总而言之，阿巴亥终于后来居上，当上了努尔哈赤的大妃。这个位份既给她带来了显赫，也给她带来了诡谲多变的下半生。册立阿巴亥为大妃之时的努尔哈赤，正处在即将登上自己人生巅峰的前夕。这时的费阿拉城里城外，都堪称风云变幻之中。
1608年，努尔哈赤携胞弟舒尔哈齐去往北京，向明王朝进贡，当时兄弟之间还维持着表面的手足之情，岂料第二年的二月，事情就完全变了。有一天，他借新营落成饮宴，又装出一副亲密无间的模样，将舒尔哈齐召入新营的寝室，然后就地翻脸，舒尔哈齐就这样被哥哥幽禁了起来：这间寝室的门被铁汁灌注，仅留两孔：一通饮食一出便溺。除了待遇极其恶劣，他的儿子阿布什和两名亲信武将也惨死，所有的财产与“阿哈”也都归努尔哈赤所有。两年后——万历三十九年（公元1611）八月十九日，舒尔哈齐暴毙。随后遭殃的是努尔哈赤的长子禇英。
在努尔哈赤的亲信中，最重要的莫过于四大贝勒五大臣。四大贝勒是：次子代善、侄儿阿敏、五子莽古尔泰、八子皇太极；五大臣是：费英东、额亦都、扈尔汉、何和礼、安费扬古。这九个人都不愿意让禇英成为努尔哈赤的继承人。在他们共同的努力下，禇英很快就失去了父宠，最终在万历四十一年（公元1613）三月二十六日，被父亲幽禁了起来。和叔父一样，禇英再没有活着走出那扇门。两年后，当努尔哈赤打算正式称后金大汗之际，他处死了三十六岁的长子，为自己心仪的继承者扫清了又一个障碍物。
努尔哈赤这时候所选择的继承人，是次子代善、禇英的同胞弟弟。有了哥哥的前车之鉴，代善在处理与重臣皇亲的关系时格外小心谨慎，为人宽厚，众人都非常拥护他。看起来，代善似乎是无懈可击的。然而有心人若要挑刺，即使你没刺，他也要给你硬栽上一根。公事上找不出岔，私事上就来找岔。于是意外发生了。而这桩“意外”更将大妃阿巴亥也扯了进去。
宫闱秘案
后金天命五年（万历四十八年，公元1620）三月二十五日这天，努尔哈赤的小福晋（即小妾）德因泽向努尔哈赤告状：大福晋行为不检点，几次亲制佳肴送给代善和皇太极食用，代善受而食之，还频频夸奖；皇太极则受而不食，不但不受拉拢而且非常正派。大福晋跟代善拉上了关系，时常派人去跟代善联络，而且还几次深夜出宫，行踪诡秘。努尔哈赤立即严命调查。结果回报更火上浇油，说是大福晋与代善之间早有暧昧，每当有聚会时，大福晋都会刻意打扮，与代善眉来眼去，找各种借口来回走动，众人早就看不顺眼了。努尔哈赤调查“属实”，顿时勃然大怒，然而假如拿这样见不得人的理由公开处罚儿子和妻子，那真是“骂了亲家丑了自家”，大汗的脸面何存！于是他另找了一个借口，说大福晋“窃藏金帛”，而且查有实据——从阿济格的住处抄了出来。她德行太差，本该处死，但是幼年的子女需要生母照料，因此勒令离婚。小老婆德因泽告发有功，给予与大汗同桌吃饭的奖赏。这桩蹊跷的“绯闻”，不但搞倒了大福晋，更重要的是把代善原本一片光明的前途毁得不成模样，代善从此失去了父亲的欢心，手中所掌握的兵力也被削去一旗，再也没有问津汗位的机会了。
因此，很多人都认为，这整个事件，都是故大妃之子皇太极的精心策划：不但将风头正劲的对手打倒，更能让自己在父亲心目中加深好印象。至于选中大福晋更是一石三鸟，这将使她所生的儿子再也进不了父亲选择继承人的考虑范畴之内，减少了潜在对手。不过，史书上对这位“大福晋”语焉不详，很多人认为她并非阿巴亥，而是那位早已被人们淡忘的“继妃”富察氏衮代。一个重要的间接证据，就是她不但“获罪死”，而且正好死于天命五年三月。
——我的观点还是倾向于此“大福晋”为阿巴亥的。不过当然所能给出的也
是间接证据：第一，努尔哈赤贬子贬妻，原因不仅仅是恼怒妻子向儿子献食讨好（这无疑使老头感到儿子的权力对自己形成威胁），更因为疑心儿子与妻子之间有暧昧关系。我们都知道，富察氏原本是努尔哈赤的堂嫂，年纪再轻恐怕也轻不过弟媳妇即代善的母亲佟佳氏。且不说代善是否有这样特殊的品味，就凭这样年貌悬殊的偷情案又怎能使老奸巨滑的努尔哈赤立马相信？总之未免太说不过去。换成是阿巴亥这位时年三十、比代善还小七岁的大福晋，才有点儿道理。第二，皇太极继位后，为了拉拢手握重兵的富察氏之子莽古尔泰，特地将富察氏迁葬至福陵，“附葬”在父亲身边。假若富察氏之死是皇太极阴谋所致，又因此导致莽古尔泰继承权受损，这区区附葬又怎么能收买得了呢！第三，皇太极曾经说，富察氏之死，是因为她得罪了努尔哈赤，其子莽古尔泰为撇清便将母亲杀死。这虽是皇太极一家之言，口说无凭，但也要立此存照为好。富察氏死在天命五年三月这个敏感的时期，也许还有另一个可能：本已长年失宠的她恰好在此时触怒了气头上的努尔哈赤，于是成了被殃及的池鱼。
