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但是，这种自卫很快就变成了发泄民族主义怨恨的行动。外加纳粹党但泽区领袖艾伯特·福斯特还利用他的保卫团和一个刚成立的特别组织（党卫队埃曼突击大队）挺进西普鲁士，煽动反对波兰人的民族斗争，使西普鲁士很快就成了无情打击波兰人的主要战场。这些来自但泽的民族斗士们还保持着“革命”的冲锋队的传统，将多年来积压在心头的反波仇恨发泄出来。福斯特的目的是，让领袖看到，他作为东方纳粹党区领袖第一个把自己的地区变成“无波兰人”区。
后来，希姆莱派出他的兵源补充处处长、党卫队旅队长戈特洛勃·伯格尔，命令他：将自卫队改组为一支德意志族人党卫队。
伯格尔带来了一批德国党卫队领袖，接管了波兰德占区内德意志族人自卫团体的领导权。伯格尔的副手们将民兵组织划为四个自卫区；自卫区又分成所谓的督察段，分别由各该地的高一级党卫队兼督察领袖领导。在一般情况下，自卫团体执行辅助警察的任务，只有在西普鲁士（后来在卢布林地区也是如此）追捕波兰人，滥加杀害。
西普鲁士自卫团体的头子是党卫队区队长卢多尔夫·冯·阿尔文斯勒本。他是个狂热的纳粹分子、称霸一方的暴君，跟当年私设“野蛮”集中营、虐待民主派和共和派人士的卡尔·恩斯特之流的冲锋队恶棍们如出一辙。自卫区领袖冯·阿尔文斯勒本俨然是操生杀予夺之权的统治者。如有德意志族人告密，他就在名单上挥笔一勾，自卫团员就把被告发的波兰人押进地窖、汽车间或树林，加以杀害。
有些纳粹分子对令人发指地迫害波兰人渐渐看不下去了。霍亨萨尔察县一个德意志族人地主的妻子、党员莉莉·容克布卢特给赫尔曼·戈林写信提出抗议。她诉说道：“成千上万的无辜者放枪杀。”连关心纪律胜过关心人道的海德里希也埋怨自卫团体干出了自卫行动中“部分难以想象和过火的复仇行动”。
可是，对希姆莱来说，主要的只是“成绩”，只是被消灭的或按现在的说法——“被特殊处理掉的”波兰人的统计数宇。
９月中旬，全国领袖派出一支新的灭绝队，即党卫队副总指挥乌多·冯·沃伊尔施率领的加强特别行动队。它的任务是消灭卡托维兹地区的波兰人和犹太人。特别行动队头子冯·沃伊尔施是希姆莱围剿罗姆时期的老搭档，他奉命在东部上西里面亚开展了党卫队奉行自己的东方政策的新阶段：将但绎、西普鲁士、波森和上西里西亚约五十万名犹太人赶往波兰内地。
沃伊尔施所部显然是作为一种恐怖队而组织起来的，它的任务是用恐饰手段恫吓东部上西里西亚的犹太人，将他们强行迁往克拉科夫一带。这位党卫队副总指挥刚刚开始战役行动，海德里希又亲自制定了一个新的计划。这个计划是：将已经重归德国的东部地区的所有犹太人，集中到在波兰划定的犹大人隔离区，将来有一天让他们移居海外。对此瓦格纳未表示异议。二十四小时后，９月２１日，海德里希指示特别行动队，开始将犹太人强行迁往波兰腹地。
可是，跟陆军事先打招呼井未使海德里希得到好处，陆军突然起来反对了。在这期间，在占领的波兰已建立了以东线总司令格德·冯·伦斯德大将为首的军事管制，把德占区划成四个军区。
军人们负责抓治安和秩序，恪守陆军向波兰人发布的庄严宣言：“武装部队不以居民为敌，一切国际法条款均将得到尊重。”党卫队部队的野蛮恐怖，尤其是沃伊尔施特别行动队的残醋暴行，使陆军的诺言成了骗人之谈。但其中也不乏猛烈攻击党卫队杀人暴行的军官。
如果武装部队继续坚持对希姆莱施加压力的话，它本来是有可能制止在东方的专横行为的。可是希特勒更了解他的将军们，他迅速结束了东方的军事管制，同时还满有把握地缓和了高级将领们的情绪。
１０月５日，纳粹党区领袖福斯特去见希特勒，诉说军人们在西普鲁士不断给他制造的麻烦。就在同一天，希特勒下令撤除西普鲁士的军事管制，将其交给福斯特领导。这个闪电式的决定引起了一阵雪崩，埋葬了东方的军政权。１０月中旬，希特勒大笔一挥，批准在波兰德占区建立一套新的统治体系。于是出现了一个染指东方的纳粹特权阶层内部相互争权和日后勾心斗角的新迷宫：但泽和西普鲁士被并为德国的一个区，由纳粹党区领袖福斯特任领导。福斯特在但泽的竞争者、纳粹党区副领袖兼议会主席阿图尔·格赖泽尔，出任新划的另一个德国区瓦尔特兰区（泼森）领袖。和东普鲁士接壤的小块波兰领土，成了福斯特的另一竞争者、纳粹党何尼斯堡区领袖埃里希·科鼓的地盘。上西里西亚并入纳粹党区领袖约瑟夫·瓦格纳的西里西亚，但到１９４１年又改为一个独立的行政区，归纳粹党区领袖弗里茨·布拉赫特领导。经过德国人（以及从东面入侵的苏联人）这样肢解后余下来的波兰，则被强行划为一个总督辖区，它的最高领导人是表面上拥有特别全权的纳粹法学家领袖汉斯·弗朗克博士。
