晋军经过长期的休整，继续进攻后秦。刘裕在同一时间带领水军兵发彭城，留下三儿子刘义隆镇守建康。后秦最后的五万军队在姚绍的带领下死守天险潼关，和东晋大将王镇恶、檀道济、沈林子等展开激烈的拉锯战。双方损失都很大。姚泓自知不是对手，向北魏求援。
北魏皇帝拓跋珪多年前就去世了，由儿子拓跋嗣继位。接到后秦的求援信后，就和大臣们商量对策。大家都认为刘裕靠水军登陆作战进攻潼关天险肯定损失巨大，北魏趁这个时候派出骑兵袭击洛阳，切断晋军的粮道进攻东晋的军队，可以轻易取得胜利，拓跋嗣的心被他们给说动了。
大臣崔浩持了反对意见，他说：“刘裕进攻后秦所做的准备工作已经不是一天两天了。姚兴死后姚泓无能管不好国家，刘裕趁机讨伐是志在必得。如果派军遏其粮道导致刘裕北攻的话，是代人受过了。不如借给他并州通过，助其一臂之力。如果东晋打胜了，则刘裕必定感谢我们，如果刘裕打败了，则很容易就能切断他的退路，更容易取得完胜。” 拓跋嗣对崔浩的这条毒计并不感兴趣，还是派出了部将长孙嵩、阿薄干带领三万骑兵去帮助后秦。不过鉴于崔浩有言在先，拓跋嗣就让北魏军只管骚扰，不要和晋军正面作战。
进攻潼关的王镇恶迁延日久毫无进展，粮食供应逐渐发生了困难，就请求刘裕赶快增援。刘裕就指挥水军押运粮食前往潼关。这时北魏的骑兵刚好赶到黄河北岸，他们紧紧跟着刘裕的船队走，船队往东，他们就往东，船队往西，他们也往西。由于恰逢春天，黄河上刮南风，很多军舰被刮到北岸，魏军就登上船去大肆抢劫。刘裕派军队上岸进攻时，北魏骑兵抹头就跑，等晋军上船后，那些骑兵又靠了上来，就这么不停地骚扰东晋的船队。
刘裕被北魏军骚扰得没脾气，就派大力士丁旿带领七百士兵，一百辆战车登上黄河北岸，沿河摆开一个新月形的阵势，两翼靠着岸边，中间凸向北魏军。布阵完毕后，晋军在大阵的中间树起一根白色羽毛，叫做却月阵。
北魏军中在前头掠阵的阿薄干看不懂晋军要干什么，不敢轻举妄动。一会儿就见那根白羽毛举起来，后面军舰又送来了两千士兵，由朱超石带领，携带一百张大弩固定到战车上。阿薄干看了半天，还是没看出什么道道，就下令三万骑兵突击却月阵。北魏骑兵来势凶猛，两千晋军一齐放箭也抵挡不住，三万骑兵很快就将晋军阵地包围了起来。
想不到晋军还有更厉害的秘密武器。原来朱超石来的时候还携带了一千多条三四尺长的短槊，晋军士兵将这些短朔张在大弩上，用大铁锤一敲，短槊就发射出去，一条短槊射出去后可以穿透三四个人，三万魏军顿时被射死好几千，再加上踩踏而死的，魏军折损了近万人，阿薄干也被乱军踩死。拓跋嗣得知部队战败的消息后，才深深后悔没有听从崔浩的劝告。
消除了北魏军的威胁后，晋军抓紧时间进攻潼关。姚绍屡战屡败，羞愤而死，临死前他将军权转了弟弟姚赞来代理。不久刘裕到达陕县，后秦军纷纷溃败，刘裕派沈田子带领一千多人当作疑兵，占领了青泥（今陕西蓝田）。
为了达到迷惑敌人的目的，沈田子让部下沿路插满旗帜。姚泓集结了数万军队，正准备袭击刘裕所在的陕县，当他看到沈田子的旗帜，就决定先消灭他以免除后顾之忧。沈田子手头只有一千多人，副将傅弘之就建议沈田子固守待援。沈田子说：“取胜之道，在于计谋，不在于士兵的多少。我军主力是步兵，敌人是骑兵，就算逃能逃到哪儿去？不如趁敌人没摸清我军虚实的时候发动进攻，说不定还能打胜呢。”于是沈田子就对手下说：“诸位远道而来，就是为了今日一战，我给大家打包票，过了今天，凡是幸存下来的，都会封侯！”晋军听了沈田子的激励，全部踊跃出击，打了秦军一个措手不及。姚泓带头逃跑，一直逃到了灞上才止步。后秦军被打得大败，晋军光是敌人的首级就缴获了一万多。刘裕本来想拿沈田子当诱饵吸引姚泓，自己从侧面进攻。没想到沈田子居然出奇制胜，刘裕不禁对沈田子大加赞赏，协助他一齐追击后秦的溃军，沈田子的军队缴获的姚泓的龙袍器物不计其数，人人都发了家致了富。
六
后秦和东晋在关中一带混战的时候，北魏皇帝拓跋嗣虽然远离战场，却对战事很是关心，他请崔浩对秦晋两国的情况做一下评论。崔浩说：“姚兴为人好虚名，不讲实际，姚泓懦弱多病，兄弟们大多不服，才会打内战。刘裕兵精将勇，为人老谋深算，此行必克姚泓。”
拓跋嗣听得心痒痒，就问崔浩：“刘裕这个人怎么样？和慕容垂相比他们哪个更厉害些？等刘裕占领了关中，我就派遣骑兵直取彭城、寿春，占领建康，如果这样的话，刘裕恐怕是应付不过来吧？”
