震惊。他们不清楚“改造天花病毒的DNA”的具体意思是什么，所以他们要求研究人员解释清楚。
他们的回答很含糊。核查人员面对面站在苏联科学家面前。你们对天花病毒做了什么？他们问道，语气很生硬。但是苏联科学家们没有回答。气氛在陡然间变得非常紧张，其间蕴涵了国家安全利益的较量，但是随后双方只好不了了之。装载了生物病毒的洲际导弹的影子在核查人员的脑海中忽隐忽现。核查人员想知道：你们是不是用装有天花病毒的导弹瞄准了我们国家？是什么类型的天花病毒？双方都明白核查人员正在窥探现代军事生物科技的黑暗面。
核查人员没有得到任何答案。苏联生物学家的回答也变得越来越不可捉摸。他们说他们只是在克隆天花病毒，并不是对天花病毒本身进行改造。西方涉及到天花病毒的基因实验只是对牛痘病毒进行克隆，因为牛痘病毒对人体并没有危害（它们只是用来制造天花疫苗）。对天花病毒的克隆只是对其进行重组。苏联科学家坚持说它们只是进行“克隆天花病毒”，但随后他们基本上承认他们确实用天花病毒做了秘密实验。至于他们是否研制了全新的天花菌株，或是否对天花病毒进行了部分改造。苏联人没有透露。他们有没有从天花中提取一些基因导入到其他的病毒或细菌体内进行研究？他们有没有研制出抗疫苗天花病毒？这些都很难说。
苏联生物学家所说的每一句话都被录了下来。这些话被俄语专家们反复翻译和再翻译。国家安全局和其他情报机构对这些话进行了深入分析。最终，如马克所说：“我们根本不知道他们到底对天花病毒做了什么手脚。”
不应该忘记的事实是这些人都是军事科学家。他们的研究是为军事服务。他们在不断尝试的过程中可能已经成功研制出了转基因天花病毒。参与了核查人员同苏联军事生物学家见面会的一名核查人员说道，他确信他们已经把一些大脑病毒引入了天花病毒内部，制造出了大脑天花病毒——一种袭击人类大脑的天花病毒。
核查小组从苏联返回之后，中央情报局、英国情报部门、国家安全局都受到了很大的触动。核查人员亲眼目睹的事实同民间科学研究机构的信仰之间出现了巨大的差异。高级科学家，尤其是微生物学和分子生物学方面的科学家，开始接受提高了对生物武器的认识，并在听取情报部门的情况汇报，并不只是苏联的生物武器项目，还有其他国家的。所有听取情报汇报的人都是震惊的离去。“他们的眼睛如同杯碟。”听了几次汇报的一名美国科学家如是说。生物学家发现在他们的领域中居然出现了一个甚至多个曼哈顿计划，在此之前他们不知道，也不相信会有这种事情发生。尤其使其中一些人难过的是，他们领域内的一些杰出科学家曾经和现在都在致力于制造生物武器，而且这些武器的杀伤能力在某些方面比氢弹的威力更强大。
哈佛大学的马修·麦赛尔森仍然坚持认为生物武器条约的执行情况良好。很多年来，他的发言在生物武器的讨论中很有权威，他的观点已被广泛接受。他曾在权威杂志上发表文章支持1979年斯维尔德洛夫斯克发生的炭疽热事件是由于居民食用腐坏肉类引起的观点。并且他还在文章中提供了详细的科学研究数据，这些数据来自于支持他的观点的俄罗斯科学家。生物武器公约的制定者们成了公约的保卫者，而公约的成功执行成为了他们的赌注，这也使得他们本人不能明察生物武器研究的事实真相。
俄罗斯新闻记者开始调查斯维尔德洛夫斯克事故。1991年，华尔街日报的总编辑——彼得·康拜尔去了3次斯维尔德洛夫斯克。由于克格勃的跟踪和干扰，他的每次旅程都冒着一定程度的个人危险。他追踪采访了当地将近一半的受害者。他拜访了受害者的家人，他们给他讲了许多令人发指的事情；他找到治疗受害者的医生；他发掘出医疗证据；他指出大多数的受害者在军事基地附近居住或工作。麦赛尔森曾经写过，炭疽热来自“位于阿拉密尔的一个肉类加工厂”。康拜尔前往阿拉密尔进行了实地考察，他在那里并没有找到肉类加工厂，仅有一个风景如画的乡村。他之后向这位哈佛教授说明了不存在肉类加工厂的事实。他相当平淡地进行了这样的报道“看样子麦赛尔森当时非常吃惊。”
麦赛尔森发现自己处在一种尴尬的境地。华尔街日报的调查报告表明，他发表的关于斯维尔德洛夫斯克事件的文章中的科学数据不仅是错的，而且很有可能是他的俄罗斯同事凭空捏造的。麦赛尔森不仅是受害者，也是误导、甚至欺诈性科学信息的传播者。他获准同妻子珍妮·桂乐明和一组合作者前往斯维尔德洛夫斯克实地考查，随后证明当年炭疽热的爆发的确是由军工厂释放的可在空气传播的炭疽热病毒引起的。他后来终于在1994年的科学杂志上发表了他的新发现。但是，在文章中他并没有向彼得·康拜尔致谢。
他和他的合作者认为，仅有少量的炭疽热病毒被释放到了空气中，并不是很多——极小一撮，量少到夹在食指和拇指之间可能都看不到。一些专家对如此少量的炭疽热病毒可以杀死那么多人的说法持有争议。现在看来更符合逻辑、更被人们所接受的说法是病毒的量一定不只一小撮。但没有人真正知道。这起事故涉及到用作武器的炭疽热病毒的生产，据说是由于过滤器从粉碎机中脱离造成的。世人可能永远都不会知道过去到底发生了什么。
重要的事情是马修·麦赛尔森的观点发生了180度大转弯。少量的生物武器和大量腐坏肉类的性质完全不同。另一个转变给人的印象更加深刻，它来自俄罗斯总统鲍里斯·叶利钦的讲话。鲍里斯·叶利钦向世界宣称，俄罗斯从前苏联继承了一个生物武器研制项目。此消息随后从俄罗斯生物武器研制小组高层的两个叛逃者那里得到了证实和详细阐述。俄罗斯负责该项目的高层官员近日列出了现代俄罗斯军事力量在战争中可能用到的生物病毒。它们包括：天花