军人们反对剥夺他们在东方的大权吗？他们抗议希特勒背弃由武装部队掌握执行权的诺言吗？没有。将军们为这位独裁者不要他们对屠杀负有责任而感到高兴。狡猾的希特勒事先故意向军人们描绘的波兰未来的可饰形象，令人喘不过气来。１０月１７日，希特勒阐述了他的对波政策要点。震惊不已的军人们匆忙将其记录下来：“无情的民族斗争不受任何法律约束……这些方法同我们的原则是不会一致的……要阻止波兰的才智之士充任领袖阶层……清除新老德国领土上的犹太人、波兰佬和贱民。”
军人们毛骨悚然地走开了。希特勒的估计完全正确，这一点可由冯·伦斯德大将的表现来加以说明：这位东总在获悉老纳粹弗朗克出任总督时，立即提出辞呈。将军们忙不迭地急于结束军管，以致来不及建立新的国家行政权构，军方就已撤走。于是出现了一种“无政府主义的法律真空”，希姆莱利用这个时机，派他的党卫队和警察部队乘虚而入。
新的行政机关的统治者们还未来得及开始工作，隶属党卫队控制的政府就已将波兰置于它的蛛网之下了。特别行动队变成了地方常驻的区秘密警察局和区保安处，它们在总督辖区的各地区，由一名保安警察兼保安处司令统管。波兰五个地区的保安警察兼保安处司令，受保安警察兼保安处总司令领导，后者又直接所命于德国中央保安局。同时，在波兰被占领区还铺设了另一条警察渠道，即风纪警察的指挥系统。风纪警察在战争爆发时即进行了动员，好多个警察营参加了征服波兰和特别行动队的某些活动。风纪警察体系建制和保安警察一样：总督辖区的每个地区设风纪警察司令一人，整个总督辖区设风纪警察总司令一人，总司令又受风纪警察总处领导。
掌握实权的是控制两条警察渠道的党卫队兼警察高级领袖。从１９３７年起，德国就有党卫队兼警察高级领袖了，他们多半是希姆莱派在各军区作为他的代表的党卫队地区总队长。他们的任务名义上是在动员时采取措施协调所有党卫队和警察部队，实际上是希姆莱所企求的党卫队和警察一体化的铁钳子。
新的党卫队兼警察高级领袖，被委以监督东方所有警察和党卫队组织的全权，构成对付黑色集团内部海德里希的优势地位的干衡力量，并建立起希姆莱用以充当铺袖意志的真正体现者的政治警察特别行动权。
党卫队兼警察高级领袖还待别关系到希姆莱的意图在东方能否得到贯彻。全国领袖给自己挑选了三个人，他们都是手段强硬、雄心勃勃的党卫队领袖，干劲很足但又并非强大到足以对希姆莱构成威胁。他任命地区总队长里夏德·希尔德布兰特为维斯杜拉（但泽）党卫队兼警察高级领袖。此人是老战士，有“小希特勒们”的对头之称，曾因为同纳粹党区领袖施特莱彻争吵，一度被希姆莱撤去党卫队内一切职务。地区总队长威廉·科佩是一名有魄力的干部，被任命为瓦尔特兰（波森）党卫队兼督察高级领袖。 副县长总指挥弗里德里希——威廉·克吕格尔被任命为东部（克拉科夫） 党卫队兼警察高级领袖。他是最不受欢迎的党卫队领袖之一，为冲锋队所憎恨。因为他在１９３４年６月３０日玩弄两面派手法，传播谣言，自命博学，对所谓不忠于路线的同事进行诋毁，连希姆莱也几乎难以忍受。希姆莱还破天荒地给驻波兰党卫队兼警察高级领袖配了一个助手团：党卫队兼警察领袖。他们驻在总督辖区的每个地区，也负责确保党卫队和警察在省一级的一体化。
希姆莱依仗在东方迅速建立的党卫队兼警察体系，要求在德国占领政策中担当领导角色。现在，他自作主张，不同武装部队进行商量，也开始把矛头指向溃散的波兰部队和新成立的游击队。在反游击队的幌子下，希姆莱的部队继续大肆消灭波兰上层人物。 波兰人不断被捕， 并随时排成一行行遭到杀害。仅１９４０年春的“特别绥靖行动”，就有三干五百名波兰人被枪杀。
希姆莱的部队以名正言顺的占领军自居，致使武装部队将领们产生了强烈的反感。
武装部队收集材料反对党卫队，部队的报告从各方面源源送来。在１９３９年１１月２３日，瓦尔特兰区军区司令贝茨尔将军报告：“所述这些组织（党卫队和警察）几乎在所有较大的村镇进行公开枪杀。枪杀各种各样人物，而且经常令人不解，其做法很不光彩。几乎总是