崔浩说：“刘裕的才干远胜过慕容垂。慕容垂靠着父兄旧部，获取旧业，易如反掌。而刘裕出身微贱，毫无背景，就能消灭桓玄，复兴东晋，北擒慕容超，南杀卢循，从不失手，可见其才干过人。而我国西有赫连，北有柔然，陛下的将军们却没一个是刘裕的对手，不如静观其变。关中民风悍勇，必定不服江南来客，刘裕的战果八成要被赫连勃勃夺走。而赫连勃勃国破家亡，孤身一人投奔姚氏，为姚氏所倚重，可他不但不知感谢姚兴的恩义，反而背主作乱，趁火打劫。他为人残忍好杀，而且四面受敌，将来必不能长久。微臣认为，近世栋梁之臣里面，王猛是苻坚的管仲；慕容恪是慕容暐的霍光；而刘裕却是司马德宗的曹操。将来必定另起炉灶，陛下不妨慢慢等着东晋的垮台好了。”（崔浩的此番分析实在是精辟啊！）
拓跋嗣非常高兴，赏赐崔浩十坛美酒，一两水洗精盐。对崔浩说：“朕听了先生的高论，如同吃了食盐和美酒一样舒服，所以请先生共同享用。”（那时候精盐可能很少见吧？要不怎么一两精盐就可以换十坛美酒？记得俄罗斯人现在还有给贵客敬献面包和食盐的风俗，莫非是从鲜卑人那里传来的？）
沈田子用奇兵之计击败姚泓，将姚泓逼到了灞上。王镇恶等就带领着水军乘坐蒙冲小舰沿渭河逆流而上，直去长安。北方人没大见过船，以为船上都要有风帆才能航行。看到王镇恶的舰队没有风帆仍然行走如飞，以为有神仙相助，没人敢拦截。王镇恶轻易地占领渭桥，下令全体将士弃船上岸，任凭战船被水冲走。王镇恶对部下说：“我们的家属都在江南，这里是离江南万里之遥的长安北门，现在战船和粮食都被水冲走了，今天这一仗如果打胜了，我们还能回去，如果打败了，我们就会连收尸的都没有，你们看着办吧！”说完他就身先士卒，杀向长安城，大败姚泓军。王镇恶带着手下一直冲杀到姚泓的皇宫里，姚泓只好带领妻子儿女和文武大臣向王镇恶投降，结果全部被斩首（王镇恶是前秦第一谋臣王猛的孙子，他的此举是否有替苻坚报仇的意思呢？），后秦灭亡。历时三十三年。
刘裕消灭了后秦，没哪个国家再敢对他说半个不字，东晋的武运达到了建国以来的顶峰，比起淝水之战那会儿受前秦大军压迫时的窘迫样子已经是天地之别了。谢安如果还活着，当他看到刘裕这一副春风得意的样子，恐怕要被活活嫉妒死。
刘裕的赫赫军威把北凉的沮渠蒙逊吓得都要歇斯底里了。某次沮渠蒙逊手下一个叫做刘祥的官员有事来见他，这个刘祥也许是做梦娶到了媳妇，所以显得兴高采烈。沮渠蒙逊见刘祥居然一副喜滋滋的表情，不由得勃然大怒说：“你是不是听说晋军占领了关中心里很高兴啊？”就下令将他处死。
野心勃勃的赫连勃勃早就对关中地区垂涎三尺，他对手下说：“姚家本来就不是刘裕的对手，他们兄弟之间还要自相残杀，这样怎么能对付得了外人呢？刘裕在关中肯定也呆不长，他担心江南有变，必定要回去。等到刘裕走后我们就可以轻易地夺取关中了。”
果不其然，刘裕在军中突然接到他安排在建康的眼线刘穆之病死的消息，刘裕大吃一惊，任命自己只有十二岁的次子刘义真为安西将军镇守长安，并指派两武将王镇恶、沈田子，两文官王修、毛修之为参谋辅佐刘义真。
关中的百姓到现在还怀念前秦丞相王猛，王镇恶又是王猛的孙子，因此老百姓们对王镇恶都怀有好感，这样一来就招致了江南人对王镇恶的反感。沈田子因战功比不上王镇恶，对王镇恶尤其嫉妒。他对刘裕说：“王镇恶家在关中，此人不可轻信。”刘裕并不清楚他们有什么过节，再加上自己又急着要回建康，便随口说了一句：“我留守军队二十多万人，他想作乱也没能力啊，而且猛兽不敌群狼，你们这么多人还怕王镇恶一个（也许此时刘裕只是无心说了这么一句，他万万没想到这句话竟会造成多么严重的后果）？”然后就自带人马赶回建康去了。是役共损失二十万人，是刘裕惟一的一次败绩。南朝一开始就不是北朝的对手，和这次精锐尽失也有很大关系。司马光到这里又大加评论说用人不疑，疑人不用。千里之土，得之艰难，失之容易云云）
赫连勃勃听说刘裕回了建康，不由得欣喜若狂，军师王买德也对赫连勃勃说：“关中地形险要，而刘裕却用幼儿来镇守，这是上天赐予我们的礼物啊。只要我军用游骑占领潼关，断绝其归路，然后恩威并施，不愁晋军不灭。”赫连勃勃就派遣儿子赫连璝为先锋进攻长安，赫连昌进攻潼关，派王买德进攻青泥，自己带领主力随后而来。
赫连璝领兵杀到渭阳，沈田子急忙领兵拦截，他一看到胡夏骑兵那骠