总之，富察氏衮代的人生就此告终。然而属于她的悲剧还没有结束。天聪九年（公元1635，明崇祯八年）十二月，她的女儿哈达公主莽古济之仆冷僧机出首告发，说富察氏与努尔哈赤的儿子莽古尔泰生前曾与弟弟德格类、妹妹哈达公主图谋不轨、私造金印。皇太极立即雷厉风行地予地严办，结果——哈达公主被处死，哈达公主的女儿则被表哥丈夫（皇太极之子豪格）所杀，莽古尔泰和德格类家族一律削除宗籍，沦为平民，从此淡出清王朝的历史舞台。早已死了十五年的富察氏则被不幸株连，骨殖被迁出福陵，不知所踪。富察氏就这样糊里糊涂地被消灭了。正当所有的人都认为阿巴亥再无出头之日的时候，努尔哈赤却在一年后做出了特殊的决定，再一次对她恢复了宠爱，她又重登了大妃宝座。
重登大妃位的阿巴亥比从前更重视自己的权力，对努尔哈赤百般揣摩逢迎，与此同时，她的三个儿子也给她增添了不少光彩。努尔哈赤不仅被小妻子的千娇百媚所打动，更因为她三个聪明能干的儿子而进一步爱屋及乌。随着时间的推移，他甚至常将发生在朝堂之上的政军大事说给这个心思灵巧的女人听。渐渐地，阿巴亥在后金宫廷中，拥有了非比寻常的地位。
同柩而葬的老夫少妻
然而，努尔哈赤的“天命”就快走到头了。后金天命十一年（公元1626，明天启六年）正月，六十七岁的努尔哈赤雄心未已，亲自率领十三万人马，向明王朝发起进攻。无能的明王朝这时几乎将所有的军权都交代给了一帮阉党，靠拍魏忠贤马屁起家的新任辽东经略高第就是个中翘楚、不抵抗政策的先驱。——他一听说后金来攻，就立即下令放弃山海关外所有的大明王朝疆土，从而使得努尔哈赤的大军一帆风顺地在辽东辽西长驱直入。
正当努尔哈赤志得意满的时候，在山海关外辽西宁远城，他遇到了自己的克星：文官出身的宁前道袁崇焕。这个来自广东东莞、身材精干的书生，不但是所有关外城寨中唯一一个敢于违抗指挥官错误指令的人，更在在保卫宁远的战役中，带领四万余名将士，表现出了比大多数明帝国武将还顽强的斗志。于是，努尔哈赤不但未能攻下小小宁远城，更在战役中被袁崇焕的红衣大炮（早期加农炮）所伤，输得一败涂地。宁远之战后，袁崇焕迅速得以提升，而努尔哈赤则不得不返回沈阳养伤。
七月中旬，努尔哈赤伤势越来越重，伤口大面积感染溃烂。二十三日这一天，他不得不向病魔低头，前往清河汤泉（威宁堡狗儿岭汤泉）疗养。然而即使是杀菌消毒的温泉，这时也已经无济于事了。八月初七，自知命不长久的努尔哈赤决定返回后金国都沈阳。同时，他派快马向皇宫中的大妃阿巴亥报信，让她立即前来迎接自己。阿巴亥所乘的船，在浑河上的叆鸡堡河段与努尔哈赤所乘的船相遇，准备随后一起赶往沈阳。然而，努尔哈赤再也没有回到沈阳，再也没有见到他的儿子和部属们。八月十一日未时（下午13…15时），六十七岁的努尔哈赤死在了浑河的船上，地址正在叆鸡堡，距离沈阳四十里。阿巴亥只能陪着丈夫的尸体返回皇宫。
阿巴亥成了陪伴努尔哈赤最后一刻的唯一一人。
努尔哈赤死了，而且这个倔强的老头儿在代善出事之后一直没有正式确定过自己的继承人。于是，后金王位的归属，成了一个极大的问题。当时的后金朝廷，皇族中最出挑的有四大贝勒（代善、阿敏、皇太极、莽古尔泰）和四小贝勒（阿济格、多尔衮、多铎、济尔哈朗），这其中，阿敏和济尔哈朗只是皇族而非努尔哈赤之子，没有继承权；代善曾闹出那样一桩事件，莽古尔泰之母富察氏又是获罪而死，他们的继承权也没有底气；剩下的就是皇太极和另三位（阿济格、多尔衮、多铎）皇子了。按照努尔哈赤生前曾经制定的“大汗共推”之说，皇太极被推举为新汗。
然而，这位新汗此时所担忧的，是另三位拥有贝勒之位的兄弟竟出自同一位母亲阿巴亥，而这位母亲还是努尔哈赤临终前唯一的陪伴者、他的大妃。——许多人甚至怀疑，努尔哈赤之所以一直没有确定第三位继承人，就是在皇太极和阿巴亥的儿子中摇摆不定，有心等待阿巴亥的儿子们多立战功，将机会给他们其中之一。假如这位大妃对皇太极继位不满，说出什么不利于新汗的“遗言”、或者以她的大妃名份再加上三个儿子手里的军队来图谋汗位呢？于是，一个阴谋出台了。
八月十二日寅（凌晨3…5时）时，代善宣布了皇太极继位的消息。刚死了丈夫的阿巴亥并没对